View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14322_high_1 (Length: 991)

Name: NF14322_high_1
Description: NF14322
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14322_high_1
NF14322_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-983)||(34077460-34078424)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 929; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 929; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 983
Target Start/End: Original strand, 34077460 - 34078424
Alignment:
Q  19 tctccggcctaaactcatccacattttcccaaatcttcgtgtttcgacctaatccatgggtgttgatgaagactcgagtcttagaaggaatgcagtagcc 118  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  34077460 tctccggcctaaactcatctacattttcccaaatcttcgtgtttcgacctaatccatgggtgttgatgaagactcgagtcttagaagggatgtagtagcc 34077559  T
Q  119 gttgatagtagtaggtcgaagagattcatgtggaatgaggaatggccctgctgggtgcatgcggaaagtttcacgtacaacacatcgtaggtaattaagg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34077560 gttgatagtagtaggtcgaagagattcatgtggaatgaggaatggccctgctggatgcatgcggaaagtttcacgtacaacacatcgtaggtaattaagg 34077659  T
Q  219 ttaggcaaatcagattcaatcaccattctattagggccaaccactacatcaagctcttcttggattttgtgaaggacgtgtggatgtttgattacctctg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34077660 ttaggcaaatcagattcaatcaccattctattagggccaaccactacatcaagctcttcttggattttgtgaagaacgtgtggatgtttgattacctctg 34077759  T
Q  319 tcatcgcccattcattagtaacggctgaagtgtccgttgcagccgcgatcatgtcctaaatatttagtataactacattattttcaatcattacatgaaa 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34077760 tcatcgcccattcattagtaacggctgaagtgtctgttgcagccgcgatcatgtcctaaatatttagtataactacattattttcaatcattacatgaaa 34077859  T
Q  419 aattaaacaaaattaatagagaaaaagtcatacctgaatcaaagcttttatctcaacatcatccatatgctcttttccatcttcaccaggcaaagacaat 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34077860 aattaaacaaaattaatagagaaaaagtcatacctgaatcaaagcttttatctcaacatcatccatatgctcttttccatcttcaccaggcaaagacaat 34077959  T
Q  519 aaaatatccacaaaatcaagttcttcatcactttttcctatccctttcttatctttccttgcctttctatgttcttcaagaattttggagtgaaagtcat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34077960 aaaatatccacaaaatcaagttcttcatcactttttcctatccctttcttatctttccttgcctttctatgttcttcaagaattttggagtgaaagtcat 34078059  T
Q  619 caactcttttttctacttccctcattttcttctcacaaccatgaggatcaatccacctccacattggtaggtagtcacctaaatatatcacaccaagtaa 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34078060 caactcttttttctacttccctcattttcttctcacaaccatgaggatcaatccacctccacattggtaagtagtcacctaaatatatcacaccaagtaa 34078159  T
Q  719 ccaaaataattcatgagttatgtgcataaactccatagcttcttgtggccctgcagatttagaaccaaaatattgttttcctaacaacattctagtgaca 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34078160 ccaaaataattcatgagttatgtgcataaactccatagcttcttgtggccctgcagatttagaaccaaaatattgttttcctaacaacattctagtgaca 34078259  T
Q  819 ttgttcattgaaaaagcacccaaaatttctcttaaattaatgggattttcgaaattggcccgtgcaaaaacatctttaacaagatgttgtgcttcttctt 918  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34078260 ttgttcattgaaaaagcacccaaaatttctcttaaattaatgggattttcggatttggcccgtgcaaaaacatctttaacaagatgttgtgcttcttctt 34078359  T
Q  919 gacgatgttttgagaaggattcaagtctctttgtagttagtaagtgttccatgcaaattcttctc 983  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34078360 gacgatgttttgagaaggattcaagtctctttgtagttagtaagtgttccatgcaaattcttctc 34078424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University