View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14318_low_19 (Length: 265)

Name: NF14318_low_19
Description: NF14318
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14318_low_19
NF14318_low_19
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-248)||(9568779-9569026)
chr4 (4-246)||(9573913-9574155)
chr4 (5-246)||(9594021-9594262)
chr4 (5-246)||(9582228-9582469)
chr4 (5-246)||(9587923-9588164)
chr4 (3-247)||(9602823-9603067)
chr4 (12-243)||(54295329-54295563)
chr4 (126-244)||(37895678-37895793)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (103-244)||(42446012-42446150)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (166-247)||(29012590-29012671)
chr6 (121-242)||(34281628-34281746)
chr6 (116-242)||(29131013-29131136)
chr6 (166-247)||(29299827-29299908)
chr6 (121-239)||(32960998-32961113)
[»] scaffold0054 (2 HSPs)
scaffold0054 (121-244)||(33709-33829)
scaffold0054 (121-244)||(40060-40180)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (103-247)||(16473-16614)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 9568779 - 9569026
Alignment:
Q  1 catcttatctgcatggatttggttacaatgaacttagaaatgactataatgtcatttgttatgtatctattatgggtgagcacgctggttacggagatat 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9568779 catcttatcttcatggatttggttacgatgaacttagaaatgactataatgtcatttgttatgtatctattatgggtgagcacgctggttacggtgatat 9568878  T
Q  101 gactttagacccgttctggaagatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9568879 gactttagacccgttctggaagatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggc 9568978  T
Q  201 actcaagtctacatgaatggtgtgtgtcattggttgtgtgaagaagaa 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9568979 actcaagtctacatgaatggtgtgtgtcattggttgtgtgaagaagaa 9569026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 4 - 246
Target Start/End: Original strand, 9573913 - 9574155
Alignment:
Q  4 cttatctgcatggatttggttacaatgaacttagaaatgactataatgtcatttgttatgtatctattatgggtgagcacgctggttacggagatatgac 103  Q
    ||||||| ||||||||||||||  |  | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||||| | |||| | |||||| ||||| |    
T  9573913 cttatcttcatggatttggttatgacaatcttagaaatgactattatgtcttttgttatgtatctatcaagggtgaacgcgctagctacggaaatatgtc 9574012  T
Q  104 tttagacccgttctggaagatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcact 203  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  9574013 tttagacccattctgggagatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattcgttggcaggtattgacggcact 9574112  T
Q  204 caagtctacatgaatggtgtgtgtcattggttgtgtgaagaag 246  Q
    ||||| | |||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  9574113 caagtttgcatggatggtgtgtgtcattgatagtgtgaagaag 9574155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 5 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 9594262 - 9594021
Alignment:
Q  5 ttatctgcatggatttggttacaatgaacttagaaatgactataatgtcatttgttatgtatctattatgggtgagcacgctggttacggagatatgact 104  Q
    |||||| ||||||||||||||| |  | ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||| |||||| |||||| || | ||| || ||||||||| ||    
T  9594262 ttatcttcatggatttggttacgacaatcttagaaatgactctaaggtcatatgttacgtaactattaggggtgaacatgatggctatggagatatgtct 9594163  T
Q  105 ttagacccgttctggaagatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcactc 204  Q
    ||||||||  | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  9594162 ttagacccaatttgggtgatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttaatgtttttggcatgccttgttcattggcacgtattgacggcactc 9594063  T
Q  205 aagtctacatgaatggtgtgtgtcattggttgtgtgaagaag 246  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  9594062 aagtctacatggatggtgtgtgtcattggttggctgaagaag 9594021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 9582469 - 9582228
Alignment:
Q  5 ttatctgcatggatttggttacaatgaacttagaaatgactataatgtcatttgttatgtatctattatgggtgagcacgctggttacggagatatgact 104  Q
    |||||| ||||||||||| ||| |  | ||||||||||||||||| ||||| ||| | ||| |||||| |||||| |||||||| || |||  |||| ||    
T  9582469 ttatcttcatggatttggctacgacaatcttagaaatgactataaggtcatctgtcacgtaactattacgggtgaacacgctggctatggatgtatgtct 9582370  T
Q  105 ttagacccgttctggaagatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcactc 204  Q
    ||||||||  | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  9582369 ttagacccaatttgggtgatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttctagcatgccttgttcattggcacgtattgacggcactc 9582270  T
