View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14411_low_24 (Length: 317)

Name: NF14411_low_24
Description: NF14411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14411_low_24
NF14411_low_24
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (35-301)||(6263174-6263440)
chr8 (38-301)||(6331749-6332012)
chr8 (38-246)||(7458937-7459145)
chr8 (38-227)||(7471335-7471524)
chr8 (38-264)||(6321241-6321467)
chr8 (38-264)||(6352102-6352328)
chr8 (38-255)||(6363041-6363258)
chr8 (38-264)||(6274365-6274591)
chr8 (38-264)||(6423946-6424172)
chr8 (38-143)||(6288611-6288716)
chr8 (38-136)||(6390840-6390938)
chr8 (38-136)||(6410044-6410142)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (206-301)||(42693150-42693245)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 35 - 301
Target Start/End: Original strand, 6263174 - 6263440
Alignment:
Q  35 ttttaccagtggctgacaagttggtgaaagcacgagtcgtttactataacataagccttggcaagtagccaaactgtagcttcaacaccttcaattgcag 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6263174 ttttaccagtggctgacaagttggtgaaagcatgagtcatttactataacataagccttggcaagtagccaaaccgtagcttcaacaccttcaattgcag 6263273  T
Q  135 gcaagtagacattactaacaactccaaattgatctccttgaggatgtggaagacttaactcaatgaccaaaggctttaaagttccatcacttttcaagaa 234  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6263274 gcaagtagacgttactaacaacaccaaattgatctccttgaggatgtggaagacttaactcaatggccaaaggctttaaagttccatcacttttcaagaa 6263373  T
Q  235 aaggatggttcttgaagcataagcttttgtggaagttgagtttattagccttagatatggaattatt 301  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6263374 aaggacggttcttgaagcataggcctttgtggaagttgagtttataagccttagatatggaattatt 6263440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 38 - 301
Target Start/End: Original strand, 6331749 - 6332012
Alignment:
Q  38 taccagtggctgacaagttggtgaaagcacgagtcgtttactataacataagccttggcaagtagccaaactgtagcttcaacaccttcaattgcaggca 137  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||    
T  6331749 taccagtggctgacaagttgatgaaaacaggagtcatttacaacaacgtaagctttggcaagtagccaaatagaagcttcaacaccttcacttgcaggca 6331848  T
Q  138 agtagacattactaacaactccaaattgatctccttgaggatgtggaagacttaactcaatgaccaaaggctttaaagttccatcacttttcaagaaaag 237  Q
    |||| ||||||||||||   ||| |   |||| |||||||||||||   ||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||  |||||||     
T  6331849 agtaaacattactaacaggaccataactatcttcttgaggatgtggcttacttagctcaatggccaatggcttcaaagttccatcattttgtaagaaaat 6331948  T
Q  238 gatggttcttgaagcataagcttttgtggaagttgagtttattagccttagatatggaattatt 301  Q
    || |||||| | |||||| || |||||   |||||||||||||  ||| | |||||||| ||||    
T  6331949 gaaggttctcgtagcatatgcctttgtatcagttgagtttattttcctcaaatatggaaatatt 6332012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 38 - 246
Target Start/End: Original strand, 7458937 - 7459145
Alignment:
Q  38 taccagtggctgacaagttggtgaaagcacgagtcgtttactataacataagccttggcaagtagccaaactgtagcttcaacaccttcaattgcaggca 137  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  7458937 taccaatggctgacaagttggtggtagcatgagtcatttacaacgacataagccttggcaaggagccaaattgaagcttcaacaccttcacttgcaggca 7459036  T
Q  138 agtagacattactaacaactccaaattgatctccttgaggatgtggaagacttaactcaatgaccaaaggctttaaagttccatcacttttcaagaaaag 237  Q
    |||| ||||||||||||   || ||   ||| |||||||| |||||   |||||  |||||| |||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||    
T  7459037 agtaaacattactaacaggacctaaactatcaccttgagggtgtggcctacttagttcaatggccaatggcttcaaagttccatcattttgcaagaaaag 7459136  T
Q  238 gatggttct 246  Q
     ||||||||    
T  7459137 aatggttct 7459145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 38 - 227
Target Start/End: Original strand, 7471335 - 7471524
Alignment:
