View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14404_low_4 (Length: 730)
Name: NF14404_low_4
Description: NF14404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14404_low_4 |
 | |
|
| [»] scaffold0578 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 4956017 - 4955314
Alignment:
| Q |
12 |
agagatgaatatgagagattttgtaatgaagaattgaaacctggattgcagaatttgacgatggaggaatcggcaccagcttcagatttgtcactggaat |
111 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4956017 |
agagctgaatatgagagattttgtaatgaagaattgaaacctggattgcagaatttgacgatggaggaatcggcaccagcttcagatttgtcactggaat |
4955918 |
T |
|
| Q |
112 |
cagcaacttcttcagccttgtcactgcctgaagggccttccttactccgcgtgctttctgaaccagttcacaactttacttcagatgttgaatcgccgat |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4955917 |
cagcaacttcttcagccttgtcactgcctgaagggccttccttactccgcgtgctttctgaaccagttcacaactttacttcagatgttgaatcgccgat |
4955818 |
T |
|
| Q |
212 |
ctatacacctgaagagtaagatagagaagagaaagaggttctttctgtctgtttgttccttaatagattgtgtatgataaaattgatgattgatcatttt |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4955817 |
ctatacacctgaagagtaagatagagaagagaaagaggttctttctgtttgtttgttccttaatagattgtgtatgataaaattgatgattgatcatttt |
4955718 |
T |
|
| Q |
312 |
tcccccggatggtcccccctttagatttgctccctgaatcgagcattagattttacagtattttctatgtccaattgctatacaaagaaggctaatttaa |
411 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
4955717 |
tcccccggatggtcccccttttagatttgctccctgaatcgagcattagattttacagtattttctatgtccaattgctatacaaagaaggctaattgaa |
4955618 |
T |
|
| Q |
412 |
ttttagctaatggtggatatttttctatgt-ttttattttggtgcattattccgtacctgtacattacttttgcttcttacaggaagtagggagaaaata |
510 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4955617 |
ttttagctaatggtggatatttttctatgttttttattttggtgcattattccgtacctgtacattacttttgcttcttacaggaagtagggagaaaata |
4955518 |
T |
|
| Q |
511 |
ccnnnnnnntttagtgctaattcattaagtactacaaatgtctttggttttggtactatatgttaatttgagaaatttgagattgatggatgattttctt |
610 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4955517 |
ccaaaaaaatttagtgctaattcatgaagtactacaaatgtctttggttttggtactatatgttaatttgagaaatttgagattgatggatgattttctt |
4955418 |
T |
|
| Q |
611 |
ttaaaggctatagaaaccacaaaggtctgtttttgtgtatgatcagtttagtagatgattcatgtatccccacttcaaatttctagctgatggtaggtaa |
710 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4955417 |
ttaaaggctatagaaaccacaaaggtctgtttttgtgtatgatcagtttagtaggtgattcatgtatccccacttcaaatttctagctgatggtaggtaa |
4955318 |
T |
|
| Q |
711 |
atac |
714 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
4955317 |
atac |
4955314 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0578 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0578
Description:
Target: scaffold0578; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 2009 - 1305
Alignment:
| Q |
12 |
agagatgaatatgagagattttgtaatgaagaattgaaacctggattgcagaatttgacgatggaggaatcggcaccagcttcagatttgtcactggaat |
111 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2009 |
agagctgaatatgagagattttgtaatgaagaattgaaacctggattgcagaatttgacgatggaggaatcggcaccagcttcagatttgtcactggaat |
1910 |
T |
|
| Q |
112 |
cagcaacttcttcagccttgtcactgcctgaagggccttccttactccgcgtgctttctgaaccagttcacaactttacttcagatgttgaatcgccgat |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1909 |
cagcaacttcttcagccttgtcactgcctgaagggccttccttactccgcgtgctttctgaaccagttcacaactttacttcagatgttgaatcgccgat |
1810 |
T |
|
| Q |
212 |
ctatacacctgaagagtaagatagagaagagaaagaggttctttctgtctgtttgttccttaatagattgtgtatgataaaattgatgattgatcatttt |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1809 |
ctatacacctgaagagtaagatagagaagagaaagaggttctttctgtttgtttgttccttaatagattgtgtatgataaaattgatgattgatcatttt |
1710 |
T |
|
| Q |
312 |
tcccccggatggtcccccctttagatttgctccctgaatcgagcattagattttacagtattttctatgtccaattgctatacaaagaaggctaatttaa |
411 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
1709 |
tcccccggatggtcccccttttagatttgctccctgaatcgagcattagattttacagtattttctatgtccaattgctatacaaagaaggctaattgaa |
1610 |
T |
|
| Q |
412 |
ttttagctaatggtggatatttttctat--gtttttattttggtgcattattccgtacctgtacattacttttgcttcttacaggaagtagggagaaaat |
509 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1609 |
ttttagctaatggtggatatttttctattgttttttattttggtgcattattccgtacctgtacattacttttgcttcttacaggaagtagggagaaaat |
1510 |
T |
|
| Q |
510 |
accnnnnnnntttagtgctaattcattaagtactacaaatgtctttggttttggtactatatgttaatttgagaaatttgagattgatggatgattttct |
609 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1509 |
accaaaaaaatttagtgctaattcatgaagtactacaaatgtctttggttttggtactatatgttaatttgagaaatttgagattgatggatgattttct |
1410 |
T |
|
| Q |
610 |
tttaaaggctatagaaaccacaaaggtctgtttttgtgtatgatcagtttagtagatgattcatgtatccccacttcaaatttctagctgatggtaggta |
709 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1409 |
tttaaaggctatagaaaccacaaaggtctgtttttgtgtatgatcagtttagtaggtgattcatgtatccccacttcaaatttctagctgatggtaggta |
1310 |
T |
|
| Q |
710 |
aatac |
714 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
1309 |
aatac |
1305 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University