View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1435_low_90 (Length: 266)

Name: NF1435_low_90
Description: NF1435
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1435_low_90
NF1435_low_90
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (20-253)||(46326578-46326811)
chr7 (20-246)||(46322873-46323099)
chr7 (23-246)||(46532013-46532236)
chr7 (24-246)||(46524460-46524682)
chr7 (23-246)||(46520394-46520617)
chr7 (23-249)||(46490163-46490389)
chr7 (23-246)||(46478964-46479187)
chr7 (24-253)||(46516746-46516975)
chr7 (119-249)||(46494461-46494591)
chr7 (117-246)||(46464839-46464966)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (24-246)||(7475336-7475558)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (53-246)||(37151840-37152033)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (53-246)||(88197-88390)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 20 - 253
Target Start/End: Original strand, 46326578 - 46326811
Alignment:
Q  20 ctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacacatgttttcacgtag 119  Q
    ||||| |||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || | ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  46326578 ctcggatccctcggttaccgtgctgttgctcccgatctccgtggctatggtgacacagatgttccgtcttccattagcagctacacatgttttcacgtag 46326677  T
Q  120 ttggtgacatcgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtatgtt 219  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46326678 ttggtgacattgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtatgtt 46326777  T
Q  220 tcgccctgaaagaatcaaagcctatgtgtgcctc 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46326778 tcgccctgaaagaatcaaagcctatgtgtgcctc 46326811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 20 - 246
Target Start/End: Original strand, 46322873 - 46323099
Alignment:
Q  20 ctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacacatgttttcacgtag 119  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |    
T  46322873 ctcggctctctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacacaggttttcacattg 46322972  T
Q  120 ttggtgacatcgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtatgtt 219  Q
    | |||||  | ||| | || || || |||||||| || || ||||| || ||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  46322973 taggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggtgccatcattggttggtacctttgcatgtt 46323072  T
Q  220 tcgccctgaaagaatcaaagcctatgt 246  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  46323073 tcgccctgaaagaatcaaagcctatgt 46323099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 46532236 - 46532013
Alignment:
Q  23 ggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacacatgttttcacgtagttg 122  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | || |    
T  46532236 ggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacaccgaggctccatcttcaataagcagctacactggttttcacattgtag 46532137  T
Q  123 gtgacatcgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtatgtttcg 222  Q
    ||||| | ||| | || || || ||||||||||| || ||||| || ||||| | |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46532136 gtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttgtatgtttcg 46532037  T
Q  223 ccctgaaagaatcaaagcctatgt 246  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  46532036 ccctgaaagaatcaaagcttatgt 46532013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 24 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 46524682 - 46524460
Alignment:
Q  24 gctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacacatgttttcacgtagttgg 123  Q
    |||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||| | || ||||||||| |||||||| |||| ||    
T  46524682 gctccctcggctaccgtgctgttgctcccgatctccgtggctatggtgacaccgatgctccgtcttcagttagtagctacacaggttttcacatagtagg 46524583  T
Q  124 tgacatcgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtatgtttcgc 223  Q
    |||  | ||| | || || || || || ||||| || ||||| || ||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46524582 tgatcttgttgcacttatagattttctgggtgttgatcaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttgtatgtttcgc 46524483  T
Q  224 cctgaaagaatcaaagcctatgt 246  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  46524482 cctgaaagaatcaaagcttatgt 46524460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 23 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 46520617 - 46520394
Alignment:
Q  23 ggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacacatgttttcacgtagttg 122  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||  ||||||||||||||||||||   || ||| | || |    
T  46520617 ggctccctcggttaccgtgctgttgctccagatcttcgtggctacggcgacaccgatgctcccgcttcaataagcagctacacaatcttccacttggtgg 46520518  T
Q  123 gtgacatcgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtatgtttcg 222  Q
    |||| |||||| ||||||||||||  || || || || ||||| |||||||| | |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  46520517 gtgatatcgttgctctcatcgactcactcggcgttgaccaagtgttccttgtagctcatgattggggtgccatgattggttggtatctttgcatgtttcg 46520418  T
Q  223 ccctgaaagaatcaaagcctatgt 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  46520417 ccctgaaagaatcaaagcctatgt 46520394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 23 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 46490389 - 46490163
Alignment:
Q  23 ggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacacatgttttcacgtagttg 122  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||  | || || || |||||||||   || ||  | ||||    
T  46490389 ggctccctcggttaccgcgctgttgctccagatctccgtggttatggcgacaccgatgctccggcctccattagtagctacacaatcttccatttggttg 46490290  T
Q  123 gtgacatcgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtatgtttcg 222  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  ||||| || || | ||| || ||||| | |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46490289 gtgacatcgttgctctcatcgactcacttggcgttgaccgagtgtttcttgtagctcatgattggggtgccatcattggttggtatctttgtttgtttcg 46490190  T