Q  38 taccagtggctgacaagttggtgaaagcacgagtcgtttactataacataagccttggcaagtagccaaactgtagcttcaacaccttcaattgcaggca 137  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||| || |||||| || |||||| |||| ||||    
T  7471335 taccaatggctgacaagttggtgatagcatgagtcatttacaacaacataagccttggcaaggagccaaattgaagcttccacgccttcacttgcgggca 7471434  T
Q  138 agtagacattactaacaactccaaattgatctccttgaggatgtggaagacttaactcaatgaccaaaggctttaaagttccatcacttt 227  Q
    |||| ||||||||||||   |||||   ||| |||||||| |||||   |||||  |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  7471435 agtaaacattactaacaggaccaaaactatcaccttgagggtgtggcctacttagttcaatggccaatggcttcaaagttccatcacttt 7471524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 38 - 264
Target Start/End: Original strand, 6321241 - 6321467
Alignment:
Q  38 taccagtggctgacaagttggtgaaagcacgagtcgtttactataacataagccttggcaagtagccaaactgtagcttcaacaccttcaattgcaggca 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||   | ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||  | || ||||||||||||  |||||||||    
T  6321241 taccagtggctgacaagttggtgaacagaagagtcatttacaataacataagccttggcaaggagccaaatagaagattcaacaccttcctttgcaggca 6321340  T
Q  138 agtagacattactaacaactccaaattgatctccttgaggatgtggaagacttaactcaatgaccaaaggctttaaagttccatcacttttcaagaaaag 237  Q
    |||| |||| |||||||   |||||   |||  | |||||||||||   ||||| ||||||| | || ||||| |||||||||||| |||  |||||||     
T  6321341 agtaaacatcactaacaggaccaaagctatcagcctgaggatgtgggctacttagctcaatggctaatggcttcaaagttccatcattttgtaagaaaat 6321440  T
Q  238 gatggttcttgaagcataagcttttgt 264  Q
    ||| ||||| | |||||| || |||||    
T  6321441 gatagttctagtagcatatgcctttgt 6321467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 38 - 264
Target Start/End: Original strand, 6352102 - 6352328
Alignment:
Q  38 taccagtggctgacaagttggtgaaagcacgagtcgtttactataacataagccttggcaagtagccaaactgtagcttcaacaccttcaattgcaggca 137  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| | |||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||    
T  6352102 taccaatggctgacaagttgatgatagcaggagtcatttacaacaacaaaagccttggcaaggagccaaattgaagcttcaacaccttcacttgcgggca 6352201  T
Q  138 agtagacattactaacaactccaaattgatctccttgaggatgtggaagacttaactcaatgaccaaaggctttaaagttccatcacttttcaagaaaag 237  Q
    |||| ||||| ||||||   |||||   ||| |||||||| |||||    ||||  |||||| |||  ||||| ||||||||||||  || |||||||||    
T  6352202 agtaaacattgctaacaggaccaaaactatcaccttgagggtgtggcctgcttagttcaatggccagtggcttcaaagttccatcatcttgcaagaaaag 6352301  T
Q  238 gatggttcttgaagcataagcttttgt 264  Q
     |||||||| | |||||| || |||||    
T  6352302 tatggttctggtagcataggcctttgt 6352328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 38 - 255
Target Start/End: Original strand, 6363041 - 6363258
Alignment:
Q  38 taccagtggctgacaagttggtgaaagcacgagtcgtttactataacataagccttggcaagtagccaaactgtagcttcaacaccttcaattgcaggca 137  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| | || || || ||||| || || |||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  6363041 taccaatggctaacaagttggtgataacatgaatcatttacaattacgtaagccttggcaaggagccaaattgaagcttcaacaccttcacttgcaggca 6363140  T
Q  138 agtagacattactaacaactccaaattgatctccttgaggatgtggaagacttaactcaatgaccaaaggctttaaagttccatcacttttcaagaaaag 237  Q
    |||| || || ||||||   |||||   ||| |||||||| |||||   |||||  |||||| |||| ||||| ||||||||||||  || |||||||||    
T  6363141 agtaaactttgctaacaggaccaaaactatcaccttgagggtgtggcctacttagttcaatggccaatggcttcaaagttccatcatcttgcaagaaaag 6363240  T
Q  238 gatggttcttgaagcata 255  Q
     |||||||| | ||||||    
T  6363241 aatggttctagtagcata 6363258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 38 - 264
Target Start/End: Original strand, 6274365 - 6274591
Alignment:
Q  38 taccagtggctgacaagttggtgaaagcacgagtcgtttactataacataagccttggcaagtagccaaactgtagcttcaacaccttcaattgcaggca 137  Q
