View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14409_low_23 (Length: 248)

Name: NF14409_low_23
Description: NF14409
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14409_low_23
NF14409_low_23
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (13-248)||(14025603-14025838)
chr6 (13-248)||(13874808-13875043)
chr6 (16-248)||(13932673-13932905)
chr6 (11-248)||(13892512-13892749)
chr6 (13-248)||(14015472-14015709)
chr6 (13-248)||(14110798-14111033)
chr6 (13-248)||(13472505-13472740)
chr6 (46-248)||(14047685-14047887)
chr6 (15-248)||(14084991-14085224)
chr6 (46-248)||(13862338-13862540)
chr6 (13-163)||(13912145-13912295)
chr6 (177-248)||(13928825-13928896)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Original strand, 14025603 - 14025838
Alignment:
Q  13 gagaatttgtttttggacaaatcaataaccatggaaccttgtagaaatgatggaatgggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaaaagaacaac 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14025603 gagaatttgtttttggacaaatcagtaactgtagaaccttttagaaatggtggaataggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaacagaacaac 14025702  T
Q  113 gatttattacttgaaaattagggattgatcctttgagattgttgtatgaaatgttgatattctcgcacccttgtgatgatagtttagcccaaaaccactc 212  Q
    ||||| | ||||||| ||| || ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14025703 gatttttgacttgaagatttggaattaatcctttgagattattgtttgaaatgttgatgttgttgcaccattgtgatgatagtttagcccaaaaccactc 14025802  T
Q  213 tggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14025803 tggaacattatctgaaattccagccttcgaaatatc 14025838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 13875043 - 13874808
Alignment:
Q  13 gagaatttgtttttggacaaatcaataaccatggaaccttgtagaaatgatggaatgggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaaaagaacaac 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   |  ||||||   ||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||     
T  13875043 gagaatttgtttttggacaaatcaatagatacagaacctctgagaaatggtggaatggagccttcaaattgatttgatgcaagagataaaaaagaacaat 13874944  T
Q  113 gatttattacttgaaaattagggattgatcctttgagattgttgtatgaaatgttgatattctcgcacccttgtgatgatagtttagcccaaaaccactc 212  Q
    ||||| |||| |||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13874943 gattttttacatgaagattcggaattaatcctttgagattgttgtatgaaatgttgattgtcttgcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccactc 13874844  T
Q  213 tggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatc 248  Q
     |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  13874843 gggaacattatctgaaattccagaattagaaatatc 13874808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 16 - 248
Target Start/End: Original strand, 13932673 - 13932905
Alignment:
Q  16 aatttgtttttggacaaatcaataaccatggaaccttgtagaaatgatggaatgggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaaaagaacaacgat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||     |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||    
T  13932673 aatttgtttttggacaaatcaataagtgcagaaccttgtaaaaatgctggaataggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaagagaacagtgat 13932772  T
Q  116 ttattacttgaaaattagggattgatcctttgagattgttgtatgaaatgttgatattctcgcacccttgtgatgatagtttagcccaaaaccactctgg 215  Q
    || | ||||||| ||| || ||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||  | | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13932773 ttttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatattgatgctgttgcattcttgtgatgatagtttagcccaaaaccactctgg 13932872  T
Q  216 aacattatctgaaattccagcattcgaaatatc 248  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13932873 aacattatctgaaattccagccttcgaaatatc 13932905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 13892749 - 13892512
Alignment:
Q  11 cggagaatttgtttttggacaaatcaataaccatggaaccttgtagaaatgatggaatgggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaaaagaaca 110  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||   | ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13892749 cggagaatttgtttttggacaagtcaataagtgtagaaccttttagaaatggtggaataggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaatagaaca 13892650  T
Q  111 acgatttattacttgaaaattagggattgatcctttgagattgttgtatgaaatgttgat-attctcgcacccttgtgatgatagtttagcccaaaacca 209  Q
    |  |||| | ||||||| ||| || ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||| |||| ||| | |||||| |||||||||||||||    
T  13892649 ataatttttgacttgaagatttggaattaatcctttgagattattgtttgaaatgttgatgcttct-gcactcttttaatgataatttagcccaaaacca 13892551  T
Q  210 ctctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13892550 ctctggaacattatctgaaattccagcattagaaatatc 13892512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Original strand, 14015472 - 14015709
Alignment:
Q  13 gagaatttgtttttggacaaatcaataaccatggaaccttgtagaaatgatggaatgggcccttcaaattcatttgatgaaagagata--aaaaagaaca 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || |    
T  14015472 gagaatttgtttttggacaaatcaataagttcagaaccttgtagaaatgctggaataggcccttcaaattcatttgatgaaagagatataaaaaaaaaaa 14015571  T
Q  111 acgatttattacttgaaaattagggattgatcctttgagattgttgtatgaaatgttgatattctcgcacccttgtgatgatagtttagcccaaaaccac 210  Q
    |  | || | ||||||| ||| || ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14015572 attaattttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatgttgatgcggtagcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccac 14015671  T
Q  211 tctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatc 248  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14015672 tctggaatattatctgaaattccagcattcgaaatatc 14015709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Original strand, 14110798 - 14111033
Alignment:
Q  13 gagaatttgtttttggacaaatcaataaccatggaaccttgtagaaatgatggaatgggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaaaagaacaac 112  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||     
T  14110798 gagaacttgtttttggacaggtcaataacatgggaaccttgtagaaatggtggaatgggcccttcaaattcatttaatgaaagagataaactagagcaat 14110897  T
Q  113 gatttattacttgaaaattagggattgatcctttgagattgttgtatgaaatgttgatattctcgcacccttgtgatgatagtttagcccaaaaccactc 212  Q
     |||| ||||||||| ||| || |||  |||||||||||| |||| ||||| ||||||  ||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14110898 aattttttacttgaagatttggaattattcctttgagattattgtttgaaacgttgatgctcctgcacttttgtgatgatagtttagcccaaaaccactc 14110997  T
Q  213 tggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatc 248  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14110998 cggaacattatctgaaattccagcattagaaatatc 14111033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 13472740 - 13472505
Alignment:
Q  13 gagaatttgtttttggacaaatcaataaccatggaaccttgtagaaatgatggaatgggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaaaagaacaac 112  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||     ||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  13472740 gagaacttatttttggacagatcaataaatgaagaacctcttagaaatggtggaatggacccttcaaattcatttgatgaaagatataaaaaagaacaat 13472641  T
Q  113 gatttattacttgaaaattagggattgatcctttgagattgttgtatgaaatgttgatattctcgcacccttgtgatgatagtttagcccaaaaccactc 212  Q
    ||||| ||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||| || |||||||||||  |   |||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  13472640 gattttttacttgaagatttggaattaatcctttgagattgttataggaaatgttgattctagagcagtcttgggatgatagtttagaccaaaaccactc 13472541  T
Q  213 tggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatc 248  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  13472540 tggaacattatctgaaattccaccattagaaatatc 13472505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 46 - 248
Target Start/End: Original strand, 14047685 - 14047887
Alignment:
Q  46 gaaccttgtagaaatgatggaatgggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaaaagaacaacgatttattacttgaaaattagggattgatcctt 145  Q
    |||||| ||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || |  |||||| ||| || ||| ||||||    
T  14047685 gaacctagtagaaaaggtggagtggacccttcaaattcatttgatgaaagagataaaaaagaacattgacttttggcttgaagatttggaattaatcctt 14047784  T
Q  146 tgagattgttgtatgaaatgttgatattctcgcacccttgtgatgatagtttagcccaaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaat 245  Q
    ||||||| |||| | ||||||| || ||   |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14047785 tgagattattgtttaaaatgttcatgttgctgcactctggtgatgatagtttagcccaaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaat 14047884  T
Q  246 atc 248  Q
    |||    
T  14047885 atc 14047887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 248
Target Start/End: Original strand, 14084991 - 14085224
Alignment:
Q  15 gaatttgtttttggacaaatcaataaccatggaaccttgtagaaatgatggaatgggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaaaagaacaacga 114  Q
    |||||| |||||||||| |||||||   |||||||||   ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |    
T  14084991 gaatttatttttggacagatcaatatttatggaacctctaagaaatggtggaatgggaccttcaaattcatttgatgacagaaataaaaaagaacaataa 14085090  T
Q  115 tttattacttgaaaattagggattgatcctttgagattgttgtatgaaatgttgatattctcgcacccttgtgatgatagtttagcccaaaaccactctg 214  Q
    ||| |||  || | ||| || ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||  ||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14085091 tttcttatgtggagattcggaattgatcctttgaaattgttgtaagaaaggttgattgtcctgcactcttgtgatgatagttttgcccaaaaccactctg 14085190  T
Q  215 gaacattatctgaaattccagcattcgaaatatc 248  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  14085191 gaatattatctgaaactccagcattagaaatatc 14085224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 46 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 13862540 - 13862338
Alignment:
Q  46 gaaccttgtagaaatgatggaatgggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaaaagaacaacgatttattacttgaaaattagggattgatcctt 145  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||  ||||| || ||||||||||    
T  13862540 gaacctcgtagaaatggtggaatgggcccttcaaaatcatttgatgaaagagataaaagagaacagtgattttttacttttaaatttggaattgatcctt 13862441  T
Q  146 tgagattgttgtatgaaatgttgatattctcgcacccttgtgatgatagtttagcccaaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaat 245  Q
    | ||||| |||| ||||||||| ||  | | ||||  |||  ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  13862440 taagattattgtttgaaatgtttattgtattgcacatttgcaatgatagattatcccaaaaccactcaggaacattatctgaaatttcagcattagaaat 13862341  T
Q  246 atc 248  Q
    |||    
T  13862340 atc 13862338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 163
Target Start/End: Original strand, 13912145 - 13912295
Alignment:
Q  13 gagaatttgtttttggacaaatcaataaccatggaaccttgtagaaatgatggaatgggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaaaagaacaac 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||     
T  13912145 gagaacttgtttttggacaaatcaataactgtagaacctttgagaaatggtggaatgggcccttcaaattcatttgatgaaagtgataaaacagaacaaa 13912244  T
Q  113 gatttattacttgaaaattagggattgatcctttgagattgttgtatgaaa 163  Q
    ||||| ||||||||| ||| || ||| | ||||||||||| |||| |||||    
T  13912245 gattttttacttgaagatttggaattaagcctttgagattattgtttgaaa 13912295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 177 - 248
Target Start/End: Original strand, 13928825 - 13928896
Alignment:
Q  177 gcacccttgtgatgatagtttagcccaaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatc 248  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13928825 gcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccactcgggaacattatctgaaattccagcattagaaatatc 13928896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University