View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14392_high_11 (Length: 567)

Name: NF14392_high_11
Description: NF14392
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14392_high_11
NF14392_high_11
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (1-551)||(12266976-12267529)
chr8 (1-551)||(12282702-12283252)
chr8 (9-545)||(12256891-12257427)
chr8 (9-545)||(12264283-12264819)
chr8 (9-545)||(12270895-12271428)
chr8 (22-551)||(12287555-12288081)
chr8 (175-224)||(12284738-12284787)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-551)||(29197611-29198151)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 484; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 12267529 - 12266976
Alignment:
Q  1 tacaaatcttaaataatgttagggtaattccatcaaaagggaaaaccaatagcaacaccattagagttcttgacaccaacg---tccattccagttaacc 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  12267529 tacaaatcttaaataatgttagggtaattccatcaaaagggaaaaccaatagcaacaccattagagttcttgacaccaacaatatccattccagttaacc 12267430  T
Q  98 ggccaccacaattctttccatgcatcaccgtttgcttctccgccacggtaaccgatctttcctccggcacaaccaccctcacactaaaatgaataacccc 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12267429 ggccaccacaattctttccatgcatcaccgtttgcttctccgccacggtaaccgatctttcctccggcacaaccaccctcacactaaaatgaataacccc 12267330  T
Q  198 attttgcctcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcaaacaattttccggcacggcgccattaagaaaatccgaaacgccaattcttgct 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12267329 attttgcctcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacggtgccattaagaaaatccgaaacgccaattcttgct 12267230  T
Q  298 accccaataggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatg 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12267229 accccaataggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatg 12267130  T
Q  398 aaaggaaactcaaatttttcccacaattattgtcgttatctttcaccgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatc 497  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12267129 aaaggaaactcgaattttttccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatc 12267030  T
Q  498 ctcggttacatgaatattttcactagatataaccgtgatttcaaatgtacgtga 551  Q
     |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  12267029 ttcggttacatgaatattttcgccggatataaccgtgatttctaatgtgcgtga 12266976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 12283252 - 12282702
Alignment:
Q  1 tacaaatcttaaataatgttagggtaattccatcaaaagggaaaaccaatagcaacaccattagagttcttgacaccaacgtccattccagttaaccggc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12283252 tacaaatcttaaataatgttagggtaattccaccaaaagggaaaaccaatagcaacaccattacagttcttgacaccaacatccattccagttaaccggc 12283153  T
Q  101 caccacaattctttccatgcatcaccgtttgcttctccgccacggtaaccgatctttcctccggcacaaccaccctcacactaaaatgaataaccccatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  12283152 caccacaattctttccatgcatcaccgtttgcttctccgccacggtaactgatctttcctccggcacaaccaccctcacactgaaatgaataactccatt 12283053  T
Q  201 ttgcctcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcaaacaattttccggcacggcgccattaagaaaatccgaaacgccaattcttgctacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12283052 ttgcctcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacggcgccattgagaaaatccgaaacgccaattcttgctacc 12282953  T
Q  301 ccaataggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12282952 ccaataggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaa 12282853  T
Q  401 ggaaactcaaatttttcccacaattattgtcgttatctttcaccgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcctc 500  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12282852 ggaaactcgaattttttccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcttc 12282753  T
Q  501 ggttacatgaatattttcactagatataaccgtgatttcaaatgtacgtga 551  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  12282752 ggttacatgaatattttcgccggatataaccgtgatttctaatgtgcgtga 12282702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 12257427 - 12256891
Alignment:
Q  9 ttaaataatgttagggtaattccatcaaaagggaaaaccaatagcaacaccattagagttcttgacaccaacgtccattccagttaaccggccaccacaa 108  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  12257427 ttaaataatgtttgggtaattccaccaaaacggaataccaatagcaacaccattagagtccttggtaccaacatccattccagttaaccgaccaccataa 12257328  T
Q  109 ttctttccatgcatcaccgtttgcttctc---cgccacggtaaccgatctttcctccggcacaaccaccctcacactaaaatgaataaccccattttgcc 205  Q
    |||||||||| |   || || ||||| ||   |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  12257327 ttctttccatccgcgacagtctgcttttcaaccgccacggtagccgatgttttctccggcacaaccaccctcacactgaaatgaataactccattttgcc 12257228  T