Q  223 ccctgaaagaatcaaagcctatgtgtg 249  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  46490189 ccctgaaagaatcaaagcctacgtgtg 46490163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 23 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 46479187 - 46478964
Alignment:
Q  23 ggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacacatgttttcacgtagttg 122  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||  ||||||||||||||||||||   || ||| | || |    
T  46479187 ggctccctcggttaccgtgctgttgctccagatcttcgtggctacggcgacaccgatgctcccgcttcaataagcagctacacaatcttccacttggtgg 46479088  T
Q  123 gtgacatcgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtatgtttcg 222  Q
    |||| |||||| ||||||||||||  || || || || ||||| |||||||| | |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||    
T  46479087 gtgatatcgttgctctcatcgactcactcggcgttgaccaagtgttccttgtagctcatgattggggtgccatgattggttggtatctttgtttatttcg 46478988  T
Q  223 ccctgaaagaatcaaagcctatgt 246  Q
    |||||||| ||||||||| |||||    
T  46478987 ccctgaaaaaatcaaagcttatgt 46478964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 24 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 46516975 - 46516746
Alignment:
Q  24 gctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacacatgttttcacgtagttgg 123  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||  ||||||| ||||||||||| |||||  ||||| | || |||||||||  ||| ||  | |||||    
T  46516975 gctcccttggctaccgcaccgtggctccagatctctgtggctacggtgacactgatgctcccacttcagttagtagctacacaattttacatttggttgg 46516876  T
Q  124 tgacatcgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtatgtttcgc 223  Q
    ||| |||||| |||| || ||||  || |||||||| |||||||||||||| | |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||     
T  46516875 tgatatcgttgctctaattgactcactgggtgtggaccaagttttccttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttgtttgtttcgt 46516776  T
Q  224 cctgaaagaatcaaagcctatgtgtgcctc 253  Q
    ||||| | | |||| || ||||| ||||||    
T  46516775 cctgagaaagtcaaggcttatgtttgcctc 46516746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 119 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 46494591 - 46494461
Alignment:
Q  119 gttggtgacatcgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtatgt 218  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||||| |||||| || || ||||| |||||||| | |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  |||    
T  46494591 gttggtgacattgttgcgctcatcgactcgcttggggttgatcaagtcttccttgtggctcatgattggggtgccatcgttggttggtatctttgcttgt 46494492  T
Q  219 ttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtgtg 249  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  46494491 ttcgccctgagagagttaaagcctatgtgtg 46494461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 117 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 46464966 - 46464839
Alignment:
Q  117 tagttggtgacatcgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtat 216  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||| || || ||||| ||  |||||| |||||||  ||||||| | | |||||||||||  ||| |    
T  46464966 tagttggtgacatcgttgctctcatagactcacttggggttgatcaagtcttttttgttgctcatgattggggtgccttaactggttggtatc--tgttt 46464869  T
Q  217 gtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgt 246  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  46464868 gtttcgtcctgaaagagtcaaagcctatgt 46464839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 87; Significance: 9e-42; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 24 - 246
Target Start/End: Original strand, 7475336 - 7475558
Alignment:
Q  24 gctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacacatgttttcacgtagttgg 123  Q
    |||||||||||||||  | ||| ||| | ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| | |||||  | |||||    
T  7475336 gctccctcggctaccatgtcgtggctactgatctccgtggctatggtgacaccgattctccatcttcaataagcagctacacagggtttcatatggttgg 7475435  T
Q  124 tgacatcgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtatgtttcgc 223  Q
    |||| | ||| | || || || || |||||||| || ||||| || ||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  7475436 tgaccttgttgcacttatagattttcttggtgttgatcaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgccatcattggttggtacctttgcacgtttcgc 7475535  T
Q  224 cctgaaagaatcaaagcctatgt 246  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  7475536 cctgaaagaatcaaagcctatgt 7475558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 53 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 37152033 - 37151840
Alignment:
Q  53 gatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacacatgttttcacgtagttggtgacatcgtttctctcatcgacttgcttg 152  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||   ||| | | ||||||||| ||||||||| | || ||||| ||| || | ||||| ||||  || |    
T  37152033 gatcttcggggctacggtgacactgaagctccagaatcagtgaccagctacacctgttttcaccttgtgggtgatatcattgcactcattgactctctag 37151934  T
Q  153 gtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgt 246  Q
    | |||||  |||| | |||||| || ||||||  |||||| ||||| ||||||||| |||| ||||| || || |||||| |||| ||||||||    
T  37151933 gggtggacaaagtgtaccttgtcggacatgattggggtgcaatcatcggttggtatgtttgcatgttccgaccagaaagagtcaaggcctatgt 37151840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 53 - 246
Target Start/End: Original strand, 88197 - 88390
Alignment:
Q  53 gatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacacatgttttcacgtagttggtgacatcgtttctctcatcgacttgcttg 152  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||   ||| | | || |||||| ||||||||| | || ||||| ||| || | ||||| ||||  || |    
T  88197 gatcttcggggctacggtgacactgaagctccagaatcagtgaccaactacacctgttttcaccttgtgggtgatatcattgcactcattgactctctag 88296  T
Q  153 gtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttgtatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgt 246  Q
    | |||||  |||| | |||||| || ||||||  |||||| ||||| ||||||||| |||| ||||| || || |||||| |||| ||||||||    
T  88297 gggtggacaaagtgtaccttgtcggacatgattggggtgcaatcatcggttggtatgtttgcatgttccgaccagaaagagtcaaggcctatgt 88390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University