View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14349_low_48 (Length: 387)

Name: NF14349_low_48
Description: NF14349
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14349_low_48
NF14349_low_48
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (49-368)||(1608642-1608960)
chr7 (49-368)||(19632732-19633053)
chr7 (57-368)||(2187860-2188172)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (57-368)||(29822632-29822945)
chr8 (86-338)||(7093977-7094230)
chr8 (86-338)||(7097710-7097963)
chr8 (108-322)||(453952-454166)
chr8 (102-199)||(45463000-45463097)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (57-368)||(41313763-41314075)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (49-368)||(37806329-37806650)
chr5 (89-364)||(37627223-37627499)
chr5 (146-359)||(14276136-14276344)
chr5 (62-354)||(33614493-33614785)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (102-368)||(19215544-19215818)
chr2 (262-368)||(19589454-19589560)
chr2 (108-164)||(19589281-19589337)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (117-364)||(11991946-11992192)
chr4 (62-132)||(637728-637798)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (108-369)||(8377591-8377855)
chr3 (109-284)||(5187393-5187569)
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (215-294)||(58841-58920)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 49 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 1608960 - 1608642
Alignment:
Q  49 caagtgta-attcagtggagcaaagaccacgagtagatatcttaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccatttcttattttatata 147  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1608960 caagtgtagattcagtggagcaaagaccatgagtagaaatattaatagctgctatattgctaaggtaaggaaaagggcgctccattttttattttatata 1608861  T
Q  148 tgtatttactggttgattaaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgtgccatgcttatatactatgtgaacttgatcttgtactacttggttgtg 247  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||    
T  1608860 tgtatttactggttgtttaaaggatgatgtttttaacatgtttatgtattgtatcatgcttacatactatgtgaatttgattttgtattgcttggttgtg 1608761  T
Q  248 agtataacttgttgttttcatgcctgaattgtggtcttgcatattttcttagtcgaagttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggtggttaagac 347  Q
    |||||||||||  | || | ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  1608760 agtataacttgccg-ttccttgcctggtttgtggtcttgcatattttgttagtcggagttactgtc-gtgtaatcaatgtctctagcaggtggttaagac 1608663  T
Q  348 aatgattgatttagtcggata 368  Q
    ||||||| |||||||||||||    
T  1608662 aatgattaatttagtcggata 1608642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 49 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 19633053 - 19632732
Alignment:
Q  49 caagtgta-attcagtggagcaaagaccacgagtagatatcttaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccatttcttattttatata 147  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19633053 caagtgtagattcagtggagcaaagaccatgagtataaatattaatagctgctatattgttaaggtaagggaaagggcgctccattttttattttatata 19632954  T
Q  148 tgtatttactgg--ttgattaaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgtgccatgcttatatactatgtgaacttgatcttgtactacttggttg 245  Q
    |||||||||| |  ||  ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||    
T  19632953 tgtatttacttgttttttttaaaggatgatgtttttaacatgtttatatattgtatcatgcttacatactatgtgaacttgattttgtattgcttcgttg 19632854  T
Q  246 tgagtataacttgttgttttcatgcctgaattgtggtcttgcatattttcttagtcgaagttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggtggttaag 345  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| | |||  |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  19632853 tgagtataacttgttg-tttcatgcttggattgaggtcttgcatattttgttagtcaacgttactgtcggtgtaatcaatgtctctagcaggtggttaag 19632755  T
Q  346 acaatgattgatttagtcggata 368  Q
    ||||||||| |||||||||||||    
T  19632754 acaatgattaatttagtcggata 19632732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 57 - 368
Target Start/End: Original strand, 2187860 - 2188172
Alignment:
Q  57 attcagtggagcaaagaccacgagtagatatcttaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccatttcttattttatatatgtatttac 156  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2187860 attcagtggagcaaagaccatgagtagaaatattaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccattttttattttatatatgtatttac 2187959  T
