View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14392_low_1 (Length: 934)

Name: NF14392_low_1
Description: NF14392
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14392_low_1
NF14392_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (37-918)||(6821866-6822753)
chr2 (14-78)||(6822744-6822808)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 749; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 749; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 918
Target Start/End: Complemental strand, 6822753 - 6821866
Alignment:
Q  37 cacctaaaaagttgatggcgccaaacacacgccacctaaaaaacacaggtcaccttaaagaacaaccgtgaacagagagctcggatcttgaaacaagcaa 136  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |    
T  6822753 cacctaaaaagttgatgctgccaaacacataccacctaaaacccacaggtcaccttaaagaaccaccgtgaacagagagctcagatcttgaaacaagtta 6822654  T
Q  137 ttccctctaacaacctaaatctgcgctatttcaagccaccactcaaaccccagtccaccagctagaaggcaatgccacagtagccccaccaccgccttcc 236  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||    
T  6822653 ttccctctaacaacctaaatcagcgccatttcaagcaaccgctcaaaccccagtccaccagctagaaggcaatgccacagtagcccgacc---gccttcc 6822557  T
Q  237 taaacaaccctcaaccctctggtgagatggagacacgaacccgcatctgaaaaccttagccacgcccaccaaaactgaacctaaccagtgcaaaaacaac 336  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6822556 taaacaaccatcaaccctctggtgagatggagacacgaacccgcatctgaaaaccttagccacgcccaccaaaactgaacctaaccagtgcaaaaacaac 6822457  T
Q  337 ctcgaaacccacaatcaccttcaaccaaccaccaaacctgtatcaaacttgcaatggtggatctaattaagaactgacaaagatatgaaacgggtgtcgc 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6822456 ctcgaaacccacaatcaccttcaaccaaccaccaaacctatatcaaacttgcaatggtggatctaattaagaaccgacaaagatatgaaacgggtgtcgc 6822357  T
Q  437 atgaaacgtaaaggcacacaaggggcgcaaccaaaccagccaaaaaggccatacacccagcaggccccatcgccaagaaacccacaccccaatatgccac 536  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6822356 atgaaacgcaaaggcacacaaggggcgcaaccaaaccagccaaaaaggccatacacccagcaggccccatcgccaagaaacccacaccccaatatgccac 6822257  T
Q  537 ccctgaggcgagacatacctgacgctcaaaacagaggaacacaacaataatcctctaaagcataaactgagcggcacccagcaacg---------acaac 627  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||         |||||    
T  6822256 ccctgaggcgagacatacctgacgctcaaaatagaggaacacaacaataatcctccaaagcataaactgagcggcacccaacaacgacgacaacaacaac 6822157  T
Q  628 aacaacaaagaatgaagcacacaccaactcttcattggaaaagaggatccccaaccgaatcaagcagaagaaacatatcacaaaaccgaaaagtcgtgga 727  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6822156 aacaacaaagaatgaagcacacaccaactcttcattggaaaagaggatccccaaccgaatcaagcagaagaaacatatcacaaaaccgaaaagtcatgga 6822057  T
Q  728 tttgaaaccacataaactcaaatcgctaacatcggataatggaaaatctagtgcggccactgtatgaagaggttgctcggtggtgcggagaacattttaa 827  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6822056 tttggaaccacataaactcaaatcgctaacatcggataatggaaaatctagtgcggccactgtatgaagaggttgctcggtggtgcggagaacattttaa 6821957  T
Q  828 ttgcatgctttcataatattgtccattttccaacagacctaaacatccaatttatgatgcttaccgagactaaatgaatttttatacatat 918  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6821956 ttgcatgctttcataatattgtccattttccaacagacctaaacatccaatttatgatgcttaccgagactaaatgaatttttatacatat 6821866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 6822808 - 6822744
Alignment:
Q  14 agcataggccggacagacaatagcacctaaaaagttgatggcgccaaacacacgccacctaaaaa 78  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6822808 agcataggccagacggacaatatcacctaaaaagatgatggcgccaaacacatgccacctaaaaa 6822744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University