View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14398_high_7 (Length: 357)

Name: NF14398_high_7
Description: NF14398
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14398_high_7
NF14398_high_7
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (14-350)||(30167626-30167962)
chr3 (18-349)||(49732215-49732543)
chr3 (18-284)||(32004510-32004773)
chr3 (25-295)||(13448016-13448282)
chr3 (29-350)||(6176759-6177080)
chr3 (71-350)||(2813781-2814060)
chr3 (71-350)||(25873392-25873672)
chr3 (71-349)||(23601353-23601631)
chr3 (71-350)||(7146621-7146900)
chr3 (84-294)||(28675266-28675476)
chr3 (74-349)||(9378679-9378955)
chr3 (71-337)||(29308987-29309254)
chr3 (84-294)||(24227408-24227617)
chr3 (61-112)||(6517892-6517943)
chr3 (131-169)||(51144705-51144743)
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (18-350)||(45421045-45421377)
chr2 (71-348)||(13549704-13549981)
chr2 (71-350)||(9949545-9949824)
chr2 (71-348)||(22052207-22052484)
chr2 (74-348)||(33547455-33547729)
chr2 (71-350)||(43627078-43627358)
chr2 (70-349)||(31085919-31086198)
chr2 (71-280)||(26681461-26681670)
chr2 (71-271)||(31594134-31594334)
chr2 (147-322)||(26180234-26180409)
chr2 (71-288)||(31774264-31774481)
chr2 (71-274)||(35694213-35694416)
chr2 (14-139)||(32145426-32145550)
chr2 (168-220)||(25784588-25784640)
chr2 (73-112)||(558655-558694)
chr2 (131-169)||(10978466-10978504)
chr2 (71-215)||(38233126-38233270)
[»] scaffold0418 (1 HSPs)
scaffold0418 (18-350)||(7202-7534)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (18-350)||(7663519-7663851)
chr4 (18-334)||(47540455-47540768)
chr4 (18-334)||(3130276-3130589)
chr4 (24-334)||(8655370-8655677)
chr4 (71-349)||(23279187-23279465)
chr4 (79-262)||(1121013-1121196)
chr4 (71-350)||(8487262-8487541)
chr4 (74-350)||(23873757-23874033)
chr4 (71-337)||(2630978-2631244)
chr4 (74-350)||(55298206-55298479)
chr4 (25-314)||(20673243-20673532)
chr4 (24-197)||(5817615-5817785)
chr4 (25-162)||(12776676-12776814)
chr4 (72-177)||(33312980-33313085)
chr4 (71-192)||(25875129-25875249)
chr4 (212-271)||(13159132-13159191)
chr4 (131-169)||(7473047-7473085)
chr4 (131-169)||(8934742-8934780)
chr4 (139-169)||(19114084-19114114)
chr4 (139-169)||(30310094-30310124)
chr4 (71-99)||(42072807-42072835)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (18-349)||(15653987-15654318)
chr7 (18-349)||(46623231-46623562)
chr7 (18-225)||(21277457-21277663)
chr7 (71-349)||(12379007-12379285)
chr7 (74-350)||(13439636-13439912)
chr7 (75-347)||(3104487-3104761)
chr7 (71-324)||(28326936-28327189)
chr7 (71-348)||(30385780-30386056)
chr7 (71-334)||(43104891-43105154)
chr7 (75-325)||(45235534-45235784)
chr7 (24-175)||(9546273-9546421)
chr7 (210-348)||(45942570-45942708)
chr7 (73-177)||(3632385-3632489)
chr7 (71-277)||(26714095-26714304)
chr7 (38-109)||(37675787-37675857)
chr7 (127-205)||(13775861-13775939)
chr7 (195-253)||(968182-968240)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (18-349)||(36305312-36305642)
chr1 (26-349)||(36928703-36929025)
chr1 (18-334)||(4644542-4644856)
chr1 (18-323)||(47115817-47116120)
chr1 (24-334)||(21527697-21528004)
chr1 (18-220)||(25639874-25640076)
chr1 (24-334)||(48266015-48266322)
chr1 (24-295)||(14365961-14366228)
chr1 (71-350)||(32353578-32353857)
chr1 (71-350)||(14119344-14119624)
chr1 (71-350)||(37530144-37530425)
chr1 (74-350)||(48073712-48073989)
chr1 (71-350)||(38231267-38231546)
chr1 (24-221)||(52336198-52336392)
chr1 (71-336)||(3692207-3692472)
chr1 (24-158)||(9528226-9528357)
chr1 (194-288)||(30970951-30971045)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (26-349)||(7451888-7452210)
chr8 (26-334)||(19385007-19385312)
chr8 (71-350)||(2871771-2872049)
chr8 (68-230)||(12218418-12218580)
chr8 (73-325)||(16421315-16421567)
chr8 (85-352)||(412645-412911)
chr8 (246-350)||(35405460-35405564)
chr8 (71-205)||(28542583-28542717)
chr8 (203-268)||(30501680-30501745)
chr8 (14-66)||(12531140-12531192)
chr8 (145-288)||(31216834-31216977)
chr8 (76-169)||(35405329-35405422)
chr8 (139-241)||(39483130-39483232)
chr8 (303-337)||(39903526-39903560)
chr8 (249-286)||(39483047-39483084)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (28-334)||(10487203-10487506)
chr5 (71-350)||(32917897-32918176)
chr5 (71-349)||(6264480-6264758)
chr5 (73-350)||(34480538-34480815)
chr5 (71-348)||(15499929-15500206)
chr5 (131-294)||(6020378-6020541)
chr5 (72-294)||(587097-587319)
chr5 (74-266)||(34858058-34858250)
chr5 (127-294)||(31862229-31862396)
chr5 (134-169)||(22095712-22095747)
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (18-334)||(33629628-33629940)
chr6 (18-334)||(1682570-1682883)
chr6 (71-350)||(15673405-15673684)
chr6 (71-350)||(25317434-25317713)
chr6 (71-350)||(26204928-26205207)
chr6 (71-350)||(8873107-8873386)
chr6 (71-350)||(23347747-23348026)
chr6 (71-350)||(13755045-13755324)
chr6 (71-349)||(19348854-19349125)
chr6 (145-294)||(4406666-4406815)
chr6 (105-294)||(19256659-19256848)
chr6 (194-294)||(33745798-33745898)
chr6 (71-111)||(4596466-4596506)
chr6 (227-273)||(14528109-14528155)
chr6 (138-167)||(5086487-5086516)
chr6 (132-169)||(8263887-8263924)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (29-334)||(134933-135235)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (29-334)||(312760-313062)
scaffold0002 (29-334)||(328214-328516)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (24-230)||(22614-22817)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (136-225)||(12276-12365)
[»] scaffold0287 (1 HSPs)
scaffold0287 (73-177)||(13596-13700)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 14 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 30167962 - 30167626
Alignment:
Q  14 agaaactactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccac 113  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30167962 agaaactactacacgaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccac 30167863  T
Q  114 tgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacat 213  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30167862 tgccgggtaccataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgagagttattacat 30167763  T
Q  214 tattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30167762 tattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacccgtcaa 30167663  T
Q  314 ataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30167662 ataagtaaactgaagaaaatgatcggaaatattatct 30167626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 49732543 - 49732215
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49732543 actacaacaggaatcaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgct 49732447  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    | ||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  49732446 gagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattatt 49732347  T
Q  218 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 317  Q
    ||||||||||||||| || || ||| |||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  49732346 aaacagacgattatttcgctcgttccacacaacccgggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 49732247  T
Q  318 gtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatc 349  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  49732246 gtaaactgaagaaaatggtcggatatattatc 49732215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 284
Target Start/End: Original strand, 32004510 - 32004773
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32004510 actacaacaggaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacatacaagagggcatgaccaccactgct 32004606  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    | ||| || | |||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  32004607 gagtaccaaacacaaaagtagttcttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattgcattatt 32004706  T
Q  218 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaa 284  Q
    ||||||||||||||| || ||  || |||||| |||  || | ||||| || |||||||||||||||    
T  32004707 aaacagacgattatttcgctctatccacacaatccaaacaaagagaaggcaaataagttgcataaaa 32004773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 25 - 295
Target Start/End: Original strand, 13448016 - 13448282
Alignment:
Q  25 caggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatc 124  Q
    ||||||||||||||||||| |||   | |||||||||||||   |||||| | || |||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||| || ||| |    
T  13448016 caggaaccaagagttacaataaa---acaaccaacccaacagagctacatcaacctatactcaaacacacaagagagcaagaccaccactgttgagtacc 13448112  T
Q  125 ataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaga 224  Q
    | | |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||  || || ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13448113 aaacacaaaagtagttttt-tagctttcaaccaagctaaggacaacaatttgaccttgcctaacaagcgggaaatgggagttattacattattaaacaga 13448211  T
Q  225 cgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctaga 295  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13448212 cgattatttcgttcattccacacaactcaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctaga 13448282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 29 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 6177080 - 6176759
Alignment:
Q  29 aaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataa 128  Q
    |||||||||||||||||| ||||||   ||| || ||  |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||    
T  6177080 aaccaagagttacaacaattacaaacaaaacacaccagaaaaacattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaa 6176981  T
Q  129 acaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgat 228  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||  || ||||  ||||  |  ||| | || |  |||| |||||||| ||| |    
T  6176980 acaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagcttaatcttatctagtaaacaagagatgagggtaacaacatgattaaacatacggt 6176881  T
Q  229 tattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaag 328  Q
    |||| ||||||||| | |||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||| |     
T  6176880 tattacgttcattccaaacaacccaggcacataaaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaa 6176781  T
Q  329 aaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    ||||||||| ||| ||||||||    
T  6176780 aaaatgatctgaaatattatct 6176759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 2814060 - 2813781
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  2814060 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccattgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaac 2813961  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | || ||||| ||||| ||||| ||||    
T  2813960 aacttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccagactacccaggcacatagaagtcata 2813861  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    | ||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||  ||| ||||||||    
T  2813860 ttagttgcataaacgaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatttgaaatattatct 2813781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 25873672 - 25873392
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || |||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |    
T  25873672 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaagatagcttttttagctttcagccaacctaaagacatc 25873573  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  25873572 aacttaaccttatcaagtaaacacgggatgggggtaacaacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 25873473  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactg-aagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    | ||||||||||||||||| |||| | || ||||||||| ||||| ||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||    
T  25873472 tgagttgcataaaagaacgcctagcagcaccaccacctgccaaatgagtgaactgtaaaaaaatgatcggaaatattatct 25873392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 71 - 349
Target Start/End: Original strand, 23601353 - 23601631
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||  || |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  23601353 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgagtcccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 23601452  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |    
T  23601453 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccaga 23601552  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatc 349  Q
    | |||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||||| ||| |||||||    
T  23601553 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatc 23601631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Original strand, 7146621 - 7146900
