View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14376_low_27 (Length: 410)

Name: NF14376_low_27
Description: NF14376
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14376_low_27
NF14376_low_27
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (13-390)||(1758135-1758512)
chr5 (19-390)||(29568110-29568482)
chr5 (53-390)||(29168242-29168579)
chr5 (53-390)||(27918637-27918974)
chr5 (53-390)||(29425283-29425630)
chr5 (53-293)||(38157354-38157592)
chr5 (285-390)||(29569708-29569813)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (19-386)||(27521077-27521444)
chr4 (13-387)||(27461990-27462364)
chr4 (13-390)||(18986087-18986465)
chr4 (13-387)||(27482129-27482504)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (53-388)||(25518473-25518808)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 1758512 - 1758135
Alignment:
13 acaaataacaaacaaaacccattattccaaatcnnnnnnngattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcagggg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1758512 acaaaaaacaaacaaaacccattattccaaatcaaaaaaagattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcagggg 1758413  T
113 tggttttttcagcagagttcaaataacgagcaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggctg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1758412 tggttttttcagcagagttcaaataacgagcaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggctg 1758313  T
213 caaagcagttgacagcccttttaccggaatggattgatctggcgaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaagga 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1758312 caaagcagttgatagcccttttaccggaatggattgatctggcgaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaagga 1758213  T
313 agtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagca 390  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1758212 agtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagca 1758135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 19 - 390
Target Start/End: Original strand, 29568110 - 29568482
Alignment:
19 aacaaacaaaacccattattccaaa-tcnnnnnnngattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcaggggtggtt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |        ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
29568110 aacaaacaaaacccattattccaaaataaaaaaaagattacttttttagcaagaaacacatgtttcaacacataccaatgaatcagattcaggggtggtt 29568209  T
118 ttttcagcagagttcaaataacgagcaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggctgcaaag 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
29568210 ttttcagcagagttcaaataacgagcaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctactgatcggaggcagaggctgcaaag 29568309  T
218 cagttgacagcccttttaccggaatggattgatctggcgaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaaggaagtgt 317  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
29568310 cagttgacagcccttttaccggcatggattgatccggcaaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccacggagactgaaaggaagtgt 29568409  T
318 aatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagca 390  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||    
29568410 aatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcgaaagaatgcttcttggatgatagttggtgagca 29568482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 53 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 29168579 - 29168242
Alignment:
53 gattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcaggggtggttttttcagcagagttcaaataacgagcaactgcttc 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
29168579 gattacttttttagcaagaaacacaattttcaacacataccattgaatcagattcaggggtggttctttcagaagagttcaaataaagagcaactgcttc 29168480  T
153 tttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggctgcaaagcagttgacagcccttttaccggaatggattgatct 252  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
29168479 tttaaccttagaaggatcaataacttcagatatacatctactgatcggaggcagaggctgcaaagcagttgacagcccttttaccggcatggattgatcc 29168380  T
253 ggcgaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttg 352  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
29168379 ggcaaggtgcatggatcagagacacagcagctaagagcattcccacggagactgaaaggaagtgtaatggtggagaagccattacgggtgagattgcttg 29168280  T
353 cgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagca 390  Q
    |||  ||||||||||| |||  |||| |||||||||||    
29168279 cgttgaaagaatgcttattggatgatagttggtgagca 29168242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 53 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 27918974 - 27918637
Alignment:
53 gattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcaggggtggttttttcagcagagttcaaataacgagcaactgcttc 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
27918974 gattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacacaccattgaatcagattcaggggtggttttttcagcagagttcaaataacaagaaactgcttc 27918875  T
153 tttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggctgcaaagcagttgacagcccttttaccggaatggattgatct 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||    
27918874 tttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgatcggagggagaggcggcaaagcagtcgacgaccctttaaccggaatggattgatct 27918775  T
253 ggcgaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttg 352  Q
    ||| | ||||||||||| || ||||||| |  |||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
27918774 ggcaaagtgcatggatcggatacacagcagtgaagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttg 27918675  T
353 cgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagca 390  Q
    || || ||||||||||||||  |||| |||||||||||    
27918674 cgccagaagaatgcttcttggatgatagttggtgagca 27918637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 53 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 29425630 - 29425283
Alignment:
53 gattacttttttagcaagaaacacaagtttca----------acacataccattgaatcagattcaggggtggttttttcagcagagttcaaataacgag 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||    
29425630 gattacttttttagcaagaaacacaagtttcataataatccaacacataccaatgaatcagattcaggtgtagttttttcagcagagttcaaataacaag 29425531  T
143 caactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggctgcaaagcagttgacagcccttttaccggaat 242  Q
     ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
29425530 aaactgcttctttaaccttataaggatcaataacttcatatatacatctactgatcggaggcagaggctgcaaagcagttgacggcccttttaccggcat 29425431  T
243 ggattgatctggcgaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtg 342  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
29425430 ggattgattcggcaaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgcatg 29425331  T
343 agattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagca 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
29425330 agattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttggtgagca 29425283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 53 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 38157592 - 38157354
Alignment:
53 gattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcaggggtggttttttcagcagagttcaaataacgagcaactgcttc 152  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||    
38157592 gattactattttagcaagaaaaacaagtttcaacacataccattgaatcagattcagatgtaattttttcagcagagttcaaataacaagaaactgtttc 38157493  T
