View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14370_low_1 (Length: 457)

Name: NF14370_low_1
Description: NF14370
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14370_low_1
NF14370_low_1
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (16-457)||(4652415-4652856)
chr7 (16-457)||(4665830-4666271)
chr7 (16-457)||(4629804-4630245)
chr7 (16-454)||(4642602-4643040)
chr7 (16-454)||(4671538-4671976)
chr7 (16-454)||(4635755-4636193)
chr7 (16-454)||(4660699-4661140)
chr7 (18-457)||(4784617-4785056)
chr7 (18-457)||(4817046-4817485)
chr7 (63-457)||(4862784-4863178)
chr7 (16-457)||(4697970-4698411)
chr7 (18-375)||(4846803-4847160)
chr7 (219-457)||(4713049-4713287)
chr7 (357-412)||(4676945-4677000)
chr7 (396-457)||(4854596-4854657)
chr7 (222-292)||(27539508-27539578)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (16-451)||(18926519-18926954)
chr4 (222-292)||(46271746-46271816)
chr4 (219-300)||(45191495-45191576)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 4652856 - 4652415
Alignment:
Q  16 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652856 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 4652757  T
Q  116 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4652756 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgcagaggtgaaacacaag 4652657  T
Q  216 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4652656 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaagga 4652557  T
Q  316 tgtctacaacccctgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaagtctaactctaaaatctgatgtgta 415  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4652556 tgtctacaacccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgta 4652457  T
Q  416 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652456 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 4652415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 16 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 4666271 - 4665830
Alignment:
Q  16 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  4666271 acattcacttggtatcccttgtgggatattgcaatgacgacacagagatgattctggtttatgagttcatgcagcacggtactctttgcgagtatcttta 4666172  T
Q  116 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 215  Q
    ||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  4666171 tggttctaataaccagcccctatcatggaagcagaggcttgagattcttttgggtgcagcgagagggctgaattatcttcatactgaggtgaaacagaag 4666072  T
Q  216 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  4666071 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgaaaaatggatggcaaaggtttccgactttgggttatccaaggtgggaccgacaggga 4665972  T
Q  316 tgtctacaacccctgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaagtctaactctaaaatctgatgtgta 415  Q
    | || || |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4665971 tatcaactacccatgtcagcacgatggtgaaggggagcctcggatatttggatcccgaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgta 4665872  T
Q  416 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 457  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4665871 ctcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 4665830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 16 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 4630245 - 4629804
Alignment:
Q  16 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 115  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||    
T  4630245 acattcacttggtgtcccttgtaggatattgcaatgacaacacagagatgattctggtttatgagttcatgcagcacggtactctctgcgagtatctgta 4630146  T
Q  116 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 215  Q
    |||||| ||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  4630145 tggttccaataatcagcccctaccatggaagcagaggcttgagatcctattgggtgcagcgagagggctgaattatcttcattctgaggtgaagcacaag 4630046  T
Q  216 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 315  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||| |    
T  4630045 ataatacatcgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaa 4629946  T
Q  316 tgtctacaacccctgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaagtctaactctaaaatctgatgtgta 415  Q
    |  | || |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  4629945 taacgactacccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgta 4629846  T
Q  416 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 457  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4629845 ctcgtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 4629804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 16 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 4643040 - 4642602
Alignment:
Q  16 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  4643040 acattcacttggtgtccctcgtgggatattgcaacgatgacacagagatgattttggtttatgagttcatgcagcacggtactctttgtgagtatcttta 4642941  T
Q  116 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 215  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| |||| | |||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  4642940 tggttctaataacgagccactaccttggaggcagaggcttgaaattctattaggtgccgcaagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaagcacaaa 4642841  T
Q  216 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 315  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| || || || ||||| || |||||||| |||||||    
T  4642840 ataatacatcgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgaaaaatggatagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggacctacaggga 4642741  T
Q  316 tgtctacaacccctgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaagtctaactctaaaatctgatgtgta 415  Q
    | || || ||||   | ||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4642740 tatcgactacccacatcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgta 4642641  T
