View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1439_high_1 (Length: 763)

Name: NF1439_high_1
Description: NF1439
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1439_high_1
NF1439_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-746)||(42263880-42264615)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 664; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 664; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 42264615 - 42263880
Alignment:
Q  13 agagagcatatatagaacaaagagggaaggcgctatgttaataggtatcttgtgcacgcaactgcaaagactaacaatggatggcaaaactcttcctcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42264615 agagagcatatatagaacaaagagggaaggcgctatgttaataggtatcttgtgcacgcaactgcaaagactaacaatggatggcaaaactcttcctcaa 42264516  T
Q  113 gagaaaatcagcgcgatttttcaataggtgggtaaatagtttgcacaaaaccgatggacatgaaaactaccaacactctttaatctgggtaaaaacttaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42264515 gagaaaatcagcgcgatttttcaataggtgggtaaatagtttgcacaaaaccgatggacatgaaaactaccaacactctttaatctgggtaaaaacttaa 42264416  T
Q  213 caaagttgaagaaatatgaattgtttgttcaaaaaatttcaattttgaaattcaataacccgatgaaccaaaccgattcaataatttgttatttagaacc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42264415 caaagttgaagaaatatgaattgtttgttcaaaaaaattcaattttgaaattcaataacccgatgaaccaaaccgattcaataatttgttatttagaacc 42264316  T
Q  313 aaaagtgcatgtaagcctgttaataattttcatctaaatattgatatgaactgaaatttaatacagataagcatatgtagaggagacaagctccttacaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42264315 aaaagtgcatgtaagcctgttaataattttcatctaaatattgatatgaactgaaatttaatacagataagcatatgtagaggagacaagctccttacaa 42264216  T
Q  413 agttacaatcagaactatccctttgtgtgcataaacaaaacagctaataattgtaggaaacacgtgcta--nnnnnnnngacaaaaataaaaccatgtgt 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||          |||||||||||||||||||||    
T  42264215 agttacaatcagaactatccctttgtgtgcataaacaaaacagctaataattgtaggaaacatgtgctattttttttttgacaaaaataaaaccatgtgt 42264116  T
Q  511 catagtctatgtaggaaatttatatcttttagtttcaaacggagtaagaannnnnnncgaaaaagtgaaatatattgaaacacgacgccactaaaccgat 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42264115 catagtctatgtaggaaatttatatcttttagtttcaaacggagtaagaatttttttcgaaaaagtgaaatatattgaaacacgacgccactaaaccgat 42264016  T
Q  611 cacaagagataatcataaagggtcaaaaggtacacggccctaagctcaacttattaggcatacaaatgcaataaaagtgcagccaaataactacaccaga 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42264015 cacaagagataatcataaagggtcaaaaggtacacagccctaagctcaacttattaggcatacaaatgcaataaaagtgcaaccaaataactacaccaga 42263916  T
Q  711 aaaatcagacccctatcaaaatataacaccaacact 746  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42263915 aaaatcagacccctatcaaaatataacaccaacact 42263880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University