View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14315_low_2 (Length: 680)

Name: NF14315_low_2
Description: NF14315
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14315_low_2
NF14315_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-663)||(33138823-33139471)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 584; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 584; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 33139471 - 33138823
Alignment:
Q  16 aatatgcaatttaaatgatactttggatttggattatactacttagaagttagtgtttggaattaaatatatgcaatacagggggaataaagagtggtaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33139471 aatatgcaatttaaatgatactttgggtttggattatactacttagaagttagtgtttggaattaaatatatgcaatacagggggaataaagagtggtaa 33139372  T
Q  116 aggggtatgtggaagcatcatcnnnnnnncagttcttggtcccaaaacaaagttgatgatacttattaataaaagttgtaaaaagagcatatatggcctc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33139371 aggggtatgtggaagcatcatctttttttcagttcttggtcccaaaacaaagttgatgatacttattaataaaagttgtaaaaagagcatatatggcctc 33139272  T
Q  216 aaaagactgatttatgtatgggagaagattacgaaaaacacataagaacaagtagcctcatcattccattttctactttttggatgnnnnnnnn-tcaat 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||    
T  33139271 aaaagactgatttatgtatgggagaagattacgaaaaacacataagaacaagtagcctcatcattccattttctactttttggatgaaaaaaaaatcaat 33139172  T
Q  315 tacttggacaatatatatctaggaaaaacaaaattcaaatttcaatataatagagtttgaagattagctagcaaatttcaggagctcgaggaagaaattg 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33139171 tacttggacaatatatatctaggaaaaacaaaattcaaatttcaatataatagagtttgaagattagctagcaaatttcaggagctcgaggaagaaattg 33139072  T
Q  415 aggaaagaagaagccaaagagcactcaaaacaaaagcatgatgtgtatcaaactcatgttgtagaaacaaaacaacccatggtcaaactctgtatgacct 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33139071 aggaaagaagaagccaaagagcactcaaaacaaaagcatgatgtgtatcaaactcatgttatagaaacaaaacaacccatggtcaaactttgtatgacct 33138972  T
Q  515 aggaaaatctcaaccttatacttaatagtagtttatacatgtcatgtatcaataaaaatatcaaaatctcactaacttgcgccctcttcttcggtttctt 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33138971 aggaaaatctcaaccttatacttaatagtagtttatacatgtcatgtatcaataaaaatatcaaaatctcactaacttgcgccctcttcttcggtttctt 33138872  T
Q  615 tcccttaaaatatactaaaatatatccaaataatacaaataaatggaat 663  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33138871 tcccttaaaatatactaaaatatatccaaataatacaaataaatggaat 33138823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University