View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14336_low_10 (Length: 567)
Name: NF14336_low_10
Description: NF14336
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14336_low_10 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 511; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 7538015 - 7537476
Alignment:
| Q |
11 |
atgaagtagttgatgatataaattacttgccggttatcgggaggcttcaaactcacgatactcaaagttcataatgggattggcaaacgaagacttgtac |
110 |
Q |
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| T |
7538015 |
atgaagtagttgatgatataaattacttgccggttatcgggaggattcaaactcacgatactcaaagttcataatgggattggcaaacgaagacttgtac |
7537916 |
T |
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| Q |
111 |
cattttactatgtcaaaagattggttaaagagttatacttgagcatttgagtttttcttgtttttctctaaaacttccccaatgtgtatactcgttttca |
210 |
Q |
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|
| T |
7537915 |
cattttactatgtcaaaagattggttaaagagttatacttgagcatttgagtttttcttgtttttctctaaaacttccccaatgtgtatactcgttttca |
7537816 |
T |
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| Q |
211 |
ccatgggtgacgttacttccaacaatcaactgaaaaaccatcaaaattgatgaccagatgtcaaattgataagaagttattacaaattgattccacatag |
310 |
Q |
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| T |
7537815 |
ccatgggtgacgttactttcaacaatcaactgaaaaaccatcaaaattgatgaccagatgtcaaattgataagaagttattacaaattgattccacatag |
7537716 |
T |
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| Q |
311 |
tgatccattattgttgtcaatgaaattatttgtctcgagcgccattattgttgggtgaatatttaaagtgaaagtaaatgtatggcctcgagnnnnnnna |
410 |
Q |
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| T |
7537715 |
tgatccattattgttgtcaatgaaattatttgtctcgagcgccattattgttgggtgaatatttaaagtgaaagtaaatgtatggcctcgagttttttta |
7537616 |
T |
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| Q |
411 |
gagtttgtaacgtaaaccatgtcactactcgatctaattaaatgggttcttctccccctatggattggccaacgaagaggttttacattattttcttcac |
510 |
Q |
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| T |
7537615 |
gagtttgtaacgtaaaccatgtcactactcgatctaattaaatgggttcttctccccctatggattggccaacgaagaggttttacattattttcttcac |
7537516 |
T |
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| Q |
511 |
gcaatataatatatcaatgcattttttcgtcacacaatat |
550 |
Q |
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| T |
7537515 |
gcaatataatatatcaatgcattttttcgtcacacaatat |
7537476 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 442
Target Start/End: Original strand, 7530883 - 7531314
Alignment:
| Q |
11 |
atgaagtagttgatgatataaattacttgccggttatcgggaggcttcaaactcacgatactcaaagttcataatgggattggcaaacgaagacttgtac |
110 |
Q |
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| T |
7530883 |
atgaagtagttgatgatataaattacttgccggttatcgggaggattcaaactcacgatactcaaagttcataatgggattggcaaacgaagacttgtac |
7530982 |
T |
|
| Q |
111 |
cattttactatgtcaaaagattggttaaagagttatacttgagcatttgagtttttcttgtttttctctaaaacttccccaatgtgtatactcgttttca |
210 |
Q |
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| T |
7530983 |
cattttactatgtcaaaagattggttaaagagttatacttgagcatttgagtttttcttgtttttccctgaaacttccccaatgtgtatactcgttttca |
7531082 |
T |
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| Q |
211 |
ccatgggtgacgttacttccaacaatcaactgaaaaaccatcaaaattgatgaccagatgtcaaattgataagaagttattacaaattgattccacatag |
310 |
Q |
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| T |
7531083 |
ccatgggtgacgttactttcaacaatcagctgaaaaaccatcaaaattgatgaccagatgtctaattgataagaagttattacaaattgattccacatag |
7531182 |
T |
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| Q |
311 |
tgatccattattgttgtcaatgaaattatttgtctcgagcgccattattgttgggtgaatatttaaagtgaaagtaaatgtatggcctcgagnnnnnnna |
410 |
Q |
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| T |
7531183 |
tgatccattattgttgtcaacgcaattatttgtctcgagcgccattattgttgggtgaatattaaaagtgaaagtaaatgtatggcctcgagttttttta |
7531282 |
T |
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| Q |
411 |
gagtttgtaacgtaaaccatgtcactactcga |
442 |
Q |
| |
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| T |
7531283 |
gagtttgtaacgtaaaccatctcactattcga |
7531314 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 345 - 503
Target Start/End: Original strand, 7531311 - 7531469
Alignment:
| Q |
345 |
tcgagcgccattattgttgggtgaatatttaaagtgaaagtaaatgtatggcctcgagnnnnnnnagagtttgtaacgtaaaccatgtcactactcgatc |
444 |
Q |
| |
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| T |
7531311 |
tcgagcgccattattgttgggtgaatatttaaagtgaaagtaaatgtatggcctcgagtttttttagagtttgtaacgtaaaccatgtcactactcgatc |
7531410 |
T |
|
| Q |
445 |
taattaaatgggttcttctccccctatggattggccaacgaagaggttttacattattt |
503 |
Q |
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| T |
7531411 |
taattaaatgggttctcccccccctatggattggccaacgaagaggttttacatcattt |
7531469 |
T |
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