View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14323_low_16 (Length: 452)

Name: NF14323_low_16
Description: NF14323
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14323_low_16
NF14323_low_16
[»] scaffold0477 (2 HSPs)
scaffold0477 (18-329)||(2149-2460)
scaffold0477 (324-442)||(1059-1171)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (18-329)||(4651132-4651443)
chr6 (324-442)||(4650042-4650154)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (18-329)||(19082740-19083057)
chr5 (55-158)||(6531811-6531914)
chr5 (235-289)||(6531916-6531970)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (18-329)||(36757904-36758221)
chr4 (324-381)||(47503648-47503705)
chr4 (324-365)||(28336564-28336605)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-329)||(16148524-16148841)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (18-329)||(40109047-40109364)
chr3 (324-407)||(11483846-11483929)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (18-329)||(23303220-23303537)
chr1 (324-431)||(49129959-49130066)
chr1 (61-145)||(15014917-15015001)


Alignment Details
Target: scaffold0477 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 2)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 18 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 2460 - 2149
Alignment:
Q  18 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaagtgaaatattacaatgagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgtgattgtgatgtggtt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  2460 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaagtgaaatattacaatgagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgggatggtgatgtggtt 2361  T
Q  118 ggttttagttccaagcattttgagttttggggtattctttgtcgtcatgtattgacaatattccttcataaagattgattcgagattcctataagttact 217  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  2360 ggtttcagttccaagcattttgagttttggggtatttttcgttgtcatgtattgacaatattccttcataaagattgatttgagattccaataagttact 2261  T
Q  218 tgccattacgttggtgtcgtgataaatttcaaagaccagttgaagtaaatatgatgcttagtgaaggaggacctattgagaatgtggagaatgtagtaga 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2260 tgccattacgttggtgtcgtgataaatttcaaagaccagttgaaataaatatgatgcttagtgaaggaggacctattgagaatgtggagaatgtagtaga 2161  T
Q  318 cttaattaaaaa 329  Q
    ||||||||||||    
T  2160 cttaattaaaaa 2149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0477; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 324 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 1171 - 1059
Alignment:
Q  324 taaaaactaattaggtcaagcaattgcttagccctaattgctatgctaatttccctccaaagtacttaaccaaagagtgctttgcaagctaat-ggggac 422  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1171 taaaagctaattaggtaaagcaattgtttagcccta-------tgctaatttccctctaaagtacttaaccaaagagtgctttgcaagctaatgggggac 1079  T
Q  423 tcattaaatgctggtctgtg 442  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  1078 tcattaaatgctggtgtgtg 1059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 18 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 4651443 - 4651132
Alignment:
Q  18 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaagtgaaatattacaatgagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgtgattgtgatgtggtt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  4651443 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaagtgaaatattacaatgagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgggatggtgatgtggtt 4651344  T
Q  118 ggttttagttccaagcattttgagttttggggtattctttgtcgtcatgtattgacaatattccttcataaagattgattcgagattcctataagttact 217  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  4651343 ggtttcagttccaagcattttgagttttggggtatttttcgttgtcatgtattgacaatattccttcataaagattgatttgagattccaataagttact 4651244  T
Q  218 tgccattacgttggtgtcgtgataaatttcaaagaccagttgaagtaaatatgatgcttagtgaaggaggacctattgagaatgtggagaatgtagtaga 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4651243 tgccattacgttggtgtcgtgataaatttcaaagaccagttgaaataaatatgatgcttagtgaaggaggacctattgagaatgtggagaatgtagtaga 4651144  T
Q  318 cttaattaaaaa 329  Q
    ||||||||||||    
T  4651143 cttaattaaaaa 4651132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 324 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 4650154 - 4650042
Alignment:
Q  324 taaaaactaattaggtcaagcaattgcttagccctaattgctatgctaatttccctccaaagtacttaaccaaagagtgctttgcaagctaat-ggggac 422  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4650154 taaaagctaattaggtaaagcaattgtttagcccta-------tgctaatttccctctaaagtacttaaccaaagagtgctttgcaagctaatgggggac 4650062  T
