View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14355_low_2 (Length: 635)

Name: NF14355_low_2
Description: NF14355
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14355_low_2
NF14355_low_2
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (1-632)||(11540259-11540890)
chr6 (1-632)||(34599352-34599983)
chr6 (1-594)||(34625924-34626517)
chr6 (1-587)||(34756034-34756620)
chr6 (1-485)||(34739602-34740086)
chr6 (595-632)||(34755951-34755988)
chr6 (595-632)||(34625848-34625885)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 596; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 596; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 11540890 - 11540259
Alignment:
Q  1 aacagggtcttccatccttgcttttgagcaatcaaaaccatggatctcatagtccctttcaattcggcttcttcagatgccgcaaggttttgaacctaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11540890 aacagggtcttccatccttgcttttgagcaatcaaaaccatggatctcatagtccctttcaattcggcttcttcagatgccgcaaggttttgaacctaaa 11540791  T
Q  101 caggttaactttgtatcatgttactcaatatccatctataatttccagccgaccaaataaagcacgttacctgcatttgcctcctgacaacttcaagagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  11540790 caggttaactttgtatcatgttactcaatatccatctataatttccagccgaccaaataaagcacgttacctgcatttgcctcctgacaacttcaagatt 11540691  T
Q  201 atatgtgaatgtctgacccaataaaccggccacggatccacatgtcagtttcgccatgatgcttttcttgtaatcctcagggacgtggcgcttcatttcc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11540690 atatgtgaatgtctgacccaataaaccggccacggatccacatgtcagtttcgccatgatgcttttcttgtaatcctcagggacgtggcgcttcatttcc 11540591  T
Q  301 tcatagaagtagaatttaaaacccgcgtatgggaatattccaaagagtgtcggagctgtggccatgattaaaataagagttctacaataacaacacagca 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11540590 tcatagaagtagaattttaaacccgcgtatgggaatattccaaagagtgtcggagctgtggccatgattaatataagagttctacaataacaacacagca 11540491  T
Q  401 gtgaaatacaatactgctgctgaattaatagttccaaacacaagcagaattaaatgcatacctactcccctatagagacctctaatgccaccccctttat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11540490 gtgaaatacaatactgctgctgaattaatagttccaaacacaagcagatttaaatgcatacctactcccctatagagacctctaatgccaccctctttat 11540391  T
Q  501 aagtttttgaaagacagtcacggatccctcgataaacttgttcattatttaccatcccggaaacatttaacttggttggactaacaatctgcagatcaca 600  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11540390 atgtttttgaaagacagtcatggatccctcgataaacttgttcattatttaccatcccggaaacattcaacttggttggactaacaatctgcagatcaca 11540291  T
Q  601 aaatacaaccaaagtcatggatgaaaactgat 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11540290 aaatacaaccaaagtcatggatgaaaactgat 11540259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 34599983 - 34599352
Alignment:
Q  1 aacagggtcttccatccttgcttttgagcaatcaaaaccatggatctcatagtccctttcaattcggcttcttcagatgccgcaaggttttgaacctaaa 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  34599983 aacagggtcttccagccttgcttttgagcaatcaaaaccatggatctcatagtgcctttcaattcggcttcttcagatgccgcaaggttttgaacctaga 34599884  T
Q  101 caggttaactttgtatcatgttactcaatatccatctataatttccagccgaccaaataaagcacgttacctgcatttgcctcctgacaacttcaagagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34599883 caggttaactttgtatcatgttactcaatatccatctataatttccagccgaccaaataaagcacgttacctgcatttgcctcctgacaacttcaagagg 34599784  T
Q  201 atatgtgaatgtctgacccaataaaccggccacggatccacatgtcagtttcgccatgatgcttttcttgtaatcctcagggacgtggcgcttcatttcc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34599783 atatgtgaatgtctgacccaataaaccggccacggatccacatgtcagtttcgccatgatgcttttcttgtaatcctcagggacgcggcgcttcatttcc 34599684  T