Q  157 tggttgatt--aaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgtgccatgcttatatactatgtgaacttgatcttgtactacttggttgtgagtataa 254  Q
    | |||  ||  ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||    
T  2187960 ttgtttttttaaaagggtgatgtttttaacatgtttatgtattgtatcatgcttacatactatgtgaacttgattttgtattgattggttgtgagtataa 2188059  T
Q  255 cttgttgttttcatgcctgaattgtggtcttgcatattttcttagtcgaagttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggtggttaagacaatgatt 354  Q
    ||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||   |||  |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2188060 cttgttg-tttcatgcttggattgaggtcttgcatattttgttagtcagcgttactgtcggtgtaatcaatgtctctagcaggtggttaagacaatgatt 2188158  T
Q  355 gatttagtcggata 368  Q
     ||| |||||||||    
T  2188159 aattaagtcggata 2188172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 57 - 368
Target Start/End: Original strand, 29822632 - 29822945
Alignment:
Q  57 attcagtggagcaaagaccacgagtagatatcttaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctcca-tttcttattttatatatgtattta 155  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  29822632 attcagtggagcaaataccacgagttgaaatcttaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccatttttttattttatatatgtattta 29822731  T
Q  156 ctggttgatt--aaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgtgccatgcttatatactatgtgaacttgatcttgtactacttggttgtgagtata 253  Q
    || |||  ||  ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||     
T  29822732 cttgtttttttaaaaggatggtgtttttaacatgtttatgtattgtatcatgcttacatactatgtgaacttgattttgtattgcttggttgtgagtatg 29822831  T
Q  254 acttgttgttttcatgcctgaattgtggtcttgcatattttcttagtcgaagttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggtggttaagacaatgat 353  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  29822832 acttgttg-tttcatgcttggattgtggtcttgcatattttgttagtcggagttactgtcggtgtaatcaatgtctctagcaggtggttaagaccatgat 29822930  T
Q  354 tgatttagtcggata 368  Q
    | |||||||| ||||    
T  29822931 taatttagtcagata 29822945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 86 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 7094230 - 7093977
Alignment:
Q  86 atcttaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccatttctt-attttatatatgtatttactggttgatt---aaatgatgatgttttt 181  Q
    ||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||  ||   ||| ||||||||||||    
T  7094230 atcttaagagctgctat--tgttaaggtaagggaaagggcgctccatttttttattttatatatgtatttacttgttttttttaaaaggatgatgttttt 7094133  T
Q  182 aacatgtttatgtgttgtgccatgcttatatactatgtgaacttgatcttgtactacttggttgtgagtataacttgttgttttcatgcctgaattgtgg 281  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||    
T  7094132 aacatgtttatgtattgtatcatgcttacatactaggtgaacttgattttgtattgcttggttgtgagtataaattgttg-tttcatgcctggattgagg 7094034  T
Q  282 tcttgcatattttcttagtcgaagttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggt 338  Q
    ||||||||||||| ||||||   |||  |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  7094033 tcttgcatattttgttagtcagcgttactgtcggtgtaatcaatgtctctagcaggt 7093977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 86 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 7097963 - 7097710
Alignment:
Q  86 atcttaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccatttctt-attttatatatgtatttactggttgatt---aaatgatgatgttttt 181  Q
    ||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||  ||   ||| ||||||||||||    
T  7097963 atcttaagagctgctat--tgttaaggtaagggaaagggcgctccatttttttattttatatatgtatttacttgttttttttaaaaggatgatgttttt 7097866  T
Q  182 aacatgtttatgtgttgtgccatgcttatatactatgtgaacttgatcttgtactacttggttgtgagtataacttgttgttttcatgcctgaattgtgg 281  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||    
T  7097865 aacatgtttatgtattgtatcatgcttacatactaggtgaacttgattttgtattgcttggttgtgagtataaattgttg-tttcatgcctggattgagg 7097767  T
Q  282 tcttgcatattttcttagtcgaagttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggt 338  Q
    ||||||||||||| ||||||   |||  |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  7097766 tcttgcatattttgttagtcagcgttactgtcggtgtaatcaatgtctctagcaggt 7097710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 108 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 454166 - 453952
Alignment:
Q  108 taaggtaagggaaagggcgctccatttctt-attttatatatgtatttactggttgattaaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgtgccatgc 206  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |  ||| || |||    
T  454166 taaggtacgggaaagggcgctccatttttttattttatatatgtagttacttgttgttaaaatgatgatgtttt-aacatgtttatatagtgtaccctgc 454068  T
Q  207 ttatatactatgtgaacttgatcttgtactacttggttgtgagtataacttgttgttttcatgcctgaattgtggtcttgcatattttcttagtcgaagt 306  Q
    ||  |||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||     
T  454067 tttcatactatgtgaacttgcttttgtattgcttggttgtgaatataacttgttgttttcatgtatgaattgtggtcttgcatattttgtaagtcggagc 453968  T
Q  307 tgttgtcggtgtaatc 322  Q
    | ||||||||||||||    
T  453967 tattgtcggtgtaatc 453952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 102 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 45463097 - 45463000
Alignment:
Q  102 tattgctaaggtaagggaaagggcgctccatttcttattttatatatgtatttactggttgattaaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgt 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| || |  ||| | | ||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  45463097 tattgctaaggtaagggaaagggcgctccattatttattttatatatatatctatttattgttaacatgataatgctttgaacatgtttatttgttgt 45463000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 57 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 41314075 - 41313763
Alignment:
Q  57 attcagtggagcaaagaccacgagtagatatcttaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccatttctt--attttatatatgtattt 154  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||| ||    
T  41314075 attccgtggagcaaagaccatgagtagaaatattaatagctgctatattgctaaggtaagggaaatggcgctccattttttctattttatatatgtagtt 41313976  T
Q  155 actggttgattaaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgtgccatgcttatatactatgtgaacttgatcttgtactacttggttgtgagtataa 254  Q
    ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  41313975 acttgttgttaaaatgatgatgtttttaacatgtttaagtattttaccatgcttacatactatgtgaacttgattttgtattgcttggttgtgagtataa 41313876  T
Q  255 cttgttgttttcatgcctgaattgtggtcttgcatattttcttagtcgaagttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggtggttaagacaatgatt 354  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||    |||  ||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41313875 cttgttg-tttcatgcctggattgaggtcttgcatattttgttagttagcgttactgttggtgtaatcaatgtctctagcaggtggttaagacaatgatt 41313777  T
Q  355 gatttagtcggata 368  Q
     |||||||||||||    
T  41313776 aatttagtcggata 41313763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 49 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 37806650 - 37806329
Alignment:
Q  49 caagtgta-attcagtggagcaaagaccacgagtagatatcttaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccatttctt-attttatat 146  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  37806650 caagtgtagattcagtggagcaaagaccatgagtagaaatattaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccatttttttattttatat 37806551  T
Q  147 atgtatttactggttgatt----aaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgtgccatgcttatatactatgtgaacttgatcttgtactacttgg 242  Q
    ||||||||||| |||  ||    ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |    
T  37806550 atgtatttacttgtttttttttaaaaggatgatgtttttgacatgtttatgtattgtatcatgcttacatactatgtgaacttgattttgtattgctttg 37806451  T
Q  243 ttgtgagtataacttgttgttttcatgcctgaattgtggtcttgcatattttcttagtcgaagttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggtggtt 342  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||   |||  |||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  37806450 ttgtgagtataacttgtt-atttcatgcctggattgaggtcttgcatattttgttagtc---gttactgtcggtgtaatcaatgtctctagcaggtggtt 37806355  T
Q  343 aagacaatgattgatttagtcggata 368  Q
    |||||||||||| |||||||||||||    
T  37806354 aagacaatgattaatttagtcggata 37806329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 89 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 37627499 - 37627223
Alignment:
Q  89 ttaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccatttcttattttatatatgtatttactggttgatt--aaatgatgatgtttttaacat 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  ||  ||| |||||||||||||||||    
T  37627499 ttaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccattttttattttatatatgtatttacttgtttttttaaaaggatgatgtttttaacat 37627400  T