Q  416 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctag 454  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  4642640 ctcgttcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctag 4642602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 16 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 4671976 - 4671538
Alignment:
Q  16 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  4671976 acattcacttggtatccctcgttggatattgcgacgatgacacatagatgattttggtttacgagtttatgcagcacggtactctttgcgagtatcttta 4671877  T
Q  116 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 215  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| |||| | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  4671876 tggttctaataacgagccactaccttggaggcagaggcttgagattctattgggtgctgcgagagggctaaattatcttcatgctgaggtgaagcacaaa 4671777  T
Q  216 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 315  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || || || ||||| || |||||||| || ||||    
T  4671776 ataatacatcgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatggatagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggacccacgggga 4671677  T
Q  316 tgtctacaacccctgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaagtctaactctaaaatctgatgtgta 415  Q
    |  | || ||||  || ||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4671676 taacaactacccacgtcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgta 4671577  T
Q  416 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctag 454  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  4671576 ctcattcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctag 4671538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 16 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 4636193 - 4635755
Alignment:
Q  16 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 115  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  | ||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  4636193 acattcacttggtatcccttgtgggatattgcaacgacaagacagagatgattctggtctatgagttcatgcagcacggtactctctgcgagtatcttta 4636094  T
Q  116 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 215  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||| ||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  4636093 tggttctaataaccaacccctaccatggaagcagaggcttgaaattcttttgggtgcagctagagggctgaattatcttcatactgaggttaaaaacaag 4635994  T
Q  216 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 315  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |    
T  4635993 ataatacatcgtgacgtaaagagcaccaacatattgttggatgagaaatggatagctaaggtttctgattttgggttatcaaaggtgggaccgacaggta 4635894  T
Q  316 tgtctacaacccctgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaagtctaactctaaaatctgatgtgta 415  Q
    | || || ||||  || ||||| || || ||||| ||| | |||||||| ||||| || || |||||| ||||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  4635893 tatcgactacccacgtcagcacaattgttaagggaagcttggggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggcttactcttaaatcagacgtgta 4635794  T
Q  416 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctag 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4635793 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctag 4635755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 16 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 4661140 - 4660699
Alignment:
Q  16 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 115  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||  ||||| | |||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| || ||| |||||||    
T  4661140 acattcatttggtgtccctcatgggatattgtaatgacaacacatagatgattctggtttatgaattcatgcagcgcggtactctctgcgagcatcttta 4661041  T
Q  116 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||| | | ||||||||||| ||||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||     
T  4661040 tggttctaataaccagcccctaccttggaggcaaaggcttgagatcctattgggttcagcaagagggttgcattatcttcatgctgaggtgaaacacaaa 4660941  T
Q  216 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 315  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| || || || ||||| || ||||||||||||||||    
T  4660940 ataatacaccgcgacgtaaagagcaccaacatattgttggatcacaaatgggtagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggaccgacaggga 4660841  T
Q  316 tgtctacaacccct---gttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaagtctaactctaaaatctgatgt 412  Q
    | || || || | |   || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||    
T  4660840 tatcgactactcatcacgtcagcacaatggtgaaggggagccttgggtatttggatccccaatactatatgctccaaaggttaactctaaaatctgaagt 4660741  T
Q  413 gtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctag 454  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4660740 gtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctag 4660699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 18 - 457
Target Start/End: Original strand, 4784617 - 4785056
Alignment:
Q  18 attcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatctttatg 117  Q
    ||||||||||| || ||  | |||||||||||||| |    ||| |||||| | |||||||| ||||||||||  || | ||| ||||| ||||||||||    
T  4784617 attcacttggtttcacttattggatattgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatgacttcatgcaacgtggcagtctatgtgaatatctttatg 4784716  T
Q  118 gttctaataaccagcc-cttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaaga 216  Q
    | ||  ||||| | || |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||| || ||||||| ||||| |  | ||| ||||| |    
T  4784717 gatcagataacaaacctcttacc-tggaagcagaggcttgagattctattaggtgccgcgcgggggttgcattatctgcatgcaggtgcgaagcacaata 4784815  T
