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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14336_high_5 (Length: 600)
Name: NF14336_high_5
Description: NF14336
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14336_high_5 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 1078833 - 1078265
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaactatgcataataatgacaatgacggaataaaattttgtctatatctacaataaccaattcagaacaagaacaagaaaattgcaactcacatgtt |
111 |
Q |
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| T |
1078833 |
atgaaactatgcataataatgacaatgacggaataaaattttgtctatatctacaataaccaattcagaacaagaacaagaaaattgcaactcacatgtt |
1078734 |
T |
|
| Q |
112 |
ttagggtcaaatacaaatccacatgttcccctcaaatgcgttaaattaaatagtagtagagatgaagacattttgtgcttgtttaacacactttcatgaa |
211 |
Q |
| |
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| T |
1078733 |
tcagggtcaaatacaaatccacatgttcccctcaaattcgttaaattaaatagtagtagagatgaagacattttgtgcttgtttaacacactttcatgaa |
1078634 |
T |
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| Q |
212 |
tcaacctggttctactaggcaataacatttgtgtctgtgattattgaaaaatgtctgtgattcaatgatttaataatttgaatgatgggtgatgcaacca |
311 |
Q |
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| T |
1078633 |
tcaacctggttctactaggcaacaacctttatgtctgtgattattgaaaaatgtctatgattcaatgatttaataatttgaatgatgggtgatgcaacca |
1078534 |
T |
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| Q |
312 |
ttccacagaagaaatacaacataaaagctacatgagaaagtaaataaactttcacttttatcgatgttaaaaaatggtattacacaattgtctataaata |
411 |
Q |
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| T |
1078533 |
ttccacagaagaaatacaacataaaagctacatgagaaagtaaataaactttcacttttatcgatgttaaaaaatggtattacacaattgtctataaata |
1078434 |
T |
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| Q |
412 |
agaatccctatatatgattacacatttttggctcatattcgtatcacaatacaagggaatactaccttcctaatctatcatcatagcctcatagataatt |
511 |
Q |
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| T |
1078433 |
agaatccctatatatgattacacatttttggctcatattcggatcacaatacaagtgaatactaccttcctaatctatcatcatagccttatagataatt |
1078334 |
T |
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| Q |
512 |
cctattaataaaatatatgacaaaacaattgcttgttaataagttagcatgagaacaactgcacagcct |
580 |
Q |
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|
| T |
1078333 |
cctattaataaaatatatgacaaaacaattgcttgttaataaattagcatgagaacaactgcacagcct |
1078265 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 84 - 576
Target Start/End: Original strand, 5707503 - 5708009
Alignment:
| Q |
84 |
agaacaagaaaattgcaactcacatgttttagggtcaaatacaaatccacatgttcccctcaaatgcgttaaattaaatagtagtagagatgaagacatt |
183 |
Q |
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| T |
5707503 |
agaaaaagaaaattgcagctcacatgtttcatggtcaaatacaaatccatatgt-cccctcaaatgcgttaaattaaatagtagtagatatgaagacatt |
5707601 |
T |
|
| Q |
184 |
ttgtgcttgtttaacacactttcatgaatcaacctggttctactaggcaataacatttgtgtctgtgattattgaaaaat----------gtctgtgatt |
273 |
Q |
| |
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| T |
5707602 |
ttgtgctagtttaacacactttcatgaatcaacgtggttctactaggcaataacatttgtgtctgtgattattggaaaattagcatttctgtttgtgatt |
5707701 |
T |
|
| Q |
274 |
caatgatttaataatttgaatgatg---ggtgatgcaaccattccacagaagaaatacaacataaaagctacatgagaaagtaaataaactttcactttt |
370 |
Q |
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|
| T |
5707702 |
caatgatttaataatttgaatgatgatggatgatgcaaccattccatagaagaaatacaacttaaaagctacatgagaaagtaaataaactttcactttt |
5707801 |
T |
|
| Q |
371 |
atcgatgttaaaaaatggtattacacaattgtctataaataagaatccctatatatgattacaca-tttttggctca-tattcgtatcacaatacaaggg |
468 |
Q |
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| T |
5707802 |
atcgatgttaaaaaatggtattacatattggtctataaataagaatccctatatatgattacacatttttttgctcattttttgtatcacaatacaatgg |
5707901 |
T |
|
| Q |
469 |
aatactaccttcctaatctatcatcatagcctcatagataattcctattaataaaatatatgacaaaacaattgcttgttaataagttagcatgagaaca |
568 |
Q |
| |
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|
| T |
5707902 |
aatactactttcctgatctatcatcacagccttataggtagtttctattaataaaatatatgacaaaacaattgcttgttaataaactagcatgagcaca |
5708001 |
T |
|
| Q |
569 |
actgcaca |
576 |
Q |
| |
|
||| |||| |
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| T |
5708002 |
actacaca |
5708009 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 84 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 2887918 - 2887414
Alignment:
| Q |
84 |
agaacaagaaaattgcaactcacatgttttagggtcaaatacaaatccacatgttcccctcaaatgcgttaaattaaatagtagtagagatgaagacatt |
183 |
Q |
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|
|
| T |
2887918 |
agaaaaagaaaattgcagctcacatgtttcatggtcaaatacaaatccatatgt-cccctcaaatgcgttaaattaaatagtagtagatatgaaga-att |