Q  206 tcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcaaacaattttccggcacggcgccattaagaaaatccgaaacgccaattcttgctaccccaat 305  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||   |||||||||| ||||||||    
T  12257227 tcccttcccagttcctcaatttataactcaaaatttgcaaacaattttccggcgcgatgccattgagaaaatccgaaagagcaattcttgccaccccaat 12257128  T
Q  306 aggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaa 405  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  12257127 aggacgtacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaaagtgattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttctcattccatgaaagaaaa 12257028  T
Q  406 ctcaaatttttcccacaattattgtcgttatctttcaccgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcctcggtta 505  Q
    ||| | |||||||||||||||   || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  12257027 ctcgagtttttcccacaatta---tcattatctttcaccgtttttgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacaacaacgtatgcatcctccgtta 12256931  T
Q  506 catgaatattttcactagatataaccgtgatttcaaatgt 545  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  12256930 catgaatattttcaccagatataaccgtaatttctaatgt 12256891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 12264819 - 12264283
Alignment:
Q  9 ttaaataatgttagggtaattccatcaaaagggaaaaccaatagcaacaccattagagttcttgacaccaacgtccattccagttaaccggccaccacaa 108  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  12264819 ttaaataatgtttgggtaattccaccaaaacggaataccaatagcaacaccattagagtccttggtaccaacatccattccagttaaccgaccaccataa 12264720  T
Q  109 ttctttccatgcatcaccgtttgcttctc---cgccacggtaaccgatctttcctccggcacaaccaccctcacactaaaatgaataaccccattttgcc 205  Q
    |||||||||| |   || || ||||| ||   |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  12264719 ttctttccatccgcgacagtctgcttttcaaccgccacggtagccgatgttttctccggcacaaccaccctcacactgaaatgaataactccattttgcc 12264620  T
Q  206 tcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcaaacaattttccggcacggcgccattaagaaaatccgaaacgccaattcttgctaccccaat 305  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||   |||||||||| ||||||||    
T  12264619 tcccttcccagttcctcaatttataactcaaaatttgcaaacaattttccggcgcgatgccattgagaaaatccgaaagagcaattcttgccaccccaat 12264520  T
Q  306 aggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaa 405  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  12264519 aggacgtacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaaagtgattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttctcattccatgaaagaaaa 12264420  T
Q  406 ctcaaatttttcccacaattattgtcgttatctttcaccgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcctcggtta 505  Q
    ||| | |||||||||||||||   || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  12264419 ctcgagtttttcccacaatta---tcattatctttcaccgtttttgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacaacaacgtatgcatcctccgtta 12264323  T
Q  506 catgaatattttcactagatataaccgtgatttcaaatgt 545  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  12264322 catgaatattttcaccagatataaccgtaatttctaatgt 12264283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 9 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 12271428 - 12270895
Alignment:
Q  9 ttaaataatgttagggtaattccatcaaaagggaaaaccaatagcaacaccattagagttcttgacaccaacgtccattccagttaaccggccaccacaa 108  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||| || ||||||||||||||||   |||||| || ||||||||||||||| ||||| ||    
T  12271428 ttaaataatgttagggtaattccaccaaacaggaataccaataacagcaccattagagttcttcgtaccaacatcaattccagttaaccggtcaccataa 12271329  T
Q  109 ttctttccatgcatcaccgtttgcttctccgccacggtaaccgatctttcctccggcacaaccaccctcacactaaaatgaataaccccattttgcctcc 208  Q
     ||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  12271328 ctctttccatccgccaccggttgcttctccgccacggtaaccgttctttgctctggcacaaccaccctcacaccaaaatgaataactccattttgcctcc 12271229  T
Q  209 cttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcaaacaattttccggcacggcgccattaagaaaatccgaaacgccaattcttgctaccccaatagg 308  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||   |  | || || |||| |||||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  12271228 cttcccaattcctcaatttataactcaaaattcgtgaacaattttccgattcatccccgtttagaatatccgaaacggcgattcttgccaccccaatagg 12271129  T
Q  309 acgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaactc 408  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||     
T  12271128 gcgaacacttttgaacttcttgcattgcacctcaaacgtgattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttctcattccatgaaagaaaactt 12271029  T
Q  409 aaatttttcccacaattattgtcgttatctttcaccgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcctcggttacat 508  Q