Q  217 taatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacagggat 316  Q
    | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  4784816 tcatacaccgtgacgtgaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgattttgggttatcaaaagtgggacctacagggat 4784915  T
Q  317 gtctacaacccctgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaagtctaactctaaaatctgatgtgtac 416  Q
    ||| |  |||| ||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||  |||||  | |||||||| ||||||||||||    
T  4784916 gtcgatgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtac 4785015  T
Q  417 tcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 457  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4785016 tctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacc 4785056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 18 - 457
Target Start/End: Original strand, 4817046 - 4817485
Alignment:
Q  18 attcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatctttatg 117  Q
    ||||||||||| || ||  | |||||||||||||| |    ||| |||||| | |||||||| ||||||||||  || | ||| ||||| ||||||||||    
T  4817046 attcacttggtttcacttattggatattgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatgacttcatgcaacgtggcagtctatgtgaatatctttatg 4817145  T
Q  118 gttctaataaccagcc-cttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaaga 216  Q
    | ||  ||||| | || |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||| || ||||| | ||||| |  | ||| ||||| |    
T  4817146 gatcagataacaaacctcttacc-tggaagcagaggcttgagattctattaggtgccgcgcgggggttgcattatttgcatgcaggtgcgaagcacaata 4817244  T
Q  217 taatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacagggat 316  Q
    | ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  4817245 tcatacaccgtgatgtgaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgattttgggttatcaaaagtgggacctacagggat 4817344  T
Q  317 gtctacaacccctgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaagtctaactctaaaatctgatgtgtac 416  Q
    ||| |  |||| ||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||  |||||  | |||||||| ||||||||||||    
T  4817345 gtcgatgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaagattgactctaaagtctgatgtgtac 4817444  T
Q  417 tcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 457  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4817445 tctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacc 4817485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 63 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 4863178 - 4862784
Alignment:
Q  63 atgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatctttatggttctaataaccagcc-cttaccgtggaagaagaggcttgagatt 161  Q
    |||||| | |||||||| ||||||||||  || |||||  |||| ||||||||||||||  ||||  | || |||||  ||||||||||| |||||||||    
T  4863178 atgattctcgtttatgacttcatgcaacgtggcactctccgtgaatatctttatggttcggataatgaacctcttact-tggaagaagagacttgagatt 4863080  T
Q  162 ctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaagataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgaga 261  Q
    || |||||  | || || ||| |  |||||||||||||||  || || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  4863079 ctgttgggggcagcaagggggttacattatcttcatgctggtgtaaagcacaatatcatacaccgtgacgtgaagagtaccaacatattgttggatgaaa 4862980  T
Q  262 aatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacagggatgtctacaacccctgttagcacgatggtgaagggtagcctagggta 361  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||  || |  || |||||  ||||||||||||| || || ||    
T  4862979 aatgggtggctaaggtgtctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtctatcactcacgtcagcaccgtggtgaagggtagtcttggata 4862880  T
Q  362 tttggatccagaatattatatgctccaaagtctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 457  Q
    ||| ||||||||||| ||  | |  |||||  | ||||||||||| || ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||    
T  4862879 tttagatccagaatactaccttcgtcaaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcggtgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagacc 4862784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 16 - 457
Target Start/End: Original strand, 4697970 - 4698411
Alignment:
Q  16 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 115  Q
    ||||||||||||| || ||| | ||||||||||| || |   |||| |||||| | ||||| || |||||| |||  || |||||  |||| ||||| ||    
T  4697970 acattcacttggtttctctcattggatattgcaacgaaggtgcagagatgattctcgtttacgacttcatggaacgtggcactcttcgtgaatatctcta 4698069  T
Q  116 tggttctaataaccagcc-cttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaa 214  Q
    ||||||  ||||| | || |||||  ||||||||||| || ||||||||||||||  | || ||||| ||  ||||||||||||| |  | ||| |||||    
T  4698070 tggttcggataacgaacctcttact-tggaagaagagactcgagattctattgggggcagcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaa 4698168  T
Q  215 gataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggg 314  Q
     || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||     
T  4698169 tatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacagga 4698268  T
Q  315 atgtctacaacccctgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaagtctaactctaaaatctgatgtgt 414  Q
    ||||| |  ||||  || ||||| | |||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||  | |  |||||  | || ||||| || || ||||    
T  4698269 atgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgt 4698368  T
Q  415 actcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 457  Q
    |||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  4698369 actcttttggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagacc 4698411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 375
Target Start/End: Original strand, 4846803 - 4847160
Alignment:
