View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14355_high_1 (Length: 876)

Name: NF14355_high_1
Description: NF14355
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14355_high_1
NF14355_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-858)||(39920175-39921037)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 773; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 773; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 858
Target Start/End: Complemental strand, 39921037 - 39920175
Alignment:
Q  1 aggcagtgaatgaagaaatttgtcgctctccttctcttaatattttcttaggaggttcgtgcacgtccaagcagaggttattccgtttccgagatgccca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39921037 aggcagtgaatgaagaaatttgtcactctccttctcttaatattttcttaggaggtttgtgcacgtccaagcagaggttattccgtttccgagatgccca 39920938  T
Q  101 cccctaacaattccaggagggtcatataaaaggctgcttgtattgctgtctttataaacgatcataaattataatagtcatacct---taatgtatgtaa 197  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  39920937 cccctaacaattcgaggagggtcatataaaaggctgcttgtattgctgtctttataaacgatcataaattataatagtcatacctggttaatgtatgtaa 39920838  T
Q  198 gagggagaaagacaccaaattttaatatgaatcagtaaagtcctgtcannnnnnnnnnn--caacactaattgactgtctctttgctaaagctattttat 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39920837 gagggagaaagacaccaaattttaatatgaatcagtaaagtcctgtcatttttttttttttcaacactaattgactgtctctttgctaaagctattttat 39920738  T
Q  296 gttggattacagagtagtcatgtagacactcatttttccccctcttctcattgtatcttgccatggtctatcgtttgttgcagtgatcttcatcttgtcc 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39920737 gttggattacagagtagtcatgtagacactcatttttccccctcttctcattgtatcttgccatggtctatcgtttgttgcagtgatcttcatcttgtcc 39920638  T
Q  396 aaacagtggttaagcaatgggttgagtggaatgtttgaccactcacagttggttgaaggaacttggtcatgggcatttgaagcattgtgtttttcctgtg 495  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39920637 aaacagtggttaaacaatgggttgagtggaatgtttgaccactcgcagttggttgaaggaacttggtcatgggcatttgaagcattgtgtttttcctgtg 39920538  T
Q  496 gttacttcgcatatgatcagtgggatatgcttcattaccgtttatatagtggttggatcccttctatccttctgcatcatctcgttctccttatttgctt 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39920537 gttacttcgcatatgatcagtgggatatgcttcattaccgtttatatagtggttggatcccttctatccttctgcatcatctcgttctccttatctgctt 39920438  T
Q  596 cactcttgctttgtatcgaaacatcaccatcaactaccttattctcacgctaatctgtgaggtaaacataaaatcttcttccttgttctattttatgata 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39920437 cactcttgctttgtatcgaaacatcaccatcaactaccttattctcacgctaatctgtgaggtaaacataaaatcttcttccttgttctattttatgata 39920338  T
Q  696 tgtttgcttaaaacaaactatagtatcagaactaagatgtcccttctccctttgaatgcgtgtatgtatatgttgtttgtttgtgcgtctgtgttgttaa 795  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39920337 tgtttgctcaaaacaaactatagtatcagaactaagaggtcccttctccctttgaatgcgtgtatgtatatgttgtttgtttgtgcgtctgtgttgttaa 39920238  T
Q  796 tcactgctgcataatgcttagtagtttttgttgagaatttcaactaaatccgacttctctgtg 858  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39920237 tcactgctgcataatgcttagtagtttttgttgagaatttcaactaaatccgacttctctgtg 39920175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University