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  7146621 acattagcaaatacccaaacaaacaagggggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacatc 7146720  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  || ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||    
T  7146721 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatccggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccata 7146820  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||||| ||| ||||||||    
T  7146821 taagttgcaaaaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatct 7146900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 84 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 28675476 - 28675266
Alignment:
Q  84 cccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgt 183  Q
    ||||||||||| | ||| |  |||||||||| ||| ||| |  ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  28675476 cccaaacaaactaaaggactcgaccaccactactgcgtaccgaaaacaaaagtagcttttttaactttcaaccagcctaaagacaacatcttaaccttgt 28675377  T
Q  184 ctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaa 283  Q
    ||||||| || ||||||||||| |  ||||||||||| || |||||||| |||| |||| ||||||| ||  |||| ||||| || || |||||||||||    
T  28675376 ctaacaatcgaggaatgggagtaacaacattattaaataggcgattatttcgttaattccacacaacacagacacacagaagtcaaatgagttgcataaa 28675277  T
Q  284 agaacgtctag 294  Q
    |||||||||||    
T  28675276 agaacgtctag 28675266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 74 - 349
Target Start/End: Original strand, 9378679 - 9378955
Alignment:
Q  74 ttagccaatacccaaacaaacaagagggc-atgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacat 172  Q
    |||||| || ||||||||||  ||||||| || ||||||| || || ||| ||  |||||| ||||||||| || |||| | ||||||||| ||||||||    
T  9378679 ttagcctattcccaaacaaaagagagggctataaccaccattgttgtgtaccaataacaaaggtagcttttttaacttttagccaacctaaagacaacat 9378778  T
Q  173 cttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatata 272  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||  || | ||||||| | |||||||| ||||| ||||| |||||     
T  9378779 cttaaccttgtctaataaacgggggatgggagtaacaacattattaaacagacgatagtttcattcattccaaacaacccaggcacacagaagtcatatg 9378878  T
Q  273 agttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatc 349  Q
    ||||||||||||||||| |||  |  | |||||| ||||| || ||||||||| |  ||||| |||||| |||||||    
T  9378879 agttgcataaaagaacgactatcattaccaccacttgtcatatgagtaaactgtaacaaatggtcggaaatattatc 9378955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 71 - 337
Target Start/End: Original strand, 29308987 - 29309254
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  29308987 acattacccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 29309086  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaac-ggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccat 269  Q
    | |||||  ||  |||  ||||  | ||  ||| || |  |||| |||||||| ||| || || || |||||| ||||||||||  |||| ||||| |||    
T  29309087 agcttaatcttagctagtaaacaagagatggggggtaacaacatgattaaacatacggttgttacgctcattccacacaacccagacacatagaagtcat 29309186  T
Q  270 ataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatc 337  Q
    || |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||    
T  29309187 attagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatc 29309254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 84 - 294
Target Start/End: Original strand, 24227408 - 24227617
Alignment:
Q  84 cccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgt 183  Q
    |||||||| |||| |||||| |||||||| ||||| |||  | |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24227408 cccaaacagacaaaagggcacgaccaccattgctgagtactaaaaacaaaagtaatttttttagctttcaaccaacctaacgacaacatcttaactttgt 24227507  T
Q  184 ctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaa 283  Q
    |||| || | |||||||||||| |  | |||  |||| || |||||||| ||||||||  | |||||||| ||||| |||| ||| || |||||||| ||    
T  24227508 ctaataagctgggaatgggagtaacaatatttctaaagaggcgattattacgttcatttcatacaacccaagcacacagaa-ccaaatgagttgcatgaa 24227606  T
Q  284 agaacgtctag 294  Q
    ||  |||||||    
T  24227607 agggcgtctag 24227617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 6517943 - 6517892
Alignment:
Q  61 caacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccacca 112  Q
    ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  6517943 caacaagaaaacattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgaccacca 6517892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 169
Target Start/End: Original strand, 51144705 - 51144743
Alignment:
Q  131 aaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 169  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51144705 aaaagtagtttttctagctttcaaccaacctaaagacaa 51144743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 18 - 350
Target Start/End: Original strand, 45421045 - 45421377
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45421045 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 45421144  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  45421145 gggtaccataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacgtggaatgtgagttattacattatt 45421244  T
Q  218 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  45421245 aaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacattaccacctgtcaaataa 45421344  T
Q  318 gtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    ||||| |||| |||||||||| || ||||||||    
T  45421345 gtaaattgaataaaatgatcgtaaatattatct 45421377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 71 - 348
Target Start/End: Original strand, 13549704 - 13549981
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| || |||| |  |||||||| ||||||    
T  13549704 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttaactttaagtcaacctaaagacaac 13549803  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    |||||||  || ||||| ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |    
T  13549804 atcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccacacaacccaggcacaaagaagccaaa 13549903  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattat 348  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||||    
T  13549904 taagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcggaaatattat 13549981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 9949824 - 9949545
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||| |||| |    
T  9949824 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtgtcaaaaacaaaggtagcttttttagcttttagccaacctaaagacatc 9949725  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  9949724 aacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaaccacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 9949625  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || ||||||| | ||||  ||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  9949624 taagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccaccagccaaaagagtgaactgtaaaaaatgatcggaaatattatct 9949545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 71 - 348
Target Start/End: Original strand, 22052207 - 22052484
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||    
T  22052207 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttaagccaacctaaagacaac 22052306  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || ||||| ||||   | ||||| || |  |||| ||||||| |||| ||||| ||||||||| | | ||||||  |||| |||||||| |    
T  22052307 aacttaatcttatctaataaacaatggatgggggtaacaacatgattaaactgacggttatttcgttcattccagataacccagacacatagaagccaaa 22052406  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattat 348  Q
    | ||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22052407 tgagttgcaaaaaagaccgtctagcaacaccaccacctgacaaatgagtaaactgaagaaaatgatcggaaatattat 22052484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 74 - 348
Target Start/End: Original strand, 33547455 - 33547729
Alignment:
Q  74 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatc 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  33547455 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagc 33547554  T
Q  174 ttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataa 273  Q
    ||||| || || |  |||| ||| ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || |    
T  33547555 ttaaccttatcaagtaaacaggggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagatta 33547654  T
Q  274 gttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattat 348  Q
    ||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||| | ||| ||||||    
T  33547655 gttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctgaaatattat 33547729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Original strand, 43627078 - 43627358
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttct-agctttcaaccaacctaaggacaa 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||||    
T  43627078 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaatgtagctttttttagctttcaaccaacctagagacaa 43627177  T
Q  170 catcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccat 269  Q
    || |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  || ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  43627178 cagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatccggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccat 43627277  T
Q  270 ataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||||  ||| ||||||||    
T  43627278 ataagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatatgaaatattatct 43627358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 70 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 31086198 - 31085919
Alignment:
Q  70 tacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 169  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||  || || ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||    
T  31086198 tacattagcctatatccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgtataccaaaaacaaatgtagcttttttagctttcaactaacctaaagacaa 31086099  T
Q  170 catcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccat 269  Q
    | ||||||  |||||||| ||||  || |||||||| |  |||||||||||||  || ||||| |||| |||| | |||||||| ||||| | ||| |||    
T  31086098 cgtcttaatcttgtctaataaacacgggatgggagtaacaacattattaaacatgcggttatttcgttaattccaaacaacccaggcacacaaaaggcat 31085999  T
Q  270 ataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatc 349  Q
    || |||||||||||||||||||||| |  | ||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||| ||| |||||||    
T  31085998 atgagttgcataaaagaacgtctagcattaccaccacctgacaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcagaaatattatc 31085919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 71 - 280
Target Start/End: Original strand, 26681461 - 26681670
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  26681461 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacaac 26681560  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  26681561 aacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 26681660  T
Q  271 taagttgcat 280  Q
    | ||||||||    
T  26681661 ttagttgcat 26681670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 71 - 271
Target Start/End: Original strand, 31594134 - 31594334
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |    
T  31594134 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatc 31594233  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    |  ||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  31594234 aatttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 31594333  T
Q  271 t 271  Q
    |    
T  31594334 t 31594334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 147 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 26180409 - 26180234
Alignment:
Q  147 gctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgaca 246  Q
    ||||||| | ||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |  ||||||||| | || |||||||| |||| |||  | |    
T  26180409 gctttcagctaacctaaagacatcatcttaaccttgtctaataaacgggggatgggagtaacaacattattataaaggcgattatttcgtttatttcata 26180310  T
Q  247 caacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaa 322  Q
    |||| || ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |  | ||||||||| |||| |||||||    
T  26180309 caactcaggcacacagaagccatatgagttgcagaaaagaacgcctagcattaccaccacctgccaaaaaagtaaa 26180234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 71 - 288
Target Start/End: Original strand, 31774264 - 31774481
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    ||||||||| |||||||| |||   | |||||  |||||||||||||| ||  |||||  |||| | || ||| ||||||||| | | ||||| ||||||    
T  31774264 acattagcctatacccaagcaagttaaagggctagaccaccactgctgagttccataagtaaaaatggcatttttagctttcagcaatcctaaagacaac 31774363  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    |||||||| || || | ||||| |||||||||||| || ||||| |||||||  ||| ||||||  |||||| ||||||| || ||||||||||| || |    
