View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14404_low_7 (Length: 574)

Name: NF14404_low_7
Description: NF14404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14404_low_7
NF14404_low_7
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (12-558)||(10754667-10755213)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (18-558)||(2710299-2710839)
chr8 (15-530)||(2989894-2990412)
chr8 (19-558)||(2980796-2981335)
chr8 (15-526)||(9850142-9850653)
chr8 (15-526)||(3002882-3003393)
chr8 (22-434)||(2910304-2910716)
chr8 (22-298)||(2915398-2915674)
chr8 (31-503)||(13791853-13792325)
chr8 (31-471)||(3281601-3282041)
chr8 (120-298)||(3141433-3141611)
chr8 (132-385)||(3173019-3173268)
chr8 (15-488)||(3169344-3169817)
chr8 (323-463)||(2915233-2915373)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (15-558)||(18356294-18356840)
chr6 (211-291)||(6124507-6124587)
[»] scaffold0065 (1 HSPs)
scaffold0065 (15-479)||(46022-46486)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (18-300)||(3918417-3918699)
chr7 (120-228)||(7157318-7157426)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 10755213 - 10754667
Alignment:
Q  12 ataggtaagaagatagcgtaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaaca 111  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755213 ataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagtaccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaaca 10755114  T
Q  112 atgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaaggga 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755113 atgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaaggga 10755014  T
Q  212 atgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagtt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755013 atgttttgcttattgctctttatttcctaaggattgggaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagtt 10754914  T
Q  312 gaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaa 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10754913 gaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgacgatggtgatgtaa 10754814  T
Q  412 ttggttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaaaaagatgtctaggaag 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10754813 ttggttttaaaatgcatgatttattgcatgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaaaaagatgtctaggaag 10754714  T
Q  512 acctctgcatgtatcagtggtatgtgatgctttttgtaggttggaat 558  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10754713 acctctgcatgtatcagtggtatgtgatgctttttgtaggttggaat 10754667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 2710839 - 2710299
Alignment:
Q  18 aagaagatagcgtaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatgtct 117  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||  || |||| | ||||||    
T  2710839 aagaagatagcagaaaagtgcaaaggagttccattagcaattagatcactgggaggcatattacgaagtaaaagggaagaaagggagtggatcgatgtct 2710740  T
Q  118 tgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttt 217  Q
    | ||||||||||| |||| ||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  2710739 tacaaggtgacttttggaaattgtgcgaggataaagatagcatcatgccggtcctaaaattgagttacaataacttgtcgcctcaacaaagacaatgttt 2710640  T
Q  218 tgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgagggg 317  Q
    ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | |    
T  2710639 tgcttattgctctatatttcctcaagattggaaattgaagaaggatgagttaattcaaatgtggatagcacaaggatatcttggatgttcagttgaagag 2710540  T
Q  318 aaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaattggtt 417  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||    
T  2710539 caatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgatgaattcattcttccaagatgcagaattgaatgacgatggtgatgtatctggtt 2710440  T
Q  418 ttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaaaaagatgtctaggaagacctct 517  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| |    
T  2710439 ttaaaatgcatgatttaatgcacgatcttgcaacacaagtagctggcaatgattgttgttacttggatagtagggcaaaaagatgtctaggaagacctgt 2710340  T
Q  518 gcatgtatcagtggtatgtgatgctttttgtaggttggaat 558  Q
    |||| ||| ||||| || |||||| ||||||| ||||||||    
T  2710339 gcatatattagtggaatctgatgccttttgtatgttggaat 2710299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 530
Target Start/End: Original strand, 2989894 - 2990412
Alignment:
Q  15 ggtaagaagatagcgtaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatg 114  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||    
