View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1433_low_21 (Length: 393)
Name: NF1433_low_21
Description: NF1433
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1433_low_21 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 16 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 27255441 - 27255085
Alignment:
| Q |
16 |
aaataactcatcttttactccagcacatatacgtagagatgtgaaaataggttgataaaatggatttggtttattaaatctaatgtgtaaaatgtcggaa |
115 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
27255441 |
aaataactcatcttttactccagcacatatacgtagagatgtgaaaataggttgataaaatggatttggtttattaaatctaatgtgtaaaatgtcggaa |
27255342 |
T |
|
| Q |
116 |
tataatgacatgtcaacaacctcaatccttaactctattattttctatttaagaannnnnnnncacattcctcacctctcactatgtgagtttgaactta |
215 |
Q |
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| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
27255341 |
t-----gacatgtcaacaacctcaatccttaactctattattttctatttaagaattttttta-acattcctcacctctcactatgtgagtttgaactta |
27255248 |
T |
|
| Q |
216 |
cttgtagacttttattaatatcaacctatatttcatattgttatcttcaatttcatatattgggaagaactttactccatgaataatcagaagttattta |
315 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
27255247 |
cttgtagacttttattaatatcaacctatatttcatattgttatcttcaatttcatatattgggaagaactttactccatgaataatcagaagttattta |
27255148 |
T |
|
| Q |
316 |
ttcttttaacgttttcacaaactaaatattcaagatattagcgcaatgcgcaagcttatatct |
378 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
27255147 |
ttcttttaacgttttcacaaactaaatattcaagatattagcgcaatgcgcaagcttatatct |
27255085 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 16 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 21199589 - 21199233
Alignment:
| Q |
16 |
aaataactcatcttttactccagcacatatacgtagagatgtgaaaataggttgataaaatggatttggtttattaaatctaatgtgtaaaatgtcggaa |
115 |
Q |
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| T |
21199589 |
aaataactcatcttttactccagcacatatacgtagagatgtgaaaataggttgataaaatggatttggtttattaaatctaatttgtaaaatgtcggaa |
21199490 |
T |
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| Q |
116 |
tataatgacatgtcaacaacctcaatccttaactctattattttctatttaagaannnnnnnncacattcctcacctctcactatgtgagtttgaactta |
215 |
Q |
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| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
21199489 |
t-----gacatgtcaacaacctcaatccttaactctattattttctatttaagaattttttt-cacattcctcacctctcactatgtgagtttgaactta |
21199396 |
T |
|
| Q |
216 |
cttgtagacttttattaatatcaacctatatttcatattgttatcttcaatttcatatattgggaagaactttactccatgaataatcagaagttattta |
315 |
Q |
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| T |
21199395 |
cttgtagacttttattaatatcaacctatatttcatattgttatcttcaatttcatatattgggaagaactttactccatgaataatcagaagttattta |
21199296 |
T |
|
| Q |
316 |
ttcttttaacgttttcacaaactaaatattcaagatattagcgcaatgcgcaagcttatatct |
378 |
Q |
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| T |
21199295 |
ttcttttaacgttttcacaaactaaatattcaagatattagcgcaatgcgcaagcttatatct |
21199233 |
T |
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