T  31774364 atcttaaccttatcaagcaaacagggaatgggagtaataacatttttaaacaagcgactattgccctcattccacacaactcaagcacaaagaagtcaga 31774463  T
Q  271 taagttgcataaaagaac 288  Q
    | |||||||| |||||||    
T  31774464 tgagttgcatgaaagaac 31774481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 71 - 274
Target Start/End: Original strand, 35694213 - 35694416
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| |||| |||| ||||||||| | ||||||| |||| |    
T  35694213 acattagccaatatccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcagctaacctaaagacagc 35694312  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
     ||||||  || ||||  ||||  || |||||  | |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| || ||||  |||||||||     
T  35694313 gtcttaatcttatctagtaaacaagggatggggataacaacatgattaaacacacggttatttcgttcattccaaacaactcaagcacgtagaagccatg 35694412  T
Q  271 taag 274  Q
    ||||    
T  35694413 taag 35694416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 139
Target Start/End: Original strand, 32145426 - 32145550
Alignment:
Q  14 agaaactactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccac 113  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||||||| || |||   | | || ||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  32145426 agaaactactgcagaaatcaagagttacaacaattagaaatagagcacagcagaacaacattagcctatacccaaacaaacaagagggctagacca-cac 32145524  T
Q  114 tgctgggtatcataaacaaaagtagc 139  Q
    ||||| ||| || ||||||| |||||    
T  32145525 tgctgtgtaccaaaaacaaaggtagc 32145550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 168 - 220
Target Start/End: Original strand, 25784588 - 25784640
Alignment:
Q  168 aacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaa 220  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25784588 aacatcttgaccttatctaacaatcggggaatgagagttattacattattaaa 25784640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 73 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 558694 - 558655
Alignment:
Q  73 attagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccacca 112  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  558694 attaaccaatacctaaacaaacaagagggcatgaccacca 558655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 10978504 - 10978466
Alignment:
Q  131 aaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10978504 aaaagaagcttttctagctttcaaccaacctaaagacaa 10978466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 71 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 38233270 - 38233126
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    ||||||||| |||||||||||||  | |||||  || ||||||||||| ||  |||||| |||| | || ||| || |||||| ||| || || |||||     
T  38233270 acattagcctatacccaaacaaattaaagggctagagcaccactgctgagttccataaataaaaatggcatttttaactttcagccatcccaaagacaat 38233171  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacatta 215  Q
    |||||||| || || | ||||| |||||||| ||| || ||||||    
T  38233170 atcttaaccttatcaagcaaacagggaatggaagtaataacatta 38233126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0418 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 1)
Name: scaffold0418
Description:

Target: scaffold0418; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 18 - 350
Target Start/End: Original strand, 7202 - 7534
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  7202 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagagcatgaccaccactgat 7301  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7302 gggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattatt 7401  T
Q  218 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  7402 aaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacaaaaccacctgtcaaataa 7501  T
Q  318 gtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  7502 gtaaaatgaataaaatgatcggaaatattatct 7534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 18 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 7663851 - 7663519
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  7663851 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagagcatgaccaccactgat 7663752  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7663751 gggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattatt 7663652  T
Q  218 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  7663651 aaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacaaaaccacctgtcaaataa 7663552  T
Q  318 gtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  7663551 gtaaaatgaataaaatgatcggaaatattatct 7663519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 334
Target Start/End: Original strand, 47540455 - 47540768
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||    ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47540455 actacaacaggaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagttacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgct 47540551  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    | ||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  47540552 gagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagttaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaacgggaaatgagagttattacattatt 47540651  T
Q  218 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 317  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  47540652 aaacagacgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 47540751  T
Q  318 gtaaactgaagaaaatg 334  Q
    |||||||||||||||||    
T  47540752 gtaaactgaagaaaatg 47540768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 3130589 - 3130276
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  3130589 actacaacaggaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcaagaccaccactgtt 3130493  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    | |||||| | |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||  || || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  3130492 gagtatcaaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaagctaaggacaacaatttgaccttgtctaacaagcggggaatgagagttattacattatt 3130393  T
Q  218 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 317  Q
    |||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||    
T  3130392 aaacagacgattattttgttcattccacacaacccaggcacaaagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaactaa 3130293  T
Q  318 gtaaactgaagaaaatg 334  Q
    |||||||||||||||||    
T  3130292 gtaaactgaagaaaatg 3130276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 24 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 8655677 - 8655370
Alignment:
Q  24 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||| |  |||||| | |||||||||||||| |||     
T  8655677 acaggaaccaagagttacaacaaa-acaaa--caacccaacataactacatcagcctatacccaaacacatgagagggtaagaccaccactgctgagtac 8655581  T
Q  124 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 223  Q
    || | ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8655580 caaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 8655481  T
Q  224 acgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaac 323  Q
     |||||||| || |||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||    ||| |||||| ||||| | |||||    
T  8655480 gcgattatttcgctcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgccttgactttgcatcacctgccaaatgaataaac 8655381  T
Q  324 tgaagaaaatg 334  Q
    |||||||||||    
T  8655380 tgaagaaaatg 8655370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 71 - 349
Target Start/End: Original strand, 23279187 - 23279465
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||| || |||| | ||| ||||| |  |||    
T  23279187 acattaacctatacccaaacaaacaagagggcaagaccaccactgttgggtaccgaaaacaaaagtagcttttttaccttttagccaccctaaaggaaac 23279286  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  23279287 atcttaaccttgtctaataaacgggggatgggagtaacaacattattaaacagacgattatttcgttcgttccacacaacccacacacaaagaagccata 23279386  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatc 349  Q
    |||||||||||||||| | ||||||   ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| || ||| |||||||    
T  23279387 taagttgcataaaagagcatctagagtgagcactacctgtcaaataagtaaactgtaaaaaatggtcagaaatattatc 23279465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 79 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 1121196 - 1121013
Alignment:
Q  79 caatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaac 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||  |||||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  1121196 caatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgttgggtaccaaaaacaaagatagcttttttaattttcaatcaacctaaggacaacatctttac 1121097  T
Q  179 tttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaag 262  Q
     ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||    
T  1121096 cttgtctaacaaacgggggatgtgagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaatccaggcacaaag 1121013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 8487541 - 8487262
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  8487541 acattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaac 8487442  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || ||||| ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| |||||| || | |||||||| ||||| | ||||||||    
T  8487441 agcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcagtccaaacaacccaggcacataaaagccata 8487342  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||| ||| ||||||||    
T  8487341 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaataagtgaactgtaagaaatgatctgaaatattatct 8487262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 74 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 23874033 - 23873757
Alignment:
Q  74 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatc 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  23874033 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagc 23873934  T
Q  174 ttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataa 273  Q
    ||||  || || |  |||| ||| ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || |    
T  23873933 ttaatcttatcaagtaaacaggggatgggggtcacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagatta 23873834  T
Q  274 gttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    ||||||||||||||||||||| | || | |||||| |||||| ||| ||||| | ||||||||| ||| ||||||||    
T  23873833 gttgcataaaagaacgtctagcagcacctccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatct 23873757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 71 - 337
Target Start/End: Original strand, 2630978 - 2631244
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||   | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  2630978 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcctaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 2631077  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| || || || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  2631078 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccatgcacatagaagccata 2631177  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatc 337  Q
    | |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||    
T  2631178 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 2631244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 74 - 350
Target Start/End: Original strand, 55298206 - 55298479
Alignment:
Q  74 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatc 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  55298206 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaac 55298305  T
Q  174 ttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataa 273  Q
    ||||  || || |  |||| ||| || || || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || |    
T  55298306 ttaatcttatcaagtaaacaggggataggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagatta 55298405  T
Q  274 gttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    |||||||||||||||||   | | || |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||| | ||| ||||||||    
T  55298406 gttgcataaaagaacgt---gcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctgaaatattatct 55298479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 25 - 314
Target Start/End: Original strand, 20673243 - 20673532
Alignment:
Q  25 caggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatc 124  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||   ||| |||||  |  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||  |    
T  20673243 caggaaccaagagttacaacgattacaaacaaaacacaacataaaaacattagcaaatacccaaacaaacaagagagcttgaccaccactgctgagtccc 20673342  T
