View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14328_low_3 (Length: 697)

Name: NF14328_low_3
Description: NF14328
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14328_low_3
NF14328_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-682)||(35409851-35410531)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 35410531 - 35409851
Alignment:
Q  1 agtaatgacatttgacctatgataaccgaacaggttaagaatacacgcatgcatggaaccattaataattgcagctcatcggcaattaagcgtgatgcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410531 agtaatgacatttgacctatgataaccgaacaggttaagaatacacgcatgcatggaaccattaataattgcagctcatcggcaattaagcgtgatgcat 35410432  T
Q  101 cctgtattcaagcttctgcatccccatatgcgatacacactcaagacaaatgcaacagcccgcgaggtactcgttaatgcagacggttccatagagaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410431 cctgtattcaagcttctgcatccccatatgcgatacacactcaagacaaatgcaacagcccgcgaggtactcgttaatgcagacggttccatagagaaaa 35410332  T
Q  201 actacactcccgggagatactgtatgcaaattacgtgtgctgcctataaagattggtggcgatttgacatggaaggtcttcctgccgatcttaaaagaag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410331 actacactcccgggagatactgtatgcaaattacgtgtgctgcctataaagattggtggcggtttgacatggaaggtcttcctgccgatcttaaaagaag 35410232  T
Q  301 gtaaagaagatagtttccttcatcaaagttttctgtgcaatgagcttggttttacttgttctttcatttgttctttcactaagtgaagaagataagatct 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410231 gtaaagaagatagtttccttcatcaaagttttctgctcaatgagcttggttttacttgttctttcatttgttctttcactaagtgaagaagataagatct 35410132  T
Q  401 aactatttattctttcnnnnnnnncagaggtttggcggttccagatgccactcagccacatggcattagactacttattgaagattatccttatgcggct 500  Q
    ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410131 aactatttattctttc-tttttttcagaggtttggcggttccagatgccactcggccacatggcattagactacttattgaagattatccttatgcggct 35410033  T
Q  501 gatggactcctcatatggactagtatagagaagttggtcaggacctatgtgaaccattactacaaagatttgaatgccgtttcttctgacaatgaactcc 600  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35410032 gatggactcctcatatggtctagtatagagaagttggtcaggacctatgtgaaccattactacaaagatttgaatgccatttcttctgacaatgaactcc 35409933  T
Q  601 agtcctggtacaaagaattcatcaacatggggcaccctgatcataaaaatgctacctggtggcctaaactaaacacccctga 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35409932 agtcctggtacaaagaattcatcaacatggggcaccctgatcataaaaatgctacctggtggcctaaactaaacacccctga 35409851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University