Q  423 tcattaaatgctggtctgtg 442  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  4650061 tcattaaatgctggtgtgtg 4650042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 18 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 19083057 - 19082740
Alignment:
Q  18 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaa------gtgaaatattacaatgagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgtgattgtgat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19083057 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaatttactgtgaaatattacaaggagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgtgatggtgat 19082958  T
Q  112 gtggttggttttagttccaagcattttgagttttggggtattctttgtcgtcatgtattgacaatattccttcataaagattgattcgagattcctataa 211  Q
    || ||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||    
T  19082957 gttgttagttgtagttgcaagcactttgagttttggggtattctttgtcgtcatgtattgacaatattccttcataaagattgttttgagattccaacaa 19082858  T
Q  212 gttacttgccattacgttggtgtcgtgataaatttcaaagaccagttgaagtaaatatgatgcttagtgaaggaggacctattgagaatgtggagaatgt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||      
T  19082857 gttacttgccattacgttggtgtcgtgatgaatttcaaagaccggttgaagtaaatatgatgcttagtgaaggagaacctattgagaatgtggagaatac 19082758  T
Q  312 agtagacttaattaaaaa 329  Q
    ||||||||||||||||||    
T  19082757 agtagacttaattaaaaa 19082740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 55 - 158
Target Start/End: Original strand, 6531811 - 6531914
Alignment:
Q  55 gtgaaatattacaatgagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgtgattgtgatgtggttggttttagttccaagcattttgagttttggggtattc 154  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  6531811 gtgaaatattacaaggagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgggattgtgatgttgttggttgtagttgtgagcattttgagttttggggtattc 6531910  T
Q  155 tttg 158  Q
    ||||    
T  6531911 tttg 6531914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 235 - 289
Target Start/End: Original strand, 6531916 - 6531970
Alignment:
Q  235 cgtgataaatttcaaagaccagttgaagtaaatatgatgcttagtgaaggaggac 289  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  6531916 cgtgatgaatttcaaagaccagtcaaagtaaatgtcatgcttagtgaagtaggac 6531970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 18 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 36758221 - 36757904
Alignment:
Q  18 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaa------gtgaaatattacaatgagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgtgattgtgat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  36758221 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaatttactgtgaaatattgcaaggagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgggatggtgat 36758122  T
Q  112 gtggttggttttagttccaagcattttgagttttggggtattctttgtcgtcatgtattgacaatattccttcataaagattgattcgagattcctataa 211  Q
    |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||    
T  36758121 gtggttggttgtagttgcaagcactttgagttttggggtattctttgtcgtcatgtattgacaatattccttcataaagattgttttgagattccaacaa 36758022  T
Q  212 gttacttgccattacgttggtgtcgtgataaatttcaaagaccagttgaagtaaatatgatgcttagtgaaggaggacctattgagaatgtggagaatgt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||      
T  36758021 gttacttgccattacgttggtgtcgtgatgaatttcaaagaccggttgaagtaaatatgatgcttagtgaaggagaacctattgagaatgtggagaatac 36757922  T
Q  312 agtagacttaattaaaaa 329  Q
    ||||||||||||||||||    
T  36757921 agtagacttaattaaaaa 36757904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 324 - 381
Target Start/End: Original strand, 47503648 - 47503705
Alignment:
Q  324 taaaaactaattaggtcaagcaattgcttagccctaattgctatgctaatttccctcc 381  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  47503648 taaaagctaattaagtcaagcaattgcttaaccctaattgctatgataatttccctcc 47503705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 324 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 28336605 - 28336564
Alignment:
Q  324 taaaaactaattaggtcaagcaattgcttagccctaattgct 365  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28336605 taaaagctaattaggtcaagcaattgcttaaccctaattgct 28336564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 18 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 16148841 - 16148524
Alignment:
Q  18 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaa------gtgaaatattacaatgagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgtgattgtgat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  16148841 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaatttactgtgaaatattacaaggagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgggatggtgat 16148742  T