Q  125 ataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaga 224  Q
    | ||||||| | ||||||| |||||||  |||||||||  |||| || |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| |    
T  20673343 aaaaacaaaggaagcttttttagctttataccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacata 20673442  T
Q  225 cgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaa 314  Q
    || |||||  |||||||| | |||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  20673443 cggttattatgttcattccaaacaacctaggcacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccaactgtcaaa 20673532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 24 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 5817785 - 5817615
Alignment:
Q  24 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 123  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||||  ||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||     
T  5817785 acaggaaccaagaattaaaacaaa-acaaa--caacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtac 5817689  T
Q  124 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacgggga 197  Q
    || | |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||| ||||||    
T  5817688 caaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaagcgggga 5817615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 25 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 12776814 - 12776676
Alignment:
Q  25 caggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacc-caacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 123  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||  || | |||||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||      
T  12776814 caggaaccaagagttacaacgattacaaaaaaaaacacaacagaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcc 12776715  T
Q  124 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaaccta 162  Q
    || ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||    
T  12776714 caaaaacaaaggtagctcttttagctttcaaccaaccta 12776676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Original strand, 33312980 - 33313085
Alignment:
Q  72 cattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaaca 171  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||| ||    
T  33312980 cattagccaatgcccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaagtaacttttttaactttcaaccaacctaaagacagca 33313079  T
Q  172 tcttaa 177  Q
     |||||    
T  33313080 gcttaa 33313085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 25875249 - 25875129
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||| || |||||||||| ||||  |||||||||||| || ||  || ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  25875249 acattagccaattcc-aaacaaacaaaagggtttgaccaccactgatgcgtgccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcaaccaacctaaagacaac 25875151  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaac 192  Q
    |||||||| |||||||| ||||    
T  25875150 atcttaaccttgtctaataaac 25875129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 212 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 13159191 - 13159132
Alignment:
Q  212 attattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatat 271  Q
    |||||||||||  |||||||| || |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||    
T  13159191 attattaaacattcgattatttcgctcattctacacaacccaggcaaaaagaagccatat 13159132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 169
Target Start/End: Original strand, 7473047 - 7473085
Alignment:
Q  131 aaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7473047 aaaagaagcttttctagctttcaaccaacctaaagacaa 7473085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 169
Target Start/End: Original strand, 8934742 - 8934780
Alignment:
Q  131 aaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8934742 aaaagaagcttttctagctttcaaccaacctaaagacaa 8934780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 139 - 169
Target Start/End: Original strand, 19114084 - 19114114
Alignment:
Q  139 cttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19114084 cttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 19114114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 139 - 169
Target Start/End: Original strand, 30310094 - 30310124
Alignment:
Q  139 cttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30310094 cttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 30310124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 71 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 42072835 - 42072807
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagag 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42072835 acattagccaatacccaaacaaacaagag 42072807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 18 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 15654318 - 15653987
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  15654318 actactacaggaaccaagagttacaacaattacaaaaccaacccaacatgactacattagccaatacccaagcaaacaagagggcatgaccatcactgct 15654219  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    ||||| || |||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654218 gggtaccaaaaacaaaagtagttttattagctttcaaccatcctaaagacaacatctttaccttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 15654119  T
Q  218 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 317  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15654118 aaacagacgattatttcgttcattccacacaactcatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctatcaaataa 15654019  T
Q  318 gtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatc 349  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  15654018 gtaaactgaagaaaatggtcggaaatattatc 15653987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 18 - 349
Target Start/End: Original strand, 46623231 - 46623562
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  46623231 actactacaggaatcaagagttacaacaaatacaaaatcaacccaacatgactacattaaccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactact 46623330  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46623331 gggtaccaaaaacaaaagtagcttttttagctttcaaccatcctaaggacaacatcttaaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattatt 46623430  T
Q  218 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 317  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46623431 aaacagacgattatttcgttcatttcacacgacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacaacaccacctgtcaaataa 46623530  T
Q  318 gtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatc 349  Q
    ||||||||||||||||| ||| || |||||||    
T  46623531 gtaaactgaagaaaatggtcgaaaatattatc 46623562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 21277663 - 21277457
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21277663 actaccacaggaaccaagagttacaacaattacaaa-ccgtcccaaccggactacgttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 21277565  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    ||||| || |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  21277564 gggtaccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacggaggataggagttattacattatt 21277465  T
Q  218 aaacagac 225  Q
    ||||||||    
T  21277464 aaacagac 21277457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 71 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 12379285 - 12379007
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| |||  ||||||||| ||||| ||  || |||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  12379285 acattagcctatgcccaaacaaacaagcgggtttgaccaccattgctgtgttccaaaaacaaagttagcttttttagctttcagccaacctaaagacaac 12379186  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||| |||||||| |||| ||| |||||||| | ||||||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||    
T  12379185 aacttaacattgtctaataaacaggggatgggagtaactacattattaaacaggcatttatttcgttcattccacacaacgcaggcacacagaagccata 12379086  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatc 349  Q
      ||||||||||||||||||||||    | |||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||| | |||||||    
T  12379085 cgagttgcataaaagaacgtctagctttaccaccacctgtaaaataagtaaactgtaaaaaatgttcgggaatattatc 12379007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 74 - 350
Target Start/End: Original strand, 13439636 - 13439912
Alignment:
Q  74 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatc 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  13439636 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaacactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagc 13439735  T
Q  174 ttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataa 273  Q
    ||||| || || |  |||| ||| ||||| || |  || | |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || |    
T  13439736 ttaaccttatcaagtaaacaggggatgggggtaacaacgtgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagatta 13439835  T
Q  274 gttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    ||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||| | ||| ||||||||    
T  13439836 gttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctgaaatattatct 13439912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 75 - 347
Target Start/End: Original strand, 3104487 - 3104761
Alignment:
Q  75 tagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatct 174  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||   |||||||| || || ||| ||| |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  3104487 tagcctatatccaaacaaacaagagggttagaccaccattgttgtgtaccatgaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacaacatct 3104586  T
Q  175 taactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataag 274  Q
    |||| ||||||| |||||  |||||||||||||| |||| |||||| || ||||| || ||||||||| | ||||| || ||||| | ||| ||||  ||    
T  3104587 taaccttgtctagcaaacatggaatgggagttataacatcattaaataggcgattgtttcgttcattccaaacaacacaggcacacataagacataatag 3104686  T
Q  275 ttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactg--aagaaaatgatcggaagtatta 347  Q
    |||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||| | |||||||  || |||||| |||||| |||||    
T  3104687 ttgcataaaagaacgtctagcattagcaccacttgtcaaatgaataaactgtaaaaaaaatggtcggaaatatta 3104761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 71 - 324
Target Start/End: Original strand, 28326936 - 28327189
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||  || |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  28326936 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccgccactgctgagtcccaaaaacaaatatagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 28327035  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  || ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |    
T  28327036 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacattcggttattacgttcattccaaacaacccaagcacaaagaagccaaa 28327135  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaact 324  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||| ||| ||||    
T  28327136 taagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaact 28327189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 71 - 348
Target Start/End: Original strand, 30385780 - 30386056
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||  |  || ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  30385780 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccgcccctgctgaatcccaaaaacaaatgtagcatttttagctttcaaccaacctagagacaac 30385879  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  |||||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  30385880 aacttaatcttgtctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 30385979  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattat 348  Q
    |||||||||| |||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||| | || |||||| ||| ||||||    
T  30385980 taagttgcat-aaagaatgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaacatgatctgaaatattat 30386056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 71 - 334
Target Start/End: Original strand, 43104891 - 43105154
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||  |   || ||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||| || |||    
T  43104891 acattaaccaatacccaaacaaacaagagggtttgactaccactgctcagagccaaaaacaaaacaagcttttttagctttcaaccatcctaaagaaaac 43104990  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| ||  |||||||| | |||| ||| || || | |||||| |    
T  43104991 atcttaaccttgtctaataaacggggaatgggagtaaccacattattaaacaggcgattgttttgttcattccaaacaagccaagcgcacaaaagccaaa 43105090  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatg 334  Q
    | |||| ||||||||  |||| ||    | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  43105091 tgagttacataaaagcccgtcgagctctaccaccacctgtcaaatgagtaaactgcagaaaatg 43105154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 75 - 325