T  2989894 ggtaagaagatagcagaaaagtgcaaaggagttccgttagcaattagatcactaggaggcatattacgaagtgaaagtaaagaaagtgaatggatcaatg 2989993  T
Q  115 tcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatg 214  Q
    |||| |||||||| |  |||| ||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  2989994 tcttacaaggtgaatgttggaaattgtgtgatggtgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccagaacttatcacctcaacaaaggcaatg 2990093  T
Q  215 ttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgag 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2990094 ttttgcttattgctctttatttcctcaggattgggaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaa 2990193  T
Q  315 gggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaattg 414  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||    
T  2990194 aatcaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgaagaattcattcttccaagatgcaaattttaatgatgatggtgatgtaactg 2990293  T
Q  415 gttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaat---agtaaggaaaaaagatgtctaggaag 511  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||   ||||||| ||| | |||| |||||||    
T  2990294 gttttaaaatgcatgatttaatgcatgatcttgcaacacaagtagctggcaatgattgttgttacttggattcaagtaaggcaaacaaatgtttaggaag 2990393  T
Q  512 acctctgcatgtatcagtg 530  Q
    |||  ||||||||| ||||    
T  2990394 acccgtgcatgtattagtg 2990412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 558
Target Start/End: Original strand, 2980796 - 2981335
Alignment:
Q  19 agaagatagcgtaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatgtctt 118  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||  || ||||   | |||||    
T  2980796 agaagatagcagaaaagtgcaaaggagttccattagcaataagatcattgggaggcatattacaaagcaaaagggaagaaagggagtggattgaagtctt 2980895  T
Q  119 gcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgtttt 218  Q
     ||||||||||| |||| ||| ||||| ||| || |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2980896 acaaggtgacttttggaaattgtgcgaggataaagatagcatcttgccagtcctaagattgagttactataacttgtcacctcaacaaaggcaatgtttt 2980995  T
Q  219 gcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgagggga 318  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||   |     
T  2980996 gcttattgctctttatttccccaggattggaaatttatgaaggatgaattaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttgacggttcagttgaaaagc 2981095  T
Q  319 aatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaattggttt 418  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| |  |||||||| ||  ||||||    
T  2981096 aatgcatgaaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgaagaattcattcttccaagatgcaacaatgaattaccatggtgatatagatggttt 2981195  T
Q  419 taaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaaaaagatgtctaggaagacctctg 518  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  2981196 taaaatgcacgatttaatgcacgatcttgcaacacaagtagctggcaatgattgttgttacttggatagtaaggcaaaaagatgtctaggaagacctgtg 2981295  T
Q  519 catgtatcagtggtatgtgatgctttttgtaggttggaat 558  Q
    ||||||||| ||  ||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  2981296 catgtatcattgaaatgggatgccttttgtatgttggaat 2981335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 15 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 9850653 - 9850142
Alignment:
Q  15 ggtaagaagatagcgtaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatg 114  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||| ||   |||    
T  9850653 ggtaggaagatagcggaaaagtgcaaaggagttccattagcaattagatcgttaggaggcatattacaaagtaaaagtgaagaaagggaattgattgatg 9850554  T
Q  115 tcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatg 214  Q
    || | |||||  | || ||||  || || || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||    
T  9850553 tcctacaaggaaatttttggaacttgtgtgaggataaagatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcgcctcaacaaagacaatg 9850454  T
Q  215 ttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgag 314  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||     
T  9850453 ttttgcttattgctctttatatcctaaggattgggaatttgagaaggatgagttgattcgaatgtggatggcgcatggttatcttgactgttcagttgaa 9850354  T
Q  315 gggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaattg 414  Q
    |||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||    
T  9850353 gggaagagcatggaagatgttggtaaccaatttgttaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaataaagatggtgatataaatg 9850254  T
Q  415 gttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaaaaagatgtctaggaagacc 514  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| || |||| |||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  9850253 gttttagaatgcatgatttgatgcacgatcttgcaacacaagtagctggaaacgattgttgttacttggatagtacggcaaaaagatgtccaggaagacc 9850154  T
Q  515 tctgcatgtatc 526  Q
    | ||||||||||    
T  9850153 tgtgcatgtatc 9850142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 15 - 526
Target Start/End: Original strand, 3002882 - 3003393
Alignment:
Q  15 ggtaagaagatagcgtaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatg 114  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||  ||||||| | |||    
T  3002882 ggtaagaagatagtgaaaaagtgcagaggagttccattagcaattagataattgggaggcatattacaaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatg 3002981  T
Q  115 tcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatg 214  Q
    |||| |||||||| || |||| ||| || || ||| |   || |||  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||| ||  ||||    
T  3002982 tcttacaaggtgaattttggaaattgtgtgaggataacggtaccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatg 3003081  T
Q  215 ttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgag 314  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||||||||||  | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||     
T  3003082 ttttgcttattgtgctttatatcctaaggattgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaa 3003181  T
Q  315 gggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaattg 414  Q
      | | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||   |    
T  3003182 aagcactgcatggaagatgttggtaaccaatttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaatctagatggtgatatacaag 3003281  T
Q  415 gttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaaaaagatgtctaggaagacc 514  Q
     ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||  |||||||| | ||||||||||    
T  3003282 attttaaaatgcatgatttaatgcatgatctcgcaacacaagtagctggcactgattgttgttacttggataataagtcaaaaagatttataggaagacc 3003381  T
Q  515 tctgcatgtatc 526  Q
    | ||||||||||    
T  3003382 tgtgcatgtatc 3003393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 22 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 2910716 - 2910304
Alignment:
Q  22 agatagcgtaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatgtcttgca 121  Q
    |||||||  |||||||||  || |||||| | || |||||| |||| |||||| |||| | | |||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||    
T  2910716 agatagcagaaaagtgcagtggggttccactagctattagaacattaggaggcctattgcaaggtaagagtaaacaaagtgaatggaacaatgtcttaca 2910617  T
Q  122 aggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttgct 221  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||     
T  2910616 aggtgacttttggagattatgccaagacgaaaatagcatcgtgccggttctgaaactgagttaccaaaacttgtcacctcaacagagacaatgttttgca 2910517  T
Q  222 tattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaggggaaat 321  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||| | || || |||||||||||||||| ||| ||   ||| |   |      
T  2910516 tattgctctatatatcctaaggattgggaaatagagaaggatgagttgattcaactatgcattgcacaaggttatcttgattgctcgcctgaagttgagc 2910417  T
Q  322 gcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaattggttttaa 421  Q
     ||  |||||| ||||||| ||||| || || ||||||||||| || ||||| || |||||||| ||| || |||| ||||||||| ||  | |||| ||    
T  2910416 tcaatgaagatattggtaaccaattcgtgaaaattttcttgacaaagtcattttttcaagatgcgaaaatggatgaagatggtgatatatatagtttcaa 2910317  T
Q  422 aatgcatgattta 434  Q
    |||||||||||||    
T  2910316 aatgcatgattta 2910304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 22 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 2915674 - 2915398
Alignment:
Q  22 agatagcgtaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatgtcttgca 121  Q
    |||||||  |||| |||| |||||||||| | || |||||| |||| |||||| |||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  2915674 agatagcagaaaaatgcagaggagttccactagctattagaacattaggaggcctattgcaaagtaaaagtaaagagagtgaatggaacaatgtcttgca 2915575  T
Q  122 aggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttgct 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| || |  |||||||| ||||| || ||  |||| |||||     
T  2915574 aggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggttctgaaactgagctatcgaaacttgtcgcctcagcacagacaatgctttgca 2915475  T