153 tttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggctgcaaagcagttgacagcccttttaccggaatggattgatct 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||  |||||| ||||| |||||||||||     
38157492 tttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattagaggcagaggcggcaaaccagttgacgaccctttaaccggcatggattgatcc 38157393  T
253 ggcgaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcatt 293  Q
    ||| ||  |||||| |||  ||||||||||| |||||||||    
38157392 ggccag--gcatgggtcattgacacagcggcgaagagcatt 38157354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 285 - 390
Target Start/End: Original strand, 29569708 - 29569813
Alignment:
285 aagagcattcccgcggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttgg 384  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||| |||||    
29569708 aagagcattgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcggaagaatgcttcttggatgatagttgg 29569807  T
385 tgagca 390  Q
    ||||||    
29569808 tgagca 29569813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 19 - 386
Target Start/End: Original strand, 27521077 - 27521444
Alignment:
19 aacaaacaaaacccattattccaaatcnnnnnnngattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcaggggtggttt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27521077 aacaaacaaaacccattattccaaatcaaaaaaagagtacttttttatcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcaggggtggttt 27521176  T
119 tttcagcagagttcaaataacgagcaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggctgcaaagc 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||    
27521177 ttttagcagagttcaaataacgagctactgcttctttaacctcaaaaggatcaataacttcagatatacatctgctgatcggaggctgaggctgcaaagc 27521276  T
219 agttgacagcccttttaccggaatggattgatctggcgaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaaggaagtgta 318  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27521277 agttgacggcccttttaccggcatggattgatccggcaaggtgcaaggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaaggaagtgta 27521376  T
319 atggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtg 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
27521377 atggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttggtg 27521444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 27462364 - 27461990
Alignment:
13 acaaataacaaacaaaacccattattccaaatcnnnnnnngattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcagggg 112  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||       | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27462364 acaaaaaacaaacaaaacccaatattccaaatcaaaaaaagtttacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcagggg 27462265  T
113 tggttttttcagcagagttcaaataacgagcaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggctg 212  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
27462264 tggttttttcagcacagttcaaataacgagctactgcttctttaacctcagtaggatcaataacttcagatatacatctgctgatcggaggcagaggctg 27462165  T
213 caaagcagttgacagcccttttaccggaatggattgatctggcgaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaagga 312  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
27462164 caaagcagttgacggcccttttaccggcatggattgatccggaaaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcatttccacggagactgaaagga 27462065  T
313 agtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtga 387  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
27462064 agtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttggtga 27461990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 13 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 18986465 - 18986087
Alignment:
13 acaaataacaaacaaaacccattattccaaatcnnnnnnn-gattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcaggg 111  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
18986465 acaaaaaacaaacaaaacccattattccaagtcaaaaaaaagattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcaagg 18986366  T
112 gtggttttttcagcagagttcaaataacgagcaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggct 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
18986365 gtggttttttcagcagagttcaaataacgatcaactgcttctttaacatcagacggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggct 18986266  T
212 gcaaagcagttgacagcccttttaccggaatggattgatctggcgaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaagg 311  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||     
18986265 gcaaagcagttgacggcccttttaccggcatggattgatccggcaaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagtattcccacggagactgaaaga 18986166  T
312 aagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagca 390  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||    
18986165 aagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgacggttggtgagca 18986087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 13 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 27482504 - 27482129
Alignment:
13 acaaataacaaacaaaacccattattccaaatcnnnnnnn-gattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcaggg 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27482504 acaaaaaacaaacaaaacccattattccaaattaaaaaaaagattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcaggg 27482405  T
112 gtggttttttcagcagagttcaaataacgagcaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggct 211  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
27482404 gtggttttttcagcacagttcaaataacgagctactgcttctttaacctcagtaggatcgataacttcagatatacatctgctgatcggaggcagaggct 27482305  T
212 gcaaagcagttgacagcccttttaccggaatggattgatctggcgaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaagg 311  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27482304 gcaaagcagttgacggcccttttactggcatggattgatccggaaaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaagg 27482205  T
312 aagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtga 387  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
27482204 aattgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttggtga 27482129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 53 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 25518808 - 25518473
Alignment:
53 gattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcaggggtggttttttcagcagagttcaaataacgagcaactgcttc 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
25518808 gattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcaggggtggttttttcagcagagttcaaataacaagcaactgcttc 25518709  T
153 tttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggctgcaaagcagttgacagcccttttaccggaatggattgatct 252  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||  |||||| ||||| || | ||||||     
25518708 tttaacctccaaaggatcaataacttcagatatacatctcctgatcggaggcagaggcggcaaagcagtcgacgaccctttaaccggcatagcttgatcc 25518609  T
253 ggcgaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttg 352  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
25518608 ggcaaggtgcatggatcagcgacacagcagcgaagagcattaccacgaagactgaaaggaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttg 25518509  T
353 cgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgag 388  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||    
25518508 cgtcgaaagaatgcttcttggatgatggttggtgag 25518473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University