Target Start/End: Original strand, 45235534 - 45235784
Alignment:
Q  75 tagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatct 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||  || ||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| |||| | |||    
T  45235534 tagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccacgactgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagcattcagccaacctaaagacatcgtct 45235633  T
Q  175 taactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataag 274  Q
    |||  || ||||| ||||  || |||||  | |  |||| |||||||| ||| ||||| | ||||||| | ||||||||  ||||  |||||||||| ||    
T  45235634 taatcttttctaataaacaagggatggggataacaacatgattaaacaaacggttatttcattcattccaaacaacccagacacatggaagccatattag 45235733  T
Q  275 ttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactg 325  Q
    |||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||| |||||||||    
T  45235734 ttgcataaaagaacgtctagcaattccaccacctgtcaaatgagtaaactg 45235784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 24 - 175
Target Start/End: Original strand, 9546273 - 9546421
Alignment:
Q  24 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||     
T  9546273 acaggaaccaagagttacaacaaa-acaaa--caacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtac 9546369  T
Q  124 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatctt 175  Q
    || | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9546370 caaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatctt 9546421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 210 - 348
Target Start/End: Original strand, 45942570 - 45942708
Alignment:
Q  210 acattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctg 309  Q
    |||| |||||||| | | ||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||    
T  45942570 acatgattaaacaaatggttatttcgttcattccacacaacccagacacaaagaagccaaattagttgcataaaagaatgtgtagcaacaccaccacctg 45942669  T
Q  310 tcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattat 348  Q
    |||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||||    
T  45942670 tcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcggaaatattat 45942708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 73 - 177
Target Start/End: Original strand, 3632385 - 3632489
Alignment:
Q  73 attagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacat 172  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || |||||||  || ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||     
T  3632385 attagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaagataacttttttagctttcaactaacctaaagacaacag 3632484  T
Q  173 cttaa 177  Q
    |||||    
T  3632485 cttaa 3632489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 71 - 277
Target Start/End: Original strand, 26714095 - 26714304
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    ||||||| | || ||||||||||| |  ||||  ||||||||| |||| ||| |  |||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||| | |||       
T  26714095 acattagtctatgcccaaacaaactaaggggctcgaccaccacagctgtgtaccgaaaacaaaaataggttttttagctttcaaccatcctgaagaccgt 26714194  T
Q  171 atctta---actttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagcc 267  Q
    ||||||   | |||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| | ||  |    
T  26714195 atcttataaattttgtctaacaatcggggaattggagtaacaacattattaaacagacgattatttcgttctttcgacacaacccaaacacacaaaaagc 26714294  T
Q  268 atataagttg 277  Q
    ||||||||||    
T  26714295 atataagttg 26714304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 38 - 109
Target Start/End: Original strand, 37675787 - 37675857
Alignment:
Q  38 ttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgacca 109  Q
    ||||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37675787 ttacaacaattataaaatcaacccaacatgactacattagccaata-ccaaacaaacaagagggcatgacca 37675857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 13775939 - 13775861
Alignment:
Q  127 aaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagt 205  Q
    |||||||| || ||| | |||||||| |||| |||||  ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  13775939 aaacaaaattatcttatttagctttcgaccaccctaaatacaacatcttaaccttgtctaataagcggggaatgggagt 13775861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 195 - 253
Target Start/End: Original strand, 968182 - 968240
Alignment:
Q  195 ggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaaccca 253  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||  ||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  968182 ggaatgggagtgattacatttttaaacaagcgactattgcgctcattccacacaaccca 968240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 18 - 349
Target Start/End: Original strand, 36305312 - 36305642
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36305312 actaccacaggaaccaagagttacaacaattacaaa-ccatcccaacaggactacattagccaatagccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgtt 36305410  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    |||||    |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36305411 gggtactgaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacggagaatgggagttattacattatt 36305510  T
Q  218 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 317  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36305511 aaacagacgattatttcgttcattccacacaacccagacacaaagtagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 36305610  T
Q  318 gtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatc 349  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| |||||||    
T  36305611 gtaaattgaagaaaatgatctgaaatattatc 36305642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 26 - 349
Target Start/End: Original strand, 36928703 - 36929025
Alignment:
Q  26 aggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatca 125  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||| ||    
T  36928703 aggaaccaagagttacaacaattacaaa-ccaacccaatcggactacgttagccaatacccaaacaaacaagagggcttaaccaccactgttgggtacca 36928801  T
Q  126 taaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagac 225  Q
     |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36928802 aaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacgagggatgggagttataacattattaaacagac 36928901  T
Q  226 gattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactg 325  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36928902 gattatttcgttcattccacacaacccaagcacaaagtagccaaataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaattg 36929001  T
Q  326 aagaaaatgatcggaagtattatc 349  Q
    |||||||||||| ||| |||||||    
T  36929002 aagaaaatgatctgaaatattatc 36929025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 334
Target Start/End: Original strand, 4644542 - 4644856
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  4644542 actacaacaagaaccaagagttacaacaaaaacaa--ccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcacgaccaccactgct 4644639  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    | ||| || | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  4644640 gagtaccaaacacaaaagtagctttttttgctttcaaccaacctaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaactgggaatggaagttattacattatt 4644739  T
Q  218 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 317  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  4644740 aaacagatgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaacaagttgcataaaagaacgtctagaattagcaccatctgtcaaataa 4644839  T
Q  318 gtaaactgaagaaaatg 334  Q
    |||||||| ||||||||    
T  4644840 gtaaactgtagaaaatg 4644856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 323
Target Start/End: Original strand, 47115817 - 47116120
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47115817 actacaacagaaaccaagagttacaacaaatacaa--ccaacccaacaaagctacattagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgct 47115914  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    ||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  47115915 gggtaccaaaagcaaaaatagcttttttagctttcaaccattctaaggacaacatctttaccttgtctgacaaacagggaatgagagttattacattatt 47116014  T
Q  218 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 317  Q
    |||||||||||||||  |||||||| ||||||| || ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||    
T  47116015 aaacagacgattattttgttcattccacacaactcaggcacaaaaaagtcatataaattgcataaaagaacgtctagaattaacaccacctgtcaaataa 47116114  T
Q  318 gtaaac 323  Q
    ||||||    
T  47116115 gtaaac 47116120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 24 - 334
Target Start/End: Original strand, 21527697 - 21528004
Alignment:
Q  24 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||     
T  21527697 acaggaaccaagagttacaacaaa-acaaa--caacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtac 21527793  T
Q  124 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 223  Q
    || | ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21527794 caaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggataacatcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 21527893  T
Q  224 acgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaac 323  Q
     |||||||| || |||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| | |||||    
T  21527894 tcgattatttcgctcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaatgaataaac 21527993  T
Q  324 tgaagaaaatg 334  Q
    |||||||||||    
T  21527994 tgaagaaaatg 21528004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 25640076 - 25639874
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25640076 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaggactacattagtcaatacccaaacaaacaagagggtatgaccaccactgct 25639977  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25639976 gggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaactaacttaaggacaacatcttaaccttatctaacaaacggggaatgagagttattacattatt 25639877  T
Q  218 aaa 220  Q
    |||    
T  25639876 aaa 25639874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 24 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 48266322 - 48266015
Alignment:
Q  24 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||   | ||||||| |||||   |||||| | || ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||    
T  48266322 acaggaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacacaacagagctacatcaacctatacccaaacacacaagagggtatgaccaccactgctaagtat 48266226  T
Q  124 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 223  Q
    || | |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  48266225 caaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttgcctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacag 48266126  T
Q  224 acgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaac 323  Q
    ||||||||| || |||||| ||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||   |||| ||||||||||||||||||||    
T  48266125 acgattatttcgctcattccacacaacccagacacagagaagccaaataagttgcataaaataacatctagacttagcatcacctgtcaaataagtaaac 48266026  T
Q  324 tgaagaaaatg 334  Q
    |||||||||||    
T  48266025 tgaagaaaatg 48266015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 24 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 14366228 - 14365961
Alignment:
Q  24 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||     
T  14366228 acaggaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtac 14366132  T
Q  124 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 223  Q
    || | |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14366131 caaacacaaaa-tagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacag 14366033  T
Q  224 acgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctaga 295  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  14366032 acgattatttcgctcattccacacaacccaagcacagagaagctaaataagttgcataaaagaacgtctaga 14365961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 32353857 - 32353578
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  32353857 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaac 32353758  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |    
T  32353757 agcttaatcttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacataattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccaga 32353658  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    | |||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||| ||| ||||  | ||||||||| ||| ||||||||    
T  32353657 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactataaaaaatgatctgaaatattatct 32353578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Original strand, 14119344 - 14119624
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaag-gacaa 169  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||  ||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||  |||||    