Q  222 tattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatct 298  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||||| || | |||||||||||||  |||||  |||| |||||||||||||||||    
T  2915474 tattgctccgtatatcctaaggattgggaaatagagaaggatgagtggattcagctgtgcatggcacaaggttatct 2915398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 31 - 503
Target Start/End: Original strand, 13791853 - 13792325
Alignment:
Q  31 aaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatgtcttgcaaggtgactt 130  Q
    |||||||||  ||||||||| | ||||||||| | ||||||||| || | | ||| |||||| ||||||  ||||||| | ||||||| |||||||||||    
T  13791853 aaaagtgcatgggagttccactagcaattagaactttgggaggcttactgcaaaggaaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgactt 13791952  T
Q  131 atggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttgcttattgctct 230  Q
     |||  ||||||||||||  || | ||||||  | |  |||| ||||| |||||||| |  ||||| | ||||   ||  ||||||||||||||||||||    
T  13791953 ttgggaattatgcgaagacaaagaaagcatctcgtcaatcctgaaatttagttaccaaagtttgtcgcttcaattgagacaatgttttgcttattgctct 13792052  T
Q  231 ttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaggggaaatgcatggaag 330  Q
    |||| ||| ||||||||| || |||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||  ||  ||| |||     ||  ||||||||    
T  13792053 ttatatcccaaggattgggaaattgagaaggatgcgttgattcaactttggatggcacagggttatcttgaatgcacagatgaaaaacaactcatggaag 13792152  T
Q  331 atgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaattggttttaaaatgcatga 430  Q
    |||  |||||  ||||||| || ||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||| ||  ||  ||||| ||| || || |||| ||||||||| |    
T  13792153 atgccggtaacgaatttgtgaagattttgttgataaagtcatttttccaagatgcaaaagtgggtggagatggagatatagttagtttcaaaatgcataa 13792252  T
Q  431 tttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaaaaagatgt 503  Q
    |||| |||| ||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| | ||||||||    
T  13792253 tttaatgcatgatcttgcaatgaaagtagctggcaatgattgttgttacttggatagtgaggcagaaagatgt 13792325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 31 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 3282041 - 3281601
Alignment:
Q  31 aaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatgtcttgcaaggtgactt 130  Q
    |||||||||  ||||||||| | ||||||| | ||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| ||||| || ||    
T  3282041 aaaagtgcatgggagttccactagcaattaaaacattgggaggcctattacagagtaaaagcaaagaaagggaatggatcaatgtcttacaaggcgaatt 3281942  T
Q  131 atggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttgcttattgctct 230  Q
     |||  || ||| ||||| ||||| |||||||||  | |||| | |||| ||||||| |  ||||| | ||     ||  ||||||||||||||||||||    
T  3281941 ttgggaatcatgtgaagacgaaaaaagcatcatgttgatcctgacattgggttaccaaagtttgtcgcttcggttgagacaatgttttgcttattgctct 3281842  T
Q  231 ttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaggggaaatgcatggaag 330  Q
     ||||||||||||||||| || | |||||||||  ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||  || |||| ||      ||  | ||||||    
T  3281841 ctatttcctaaggattgggaaatcgagaaggatatgttgattcaactttggatggcacaaggttatcttgaatgctcagatggtaaacaactcctggaag 3281742  T
Q  331 atgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaattggttttaaaatgcatga 430  Q
    |||| |||||  ||||||| || ||| ||||||  || ||||| |||||||||||||||  |  ||| ||||||||  || || |||| ||||||||  |    
T  3281741 atgtcggtaacgaatttgtgaagattctcttgataaagtcatttttccaagatgcaaaagagggtgaagatggtgagttagttagtttcaaaatgcacaa 3281642  T
Q  431 tttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatt 471  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  3281641 tttaatgcatgatcttgcaacacaagtagctggtaatgatt 3281601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 120 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 3141611 - 3141433
Alignment:
Q  120 caaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttg 219  Q
    ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||| | ||||||||||||||  | ||| |||||||||| |||||||| ||||||| | || |||||||||    
T  3141611 caaggtgacttttggaaattatgtgaagacgaagaaagcatcatgccggtgttgaaactgagttaccaaaacttgtctcctcaactacggcaatgttttg 3141512  T
Q  220 cttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatct 298  Q
    | || |||||||||| | |||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  3141511 cctactgctctttatatactaaagattggaaaatagagaaggatgagttgattcaactatggatggcacaaggttatct 3141433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 132 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 3173268 - 3173019
