View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14389_low_4 (Length: 580)

Name: NF14389_low_4
Description: NF14389
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14389_low_4
NF14389_low_4
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (17-571)||(2275230-2275782)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-571)||(39346720-39347273)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (17-571)||(4012564-4013116)
chr1 (17-571)||(25879434-25879980)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-571)||(35348172-35348705)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (17-571)||(10789420-10789967)
chr2 (128-219)||(8749646-8749737)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 2275782 - 2275230
Alignment:
Q  17 cctctttcataagttcataggaaatatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2275782 cctctttcataagttcataggaaatatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaaaatatttaacctgtgcaatttgagat 2275683  T
Q  117 atattcatcaattcattactgcaagttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2275682 atattcatcaattcattactgcaagttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcaatacatactaaataattaaactttaacacac 2275583  T
Q  217 ttagaaagaaagagtgagaatggcttttataaagcagaaataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccggttagagnnnn 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        
T  2275582 ttagaaagaaagagtgagaatggcttttataaaccagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagag--aa 2275485  T
Q  317 nnnnnnnntccttcagccatcacaattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgnnnnnnntgaaatcatttctgcccaaa 416  Q
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| |||    
T  2275484 aaaaaaaatccttcagccatcacaattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgaaaaaaatgaaatcatttctgccaaaa 2275385  T
Q  417 caatattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatg 516  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2275384 caatattcataagctaaatattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatg 2275285  T
Q  517 ctatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctg 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2275284 ctatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctg 2275230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 39347273 - 39346720
Alignment:
Q  17 cctctttcataagttcataggaaatatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39347273 cctctttcataagttcataggaaatatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaaaatatttaacctgtgcaatttgagat 39347174  T
Q  117 atattcatcaattcattactgcaagttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39347173 atattcatcaattcattactgcaagttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcaatacatactaaataattaaactttaacacac 39347074  T
Q  217 ttagaaagaaagagtgagaatggcttttataaagcagaaataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccggttagagnnnn 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        
T  39347073 ttagaaagaaagagtgagaatggcttttataaaccagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagag-aaa 39346975  T
Q  317 nnnnnnnntccttcagccatcacaattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgnnnnnnntgaaatcatttctgcccaaa 416  Q
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| |||    
T  39346974 aaaaaaaatccttcagccatcacaattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgaaaaaaatgaaatcatttctgccaaaa 39346875  T
Q  417 caatattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatg 516  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39346874 caatattcataagctaaatattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatg 39346775  T
Q  517 ctatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctg 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39346774 ctatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctg 39346720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 4013116 - 4012564
Alignment:
Q  17 cctctttcataagttcataggaaatatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4013116 cctctttcataagttcataggaaatatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaaaatatttaacctgtgcaatttgagat 4013017  T
Q  117 atattcatcaattcattactgcaagttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4013016 atattcatcaattcattactgcaagttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcaatacatactaaataattaaactttaacacac 4012917  T
Q  217 ttagaaagaaagagtgagaatggcttttataaagcagaaataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccggttagagnnnn 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        
T  4012916 ttagaaagaaagagtgagaatggcttttataaatcagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagag--aa 4012819  T
Q  317 nnnnnnnntccttcagccatcacaattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgnnnnnnntgaaatcatttctgcccaaa 416  Q
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| |||    
T  4012818 aaaaaaaatccttcagccatcacaattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgaaaaaaatgaaatcatttctgccaaaa 4012719  T
Q  417 caatattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatg 516  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4012718 caatattcataagctaaatattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatg 4012619  T
Q  517 ctatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctg 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4012618 ctatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctg 4012564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 25879980 - 25879434
Alignment:
Q  17 cctctttcataagttcataggaaatatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25879980 cctctttcataagttcataggaaatatgtcttaaaatgggcacatgaaaagggtttcttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagat 25879881  T
Q  117 atattcatcaattcattactgcaagttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacac 216  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25879880 atattcatcaattcattagtgcaagttcaatgaaaattaaagtttcatctgaggagaaacagaaaattaatacatactaaataagtaaactttaacacac 25879781  T
Q  217 ttagaaagaaagagtgagaatggcttttataaagcagaaataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccggttagagnnnn 316  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    ||||| ||||||        
T  25879780 ttagaaagaaacggtgagaatggcttttataaatcagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcacaccatat----atccgtttagag--aa 25879687  T
Q  317 nnnnnnnntccttcagccatcacaattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgnnnnnnntgaaatcatttctgcccaaa 416  Q
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||| ||||||||||        || |||||||||| || |||    
T  25879686 aaaaaaaatccttcagccatcacaattttgattgaaactacat-tatagatagtgtcggcataaccaacttt-aaaaaaatgcaatcatttctaccaaaa 25879589  T
Q  417 caatattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatg 516  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  25879588 cagtattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacaaaagaatacaacttgctaaatgcaatg 25879489  T
Q  517 ctatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctg 571  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25879488 ctatacttttcaatactaattttaaaatcactactgtatactacttcactctctg 25879434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 35348705 - 35348172
Alignment:
Q  17 cctctttcataagttcataggaaatatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35348705 cctctttcataagttcataggaaatatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaaaatatttaacctgtgcaatttgagat 35348606  T
Q  117 atattcatcaattcattactgcaagttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35348605 atattcatcaattcattactgcaagttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcaatacatacaaaataattaaactttaacacac 35348506  T
Q  217 ttagaaagaaagagtgagaatggcttttataaagcagaaataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccggttagagnnnn 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        
T  35348505 ttagaaagaaagagtgagaatggctttt-------------------ataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagag--ag 35348427  T
Q  317 nnnnnnnntccttcagccatcacaattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgnnnnnnntgaaatcatttctgcccaaa 416  Q
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| |||    
T  35348426 aaaaaaaatccttcagccatcacaattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgaaaaaaatgaaatcatttctgccaaaa 35348327  T
Q  417 caatattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatg 516  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35348326 caatattcataagctaaatattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatg 35348227  T
Q  517 ctatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctg 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35348226 ctatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctg 35348172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 571
Target Start/End: Original strand, 10789420 - 10789967
Alignment:
Q  17 cctctttcataagttcataggaaatatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10789420 cctctttcataagttcataggaaatatgtcttaaaatgggcacatgaaaaaggtttcttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagat 10789519  T
Q  117 atattcatcaattcattactgcaagttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacac 216  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10789520 atattcatcaattcattagtgcaagttcaatgaaaattaaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcaatacatactaaataagtaaactttaacacac 10789619  T
Q  217 ttagaaagaaagagtgagaatggcttttataaagcagaaataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccggttagagnnnn 316  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    ||||| ||||||        
T  10789620 ttagaaagaaacagtgagaatggcttttataaatcagacataagtttataactgaatgaaagaccatggtcacaccatat----atccgtttagag-aga 10789714  T
Q  317 nnnnnnnntccttcagccatcacaattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgnnnnnnntgaaatcatttctgcccaaa 416  Q
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||       || ||||||||||||| |||    
T  10789715 aaaaaaaatccttcagccatcacaattttgattgaaactacat-tatagatagtgccggcataaccaactttg-aaaaaatgcaatcatttctgccaaaa 10789812  T
Q  417 caatattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatg 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  10789813 caatattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacaaaagaatacaacttgctaaatgcaatg 10789912  T
Q  517 ctatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctg 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10789913 ctatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctg 10789967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 128 - 219
Target Start/End: Original strand, 8749646 - 8749737
Alignment:
Q  128 ttcattactgcaagttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacactta 219  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||| |||| |||| || |  ||||| || ||||||||||||||||    
T  8749646 ttcattagtgcaacttcgatgaaaattaaaggttcacctgaggagaaacataaaaacagttcacataaaatagtttaactttaacacactta 8749737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University