T  14119344 acattacccaatattcaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtttcgaaaacaaaggtaacttttttagctttcagccaacctaaaagacaa 14119443  T
Q  170 catcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccat 269  Q
    ||||||||  || ||||  ||||  || | ||| || |  |||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||  |||| | |||||||    
T  14119444 catcttaatcttatctagtaaacaagggacgggggtaacaacatgattaaacagacgattatttcgttcattccaaacaacccagacacataaaagccat 14119543  T
Q  270 ataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    || |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  14119544 attagttgcataaaagaccgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcggaaatattatct 14119624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Original strand, 37530144 - 37530425
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |    
T  37530144 acattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatc 37530243  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| |||||||||  |||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  37530244 aacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacgattattaagttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 37530343  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctag--aaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    | ||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||| || ||||||||    
T  37530344 ttagttgcataaaagaacgtctagcagaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatct 37530425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 74 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 48073989 - 48073712
Alignment:
Q  74 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatc 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  48073989 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagc 48073890  T
Q  174 ttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataa 273  Q
    ||||| || || |  |||| ||| ||||| || |  || | |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || |    
T  48073889 ttaaccttatcaagtaaacaggggatgggggtaacaacgtgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagatta 48073790  T
Q  274 gttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactg-aagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    ||||||||||||||||||||  | || |||||||| |||||| ||| ||||| || ||||||| | ||| ||||||||    
T  48073789 gttgcataaaagaacgtctaacagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaaatgagctgaaatattatct 48073712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Original strand, 38231267 - 38231546
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||  || |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  38231267 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgatgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaac 38231366  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| || ||||| ||||| ||||    
T  38231367 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaactcaggcacatagaagtcata 38231466  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| || || | ||||||||  ||| ||||||||    
T  38231467 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaaaaagtgaaatgtaaaaaatgatatgaaatattatct 38231546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 24 - 221
Target Start/End: Original strand, 52336198 - 52336392
Alignment:
Q  24 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 123  Q
    |||||| ||||||||| |||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||     
T  52336198 acaggagccaagagttgcaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtac 52336294  T
Q  124 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaac 221  Q
    || | |||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  52336295 caaacacaaaaatagcttttttatctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaacggggaatgaaagttattacattattaaac 52336392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 71 - 336
Target Start/End: Original strand, 3692207 - 3692472
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  3692207 acattagccaatactcaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 3692306  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||  | || |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  3692307 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgctacgctcattccacacaacccaggcacatagaagccata 3692406  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgat 336  Q
    | |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||    
T  3692407 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgat 3692472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 9528357 - 9528226
Alignment:
Q  24 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 123  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||    ||||| |||| ||||||||||| | |||||| || |||||||||||||| |||     
T  9528357 acaggaaccaagagttacaccaaa-acaaa--caacccaacagagttacatcagcctatacccaaacacataagaggacaagaccaccactgctgagtac 9528261  T
Q  124 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaa 158  Q
    || | |||||||||| |||| || |||||||||||    
T  9528260 caaacacaaaagtagattttttaactttcaaccaa 9528226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 30971045 - 30970951
Alignment:
Q  194 gggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaac 288  Q
    |||||||||||| |  ||||| |||||||  ||| ||||||| |||| | |||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||||    
T  30971045 gggaatgggagtaaaaacattgttaaacaatcgactattgcgctcatgccacacaacccaagcacaaaggagccagatgagttgcatgaaagaac 30970951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 26 - 349
Target Start/End: Original strand, 7451888 - 7452210
Alignment:
Q  26 aggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatca 125  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||    
T  7451888 aggaaccaagagttacaacaattacaaa-ccaacccaaccggactacgttagccaatacccaaataaacaagagggcttgaccaccactgttgggtacca 7451986  T
Q  126 taaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagac 225  Q
     |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7451987 aaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacgggggatgggagttataacattattaaacagac 7452086  T
Q  226 gattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactg 325  Q
    |||||||  |||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7452087 gattattttgttcattccacacaacccagtcacaaagtagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactg 7452186  T
Q  326 aagaaaatgatcggaagtattatc 349  Q
    |||||||||||| ||| |||||||    
T  7452187 aagaaaatgatctgaaatattatc 7452210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 26 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 19385312 - 19385007
Alignment:
Q  26 aggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatca 125  Q
    ||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  19385312 aggaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccg 19385216  T
Q  126 taaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagac 225  Q
     | ||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19385215 aacacaaaagtagcttttttagcttttaaccaagataaggacaacatcttgaccttgtctaagaaacggggaatgagagttattacattattaaacagac 19385116  T
Q  226 gattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactg 325  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| || ||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  19385115 gattatttcgttcattccacacaacacaggcacagataagctaaataagttgcataaaagaacgtctggacttagcaccacctgtcaaataagtaaactg 19385016  T
Q  326 aagaaaatg 334  Q
    |||||||||    
T  19385015 aagaaaatg 19385007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Original strand, 2871771 - 2872049
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | |    
T  2871771 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagatagc 2871870  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||   ||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||    
T  2871871 agcttaatcttatctagtaaacaaggtatggg-gtaacaacatgattaaacatctgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccata 2871969  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||||| ||| ||||||||    
T  2871970 taagttgcataaaagaacgtccagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatct 2872049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 68 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 12218580 - 12218418
Alignment:
Q  68 actacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggac 167  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||| || ||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12218580 actacgttagccaatacccagacaaagaaaagggcatgaccaccactgctgagtaccaaaaataaagatagcttttctagctttcaaccaacctaaggac 12218481  T
Q  168 aacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgatta 230  Q
    || |||||  | |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12218480 aatatcttttccttgtctaataaacgggaaatgagagttattacattattaaacagtcgatta 12218418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 73 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 16421567 - 16421315
Alignment:
Q  73 attagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacat 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||     
T  16421567 attagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagatagcag 16421468  T
Q  173 cttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatata 272  Q
    |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  | || |||||||| ||| || || || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||     
T  16421467 cttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaatatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaaacacatagaagccatatt 16421368  T
Q  273 agttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactg 325  Q
    |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||| |||||    
T  16421367 agttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactg 16421315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 85 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 412911 - 412645
Alignment:
Q  85 ccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtc 184  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |  || ||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||| |||| || |||||  || ||    
T  412911 ccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgaattccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcagccaacctaaagacagcaacttaatcttatc 412812  T
Q  185 taacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaa 284  Q
    ||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  412811 tagtaaacaagggatggg-gtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacaaagaagcaatattagttgcataaaa 412713  T
Q  285 gaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatctac 352  Q
    || ||| |   |||| |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||    
T  412712 gaccgtttgacaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatcggaaatattatctac 412645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 246 - 350
Target Start/End: Original strand, 35405460 - 35405564
Alignment:
Q  246 acaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtat 345  Q
    ||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  35405460 acaacccagacacatagaaaccatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgaaaaaaatgatcggaaatat 35405559  T
Q  346 tatct 350  Q
    |||||    
T  35405560 tatct 35405564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 71 - 205
Target Start/End: Original strand, 28542583 - 28542717
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||     || ||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  28542583 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgaaagccaaaaacaaaacaagcttttttagctttcaaccatcctaaagacaac 28542682  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagt 205  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||    
T  28542683 atcgtaaccttgtctaataaacggggaatgagagt 28542717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 203 - 268
Target Start/End: Original strand, 30501680 - 30501745
Alignment:
Q  203 agttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagcca 268  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||    
T  30501680 agttataacattattaaacagacggttattacgttcattccacaaaacccaagcacaaagaagcca 30501745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 14 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 12531192 - 12531140
Alignment:
Q  14 agaaactactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaa 66  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  12531192 agaaactattacaggaaccaagagttacaacaattacaaaaccaactcaacaa 12531140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 31216977 - 31216834
Alignment:
Q  145 tagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcga 244  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||||||||| || || || | ||||| || ||||||| | |||||||| | |||||  ||| ||||||| |||||| |    
T  31216977 tagcttttagccaacctaaagacaacatcttgaccttttcaagcaaacaggaaatgggaataattacattttaaaacaagcgactattgcgctcattcca 31216878  T
Q  245 cacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaac 288  Q
    ||||||||| ||| |||| ||| | || |||||||| |||||||    
T  31216877 cacaacccaagcataaaggagcgaaatgagttgcatgaaagaac 31216834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 169
Target Start/End: Original strand, 35405329 - 35405422
Alignment:
Q  76 agccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 169  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||  |  || ||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||    
T  35405329 agccaatactcaaacaaacaagagggtttgatcaccactgctgaattccaaaaacaaaggtagcttttttagcttttagccaacctaaagacaa 35405422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 139 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 39483232 - 39483130
Alignment:
Q  139 cttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttc 238  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||  |||| || |||||||||||| ||||| |||| ||||| | ||   | || |||||||||||||||||| |||||    
T  39483232 cttttttagctttcagccaccctagagacatcaacttaactttgtccaacaaccgggaaatggaaattgcaatatcattaaacagacgattattacgttc 39483133  T
Q  239 att 241  Q
    |||    
T  39483132 att 39483130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 303 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 39903560 - 39903526
Alignment:
Q  303 ccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatc 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39903560 ccacctgtcaaataagtaaactgaagaaagtgatc 39903526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 249 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 39483084 - 39483047
Alignment:
Q  249 acccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaaga 286  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  39483084 acccatgcacaaagaagccatattagttgcatgaaaga 39483047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 168; Significance: 6e-90; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 28 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 10487506 - 10487203
Alignment:
Q  28 gaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcata 127  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| || ||| || |    
T  10487506 gaaccaagagttacaacaaa-acaaa--caacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgttgagtaccaaa 10487410  T
Q  128 aacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacga 227  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10487409 cacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggagaatggaagttattacattattaaacagacga 10487310  T
Q  228 ttattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaa 327  Q
    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  10487309 ttatttcgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataaataaattgaa 10487210  T
Q  328 gaaaatg 334  Q
    |||||||    
T  10487209 gaaaatg 10487203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Original strand, 32917897 - 32918176
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| || |||| | ||||||||| ||||||    
T  32917897 acattagccaatacccaaacaaacaagaggacttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttaactttaagccaacctaaagacaac 32917996  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    |||||||  || ||||| ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||| |||||||| |    
T  32917997 atcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaa 32918096  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    | |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| ||| ||||||||    
T  32918097 ttagttgcataaaagaccgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcagaaatattatct 32918176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 71 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 6264758 - 6264480
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  6264758 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttcaaccaacctaaagacaac 6264659  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||| || |  |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  6264658 aacttaaccttataaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 6264559  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatc 349  Q
    | |||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||| || |||||||    
T  6264558 ttagttgcataaaagaacgtttagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatc 6264480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 73 - 350
Target Start/End: Original strand, 34480538 - 34480815
Alignment:
Q  73 attagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacat 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||     
T  34480538 attagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtgccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatcaa 34480637  T
Q  173 cttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatata 272  Q
    |||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||||    
T  34480638 cttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaaccacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccatata 34480737  T
Q  273 agttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    |||||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||  ||| ||||| | |||||||| |||| ||||||||    
T  34480738 agttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgccaaaagagtgaactgtaaaaaatgattggaaatattatct 34480815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 71 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 15500206 - 15499929
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||     
T  15500206 acattagccaatactcaaataaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttaagccaacctaaagacaat 15500107  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || ||||| ||||     ||||| || |  |||| |||||||||| | ||||| ||||||||| | | ||||||  |||| |||||||| |    
T  15500106 aacttaatcttatctaataaacaattgatgggggtaacaacatgattaaacagatggttatttcgttcattccagataacccagacacatagaagccaaa 15500007  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattat 348  Q
    | ||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15500006 tgagttgcaaaaaagaccgtctagcaacaccaccacctgacaaatgagtaaactgaagaaaatgatcggaaatattat 15499929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 131 - 294
Target Start/End: Original strand, 6020378 - 6020541
Alignment:
Q  131 aaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgatta 230  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||  ||||||    
T  6020378 aaaagtagattttttagctttcagccaacctaaagacaacatcttaactttgttgagcaaacggggtatgtgagtgattatattattaaacaagcgatta 6020477  T
Q  231 ttgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctag 294  Q
    || || |||||| ||||||||||  || |||| |||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  6020478 ttacgctcattccacacaacccagacataaaggagccatataagttgctgaaaagaacatctag 6020541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 72 - 294
Target Start/End: Original strand, 587097 - 587319
Alignment:
Q  72 cattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaaca 171  Q
    |||||||| ||  |||||||||||| |||||| ||| |||| || || ||| || |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||    
T  587097 cattagccgatgtccaaacaaacaaaagggcacgactaccattgttgtgtaccaaaaacaaaagtagtttttttaggtttcaaccaacctaatgacaaca 587196  T
Q  172 tcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatat 271  Q
    |||||||||||||||| ||  | ||||||||||| |  |||||  |||| || |||||||| ||||| ||| | ||||| || ||||| | |||||| ||    
T  587197 tcttaactttgtctaataagagaggaatgggagtaacaacatttctaaagaggcgattattacgttcgttccatacaactcaagcacacaaaagccaaat 587296  T
Q  272 aagttgcataaaagaacgtctag 294  Q
     |||||||| ||||| |||||||    
T  587297 gagttgcatgaaagagcgtctag 587319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 74 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 34858250 - 34858058
Alignment:
Q  74 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatc 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  34858250 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagc 34858151  T
Q  174 ttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagc 266  Q
    ||||  || || |  |||| ||| || || || |  ||||  ||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  34858150 ttaatcttatcaagtaaacaggggataggggtaacaacatggttaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagc 34858058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 294
Target Start/End: Original strand, 31862229 - 31862396
Alignment:
Q  127 aaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacg 226  Q
    ||||||||||  | ||| ||||||||| ||| ||||| |||| ||  ||||||||||| ||||| |||||||||| | ||   | || ||||||||   |    
T  31862229 aaacaaaagtgacatttttagctttcagccatcctaaagacatcaatttaactttgtccaacaatcggggaatggaaattgcaatatcattaaacaagtg 31862328  T
Q  227 attattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctag 294  Q
    ||||||  |||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  31862329 attattatgttcattccacaaaacccagacacaaagaagccatattagttgcatgaaagaccgtctag 31862396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 134 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 22095747 - 22095712
Alignment:
Q  134 agtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22095747 agtagcttttctagctttcaaccaacctaaagacaa 22095712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 163; Significance: 5e-87; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 334
Target Start/End: Original strand, 33629628 - 33629940
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  33629628 actacaacaagaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatactcaaacacacaagagggcatgaccaccactgtt 33629724  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 217  Q
    | ||| || | |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33629725 gagtaccaaacacaaaagtagttttt-tagctttcaaccaagctaaggacaacaatttgaccttgtctaacaaacggggaatgggagttattatattatt 33629823  T
Q  218 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 317  Q
    |||||| |||||||| |||| |||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||    
T  33629824 aaacaggcgattatttcgttaattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccatctgtcaaataa 33629923  T
Q  318 gtaaactgaagaaaatg 334  Q
    |||||||||||||||||    
T  33629924 gtaaactgaagaaaatg 33629940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 334
Target Start/End: Original strand, 1682570 - 1682883
Alignment:
Q  18 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||   | |||||| ||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  1682570 actactacaagaaccaagagttacaacaaa---acaaccaatccaacagagctacatgagcctatacccaaacacacaagaggacatgaccaccactgtt 1682666  T
Q  118 gggtatcataaacaaaagta-----gct-tttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattac 211  Q
    | ||| || | |||||||||     | | ||| |||||||||||||| ||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1682667 gagtaccaaacacaaaagtaaagtagttatttttagctttcaaccaagctaaggacaacaatttgaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattac 1682766  T
Q  212 attattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtc 311  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||      |||||||||||||    
T  1682767 attattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtct------agcaccacctgtc 1682860  T
Q  312 aaataagtaaactgaagaaaatg 334  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  1682861 aaataagtaaactgaagaaaatg 1682883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Original strand, 15673405 - 15673684
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  15673405 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 15673504  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || ||||| ||||  || ||||| || |  | || |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||| |||||||| |    
T  15673505 agcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaaaatgattaaacaaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaa 15673604  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||| ||| ||||||||    
T  15673605 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatct 15673684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Original strand, 25317434 - 25317713