Alignment:
Q  132 tggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttgcttattgctctt 231  Q
    |||| |||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||  | ||| |||||||||  |||||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||    
T  3173268 tggaaattatgtgaagacgaagaaagcatcatgccagtgttgaaactgagttacctaaacttgtcacctcaactaagacaatgttttgcttactgctctt 3173169  T
Q  232 tatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaggggaaatgcatggaaga 331  Q
    ||| ||| |||||||||| | | |||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||  |||  | ||||| |   || || |  ||||||||    
T  3173168 tatatcccaaggattggagaatagagaagcatgagttgattcaactgtgggtggcacaaggttactttgaattttcaggt---ggaaagtttatggaaga 3173072  T
Q  332 tgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgc 385  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  3173071 tattggtaa-caatttgtaaatattttcttgatgaagtcatttttccaagatgc 3173019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 15 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 3169817 - 3169344
Alignment:
Q  15 ggtaagaagatagcgtaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatg 114  Q
    ||||||||||||||   ||||||||  || |||||| | ||||| ||| || | |||||| | |||| | |||||||| | |||| |||||||     ||    
T  3169817 ggtaagaagatagctgtaaagtgcagtggtgttccactagcaatcagaacactaggaggccttttacaaggtaaaagtgatgaaactgaatgggttggtg 3169718  T
Q  115 tcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatg 214  Q
    | || |||| |||||| ||||  ||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||  | ||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||  ||||    
T  3169717 ttttacaagatgacttttggaagttatgtgaagaagaagaaagcatcatgccagtgttgaaactgagttaccataacttgtcaccccaacttagacaatg 3169618  T
Q  215 ttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgag 314  Q
    |||||| || ||  || ||| |||||||||||||||| |  | ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||| | | |     
T  3169617 ttttgcatactgtgctatatatcctaaggattggaaaatacataagcatgagttaattcatttgtggatggcacaaggttatcttgaatgttcggctaaa 3169518  T
Q  315 gggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatg-caaaattgaatgatgatggtgatgtaatt 413  Q
       ||    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||| | ||| |||  | || ||||||| ||       
T  3169517 aaaaagctgatggaagatattggtaaccaattcgtaaatattttcttgatgaagtcatttttgcaagatgtcgaaactgatagttg-tggtgatatacac 3169419  T
Q  414 ggttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagt 488  Q
     |||| ||||||||||||||| | || ||||||||||  |||||||| || ||||||| ||||||| || |||||    
T  3169418 agtttcaaaatgcatgatttaatacatgatcttgcaatggaagtagccggtaatgattgttgttacctggatagt 3169344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 323 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 2915373 - 2915233
Alignment:
Q  323 catggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaa-aattgaatgatgatggtgatgtaattggttttaa 421  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| || || | ||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||  || |||||| || ||  | |||| ||    
T  2915373 catggaagatgctggtaaccaattcgtgaagaatttcttgacaaagtcatttttccaagatgcaagaattgacgga-gatggtaatatacatagtttcaa 2915275  T
Q  422 aatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctgg 463  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||   ||||||||||    
T  2915274 aatgcatgatttaatgcatgatctcgcaatgcaagtagctgg 2915233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 15 - 558
Target Start/End: Original strand, 18356294 - 18356840
Alignment:
Q  15 ggtaagaagatagcgtaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatg 114  Q
    |||||||||||||   ||||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| |||||    
T  18356294 ggtaagaagatagtagaaaagtgcaaaggagttccgttagcaattagatcactaggaggcatattacgaggtgaaagtaaagaaagtgaatggatcaatg 18356393  T
Q  115 tcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatg 214  Q
    |||| ||||| || || |||| ||| || ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  18356394 tcttacaaggagaattttggaaattgtgtgatcgtgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccagaacttatcacctcaacaaaggcaatg 18356493  T
Q  215 ttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgag 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  18356494 ttttgcttattgctctttatttcctcaggattgggaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaa 18356593  T
