View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14338_low_1 (Length: 1167)

Name: NF14338_low_1
Description: NF14338
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14338_low_1
NF14338_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-1162)||(2730163-2731324)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 990; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 990; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1162
Target Start/End: Original strand, 2730163 - 2731324
Alignment:
Q  1 agacaactcataggtcttctccctctgctcaacttctctttcttgtgccagcttttgcactataattggcactgttgtcaacctaggaccccattcaccg 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  2730163 agacacctcataggtcttctccctctgctcaacttctctttcttgtgccagcttttgcactataattggcactgttgtcaacctaggaccccattcgccc 2730262  T
Q  101 ctcttttcctgatcatccagaaaattattttttctctcctttccatttgtacccaaattgtaaattgacctatcctctagtctacaccccctattctgaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2730263 ctcttttcctgatcatccagaaaattattttttccctccttcccatttgtacccaaattgtaaattgacctatcctctagtctacacccgctattctgaa 2730362  T
Q  201 cttgtaaagccatacctgacccatcgccatctaaactctcaccgaaaaaattatgagaacccgagtcaacccacatagcttcgccggaagccagagatga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  2730363 cttgtaaagccatacctgacccatcgccatctaaactctcatcgaaaaaattatgagaacccaagtcaacccacacagcttcgccggaagccacagatga 2730462  T
Q  301 accatcaccctcaatcgaactaccttcaccgttgttcctccgcccattcatccaccgtaaatcttcttccttcacccatatcttgtaccttttacctaca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2730463 accatcaccctcaatcgaactaccttcactgttgttcctccgcccattcatccaccgtaaatcttcttccttcacccatatcttgtaccttatacctaca 2730562  T
Q  401 attgaaatggtgaaagatccacctatcaaccccgttttaagagaaaaacactaggatctatgccacatctagatggttcctttgaattgtatcaccgtaa 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2730563 attgaaatggtgaaagatccacctattaaccccattttaagagaaaaacactaggatctatgccacatctagatggttcctttgaattgtatcactgtaa 2730662  T
Q  501 aatctatgaattcactgaactttgaatcaagaagcttgaagaacccttcctctcatgcatgaagggggattccaaacacttgaagccatactcttctcct 600  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2730663 aatctatgaattctctgaactttgaatcaagaaggttgaagaacccttcctctcatgcatgaagggggattccaaacacttgaagccatactcttctcct 2730762  T
Q  601 ccttgccactctctctcgagaccattttctgatatccttcaaatttgactcccacaatcttttgttcacataagagttatctagatcctccaacgcactc 700  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2730763 ccttgccactttctctcgagaccattttatgatatccttgaaatttgactcccacaatcttttgttcacataagagttctctagatcctccaacacactc 2730862  T
Q  701 tcacaaactgtaacttccatcaccgaaaataaattccccaccatctgaaactcaacatttgcagatgtgccaacacatcttttctctacaggattcctca 800  Q
    ||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  2730863 tcacaaaccataacttccatcatcgaaaataacttcccgaccgtctgaaactcaacatttgcagatgtaccaacacatcttttctccacaggattgctca 2730962  T
Q  801 taatttgcactttctcaaccctttcaaaacgtgccctattgatcttcggcttcctcccatcgaaccaaacatcccccagcctcttttcaagctcctcttc 900  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2730963 taatttgcagtttctcaaccctttcaaaacgtgccctattgatcttcggcttcctcccatcgaaccaaacatcccccagcctcttttcaagctcctcttc 2731062  T
Q  901 attgttcacctccttaaacatcacaaagtcatattttctccctcattgatccctcttttgagtaatatagactttccccacctcccatatttagcaaaaa 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2731063 attgttcacctccttaaacatcacaaaatcatattttctccctcattgatccctcttttgaggaatatagactttccccacctcccatatttagcaaaaa 2731162  T
Q  1001 gtttccataactcttatcatttttacctcatcctagaagttactgaagaagaaggggatggtaacctgatcaagattatgcacataccctttcctccttg 1100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  2731163 gtttccataactcttatcatttttacctcatcttaaaagttagtgaagaagaaggggatggtaacctgatcaagattattcacataacctttcctccttg 2731262  T
Q  1101 tcgggtgtgcatttctcgccttttaaaaaacccatatggaccccttttcccctatgcttctc 1162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||    
T  2731263 tcgggtgtgcatttctcgccttttaaaaaacccatatgggccccttttctcctttgtttctc 2731324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University