Q  205 aagtctacatgaatggtgtgtgtcattggttgtgtgaagaag 246  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  9582269 aagtctacatggatggtgtgtgtcattggttggctgaagaag 9582228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 9588164 - 9587923
Alignment:
Q  5 ttatctgcatggatttggttacaatgaacttagaaatgactataatgtcatttgttatgtatctattatgggtgagcacgctggttacggagatatgact 104  Q
    |||||| ||||||||||| ||| |  | ||||||||||||||||| ||||| ||| | ||| |||||| |||||| |||||||| || |||  |||| ||    
T  9588164 ttatcttcatggatttggctacgacaatcttagaaatgactataaggtcatctgtcacgtaactattacgggtgaacacgctggctatggatgtatgtct 9588065  T
Q  105 ttagacccgttctggaagatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcactc 204  Q
    ||||||||  | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  9588064 ttagacccaatttgggtgatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttctagcatgccttgttcattggcacgtattgacggcactc 9587965  T
Q  205 aagtctacatgaatggtgtgtgtcattggttgtgtgaagaag 246  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  9587964 aagtctacatggatggtgtgtgtcattggttggctgaagaag 9587923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 3 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 9603067 - 9602823
Alignment:
Q  3 tcttatctgcatggatttggttacaatgaacttagaaatgactataatgtcatttgttatgtatctattatgggtgagcacgctggttacggagatatga 102  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||| |||||  || |||||| |||| | |||||| | || ||| |||||     
T  9603067 tcttatcttcatggatttggttacgacgaccttagaaatgattataatgtcatatgttacataactattacgggtcaacacgctagctatggacatatgt 9602968  T
Q  103 ctttagacccgttctggaagatatatagcttaagaactaactcgtgga---ggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacgg 199  Q
    ||||||||||  | |||  || ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||    ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  9602967 ctttagacccaatttgggtgaaatatagcttaagaactaactcgtggaaaaggatactta---tttttgacatgccttattccttggcacttattgacgg 9602871  T
Q  200 cactcaagtctacatgaatggtgtgtgtcattggttgtgtgaagaaga 247  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9602870 cagtcaagtctacatggatggtgtgtgtcattggttgtgggaagaaga 9602823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 12 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 54295563 - 54295329
Alignment:
Q  12 catggatttggttacaatgaacttagaaatgactataatgtcatttgttatgtatctattatgggtgagcacgctggttacggagatatgactttagacc 111  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||   | |||  ||||||   |||||| |||| ||||||||     
T  54295563 catggatttggttacgacgaacttataaatgactataagctcatttgttatgtatgtattgatgttgaatacgctgaccacggagttatgtctttagact 54295464  T
Q  112 cgttctggaagatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttg------gcatgtattgacggcactca 205  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||       ||| || ||| ||| |  |    
T  54295463 ccttctgggagatatatagcttaagaactaactcatggaggatacttgatg---ttgacatgccttattctttgtcaatcccatatagtgagggctccaa 54295367  T
Q  206 agtctacatgaatggtgtgtgtcattggttgtgtgaag 243  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54295366 agtctacatggatggtgtgtgtcattggttgtgtgaag 54295329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 126 - 244
Target Start/End: Original strand, 37895678 - 37895793
Alignment:
Q  126 tatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcactcaagtctacatgaatggtgtgt 225  Q
    |||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||  || ||||| |||||||| ||| |||  ||||    
T  37895678 tatagcctaagaagtaattcgtggaggaaacttgatgtt---gacatgccttattctttggaatgtaaggagggcacccaagtctatatggatgaagtgt 37895774  T
Q  226 gtcattggttgtgtgaaga 244  Q
    |||||||||||||||||||    
T  37895775 gtcattggttgtgtgaaga 37895793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 72; Significance: 8e-33; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 103 - 244
Target Start/End: Original strand, 42446012 - 42446150
Alignment:
Q  103 ctttagacccgttctggaagatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcac 202  Q
    |||||||| | || ||| ||||||||||  |||||| |||| ||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  42446012 ctttagactccttatgggagatatatagtctaagaagtaacccgtggaggaaacttgatgtt---gacatgccttattctttggaatgtattgagggcac 42446108  T
Q  203 tcaagtctacatgaatggtgtgtgtcattggttgtgtgaaga 244  Q
     |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  42446109 ccaagtctacatggatggagtgtgtcattggttgtgtgaaga 42446150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 54; Significance: 4e-22; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 166 - 247