Q  301 tcatagaagtagaatttaaaacccgcgtatgggaatattccaaagagtgtcggagctgtggccatgattaaaataagagttctacaataacaacacagca 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34599683 tcatagaagtagaatttcaaacccgcgtatgggaatattccaaagagtgtcggagctgtggccatgattaacataagagttctacaataacaacacagca 34599584  T
Q  401 gtgaaatacaatactgctgctgaattaatagttccaaacacaagcagaattaaatgcatacctactcccctatagagacctctaatgccaccccctttat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34599583 gtgaaatacaatactgctgctgaattaatagttccaaacacaagcagatttaaatgcatacctactcccctatagagacctctaatgccaccctctttat 34599484  T
Q  501 aagtttttgaaagacagtcacggatccctcgataaacttgttcattatttaccatcccggaaacatttaacttggttggactaacaatctgcagatcaca 600  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34599483 aggtttttgaaagacagtcacggatccctcgataaacttgttcattatttaccatcccggaaacattcaacttggttggactaacaatctgcagatcaca 34599384  T
Q  601 aaatacaaccaaagtcatggatgaaaactgat 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34599383 aaatacaaccaaagtcatggatgaaaactgat 34599352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 34626517 - 34625924
Alignment:
Q  1 aacagggtcttccatccttgcttttgagcaatcaaaaccatggatctcatagtccctttcaattcggcttcttcagatgccgcaaggttttgaacctaaa 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |    
T  34626517 aacagggtcttccagccttgcttttgagcaatcaaaaccatggatctcatagtccctttcaactcggcttcttcagatgctggaaggttttgaacctaga 34626418  T
Q  101 caggttaactttgtatcatgttactcaatatccatctataatttccagccgaccaaataaagcacgttacctgcatttgcctcctgacaacttcaagagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  34626417 caggttaactttgtatcatgttactcaatatccatctataatttccagccgaccaaataaagcacgttacctgcatttgcctcctgacaacttcaagaaa 34626318  T
Q  201 atatgtgaatgtctgacccaataaaccggccacggatccacatgtcagtttcgccatgatgcttttcttgtaatcctcagggacgtggcgcttcatttcc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34626317 atatgtgaatgtctgacccaataaaccggccacggatccacatgtcagtttcgccatgatgcttttcttgtagtcctcagggacgtggcgcttcatttcc 34626218  T
Q  301 tcatagaagtagaatttaaaacccgcgtatgggaatattccaaagagtgtcggagctgtggccatgattaaaataagagttctacaataacaacacagca 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34626217 tcatagaagtagaatttcaaaccggcgtatgggaatattccaaagagtgtcggagctgtggccatgattaacataagagttctgcaataacaacacagca 34626118  T
Q  401 gtgaaatacaatactgctgctgaattaatagttccaaacacaagcagaattaaatgcatacctactcccctatagagacctctaatgccaccccctttat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  34626117 gtgaaatacaatactgctgctgaattaacagttgcaaacacaagcagatttaaatgcatacctactcccctatagatacctttaatgccaccctctttat 34626018  T
Q  501 aagtttttgaaagacagtcacggatccctcgataaacttgttcattatttaccatcccggaaacatttaacttggttggactaacaatctgcag 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  34626017 aagtttttgaaagacagtcacggatccctctataaacttgttcgttatttaccatccccgacacattcaacttggttggactaacaacctgcag 34625924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 34756620 - 34756034
Alignment:
Q  1 aacagggtcttccatccttgcttttgagcaatcaaaaccatggatctcatagtccctttcaattcggcttcttcagatgccgcaaggttttgaacctaaa 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  34756620 aacagggtcttccagccttgcttttgagcaatcaaaaccatggatctcatagtccctttcaactcggcttcttcagatgccgtaaggttttgaacctaga 34756521  T
Q  101 caggttaactttgtatcatgttactcaatatccatctataatttccagccgaccaaataaagcacgttacctgcatttgcctcctgacaacttcaagagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  34756520 caggttaactttgtatcatgttactcaatatccatctataatttccagccgaccaaataaagcacgttacctgcatttgcctcctgacaacttcaagaaa 34756421  T
