View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14335_low_2 (Length: 841)

Name: NF14335_low_2
Description: NF14335
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14335_low_2
NF14335_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (20-834)||(1587539-1588347)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 690; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 690; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 1588347 - 1587539
Alignment:
Q  20 gaaggttcgttagatcgaatgatacactattcatacaaaatatatttttctcaaacatcgcctactcttgactnnnnnnncttcattgaattattgactc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  1588347 gaaggttcgttagatcgaatgatacactattcatacaaaatatatttttctcaaacatcgcctactcttgactaaaaaaacttcattgaattattgactc 1588248  T
Q  120 gttgttgaaccctcggtcgtgttcttcgccactttcgttaaaaatggtcttatcattcaatttctctactaaaaccccaattgttgttgtggtttcaatt 219  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1588247 gttgttgaaccttcggtcgtgttcttcgccactttcgttaaaaatggtcttatcattcaatttctctactaaaaccccaattgttgttgtggtttcaatt 1588148  T
Q  220 tcttctgtatttgctccctcttttttcattctctgcaagttgtgaccaaatttttatgcaacaaacattttaaaactgaaaaaagacatagcattgatga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1588147 tcttctgtatttgctccctcttttttcattctctgcaagttgtgaccaaatttgtatgcaacaaacattttaaaactgaaaaaagacatagcattgatga 1588048  T
Q  320 atatcgcaattacatagtaaagagaagagaatatgaggagaagatggaggatgatgagaaagaaatgagttttgaattgattaaatggtataattagatc 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1588047 atatcgcaattacatagtaaagagaagagaatatgaggagaagatggaggatgatgagaaagaaatgagttttgaattgattaaatggtaaaattagatc 1587948  T
Q  420 aagtagggtaagaaccttagtactcctaacataatactactaatattggcgtaggtcatcatnnnnnnnnnnnnnntacatcattagagatgatgcaaag 519  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||     
T  1587947 aagcagggtaagaaccttagtactcctaacataatactactaatattggcgtaggtcatcat------aaaaaaaatacatcattagagatgatgcaaat 1587854  T
Q  520 tttcactttcaacatcaaaccatggacaatttattccccttgtccatgatnnnnnnntttccttaaataaatgctactttatgtcttcaaaagtttgcaa 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1587853 tttcactttcaacatcaaaccatggacaatttattcctcttgtccatgataaaaaaaattccttaaataaatgctactttatgtcttcaaaagtttgcaa 1587754  T
Q  620 gttgtgtgagataattttgggtgcctcatagggctaatagaatctgagtgtgaactactatgccgaaaacatggggagtggcacgactacagtagataac 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1587753 gttgtgtgagataattttgggtgcctcatagggctaatagaatctgagtgtgaactactatgccgaaaacatggggagtggcacgactacagtagataac 1587654  T
Q  720 ctcagccagaataaaaaatgtcacccaatcagaatggttttgaaagggacaaaaagacagacaacacatccaattatatcagtgaaagagaatgttgact 819  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1587653 ctcagccagaataaaaaatgtcacccaatcagaatggttttgaaagggacaaaaagacagacaacacatccaattatatcagtgaatgagaatgttgact 1587554  T
Q  820 gaattagaataatct 834  Q
    ||||||||| |||||    
T  1587553 gaattagaagaatct 1587539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University