View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14327_low_4 (Length: 499)

Name: NF14327_low_4
Description: NF14327
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14327_low_4
NF14327_low_4
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (1-481)||(34717506-34717986)
chr7 (21-481)||(34730780-34731240)
chr7 (21-481)||(34727622-34728082)
chr7 (37-481)||(34735379-34735823)
chr7 (1-481)||(18928624-18929104)
chr7 (134-441)||(18923850-18924161)
chr7 (3-56)||(34714526-34714579)
chr7 (121-380)||(34715849-34716112)
chr7 (11-73)||(18938692-18938754)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (160-331)||(7888782-7888953)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 34717986 - 34717506
Alignment:
Q  1 tatacaatggttatatgatcgttcatgcacttactcttgggttcacattttgtagggatgaaagtgaggatatcaagaaagtagcagaccatgttactaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  34717986 tatacaatggttatatgatcgttcatgcacttactcttgggttcacattttgtagggatgaaagtgaggatatcaagaaagtagtagaccatgttacaaa 34717887  T
Q  101 ttttattagacagggcagatttatttgttatgaaccatccagtcgaggttgaatcttgtgtacaagatgttatttaacttctgaacagccaacaatcaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34717886 ttttattagacagggcagacttatttgttgtggaccatccagtcgaggttgaatcttgtgtacaagatgttatttaacttctgaacagccaacaatcaaa 34717787  T
Q  201 agactctctactgattgggatacgaggcatgggagggattgacaaaacaaccattgctaaatccggttataataaaattcatcgcgattttgaggcatgg 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34717786 agactctctactgattgggatatgaggcatgggagggattgacaaaacaaccattgctaaatccggttataataaaattcatcgcgattttgaggcatgg 34717687  T
Q  301 agcttcctcctaaatgtcagggaagtttggagcaaattaatggcgacgtttctcaacaatagcaacttctttctgatatccacaaaacaacaaaaacgaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34717686 agcttcctcctaaatgtcagggaagtttggagcaagttaatggcgacgtttctcaacaatagcaacttctttctgatatccacaaaacaataaaaacgaa 34717587  T
Q  401 gatagaaacagttgaatcgggaaaattgatatagcaggaaagacttcgccatacgaggatatttcttgtgctggacgatgt 481  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34717586 gatagaaacagttgaatcgggaaaattgatatagcaggaaagacttcgccatacgaggatatttcttgtgctggacgatgt 34717506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 21 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 34731240 - 34730780
Alignment:
Q  21 gttcatgcacttactcttgggttcacattttgtagggatgaaagtgaggatatcaagaaagtagcagaccatgttactaattttattagacagggcagat 120  Q
    |||||||| | ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||  ||||     
T  34731240 gttcatgctcatactcttaggttcatattttgtaggaatgaaagtgaggatatcacgaaaatagtagaccatgttactaattt-actagacagaacagac 34731142  T
Q  121 ttatttgttatgaaccatccagtcgaggttgaatcttgtgtacaagatgttatttaacttctgaacagccaacaatcaaaagactctctactgattggga 220  Q
    || |||||| || |||||||||| | ||| || ||| |||| |||||||||||| ||||  ||||| | ||| ||||||||||| ||| |||| | || |    
T  34731141 ttttttgttgtggaccatccagtgggggtagattctcgtgttcaagatgttattcaactattgaacggtcaagaatcaaaagaccctcgactgctcggaa 34731042  T
Q  221 tacgaggcatgggagggattgacaaaacaaccattgctaaatccggttataataaaattcatcgcgattttgaggcatggagcttcctcctaaatgtcag 320  Q
    || | |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||    || |||||||||||||||||    
T  34731041 tatggggcatgggagggatcggcaaaacaacaattgctaaagctgcttataataaaattcatcgggattttgaggcgaaaagtttcctcctaaatgtcag 34730942  T