Q  112 gtggttggttttagttccaagcattttgagttttggggtattctttgtcgtcatgtattgacaatattccttcataaagattgattcgagattcctataa 211  Q
    |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||    
T  16148741 gtggttggttgtagttgcaagcactttgagttttggggtattctttgtcgtcatgtattgacaatattccttcataaagattgttttgagattccaacaa 16148642  T
Q  212 gttacttgccattacgttggtgtcgtgataaatttcaaagaccagttgaagtaaatatgatgcttagtgaaggaggacctattgagaatgtggagaatgt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||      
T  16148641 gttacttgccattacgttggtgtcgtgatgaatttcaaagaccggttgaagtaaatatgatgcttagtgaaggagggcctattgagaatgtggagaatac 16148542  T
Q  312 agtagacttaattaaaaa 329  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  16148541 agtggacttaattaaaaa 16148524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 18 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 40109364 - 40109047
Alignment:
Q  18 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaa------gtgaaatattacaatgagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgtgattgtgat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  40109364 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaatttactgtgaaatattacaaggagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgggatggtgat 40109265  T
Q  112 gtggttggttttagttccaagcattttgagttttggggtattctttgtcgtcatgtattgacaatattccttcataaagattgattcgagattcctataa 211  Q
    |||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| | ||    
T  40109264 gtggttggttgtagctgcaagcactttgagttttggggtattctttgtcgtcatgtattgacaatattctttcataaagattgttttgagattccaacaa 40109165  T
Q  212 gttacttgccattacgttggtgtcgtgataaatttcaaagaccagttgaagtaaatatgatgcttagtgaaggaggacctattgagaatgtggagaatgt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||      
T  40109164 gttacttgccattacgttggtgtcgtgatgaatttcaaagaccggttgaagtaaatatgatgcttagtgaaggagaacctattgagaatgtggagaatac 40109065  T
Q  312 agtagacttaattaaaaa 329  Q
    ||||||||||||||||||    
T  40109064 agtagacttaattaaaaa 40109047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 324 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 11483929 - 11483846
Alignment:
Q  324 taaaaactaattaggtcaagcaattgcttagccctaattgctatgctaatttccctccaaagtacttaaccaaagagtgctttg 407  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11483929 taaaagctaattaggtcaagcaattgcttagccctaattgctatgctaatttccctccaaagtacttaaccaaagagtgttttg 11483846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 18 - 329
Target Start/End: Original strand, 23303220 - 23303537
Alignment:
Q  18 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaa------gtgaaatattacaatgagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgtgattgtgat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  23303220 aactcaatacaagatttgtgaagaaaatcatgtagaatttactgtgaaatattacaaggagcaacattcacaaaagcataaagtctaatgagatggtgat 23303319  T
Q  112 gtggttggttttagttccaagcattttgagttttggggtattctttgtcgtcatgtattgacaatattccttcataaagattgattcgagattcctataa 211  Q
    || ||| ||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| | ||    
T  23303320 gtagttagttgtagatgcaagcactttgagttttggggtattctttgtcatcatgtattgacaatattcattcataaagattgttttgagattccaacaa 23303419  T
Q  212 gttacttgccattacgttggtgtcgtgataaatttcaaagaccagttgaagtaaatatgatgcttagtgaaggaggacctattgagaatgtggagaatgt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||      
T  23303420 gttacttgccattacgttggtgtcgtgatgaatttcaaagaccggttgaagtaaatatgatgcttagtgaaggagggcctattgagaatatggagaatac 23303519  T
Q  312 agtagacttaattaaaaa 329  Q
    ||||||||||||||||||    
T  23303520 agtagacttaattaaaaa 23303537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 324 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 49130066 - 49129959
Alignment:
Q  324 taaaaactaattaggtcaagcaattgcttagccctaattgctatgctaatttccctccaaagtacttaaccaaagagtgctttgcaagctaatggggact 423  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  49130066 taaaagctaattaggtcaagcaattgcttagccctaattactatgctaatttccctcctaaacactaaaccaaagagtgcattgcaagctaatgggaact 49129967  T
Q  424 cattaaat 431  Q
    ||||||||    
T  49129966 cattaaat 49129959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 61 - 145
Target Start/End: Original strand, 15014917 - 15015001
Alignment:
Q  61 tattacaatgagcaacattcacaaaagcataaagtcttatgtgattgtgatgtggttggttttagttccaagcattttgagtttt 145  Q
    ||||||||  ||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||| | |||||| ||||||||||||||||    
T  15014917 tattacaagaagcaagattcactaaagcacaaagtcttatgggatggtgatgcggttggatgtagttctaagcattttgagtttt 15015001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University