Q  201 atatgtgaatgtctgacccaataaaccggccacggatccacatgtcagtttcgccatgatgcttttcttgtaatcctcagggacgtggcgcttcatttcc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34756420 atatgtgaatgtctgacccaataaaccggccacggatccacatgtcagtttcgccatgatgcttttcttgtaatcctcagggacgtggcgcttcatttcc 34756321  T
Q  301 tcatagaagtagaatttaaaacccgcgtatgggaatattccaaagagtgtcggagctgtggccatgattaaaataagagttctacaataacaacacagca 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34756320 tcatagaagtagaatttcaaaccggcgtatgggaatattccgaagagtgtcggagctgtggccatgattaacataagagttctacaataacaacacagca 34756221  T
Q  401 gtgaaatacaatactgctgctgaattaatagttccaaacacaagcagaattaaatgcatacctactcccctatagagacctctaatgccaccccctttat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  34756220 gtgaaatacaatactgctgctgaattaacagttgcaaacacaagcagatttaaatgcatacctactcccctatagatacctttaatgccaccctctttat 34756121  T
Q  501 aagtttttgaaagacagtcacggatccctcgataaacttgttcattatttaccatcccggaaacatttaacttggttggactaacaa 587  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||    
T  34756120 aagtttttgaaagacagtcactgatccctctataaacttgttcgttatttaccatccccaacacattcaacttggttggactaacaa 34756034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 34740086 - 34739602
Alignment:
Q  1 aacagggtcttccatccttgcttttgagcaatcaaaaccatggatctcatagtccctttcaattcggcttcttcagatgccgcaaggttttgaacctaaa 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  34740086 aacagggtcttccagccttgcttttgagcaatcaaaaccatggatctcatagtccctttcaattcggcttcttcagatgccgcaaggttttgaacctagt 34739987  T
Q  101 caggttaactttgtatcatgttactcaatatccatctataatttccagccgaccaaataaagcacgttacctgcatttgcctcctgacaacttcaagagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34739986 caggttaactttgtatcatgttactaaatatccatctataatttccagccgaccaaataaagcacgttacctgcatttgcctcctgacaacttcaagagg 34739887  T
Q  201 atatgtgaatgtctgacccaataaaccggccacggatccacatgtcagtttcgccatgatgcttttcttgtaatcctcagggacgtggcgcttcatttcc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34739886 atatgtgaatgtctgacccaataaaccggccacggatccacatgtcagtttcgccatgatgcttttcttgtaatcctcagggacgtggcgcttcatttcc 34739787  T
Q  301 tcatagaagtagaatttaaaacccgcgtatgggaatattccaaagagtgtcggagctgtggccatgattaaaataagagttctacaataacaacacagca 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  34739786 tcatagaagtagaatttcaaacccgcgtatgggaatattccaaagagtgtcggagctgtggccatgattaacataaaagttctacaataacaacacagca 34739687  T
Q  401 gtgaaatacaatactgctgctgaattaatagttccaaacacaagcagaattaaatgcatacctactcccctatagagacctctaa 485  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34739686 gtgaaatacaatactgctgctgaattaacagttccaaacacaagcagatttaaatgcatacctactcccctatagagacctctaa 34739602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 595 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 34755988 - 34755951
Alignment:
Q  595 atcacaaaatacaaccaaagtcatggatgaaaactgat 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34755988 atcacaaaatacaaccaaagtcatggatgaaaactgat 34755951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 595 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 34625885 - 34625848
Alignment:
Q  595 atcacaaaatacaaccaaagtcatggatgaaaactgat 632  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34625885 atcacaaaatacatccaaagtcatggatgaaaactgat 34625848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University