    ||||| |||||||  |||||||||  ||| ||||||||||| | ||| || ||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||| |||||||||    
T  6274365 taccaatggctgatgagttggtgatggcaagagtcgtttacaacaacgtatgccttggcaaggagccaaatagaagcttcaacaccttcacttgcaggca 6274464  T
Q  138 agtagacattactaacaactccaaattgatctccttgaggatgtggaagacttaactcaatgaccaaaggctttaaagttccatcacttttcaagaaaag 237  Q
    |||| | || |||||||   |||||   |||  | |||||||||||   ||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||  ||||||||    
T  6274465 agtaaatatcactaacaggaccaaagctatcagcctgaggatgtgggctacttagctcaatggccaacggcttcaaagttccatcattttgtaagaaaag 6274564  T
Q  238 gatggttcttgaagcataagcttttgt 264  Q
    || |||||| | |||||| || |||||    
T  6274565 gaaggttctcgtagcatatgcctttgt 6274591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 38 - 264
Target Start/End: Original strand, 6423946 - 6424172
Alignment:
Q  38 taccagtggctgacaagttggtgaaagcacgagtcgtttactataacataagccttggcaagtagccaaactgtagcttcaacaccttcaattgcaggca 137  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||  ||| ||||| ||||| |  |||||||| || |||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||| |    
T  6423946 taccaatggctaacaagttggtgatggcaagagtcatttacaactacataagctttagcaagtagccaaatagaagcttcaacaccttcacttgcaggga 6424045  T
Q  138 agtagacattactaacaactccaaattgatctccttgaggatgtggaagacttaactcaatgaccaaaggctttaaagttccatcacttttcaagaaaag 237  Q
    |||| || | |||||||  |||| |   |||  | | |||||||||   ||||| ||||||  |||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  6424046 agtaaacttcactaacaggtccataactatcatcgtcaggatgtggcttacttagctcaatcgccagtggctttaaagttccatcattttgcaagaaaag 6424145  T
Q  238 gatggttcttgaagcataagcttttgt 264  Q
    ||||||||| | |||||| || |||||    
T  6424146 gatggttctagcagcataggcctttgt 6424172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 38 - 143
Target Start/End: Original strand, 6288611 - 6288716
Alignment:
Q  38 taccagtggctgacaagttggtgaaagcacgagtcgtttactataacataagccttggcaagtagccaaactgtagcttcaacaccttcaattgcaggca 137  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||| || ||||||  |||||||||||||||||  | || ||||||||||||| |||||||||    
T  6288611 taccagtggctgataagttggtgatagcatgagtcatttacaatcacataattcttggcaagtagccaaatagaagattcaacaccttcacttgcaggca 6288710  T
Q  138 agtaga 143  Q
    ||||||    
T  6288711 agtaga 6288716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 136
Target Start/End: Original strand, 6390840 - 6390938
Alignment:
Q  38 taccagtggctgacaagttggtgaaagcacgagtcgtttactataacataagccttggcaagtagccaaactgtagcttcaacaccttcaattgcaggc 136  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| | ||| || || | | | ||||||||||||||  |||||| || ||| |||||||||||| ||||||||    
T  6390840 taccagtggctgataagttggtgatagcatgcgtcattcacaacagcgtaagccttggcaaggtgccaaattgaagcatcaacaccttcacttgcaggc 6390938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 136
Target Start/End: Original strand, 6410044 - 6410142
Alignment:
Q  38 taccagtggctgacaagttggtgaaagcacgagtcgtttactataacataagccttggcaagtagccaaactgtagcttcaacaccttcaattgcaggc 136  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||| |||| | ||| ||||| | | | ||||||||||||||  |||||| || ||| |||||||||||| ||||||||    
T  6410044 taccaatggctgataagttgatgatagcaggcgtcatttacaacagcgtaagccttggcaaggcgccaaattgaagcatcaacaccttcagttgcaggc 6410142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 206 - 301
Target Start/End: Original strand, 42693150 - 42693245
Alignment:
Q  206 ggctttaaagttccatcacttttcaagaaaaggatggttcttgaagcataagcttttgtggaagttgagtttattagccttagatatggaattatt 301  Q
    ||||||||||||   |||||  ||||||||||||||||||  | ||||||||| || || | ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  42693150 ggctttaaagttttgtcactgctcaagaaaaggatggttcgagtagcataagccttcgttggagttgagtttattcgccttaaatatggcattatt 42693245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University