Q  321 ggaagtttgg-agcaaattaatggcgacgtttctcaacaatagcaacttctttctgatatccacaaaacaacaaaaacgaagatagaaacagttgaatcg 419  Q
    |||||||||| | |||  |||||||   ||||||| |||| | | ||| |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||     
T  34730941 ggaagtttgggaacaagataatggcatagtttctctacaacaacgactcctttctgatatctacaaaacaacaaaaataaagatagaaacagttgaatca 34730842  T
Q  420 ggaaaattgatatagcaggaaagacttcgccatacgaggatatttcttgtgctggacgatgt 481  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34730841 ggaaaaatgatattgcaggaaagactttgtcataagaggatatttcttgtgctggacgatgt 34730780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 34728082 - 34727622
Alignment:
Q  21 gttcatgcacttactcttgggttcacattttgtagggatgaaagtgaggatatcaagaaagtagcagaccatgttactaattttattagacagggcagat 120  Q
    |||||||| | |||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| |  ||||||  ||||     
T  34728082 gttcatgctcatactcttacgttcatattttgtaggaatgaaagtgaggatatcaggaaaatagtagaccatgttactaattt-accagacagaacagac 34727984  T
Q  121 ttatttgttatgaaccatccagtcgaggttgaatcttgtgtacaagatgttatttaacttctgaacagccaacaatcaaaagactctctactgattggga 220  Q
    ||||| |||    |||||||||| | ||| || ||| |||| |||||||||||| |||| |||||||  ||| ||||||||||| || ||||| |||| |    
T  34727983 ttattcgttgcagaccatccagtgggggtagattctcgtgttcaagatgttattcaactactgaacaatcaagaatcaaaagaccctttactgcttggaa 34727884  T
Q  221 tacgaggcatgggagggattgacaaaacaaccattgctaaatccggttataataaaattcatcgcgattttgaggcatggagcttcctcctaaatgtcag 320  Q
    || | |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| | | |||||||||||||| || ||||||||||||   ||| |||||||||||||||||    
T  34727883 tatggggcatgggagggatcggcaaaacaacaattgctaaagctgcttataataaaattcgtcacgattttgaggcgaagagtttcctcctaaatgtcag 34727784  T
Q  321 ggaagttt-ggagcaaattaatggcgacgtttctcaacaatagcaacttctttctgatatccacaaaacaacaaaaacgaagatagaaacagttgaatcg 419  Q
    |||||||| ||| |||  |||||| |  ||||||| |||| | | ||| |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||     
T  34727783 ggaagtttgggaacaagataatggtgtagtttctctacaacaacgactcctttctgatatctacaaaacaacaaaaataaagatagaaacagttgaatca 34727684  T
Q  420 ggaaaattgatatagcaggaaagacttcgccatacgaggatatttcttgtgctggacgatgt 481  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  34727683 ggaaaaatgatattgcaggaaagacttcgtcataagaggatatttcttgtgcttgacgatgt 34727622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 37 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 34735823 - 34735379
Alignment:
Q  37 ttgggttcacattttgtagggatgaaagtgaggatatcaagaaagtagcagaccatgttactaattttattagacagggcagatttatttgttatgaacc 136  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||  |||| |||||||||  | |||    
T  34735823 ttgggttcacattttgtaggaatgaaagtgaggatatcatgaaaatagtagaccatgttactaattt-actagacagaacagacttatttgttgcggacc 34735725  T
Q  137 atccagtcgaggttgaatcttgtgtacaagatgttatttaacttctgaacagccaacaatcaaaagactctctactgattgggatacgaggcatgggagg 236  Q
    |||| || | |||  | ||| |||| |||||| | ||| ||||  ||||||| ||| ||||||||  | || ||||| | ||  || | |||||||||||    
T  34735724 atccggtgggggtaaagtctcgtgttcaagatatcattcaactattgaacagtcaagaatcaaaatcccctttactgctcggagtatggggcatgggagg 34735625  T
Q  237 gattgacaaaacaaccattgctaaatccggttataataaaattcatcgcgattttgaggcatggagcttcctcctaaatgtcagggaagtttgg-agcaa 335  Q