Q  315 gggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaattg 414  Q
      | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||| | |||||||||||| ||    
T  18356594 aagcaatgcatgaaagatgttggtaatcaatttgtaaaaattttcttgaagaattcattcttccaagatgcagatttgaatgttcatggtgatgtaactg 18356693  T
Q  415 gttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaat---agtaaggaaaaaagatgtctaggaag 511  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||   ||||||| ||||| |||| |||||||    
T  18356694 gttttaaaatgcatgatttaatgcatgatcttgcaacacaagtagctggcaatgattgttgttacttggattcaagtaaggcaaaaaaatgtttaggaag 18356793  T
Q  512 acctctgcatgtatcagtggtatgtgatgctttttgtaggttggaat 558  Q
    |||  ||||||||| ||||| || |||||| || |||  ||||||||    
T  18356794 acccgtgcatgtattagtggaatatgatgccttgtgtttgttggaat 18356840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 211 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 6124587 - 6124507
Alignment:
Q  211 aatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaag 291  Q
    ||||||| |||||||||||  ||| ||||| || |||| || |||| ||| ||||||| |||||| | |||||||||||||    
T  6124587 aatgtttcgcttattgctccatatatcctatgggttgggaaattgaaaagaatgagttgattcaattatggatggcacaag 6124507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 15 - 479
Target Start/End: Original strand, 46022 - 46486
Alignment:
Q  15 ggtaagaagatagcgtaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatg 114  Q
    ||||||||||||||  |||||||||  || |||||| | ||||| ||| |||| |||||| | |||| | |||||||| ||||||  ||||||     ||    
T  46022 ggtaagaagatagctgaaaagtgcagtggtgttccactagcaatcagaacattaggaggccttttacaaggtaaaagtgaagaaacggaatgggttggtg 46121  T
Q  115 tcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatg 214  Q
    | || |||| |||||| |||| |||||| ||||| ||| | | ||||||||| ||  | ||| |||||||||| ||||| || ||||||| |||  ||||    
T  46122 ttttacaagatgacttttggaaattatgtgaagacgaagaaaccatcatgccagtgttgaaactgagttaccaaaacttatcgcctcaactaagacaatg 46221  T
Q  215 ttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgag 314  Q
    |||| |||| |||||||||| ||||||||||||| || |  | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||  | |     
T  46222 tttttcttactgctctttatatcctaaggattgggaaataaaaaaggatgagttgattcaactgtggatggcacaaggttatcttgaatgttcaactcaa 46321  T
Q  315 gggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgc-aaaattgaatgatgatggtgatgtaatt 413  Q
        |  |   ||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||  |    
T  46322 aaacagggtccggaagatattggtaaccaattcgtaaagattttcttgatgaagtcattcttccaagatgctaaaattg-atgattgtggtgatatatgt 46420  T
Q  414 ggttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttac 479  Q
     |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||   || |||| |||||||||| |||||||    
T  46421 agtttcaaaatgcatgatttaatgcatgatcttgcaatgcaaatagccggcaatgattgttgttac 46486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 3918699 - 3918417
Alignment:
Q  18 aagaagatagcgtaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatgtct 117  Q
    |||||||||||  |||||||||  || |||||| | ||||| ||| || | |||||| | |||| | |||||||| |||||  ||||||||   |||| |    
T  3918699 aagaagatagcagaaaagtgcactggggttccactagcaataagaacactaggaggcctgttacaaggtaaaagtgaagaatgtgaatggattgatgttt 3918600  T
Q  118 tgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttt 217  Q
    | ||||||||||| |||| |||||| ||||||||| | || |||||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||| |||||||   |  |||||||    
T  3918599 tacaaggtgacttttggaaattatgtgaagatgaagaaagtatcatgccagtgttgaaactgagttaccaaaacttgtcgcctcaactgcgacaatgttt 3918500  T
Q  218 tgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttg 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |  | ||||||||||| || || ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  3918499 tgcttattgctctttatatcctaaggattgggatatagagaaggatgaattgatacaattgtggatggcacatggttatcttg 3918417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 120 - 228
Target Start/End: Original strand, 7157318 - 7157426
Alignment:
Q  120 caaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttg 219  Q
    ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||  | ||| |||||||||| | |||||| ||||||   ||  |||||||||    
T  7157318 caaggtgacttttggaaattatgtgaagacgaagatagcattatgccagtgttgaaactgagttaccaaagcttgtctcctcaaatgagacaatgttttg 7157417  T
Q  220 cttattgct 228  Q
    |||| ||||    
T  7157418 cttactgct 7157426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University