View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14411_low_1 (Length: 842)

Name: NF14411_low_1
Description: NF14411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14411_low_1
NF14411_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-828)||(13233748-13234559)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 792; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 792; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 828
Target Start/End: Original strand, 13233748 - 13234559
Alignment:
Q  17 acaccaatgtcatggagtgctagtaatagtgcagctttcttgaaattcacaccctcaagacttaaaaatgagaacaaggtgcaaaagcctccaaggtaaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13233748 acaccaatgtcatggagtgctagtaatagtgcagctttcttgaaattcacaccctcaagacttaaaaatgagaacaaggtgcaaaagcctccaaggtaaa 13233847  T
Q  117 gcatttattcaacaatactaatttatatgattactactaacatggtttacaatacatgattattgattgaatggtaaattgatatatgcaatcaaaatta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13233848 gcatttattcaacaatactaatttatatgattactactaacatggtttacaatacatgattattgattgaatggtaaattgatatatgcaatcaaaatta 13233947  T
Q  217 gatgtaaacttgtaatataccatattgtttttgtgtgatgtgcagccatgcttcccctggcatctacacatactcaagtgaaatccttccagcaacacca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13233948 gatgtaaacttgtaatataccatattgtttttgtgtgatgtgcagccatgcttcccctggcatctacacatactcaagtgaaatccttccagcaacacca 13234047  T
Q  317 acaccacatagcagcgactacgtagtcgacgagaatgactaccttacaccaaccaatagctcacaagaacatctaggtccaaagtttgcaaattcctaca 416  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13234048 acaccacatagcagtgactacgtagtcgacgagaatgactaccttacaccaacaaatagctcacaagaacatctaggtccaaagtttgcaaattcctaca 13234147  T
Q  417 tagcagagacatggatcctaatgcgccgcaacttcaccaacatacggagaacccccgagctttttctatcaagactaatggtcctcaccttcatgggagt 516  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13234148 taggagagacatggatcctaatgcgccgcaacttcacaaacatacggagaacccccgagctttttctatcaagactaatggtcctcaccttcatgggagt 13234247  T
Q  517 tatgatggcaacaatgttccacaatccaaaaaataccttacaaggaatcacaaatcgtctcagtttcttcattttcacagtgtgtctgtttttcttctct 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13234248 tatgatggcaacaatgttccacaatccaaaaaataccttacaaggaatcacaaatcgtctcagtttcttcattttcacagtgtgtctgtttttcttctct 13234347  T
Q  617 tcaaatgatgcggtccctgccttcatccaagagaggttcatcttcatccgcgaaacttctcataatgcctatagagcttcttgttacaccatagctagcc 716  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13234348 tcaaatgatgccgtccctgccttcatccaagagaggttcatcttcatccgcgaaacttctcataatgcctatagagcttcttgttacaccatagctagcc 13234447  T
Q  717 taatcactcacatgccgtttcttgcgctccaagctttagcctatgctgccattgtttggtttgctttagaacttagaggcccatttatatacttcttcct 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13234448 taatcactcacatgccgtttcttgcgctccaagctttagcctatgctgccattgtttggtttgctttagaacttagaggcccatttatatacttcttcct 13234547  T
Q  817 tgttctcttcat 828  Q
    ||||||||||||    
T  13234548 tgttctcttcat 13234559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University