2887821 |
T |
|
| Q |
184 |
ttgtgcttgtttaacacactttcatgaatcaacctggttctactaggcaataacatttgtgtctgtgattattgaaaaat----------gtctgtgatt |
273 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||| |
|
|
| T |
2887820 |
ttgtgctagtttaacacactttcatgaatcaacgtggttctactaggcaataacatttgtc-ctgtgattattggaaaattagcatttctgtttgtgatt |
2887722 |
T |
|
| Q |
274 |
caatgatttaataatttgaatgatg---ggtgatgcaaccattccacagaagaaatacaacataaaagctacatgagaaagtaaataaactttcactttt |
370 |
Q |
| |
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|
| T |
2887721 |
caatgatttaataatttgaatgatgatggatgatgcaaccattccatagaagaaatacaacttaaaagctacatgagagagtaaataaactttcactttt |
2887622 |
T |
|
| Q |
371 |
atcgatgttaaaaaatggtattacacaattgtctataaataagaatccctatatatgattacacat-ttttggctca-tattcgtatcacaatacaaggg |
468 |
Q |
| |
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| T |
2887621 |
atcgatgttaaaatatggtattacatattggtctataaataagaatccctatatatgattacacatttttttgctcattttttgtatcacaatacaatgg |
2887522 |
T |
|
| Q |
469 |
aatactaccttcctaatctatcatcatagcctcatagataattcctattaataaaatatatgacaaaacaattgcttgttaataagttagcatgagaaca |
568 |
Q |
| |
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|||||||| ||||| ||||||||||| | || |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |
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| T |
2887521 |
aatactactttcctgatctatcatcacaatcttataggtagtttctattaataaaatatatgacaaaacaattgcttgttaataaactagcatgagcaca |
2887422 |
T |
|
| Q |
569 |
actgcaca |
576 |
Q |
| |
|
||| |||| |
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| T |
2887421 |
actacaca |
2887414 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 84 - 576
Target Start/End: Original strand, 16184130 - 16184634
Alignment:
| Q |
84 |
agaacaagaaaattgcaactcacatgttttagggtcaaatacaaatccacatgttcccctcaaatgcgttaaattaaatagtagtagagatgaagacatt |
183 |
Q |
| |
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|
| T |
16184130 |
agaaaaagaaaattgcagctcacatgtttcatggtcaaatacaaatccatatgt-cccctcaaatgcgttaaattaaatagtagtagatatgaaga-att |
16184227 |
T |
|
| Q |
184 |
ttgtgcttgtttaacacactttcatgaatcaacctggttctactaggcaataacatttgtgtctgtgattattgaaaaat----------gtctgtgatt |
273 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||| |
|
|
| T |
16184228 |
ttgtgctagtttaacacactttcatgaatcaacgtggttctactaggcaataacatttgtc-ctgtgattattggaaaattagcatttctgtttgtgatt |
16184326 |
T |
|
| Q |
274 |
caatgatttaataatttgaatgatg---ggtgatgcaaccattccacagaagaaatacaacataaaagctacatgagaaagtaaataaactttcactttt |
370 |
Q |
| |
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|
|
| T |
16184327 |
caatgatttaataatttgaatgatgatggatgatgcaaccattccatagaagaaatacaacttaaaagctacatgagagagtaaataaactttcactttt |
16184426 |
T |
|
| Q |
371 |
atcgatgttaaaaaatggtattacacaattgtctataaataagaatccctatatatgattacaca-tttttggctca-tattcgtatcacaatacaaggg |
468 |
Q |
| |
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||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | || |||||||||||||| || |
|
|
| T |
16184427 |
atcgatgttaaaatatggtattacatattggtctataaataagaatccctatatatgattacacatttttttgctcattttttgtatcacaatacaatgg |
16184526 |
T |
|
| Q |
469 |
aatactaccttcctaatctatcatcatagcctcatagataattcctattaataaaatatatgacaaaacaattgcttgttaataagttagcatgagaaca |
568 |
Q |
| |
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|||||||| ||||| ||||||||||| | || |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |
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| T |
16184527 |
aatactactttcctgatctatcatcacaatcttataggtagtttctattaataaaatatatgacaaaacaattgcttgttaataaactagcatgagcaca |
16184626 |
T |
|
| Q |
569 |
actgcaca |
576 |
Q |
| |
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||| |||| |
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| T |
16184627 |
actacaca |
16184634 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 12 - 178
Target Start/End: Original strand, 28068475 - 28068634
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaactatgcataataatgacaatgacggaataaaattttgtctatatctacaataaccaattcagaacaagaacaagaaaattgcaactcacatgtt |
111 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
28068475 |
atgaaactatgcataataatgacaatgacagaatacaattttgtatatatctataataaccaaatcagaataaga------aaattgcagctcacatgtt |
28068568 |
T |
|
| Q |
112 |
ttagggtcaaatacaaatccacatgttcccctcaaatgcgttaaattaaatagtagtagagatgaag |
178 |
Q |
| |
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| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||| |
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|
| T |
28068569 |
tcagggttaaatacaaatccacatgttcccctcaaatgatttaaatt-aatagtagtacagaagaag |
28068634 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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