     | |||||||||||||||   || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  12271028 gagtttttcccacaatta---tcattatctttcaccgttttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacaacaacgtatgcatcctctgttacat 12270932  T
Q  509 gaatattttcactagatataaccgtgatttcaaatgt 545  Q
    |||||||||| | |||||||| ||| ||||| |||||    
T  12270931 gaatattttctccagatataatcgtaatttctaatgt 12270895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 22 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 12288081 - 12287555
Alignment:
Q  22 gggtaattccatcaaaagggaaaaccaatagcaacaccattagagttcttgacaccaacgtccattccagttaaccggccaccacaattctttccatgca 121  Q
    ||||||||||| | ||| |||| ||||||| || | |||||||||||||||  |||||| || ||||||||||||||  ||||| || |||| |||| |     
T  12288081 gggtaattccacctaaaaggaataccaataacacctccattagagttcttggtaccaacatcaattccagttaaccgatcaccataactcttcccatccg 12287982  T
Q  122 tcaccgtttgcttctccgccacggtaaccgatctttcctccggcacaaccaccctcacactaaaatgaataaccccattttgcctcccttcccaatccct 221  Q
     ||  |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  12287981 ccagtgtttccttttccgccaccgtaaccgatctttcctctggcgcaaccaccttcacaccaaaatgaataactccattttgcctcccttcccaatctct 12287882  T
Q  222 caatttataactcaaaatttgcaaacaattttccggcacggcgccattaagaaaatccgaaacgccaattcttgctaccccaataggacgaacactttta 321  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||   | || || || |||| |||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  12287881 caatttataactcaaaattcgtgaacaattttccgattcagccccgtttagaatatccgaaacggcgattcttgccaccccaataggtcgaacactttta 12287782  T
Q  322 aacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaactcaaatttttcccac 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||| ||    
T  12287781 aacttcttgcattgcacctcaaacgtgattgaccttgcatgcaatggcatgtttaataaaaacttctcattccatgaaagaaaactcgagtttttcctac 12287682  T
Q  422 aattattgtcgttatctttcaccgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcctcggttacatgaatattttcact 521  Q
    ||| |   |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |     
T  12287681 aatca---tcgttatctttcactgtcttcgtcgtgtaacaattaagagactcacctcgaacaacaacatatgcatcctcaattacatgaatattttcccc 12287585  T
Q  522 agatataaccgtgatttcaaatgtacgtga 551  Q
     ||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  12287584 ggatataaccgttatttctaatgtatgtga 12287555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 224
Target Start/End: Original strand, 12284738 - 12284787
Alignment:
Q  175 ctcacactaaaatgaataaccccattttgcctcccttcccaatccctcaa 224  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||    
T  12284738 ctcacactaaaattaataacaccatttttcctaccatcccaatccctcaa 12284787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 8 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 29198151 - 29197611
Alignment:
Q  8 cttaaataatgttagggtaattccatcaaaagggaaaaccaatagcaacaccattagagttcttgacaccaacgtccattccagttaaccggccaccaca 107  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| ||||  |||| ||||||| |||||| |||||||||||||  |||||| || ||||||||||||||  ||||| |    
T  29198151 cttaaataacgctagggtaattccaccaaacaggaataccaataacaacactattagagttcttggtaccaacatcaattccagttaaccgatcaccata 29198052  T
Q  108 attctttccatgcatcaccgtttgcttctccgccacggtaaccgatctttcctccggcacaaccaccctcacactaaaatgaataaccccattttgcctc 207  Q
    | |||||  ||    |   ||||  || | | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  29198051 actctttttatctgccgttgttttatttttcaccacggtaaccgatcttttctccggcataaccaccctcacaccaaaatgaataactccattttgcctc 29197952  T
Q  208 ccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcaaacaattttccggcacggcgccattaagaaaatccgaaacgccaattcttgctaccccaatag 307  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||  |  |||||||||||    | || || || |||| |||| ||||| | |||| ||  ||||||||||    
T  29197951 ccttcccagttcctcaatttataactcaaaatccgggaacaattttccaattcagccccgtttagaatatccaaaacggcgattcgtgtcaccccaatag 29197852  T
Q  308 gacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaaggaaact 407  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29197851 ggcgaacacttttgaacttcttgcattgcacctcaaatgtgattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaacttttcattccatgaaagaaaact 29197752  T
Q  408 caaatttttcccacaattattgtcgttatctttcaccgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcctcggttaca 507  Q
    | | ||||| |||||   || ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  29197751 cgagttttttccaca---atcgtctttatttttcactgttttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgacaacgtatgcatcctcagttata 29197655  T
Q  508 tgaatattttcactagatataaccgtgatttcaaatgtacgtga 551  Q
    |||||||||||||  | |||||| || ||||| ||||| |||||    
T  29197654 tgaatattttcaccggttataactgttatttctaatgtgcgtga 29197611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University