View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14403_low_4 (Length: 553)

Name: NF14403_low_4
Description: NF14403
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14403_low_4
NF14403_low_4
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (10-535)||(2601527-2602052)
chr7 (32-535)||(2615071-2615572)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-535)||(22193874-22194382)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 2602052 - 2601527
Alignment:
Q  10 agtagcaaaggaaagggtgttcttcacttttgagatgctcaataaaattcagagatgttaggaaggtatatgcaggtaaaacaaattacatcttaatagt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2602052 agtagcaaaggaaagggtgttcttcacttttgagatgctcaataaaattcagagatgttaggaaggtatatgcaggtaaaacaaattacatcataatagt 2601953  T
Q  110 tatacttggtttgtacttgtaannnnnnnnacatacaacaacggtgttgtaagggaagaacttaagtatatat--catagaatgaatttaatttgtcttt 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||    |||||||    
T  2601952 tatacttggcttgtacttgtaatttattttacatacaacaacggtgttgtaagggaagaacttaagtatatatatcattgaatgaattt----tgtcttt 2601857  T
Q  208 gagttcactggacctagaaaatctaaaccttattttataactataaaagttttgtcatagatgtgcttatatatgaaaatttttgcaggacggtaattga 307  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2601856 gatttcactggacctggaaaatctaaaccttattttataactatgtaagttttgtcatagatgtgcttatatatgaaaatttttgcaggacggtaattga 2601757  T
Q  308 tttggaaatgaatttatcaaagtacaaaatgctcaagggaattggtatttggagatgaaggtggaagatattgagaga--tgtttttaaagcttatgtgg 405  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  2601756 tttggagatgaatttatcaaagtacaaaatgctcaaaggaattggtatttggagatgaaggtagaagatattgagaaatgtgtttttaaagcttatgtgg 2601657  T
Q  406 aattaaacaagatgattttgttggatggttggtcaattgaatttagatattttttctcattgaacaaatctagttgttttgtttctgtttatgtaaatat 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2601656 aattaaacaagatgattttgttggatggttggtcaattgaatttagatattttttctcattgaacaaatctagttgttttgtttctgtttatgtaaatat 2601557  T
Q  506 gatggatttgatttctttttaaatttaaat 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2601556 gatggatttgatttctttttaaatttaaat 2601527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 2615572 - 2615071
Alignment:
Q  32 ttcacttttgagatgctcaataaaattcagagatgttaggaaggtatatgcaggtaaaacaaattacatcttaatagttatacttggtttgtacttgtaa 131  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2615572 ttcacttttgagatgctcaacaaaattcagagatgtttggaaggtatatgcaggtaaaacaaattacatcataatagttatacttggtttgtacttgtaa 2615473  T
Q  132 nnnnnnnn-acatacaacaacggtgttgtaagggaagaacttaagtatatatcatagaatgaatttaatttgtctttgagttcactggacctagaaaatc 230  Q
             |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||     |||||||||||||| ||||||||||||||     
T  2615472 tttttttttacatacaacaacggtgttgtaagggaagaatttaagtatatatcattgaatgaattg----tgtctttgagttcattggacctagaaaatt 2615377  T
Q  231 taaaccttattttataactataaaagttttgtcatagatgtgcttatatatgaaaatttttgcaggacggtaattgatttggaaatgaatttatcaaagt 330  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  2615376 taaaccttattttataactatataagttttgtcataaatgtgcttatatatgaaaatttttgcaggacagtaattgatttggggatgaatttatcaaagt 2615277  T
Q  331 acaaaatgctcaagggaattggtatttggagatgaaggtggaagatattgagagatgtttttaaagcttatgtggaattaaacaagatgattttgttgga 430  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2615276 acaaaatgctcaagggaattggtattcggagatgaaggtggaggatattgagagatgtttttaaagcttatgtggaattaaacaagatgattttgttgga 2615177  T
Q  431 tggttggtcaattgaatttagatatt-ttttctcattgaacaaatctagttgttttgtttctgtttatgtaaatatgatggatttgatttctttttaaat 529  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  2615176 tggttggtgaattgaatttagatatttttttctcattgaacaaatctagttgttttgtttatgtttctataaatattatggatttgatttcattttaaat 2615077  T
Q  530 ttaaat 535  Q
    | ||||    
T  2615076 taaaat 2615071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 10 - 535
Target Start/End: Original strand, 22193874 - 22194382
Alignment:
Q  10 agtagcaaaggaaagggtgttcttcacttttgagatgctcaataaaattcagagatgttaggaaggtatatgcaggtaaaacaaattacatcttaatagt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |    
T  22193874 agtagcaaaggaaagggtgttcttcacttttgagatgctcaacaaaattcagagatgttaggaaggtatatgcaggtaaaacgaattacatctaaataat 22193973  T
Q  110 tatacttggtttgtacttgtaannnnnnnnacatacaacaacggtgttgtaagggaagaacttaagtatatatcatagaatgaatttaatttgtctttga 209  Q
    ||||||||||||||||||||||                    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||     |||||||||    
T  22193974 tatacttggtttgtacttgtaattatttt-------------ggtgttgtaagggaagaatttaagtatatatcattgaatgaattg----tgtctttga 22194056  T
Q  210 gttcactggacctagaaaatctaaaccttattttataactataaaagttttgtcatagatgtgcttatatatga-aaatttttgcaggacggtaattgat 308  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||  ||||||||    
T  22194057 gttcaatggacctagaaaatctaaaccttattttataacaatatatgttttgtcatagatgtgcttatatatgatttttttttgcaggacactaattgat 22194156  T
Q  309 ttggaaatgaatttatcaaagtacaaaatgctcaagggaattggtatttggagatgaaggtggaagatattgagagatgtttttaaagcttatgtggaat 408  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  22194157 ttggagatgaatttatcaaagtagaaaatgctcaagggaattggtatttggagataaaggtggaagatatttagagatgtttttaaagcttatgtggaac 22194256  T
Q  409 taaacaagatgattttgttggatggttggtcaattgaatttagatattttttctcattgaacaaatctagttgttttgtttctgtttatgtaaatatgat 508  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||    
T  22194257 taagcaagatgattttgttggatggttggtcaattgaatttagatcttttttctcattgaaaagatctagttgttttgtttttgtttctataaatataat 22194356  T
Q  509 ggatttgatttctttttaaatttaaat 535  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||    
T  22194357 ggattt-atttctttttaaatttaaat 22194382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University