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||  || ||||||| |||| |||| || |||| | ||||||||| ||||||    
T  25317434 acattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgacgaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttaactttaagccaacctaaagacaac 25317533  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    |||||||  || ||||| ||||  || ||||| || |  || | |||||| ||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  25317534 atcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacctgattaaagagacggttatttctttcattccacacaactcatgcacaaagaagccaaa 25317633  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| || ||||||||    
T  25317634 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatct 25317713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Original strand, 26204928 - 26205207
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||  || ||||||| |||| |||| || |||| | ||||||||| ||||||    
T  26204928 acattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgacgaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttaactttaagccaacctaaagacaac 26205027  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    |||||||  || ||||| ||||  || ||||| || |  || | |||||| ||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  26205028 atcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacctgattaaagagacggttatttctttcattccacacaactcatgcacaaagaagccaaa 26205127  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| || ||||||||    
T  26205128 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatct 26205207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 8873386 - 8873107
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |    
T  8873386 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatc 8873287  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  8873286 aacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 8873187  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    | |||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||| || ||||||||    
T  8873186 ttagttgcataaaagaacgtctaacagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatct 8873107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 23348026 - 23347747
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  23348026 acattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaac 23347927  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    | |||||  || |||   ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||| | ||||||||    
T  23347926 aacttaatcttatctggtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacataaaagccata 23347827  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||| ||| ||||||||    
T  23347826 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccgcctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatct 23347747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 71 - 350
Target Start/End: Original strand, 13755045 - 13755324
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  13755045 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 13755144  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    |  ||||  || ||||  ||||   | ||||| || |  || | |||||||| ||| || || || |||||| ||||||||||  |||| ||||| ||||    
T  13755145 agtttaatcttatctagtaaacaatggatgggggtaacaacctgattaaacatacggttgttacgctcattccacacaacccagacacatagaagtcata 13755244  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaagtattatct 350  Q
    | |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||| ||  ||||||||    
T  13755245 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgatatattatct 13755324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 71 - 349
Target Start/End: Original strand, 19348854 - 19349125
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 170  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||          | ||||||||| ||||||    
T  19348854 acattagccaatacccatacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttta---------agccaacctaaagacaac 19348944  T
Q  171 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 270  Q
    |||||||  || ||||  ||||  || ||||| || |   ||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||    
T  19348945 atcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaccatgattaaacatacggttatttcgttcattccaaacaacccaggcacagagaagccata 19349044  T
Q  271 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaa--ctgaagaaaatgatcggaagtattatc 349  Q
    | |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||   || | ||||||||||||| |||||||    
T  19349045 ttagttgcataaaagaccgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaattgtgtaaaaaatgatcggaaatattatc 19349125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 145 - 294
Target Start/End: Original strand, 4406666 - 4406815
Alignment:
Q  145 tagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcga 244  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| || || ||||| |||||| | ||||||    ||||||||||||||||||| || ||||||||| |    
T  4406666 tagctttcagccaacctaaagacaacattttaaccttatccaacaaccggggagtaggagttgcatcattattaaacagacgattgtttcgttcattcca 4406765  T
Q  245 cacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctag 294  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||||||||    
T  4406766 cacaacccaggcacaaagaagtcatattagctgcagaaacgaacgtctag 4406815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 105 - 294
Target Start/End: Original strand, 19256659 - 19256848
Alignment:
Q  105 gaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggag 204  Q
    ||||||||| | || ||| |||| |||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |  |    
T  19256659 gaccaccacggttgagtaccatacacaaaaataggttttatagctttcaaccatcctaaagacaacatattaaccttgtctaataaacggggaatagacg 19256758  T
Q  205 ttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctag 294  Q
    | |  ||||||||||| || | |||||| ||||||||| | |||||| |  |||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||    
T  19256759 taacaacattattaaagaggcaattatttcgttcattccaaacaacctagacacacagaagccaaatgagttgcataaaagagcgtctag 19256848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 194 - 294
Target Start/End: Original strand, 33745798 - 33745898
Alignment:
Q  194 gggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtcta 293  Q
    ||||||||||||||    ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || || | ||| |||||||||    
T  33745798 gggaatgggagttacataattattaaacagacgattatttcgctcattccacacaacccaagcacaaagaagccatatgagctgaagaaatgaacgtcta 33745897  T
Q  294 g 294  Q
    |    
T  33745898 g 33745898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 111
Target Start/End: Original strand, 4596466 - 4596506
Alignment:
Q  71 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccacc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  4596466 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccacc 4596506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 227 - 273
Target Start/End: Original strand, 14528109 - 14528155
Alignment:
Q  227 attattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataa 273  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  14528109 attattacgttcattccacacaaccaaggcacaaagaagccatataa 14528155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 5086516 - 5086487
Alignment:
Q  138 gcttttctagctttcaaccaacctaaggac 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5086516 gcttttctagctttcaaccaacctaaggac 5086487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 132 - 169
Target Start/End: Original strand, 8263887 - 8263924
Alignment:
Q  132 aaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 169  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8263887 aaagaagcttttctagctttcaaccaacctaaagacaa 8263924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 29 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 135235 - 134933
Alignment:
Q  29 aaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataa 128  Q
    |||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||  | ||||| |||| ||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| ||| || |     
T  135235 aaccaaaagttacaacaaa-acaaa--caacccaacataattacatcagcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaac 135139  T
Q  129 acaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgat 228  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  135138 acaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaggcgat 135039  T
Q  229 tattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaag 328  Q
    |||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||| ||||| | |||||||| |    
T  135038 tatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtcttgactttgcaccacctgccaaatgaataaactgacg 134939  T
Q  329 aaaatg 334  Q
    ||||||    
T  134938 aaaatg 134933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 29 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 313062 - 312760
Alignment:
Q  29 aaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataa 128  Q
    |||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||  | ||||| |||| ||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| ||| || |     
T  313062 aaccaaaagttacaacaaa-acaaa--caacccaacataattacatcagcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaac 312966  T
Q  129 acaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgat 228  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  312965 acaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaggcgat 312866  T
Q  229 tattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaag 328  Q
    |||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||| ||||| | |||||||| |    
T  312865 tatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtcttgactttgcaccacctgccaaatgaataaactgacg 312766  T
Q  329 aaaatg 334  Q
    ||||||    
T  312765 aaaatg 312760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 29 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 328516 - 328214
Alignment:
Q  29 aaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataa 128  Q
    |||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||  | ||||| |||| ||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| ||| || |     
T  328516 aaccaaaagttacaacaaa-acaaa--caacccaacataattacatcagcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaac 328420  T
Q  129 acaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgat 228  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  328419 acaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaggcgat 328320  T
Q  229 tattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaag 328  Q
    |||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||| ||||| | |||||||| |    
T  328319 tatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtcttgactttgcaccacctgccaaatgaataaactgacg 328220  T
Q  329 aaaatg 334  Q
    ||||||    
T  328219 aaaatg 328214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 24 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 22817 - 22614
Alignment:
Q  24 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||  |||| || |||| ||||||||| | | ||||||||| |||||||||||||| |||     
T  22817 acaggaaccaagagttacaacaaa-acaaa--caacccaacagaactatatcagcctatacccaaatacataagagggcaagaccaccactgctgagtac 22721  T
Q  124 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 223  Q
    || | |||||||| | |||| |||||||||| ||| |||| |||||||| || || |  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  22720 caaacacaaaagtggtttttttagctttcaatcaagctaaagacaacattttgacctaatctaacaaacggagaatgagagttattacattattaaagag 22621  T
Q  224 acgatta 230  Q
    |||||||    
T  22620 acgatta 22614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 136 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 12365 - 12276
Alignment:
Q  136 tagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagac 225  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  12365 tagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacgggggataggagttattacattattaaacagac 12276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0287 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0287
Description:

Target: scaffold0287; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 73 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 13700 - 13596
Alignment:
Q  73 attagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacat 172  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || |||||||  || ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||     
T  13700 attagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaagataacttttttagctttcaactaacctaaagacaacag 13601  T
Q  173 cttaa 177  Q
    |||||    
T  13600 cttaa 13596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University