View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14357_low_1 (Length: 1210)

Name: NF14357_low_1
Description: NF14357
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14357_low_1
NF14357_low_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (19-1197)||(38609397-38610555)
chr3 (636-899)||(38605448-38605711)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 924; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 924; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1197
Target Start/End: Original strand, 38609397 - 38610555
Alignment:
Q  19 ttgaagtagcagaggatcctccacgactcacctgaccaagcccatgcccatttttgtggatctccgcatgtatttttgggccctgtgagacatgattagt 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609397 ttgaagtagcagatgatcctccatgactcacctgaccaagcccatgcccatttttgtggatctccgcatgtatttttgggccctgtgagacatgattagt 38609496  T
Q  119 gcattcataaatgtaaaaaaggtaatatgacaaacaagttacatacgatattcttggcaaacaagttacatacgatatttttgaaaaatacaaagaatca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609497 gcattcataaatgtaaaaaaggtatagtgacaaacaagttacatacgatatttttggcaaacaagttacatacgatatttttgaaaaatacaaagaatca 38609596  T
Q  219 acaaattaaagcagtttttcaaaaatgcatacgaagacaatatcaacctgtttgtgaaatttttcgtaaagttcctctaataaaacatataagcatgtga 318  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38609597 acaaattaaggcagtttttcaaaaatgcatacgaagacaatatcaacctgtttgtgaaatttttcgtaaagttcctctaataaaacatataagcatgcga 38609696  T
Q  319 ataaaggtaaacatcacaaaatcaattatcaatttatcatcatcctttctgaactnnnnnnnttcaaacaatgcagatgaatatcaatgacagataaatg 418  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38609697 ataaaggtaaacatcacaagaccaattatcaatttatcatcatcctttctgaactaaaaaaattcaaa-aatgcagatgaatatcaatgacaaataaatg 38609795  T
Q  419 agtaaaacaagttaataaaacaaatttttaagcctgggagtaaaggcaaacaccacatgaacaactatcaatttatcatgtgagctaaataaattccaac 518  Q
    || |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38609796 agaaaaacaagttaataatgcaaatttttaagcctgggagtaaaggcaaacaccacatgaacaactatcaatttatcatgcgagctaaataaattccaac 38609895  T
Q  519 aacgaacatgaaaataaaaatatcattagaatgaatgatcagcatttctcttgttgcattacctgacaagcacattccaagcaccgttcgtagtaaccat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609896 aacgaacatgaaaataaaaatatcattagaatgaatgattagcatttctcttgttgcattacctgacgagcacattccaagcaccgttcgtagtaaccat 38609995  T
Q  619 ttttcgtatcctaaattttcagaatcaaccgttaataaacttcaacaactaaaagtgttgcatgtgattatatgttgagaagataagagcaaatacatta 718  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609996 tttttggatcctaaattttcagaatcaaccgttaataaacttcaacaactaaaagtgttgcatgtgattatatgttgagaagataagagcaaatacatta 38610095  T
Q  719 ccatgaccacaaccttttggaaatactcacaggccttgtcaagataaccctctgcctcactgaaatctggagttagaagtccataagacatgtggccttt 818  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38610096 ccatgaccacagccttttggaaatactcacaggccttgtcaagataaccctctgcctcactgaaatctggagttagaagtccataagacatgttgccttt 38610195  T
Q  819 ccccaaacactaaagagcataatgatttgttggactgattagtaaagccgcctcaagtttagaaagtgcatctggaattagtaggtagtcccatcaaaag 918  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38610196 ccccaaacactaaagagtataatgatttgttggattgattggtaaagccgcctcaagtttagaaagtgcatctggaattagtaggtagtcccatcaaaag 38610295  T
Q  919 ccgaaataatcaatgaatannnnnnnnnnnnnnnnaaacaagttggtgtgggaagaggtggagggtcatgactaaagtgacattaataattattttacaa 1018  Q
    |||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  38610296 ccgaaataatcaatgaatatttttatttattttttaaacaagttggtgtgggaagaggtggagggtcatgactaaagtgactttaataatcattttacaa 38610395  T
Q  1019 ccgcatgcgaaatttgaactcaacgcaattagtaattaaggtctttcctacaaaaaggttaaatattcaattaaaaattgtgcttgagttgcccatgata 1118  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||                   ||||||||||||    
T  38610396 ccgcatgcggaatttgaactcaacgcaattagtaattaaggtctttccttcaaaaaggttaaatattca-------------------ttgcccatgata 38610476  T
Q  1119 gatataccttcaatcatcttcttggaattcttaggatcttttatgaatgtcgaaaactccatcaaagcttgtccccatt 1197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38610477 gatataccttcaatcatcttcttggaattctcaggatcttttatgaatgtcgaaaactccatcaaagcttgtccccatt 38610555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 636 - 899
Target Start/End: Original strand, 38605448 - 38605711
Alignment:
Q  636 ttcagaatcaaccgttaataaacttcaacaactaaaagtgttgcatgtgattatatgttgagaagataagagcaaatacattaccatgaccacaaccttt 735  Q
    |||||||||  || |||||||||||||| ||||| |||||  |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||  | ||     
T  38605448 ttcagaatccgccattaataaacttcaagaactacaagtgcagcatgtcaatatatgttaagaagataagagcaaatacattaccacgtccacggctttc 38605547  T
Q  736 tggaaatactcacaggccttgtcaagataaccctctgcctcactgaaatctggagttagaagtccataagacatgtggcctttccccaaacactaaagag 835  Q
    |||||||||||| |||||||||||| || ||||| ||| ||||||| ||| |||||||||| |||| ||||| |  || | |||||||| ||| ||||||    
T  38605548 tggaaatactcataggccttgtcaaaatgaccctttgcatcactgagatcaggagttagaaatccacaagacgtaagggcattccccaagcaccaaagag 38605647  T
Q  836 cataatgatttgttggactgattagtaaagccgcctcaagtttagaaagtgcatctggaattag 899  Q
      ||||| || ||||||  ||||  ||||||| |||| |  |||| | ||||||||||||||||    
T  38605648 tgtaatgcttagttggatcgatttctaaagcctcctccaacttagtacgtgcatctggaattag 38605711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University