    ||| | ||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||   ||| ||||||| ||||||||||||||| ||| | |||    
T  34735624 gatcggcaaaacaacaattgctaaagctgcttataataaaattcatcacgattttgaggcgaagagtttcctcccaaatgtcagggaagtctgggaacaa 34735525  T
Q  336 attaatggcgacgtttctcaacaatagcaacttctttctgatatccacaaaacaacaaaaacgaagatagaaacagttgaatcgggaaaattgatatagc 435  Q
      ||||||||  ||||||| |||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||    
T  34735524 gataatggcgtagtttctctacaacaacaactcctttctgatatctacaaaacaacaaaaataaagatagatacagttgaatcaggaaaaatgatattgc 34735425  T
Q  436 aggaaagacttcgccatacgaggatatttcttgtgctggacgatgt 481  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34735424 aggaaagacttcgtcataagaggatatttcttgtgctggacgatgt 34735379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Original strand, 18928624 - 18929104
Alignment:
Q  1 tatacaatggttatatgatcgttcatgcacttactcttgggttcacattttgtagggatgaaagtgaggatatcaagaaagtagcagaccatgttactaa 100  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||    
T  18928624 tatacaaaggttatattatcgttcatgcgcttactattgggttcataatttgtaggaatgaaagtgaggatatcaggaaagtagtagcccatgttaccaa 18928723  T
Q  101 ttttattagacagggcagatttatttgttatgaaccatccagtcgaggttgaatcttgtgtacaagatgttatttaacttctgaacagccaacaatcaaa 200  Q
     || | |||||||  |||| ||||| |||    |||||||||| | ||| || ||| |||| ||||||||| || ||||  ||||| | ||  |||||||    
T  18928724 gtt-actagacagaacagaattattcgttgcagaccatccagtgggggtagattctcgtgttcaagatgttgttcaactattgaactgtcacgaatcaaa 18928822  T
Q  201 agactctctactgattgggatacgaggcatgggagggattgacaaaacaaccattgctaaatccggttataataaaattcatcgcgattttgaggcatgg 300  Q
    |||| || ||||| |||| ||| | || ||||||||||| | ||||||||| ||||||||| | | |||||||||||||| || ||||||||| |||  |    
T  18928823 agaccctttactgcttggaatatggggtatgggagggatcggcaaaacaacaattgctaaagctgcttataataaaattcgtcacgattttgatgcaaag 18928922  T
Q  301 agcttcctcctaaatgtcagggaag-tttggagcaaattaatggcgacgtttctcaacaatagcaacttctttctgatatccacaaaacaacaaaaacga 399  Q
    || |||||||||||||||||||||| || ||| ||   ||||||  | ||||||| |||| | | ||| || ||||||||| ||||||||||| |||  |    
T  18928923 agtttcctcctaaatgtcagggaagattgggaacacgataatgggcaggtttctctacaacaacgactcctatctgatatctacaaaacaacagaaataa 18929022  T
Q  400 agatagaaacagttgaatcgggaaaattgatatagcaggaaagacttcgccatacgaggatatttcttgtgctggacgatgt 481  Q
    ||||    ||  |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||   | |  | ||||||||||||| ||||||||||    
T  18929023 agattcgtactcttgaatcgggaaaaatgatattgaaggaaagacttcagaagaaaaagatatttcttgtgttggacgatgt 18929104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 134 - 441
Target Start/End: Original strand, 18923850 - 18924161
Alignment:
Q  134 accatccagtcgaggttgaatcttgtgtacaagatgttatttaacttctgaacagccaacaatcaaaagactctctactgattgggatacgaggcatggg 233  Q
    ||||||| || | |||||||||| |||||||||| |||||| |||| ||||||| | ||| |||| ||||  ||| | ||||||||||| | || |  ||    
T  18923850 accatcctgtgggggttgaatctcgtgtacaagaggttattcaactgctgaacaccgaaccatcagaagaaactcgagtgattgggatatgtggtactgg 18923949  T
Q  234 agggattgacaaaacaaccattgctaaatccggttataataaaattcatcgcgattttgaggcatggagcttcctcctaaatgtcagggaagttt-ggag 332  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| ||| | | |||||||||||| |||| | |||||||||||  |||||||||  |||||||| || |||||| |||     