Q  187 gtttatgtgttgtgccatgcttatatactatgtgaacttgatcttgtactacttggttgtgagtataacttgttgttttcatgcctgaattgtggtcttg 286  Q
    |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||| ||||| |    
T  37627399 gtttatgtattgtatcatgcttacatactatgtgaacttgattttatattgcttggttgtgagtataaattgttg-tttcatgccttgattgaggtctag 37627301  T
Q  287 catattttcttagtcgaagttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggtggttaagacaatgattgatttagtcg 364  Q
    |||||||| ||||||    ||  |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37627300 catattttgttagtcagcattcctgtcggtgtaatcaatgtctctagcaggtggttaagacaatgattaatttagtcg 37627223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 146 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 14276344 - 14276136
Alignment:
Q  146 tatgtatttactggttgattaaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgtgccatgcttatatactatgtgaacttgatcttgtactacttggttg 245  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| | |||||    |||| ||    
T  14276344 tatgtatttacttgttgttaaaatgatgatgtttttaacatgtttatgtattgtaccatgcttacatactatgtgaacttgcttttgta----ttggctg 14276249  T
Q  246 tgagtataacttgttgttttcatgcctgaattgtggtcttgcatattttcttagtcgaagttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggtggttaag 345  Q
    |||| |||| |||||||||||||  |||||||| || |||||||| ||| | ||||  |||| |||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||    
T  14276248 tgagcataatttgttgttttcatatctgaattgcggacttgcata-tttgtaagtcagagttattgtcgatgtaatctgtgtctctggcaggtggttaag 14276150  T
Q  346 acaatgattgattt 359  Q
    ||||||||| ||||    
T  14276149 acaatgattaattt 14276136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 62 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 33614785 - 33614493
Alignment:
Q  62 gtggagcaaagaccacgagtagatatcttaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccatttcttattttatatatgtatttactggtt 161  Q
    ||||||||||||||| | || || |||||||||||  |||| | |||||||||||| ||||||| |||||||  ||||||| ||||| ||| |||| |||    
T  33614785 gtggagcaaagaccatgggttgaaatcttaatagcgactatct-gctaaggtaaggaaaagggcactccattatttattttttatatatatctacttgtt 33614687  T
Q  162 gattaaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgtgccatgctt-atatactatgtgaacttgatcttgtactacttggttgtgagtataacttgtt 260  Q
    ||| | ||||| ||||||| | | |||||||||  |||   ||  |  |  |||||| |||||||||| ||||| |  |||||||||||||||| |||||    
T  33614686 gataacatgattatgttttgagcttgtttatgtaatgtattatagtgcacgtactatatgaacttgattttgtattgtttggttgtgagtataatttgtt 33614587  T
Q  261 gttttcatgcctgaattgtggtcttgcatattttcttagtcgaagttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggtggttaagacaatgatt 354  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| || |||| ||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  33614586 gtttttatgcgtgaattgtggtcttgcatattttgtaagtcgaaattattgttggtgtaatttgtgtctctcgtatgtggttaagacaatgatt 33614493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 102 - 368
Target Start/End: Original strand, 19215544 - 19215818
Alignment:
Q  102 tattgctaaggtaagggaaagggcgctccatttct-tattttatatatgtatttactggttgattaaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgtg 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||     
T  19215544 tattgttaaggtaagggaaagggcgctccatttttctattttatatatgtatttacttgttgttaaaatgatgatgtttttaacatgtttaagtattgta 19215643  T
Q  201 ccatgcttatatactat-------gtgaacttgatcttgtactacttggttgtgagtataacttgttgttttcatgcctgaattgtggtcttgcatattt 293  Q
    ||||||||| |||||||       ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19215644 ccatgcttacatactatgtgctatgtgaacttgattttgtattgcttggttgtgagtataacttgttgttttcatgtctgaattgtggtcttgcatattt 19215743  T
Q  294 tcttagtcgaagttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggtggttaagacaatgattgatttagtcggata 368  Q
    | | |||||   ||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  19215744 tgtaagtcggtattactatcggtgtaatcagtgtctctagcaggtggttaagataatgattaatttagtcggata 19215818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 368
Target Start/End: Original strand, 19589454 - 19589560
Alignment:
Q  262 ttttcatgcctgaattgtggtcttgcatattttcttagtcgaagttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggtggttaagacaatgattgatttag 361  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |  |||||| || |||| | ||||||| ||||||||||  ||||||||  ||||  ||| ||||||    