Target Start/End: Original strand, 29012590 - 29012671
Alignment:
Q  166 ttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcactcaagtctacatgaatggtgtgtgtcattggttgtgtgaagaaga 247  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  29012590 ttgacatgccgtattctttggactgtattgacggcacccaagtctacatggatggagtgtgtcattggttgtctgaagaaga 29012671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 242
Target Start/End: Original strand, 34281628 - 34281746
Alignment:
Q  121 agatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcactcaagtctacatgaatgg 220  Q
    ||||||||||| |||| | ||||||||||||   ||||||||||   |||||||| | |||| |||  |||| ||| ||||| ||| |||||||| | ||    
T  34281628 agatatatagcctaaggagtaactcgtggagagaacttgatgtt---gacatgccgtcttctgtggactgtactgaaggcacccaaatctacatggacgg 34281724  T
Q  221 tgtgtgtcattggttgtgtgaa 242  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  34281725 tgtgtgtcattggttgtgtgaa 34281746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 242
Target Start/End: Original strand, 29131013 - 29131136
Alignment:
Q  116 ctggaagatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcactcaagtctacatg 215  Q
    |||| |||||||||||| || || |||||| |||||   ||||||||||   |||||||||||||| || |  |||| ||  || || |||||||| |||    
T  29131013 ctgggagatatatagctcaaaaagtaactcatggagagaacttgatgtt---gacatgccttattcgttagactgtaatgcaggaacccaagtctatatg 29131109  T
Q  216 aatggtgtgtgtcattggttgtgtgaa 242  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  29131110 gatggtgtgtgtcattggttgtgtgaa 29131136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 166 - 247
Target Start/End: Original strand, 29299827 - 29299908
Alignment:
Q  166 ttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcactcaagtctacatgaatggtgtgtgtcattggttgtgtgaagaaga 247  Q
    ||||||||||||||||||  |   ||| ||| ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  29299827 ttgacatgccttattcttctgatcgtactgagggcacccaagtctacatggatggagtgtgccattggttgtgtgaaaaaga 29299908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 32961113 - 32960998
Alignment:
Q  121 agatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcactcaagtctacatgaatgg 220  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||   ||||||||||   ||||||   |||    || ||||| ||  |||||||| ||||    
T  32961113 agatatatagcgtaagaagtaactcgtggaggaaacttgatg---ttgacatgccaccttctttaaaatggtccgagggcacccatctctacatggatgg 32961017  T
Q  221 tgtgtgtcattggttgtgt 239  Q
    |||||||||||||||||||    
T  32961016 tgtgtgtcattggttgtgt 32960998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 2)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 121 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 33829 - 33709
Alignment:
Q  121 agatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcactcaagtctacatgaatgg 220  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| ||   |||||||| | |||||     ||||| || || || |||||||||||| ||||    
T  33829 agatatatagcctaagaagtaactcgtggaggaaacttgatatt---gacatgccatcttcttcttactgtatagagggaacccaagtctacatggatgg 33733  T
Q  221 tgtgtgtcattggttgtgtgaaga 244  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  33732 agtgtgtcattggttgtgtgaaga 33709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 40180 - 40060
Alignment:
Q  121 agatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcactcaagtctacatgaatgg 220  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||| ||   |||||||| | |||||     ||||| || || || |||||||||||| ||||    
T  40180 agatatatagcctaagaagtaactcgtggagaaaacttgatatt---gacatgccatcttcttcttactgtatagagggaacccaagtctacatggatgg 40084  T
Q  221 tgtgtgtcattggttgtgtgaaga 244  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  40083 agtgtgtcattggttgtgtgaaga 40060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 16614 - 16473
Alignment:
Q  103 ctttagacccgttctggaagatatatagcttaagaactaactcgtggaggatacttgatgtttttgacatgccttattctttggcatgtattgacggcac 202  Q
    ||||||| || || ||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||| |   |||||||||| | |||||    ||||| ||| |||||    
T  16614 ctttagaacctttatgggagatatatagcctaacaagtaactcgtggaggaaacttgacg---ttgacatgccattttcttcaaaatgtaatgagggcac 16518  T
Q  203 tcaagtctacatgaatggtgtgtgtcattggttgtgtgaagaaga 247  Q
     |||||||||||  |||   | |||||||||||||||||| ||||    
T  16517 ccaagtctacatagatgaaatctgtcattggttgtgtgaaaaaga 16473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University