T  18923950 agggattggcaaaacaacaattgccaaagcagtttataataaaatccatcaccattttgaggcaaagagcttcctattaaatgtccggcaagtttgggaa 18924049  T
Q  333 caaattaatggcgacgtttctcaacaatagcaacttctttctgatatccacaaaacaaca---aaaacgaagatagaaacagttgaatcgggaaaattga 429  Q
    |||  ||||||||| ||||||  |||| | |||||||||||||||||| |||||||||||   | ||  |||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  18924050 caagataatggcgaagtttctttacaacaacaacttctttctgatatctacaaaacaacagatataaaaaagatagaaacagttgaatcaggaaaaatga 18924149  T
Q  430 tatagcaggaaa 441  Q
    ||| ||||||||    
T  18924150 tattgcaggaaa 18924161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 3 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 34714579 - 34714526
Alignment:
Q  3 tacaatggttatatgatcgttcatgcacttactcttgggttcacattttgtagg 56  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34714579 tacaatggttatatgattgttcatgcacttactcttgggttcacattttgtagg 34714526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 34716112 - 34715849
Alignment:
Q  121 ttatttgttatgaaccatccagtcgaggttgaatcttgtgtacaagatgttatttaacttctgaacagccaacaatcaaaagactctctactgattggga 220  Q
    |||||||||  | |||||||||| | ||| |||||| |||||||||| |||||| |||| || ||   || ||||||| ||||  || ||||| ||||||    
T  34716112 ttatttgttgcggaccatccagtgggggtggaatctcgtgtacaagaggttattcaactactaaaatcccgacaatcagaagatcctgtactgcttggga 34716013  T
Q  221 tacgaggcatgggagggattgacaaaacaaccattgctaaatccggttataataaaattcatcgcga---ttttgaggcatggagcttcctcctaaatgt 317  Q
    || | |||   |||||||| |  |||||||| ||||| ||| | | ||||||| |||| |||||| |   |||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  34716012 tatggggcggaggagggatcggtaaaacaacaattgccaaagcagtttataatgaaatccatcgccaccattttgaggcaaggagcttcctcttaaatgt 34715913  T
Q  318 cagggaagtttgg-agcaaattaatggcgacgtttctcaacaatagcaacttctttctgatatc 380  Q
    | | ||||||||| | |||  ||||||||| ||||||  |||| | |||||| |||||| ||||    
T  34715912 cggtgaagtttggaaacaagataatggcgaagtttctttacaaaaacaacttatttctgttatc 34715849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 73
Target Start/End: Original strand, 18938692 - 18938754
Alignment:
Q  11 ttatatgatcgttcatgcacttactcttgggttcacattttgtagggatgaaagtgaggatat 73  Q
    |||||| |||||| |||||||| || ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18938692 ttatataatcgtttatgcacttgctattttgttcacattttgtagagatgaaagtgaggatat 18938754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 44; Significance: 8e-16; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 160 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 7888953 - 7888782
Alignment:
Q  160 gtacaagatgttatttaacttctgaacagccaacaatcaaaagactctctactgattgggatacgaggcatgggagggattgacaaaacaaccattgcta 259  Q
    |||| |||||||||| |||| |||| ||| ||| |||| |||||  ||| |||  | |||||| | ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  7888953 gtacgagatgttattcaactactgagcagacaaaaatccaaagatcctcaactactagggatatggggcatgggagggattgggaaaacaacccttgcta 7888854  T
Q  260 aatccggttataataaaattcatcgcgattttgaggcatggagcttcctcctaaatgtcagggaagtttgga 331  Q
    || ||| ||| |||||||||| ||  |||||||| |||  |||||||||  | |||||||| || |||||||    
T  7888853 aagccgtttacaataaaattcgtcatgattttgatgcaaagagcttcctgttcaatgtcagagatgtttgga 7888782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University