Q  18 attcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatctttatg 117  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||| || ||  |||| |||||| | |||||||| ||||||||||  ||||||||  ||||  |||| ||||    
T  4846803 attcacttggtttccctcattggatattgcaacgaagatgcagagatgattctagtttatgacttcatgcaacgtggtactctcagtgaacatctctatg 4846902  T
Q  118 gttctaataaccagcc-cttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaaga 216  Q
    ||||  ||||  | || ||||  ||||||  | || || ||||||||||| ||| | || || ||| |||||||||||||||  |  | ||| ||||| |    
T  4846903 gttcggataatgaacctcttag-gtggaatcaaagactcgagattctattaggtgcagcaagggggttgaattatcttcatgaaggtgcgaagcacaata 4847001  T
Q  217 taatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacagggat 316  Q
    | ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||    
T  4847002 tcatacatcgtgacgttaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaaccgggat 4847101  T
Q  317 gtctacaacccctgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaat 375  Q
     || |  || | ||| ||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  4847102 atcaatgactcatgtaagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagaat 4847160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 219 - 457
Target Start/End: Original strand, 4713049 - 4713287
Alignment:
Q  219 atacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacagggatgt 318  Q
    |||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |    
T  4713049 atacaccgtgacgttaagagtacaaatatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgatttcggtttatcaaaagtgggaccaacagggatat 4713148  T
Q  319 ctacaacccctgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctcca-aagtctaactctaaaatctgatgtgtact 417  Q
    | |  || | ||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||||| |  ||  | |   | |||| | ||||| || ||||| |||||||    
T  4713149 caatgactcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagt-tgactcttaagtctgacgtgtact 4713247  T
Q  418 cattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 457  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4713248 cattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacc 4713287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 357 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 4677000 - 4676945
Alignment:
Q  357 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaagtctaactctaaaatctgatgt 412  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4677000 gggtatttggatcctgaatattacatgctccaaaggctaactctaaaatcggatgt 4676945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 396 - 457
Target Start/End: Original strand, 4854596 - 4854657
Alignment:
Q  396 actctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 457  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||  || ||||||||| |||||||||| |||||    
T  4854596 actctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagacc 4854657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 222 - 292
Target Start/End: Original strand, 27539508 - 27539578
Alignment:
Q  222 caccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggatt 292  Q
    |||||||| |||||||  || ||||| ||  | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27539508 caccgtgatgtgaagactacaaacattttactagatgagaagtgggtggccaaggtttctgattttggatt 27539578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 16 - 451
Target Start/End: Original strand, 18926519 - 18926954
Alignment:
Q  16 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 115  Q
    |||||||  ||||||||||||| || || ||||| |   ||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||    
T  18926519 acattcatctggtatccctcgtcgggtactgcaacggcaacaaagagatgattctgatttatgagttcatgcaacgtggtactctttgtgagtatctata 18926618  T
Q  116 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 215  Q
    |||||| |||||||| ||| |||  |||||| | |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926619 tggttccaataaccaacccctactttggaagcaaaggcttgagattgtattgggtgccgcaagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 18926718  T
Q  216 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 315  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| || |||||||| || ||||    
T  18926719 ataatacatcgtgatgtgaaaagcaccaacatattattggatgagaaatgggtggctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggaccaacgggga 18926818  T
Q  316 tgtctacaacccctgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaagtctaactctaaaatctgatgtgta 415  Q
    | || || |||| ||| ||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||| || || |||||||||||||| || || ||||||||||| |||||    
T  18926819 tatcaactacccatgtcagcacaatggtgaaggggagtcttgggtatttagatcctgagtactatatgctccaaaggcttaccctaaaatctgacgtgta 18926918  T
Q  416 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgc 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18926919 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtattgtgtgc 18926954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 222 - 292
Target Start/End: Original strand, 46271746 - 46271816
Alignment:
Q  222 caccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggatt 292  Q
    |||||||| |||||||  || ||||| ||  | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46271746 caccgtgatgtgaagactacaaacattttactagatgagaagtgggtggccaaggtttctgattttggatt 46271816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 219 - 300
Target Start/End: Original strand, 45191495 - 45191576
Alignment:
Q  219 atacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaag 300  Q
    |||||||||||||||||||  || || ||| | ||||||||||| |  || || ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  45191495 atacaccgtgacgtgaagacaacaaatatactcttggatgagaattatgttgccaaggtttctgattttggtttatctaaag 45191576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University