T  19589454 ttttcatgcttcaattgtggtcttgcatattttgtatgtcgaaattattgttgatgtaatctgtgtctctagatggtggttagaacaaccattaatttag 19589553  T
Q  362 tcggata 368  Q
    | |||||    
T  19589554 ttggata 19589560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 108 - 164
Target Start/End: Original strand, 19589281 - 19589337
Alignment:
Q  108 taaggtaagggaaagggcgctccatttcttattttatatatgtatttactggttgat 164  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  19589281 taaggtaaggaaaatggcgctccattatttattttttatatgtatctacttgttgat 19589337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 121; Significance: 7e-62; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 117 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 11992192 - 11991946
Alignment:
Q  117 ggaaagggcgctccatttcttattttatatatgtatttactggttgattaaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgtgccatgcttatatacta 216  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||| || ||||||    
T  11992192 ggaaagggcgctccattttttattttatatatgtatttacttgttg-ttaaaagataatgtttttaacatatttatgtattgtaccatgcatacatacta 11992094  T
Q  217 tgtgaacttgatcttgtactacttggttgtgagtataacttgttgttttcatgcctgaattgtggtcttgcatattttcttagtcgaagttgttgtcggt 316  Q
    || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||  |||| ||||||||    
T  11992093 tg-gaacttgattttgtattgcttggctgtgagtataattcgttgttttcatgtctgaattgcggtcttgcatattttgtaagtccgagttattgtcggt 11991995  T
Q  317 gtaatcagtgtctctagtaggtgg-ttaagacaatgattgatttagtcg 364  Q
    |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  11991994 gtaatccgtgtctctagcaggtggtttaagacaatgattaatttggtcg 11991946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 62 - 132
Target Start/End: Original strand, 637728 - 637798
Alignment:
Q  62 gtggagcaaagaccacgagtagatatcttaatagctgctatattgctaaggtaagggaaagggcgctccat 132  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||   ||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  637728 gtggagcaaagaccacgagttgaaatcttaacagctgctgctttgttaaggtaagggaaagtgcgctccat 637798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 108 - 369
Target Start/End: Original strand, 8377591 - 8377855
Alignment:
Q  108 taaggtaagggaaagggcgctccatttctt-attttatatatgtatttactggttg--attaaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgtgccat 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||   || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||    
T  8377591 taaggtaagggaaagggcgctccatttttttattttatatatgtatttacttgtttttataaaaggatgatgtttttaacatgtttatgtattgtatcat 8377690  T
Q  205 gcttatatactatgtg-aacttgatcttgtactacttggttgtgagtataacttgttgttttcatgcctgaattgtggtcttgcatattttcttagtcga 303  Q
    |||||| |  |  ||  || ||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||      
T  8377691 gcttattttgttagtataaattgattttgtattgcttggttgtgagtataaattgttgttt-catgcctggattgaggtcttgcatattttgttagtcag 8377789  T
Q  304 agttgttgtcggtgtaatcagtgtctctagtaggtggttaagacaatgattgatttagtcggatat 369  Q
     |||  |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  8377790 cgttactgtcggtgtaatcaatgtctctagcaggtggttaagacagtgattaatttagtcggatat 8377855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 109 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 5187569 - 5187393
Alignment:
Q  109 aaggtaagggaaagggcgctccatttctt-attttatatatgtatttactggttgattaaatgatgatgtttttaacatgtttatgtgttgtgccatgct 207  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||  ||||||    
T  5187569 aaggtaagggaaaggtcgctccatttttttattttatatatgtatttacttgttgttaaaatgatgacgtttttgtcatgtttatgtattgtaacatgct 5187470  T
Q  208 tatatactatgtgaacttgatcttgtactacttggttgtgagtataacttgttgttttcatgcctgaattgtggtct 284  Q
    ||  ||||| ||||||||| | ||| | | ||||||||||||||||| || || |||||||||||| ||||| ||||    
T  5187469 tacttactacgtgaacttgcttttggattgcttggttgtgagtataattttttattttcatgcctggattgtagtct 5187393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 215 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 58920 - 58841
Alignment:
Q  215 tatgtgaacttgatcttgtactacttggttgtgagtataacttgttgttttcatgcctgaattgtggtcttgcatatttt 294  Q
    |||||||||||| | ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  58920 tatgtgaacttgcttttgtattgcttggttgtgaatataacttgttgttttcatgcatgaattgtggtcttgcatatttt 58841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University