View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14413_low_5 (Length: 598)

Name: NF14413_low_5
Description: NF14413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14413_low_5
NF14413_low_5
[»] chr4 (40 HSPs)
chr4 (45-588)||(27523012-27523558)
chr4 (245-588)||(27505513-27505857)
chr4 (245-588)||(27486968-27487315)
chr4 (245-580)||(27479894-27480231)
chr4 (295-588)||(27469445-27469739)
chr4 (250-588)||(27525929-27526267)
chr4 (365-588)||(27476672-27476895)
chr4 (245-577)||(27460474-27460801)
chr4 (299-588)||(27513641-27513931)
chr4 (311-508)||(27502011-27502210)
chr4 (384-588)||(27516560-27516764)
chr4 (288-588)||(27473877-27474165)
chr4 (383-588)||(27466806-27467011)
chr4 (403-588)||(27498400-27498585)
chr4 (390-588)||(27500295-27500493)
chr4 (403-588)||(27444764-27444949)
chr4 (397-588)||(27502771-27502962)
chr4 (403-588)||(27431118-27431303)
chr4 (404-588)||(27501302-27501486)
chr4 (397-588)||(27507777-27507968)
chr4 (405-584)||(27557478-27557657)
chr4 (426-580)||(27414297-27414451)
chr4 (433-571)||(27503924-27504062)
chr4 (433-588)||(17970284-17970439)
chr4 (434-571)||(27475580-27475717)
chr4 (433-574)||(27524523-27524664)
chr4 (403-588)||(27554294-27554479)
chr4 (433-571)||(27468327-27468465)
chr4 (426-588)||(27563339-27563501)
chr4 (435-571)||(27514893-27515029)
chr4 (433-580)||(27424514-27424661)
chr4 (122-187)||(27460849-27460914)
chr4 (450-587)||(27508838-27508975)
chr4 (392-580)||(27567248-27567436)
chr4 (433-588)||(27425797-27425952)
chr4 (433-588)||(27570049-27570204)
chr4 (433-588)||(27585673-27585828)
chr4 (395-531)||(27423264-27423400)
chr4 (433-547)||(27412690-27412804)
chr4 (426-580)||(27559233-27559387)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (372-569)||(1759252-1759453)
chr5 (397-588)||(1754206-1754396)
chr5 (433-588)||(1756757-1756912)
chr5 (294-346)||(1759463-1759515)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (399-588)||(38028732-38028921)
chr3 (399-588)||(38040047-38040236)
chr3 (399-588)||(38036759-38036948)
chr3 (433-588)||(50904792-50904947)
chr3 (403-574)||(55084785-55084956)
chr3 (433-580)||(38043896-38044043)
chr3 (403-588)||(38024845-38025030)
chr3 (403-588)||(38031297-38031482)
chr3 (456-588)||(38033802-38033934)
chr3 (433-588)||(48840712-48840866)
chr3 (433-588)||(50909945-50910100)
chr3 (433-588)||(50911869-50912024)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (399-588)||(21604720-21604909)
chr8 (403-588)||(21607266-21607451)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (433-588)||(3073554-3073709)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 488; Significance: 0; HSPs: 40)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 588
Target Start/End: Original strand, 27523012 - 27523558
Alignment:
Q  45 cgcaatatatacttcaattattattgttaaatcaatatagtttacttttaaatt-ccattttttgcattaggggaggattgattttataattgaacaaat 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27523012 cgcaatatatacttcaattattattgttaaatcaatatagtttactttttaatttccattttttgcattaggggaggattgattttataattgaacaact 27523111  T
Q  144 gaatcttctattatatcctctagagattctaaactgaacatttaacaaatatagatgcatcgattcttagaatggtatgtaagaaaaacacagtaataat 243  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27523112 gaatcttccattatatcctctagagattctaaactgaacatttaacaaatatagatgcatcgattcttagaatggcatgtaagaaaaacacagtaataat 27523211  T
Q  244 gtgttaataaacttctcattgaggtgaacatatttacaagcaaatatgacaacaacaaaagataaaatcttttgaaggtgagaaactaaactgctacaaa 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27523212 gtgttaataaacttctcattgaggtgaacatatttacaagcaaatatgataacaacaaaagataaaatcttttgaaggtgagaaactaaactgctacaaa 27523311  T
Q  344 aatgggtcaaatatc--tgtcatgtcctacgatatcttcaaagagctaattcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaa 441  Q
    | |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27523312 actgggtcaaatatctatgtcatgtcctatgatatcttcaaagagctaattcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttctttgcaaggaa 27523411  T
Q  442 tagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcac 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27523412 tagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaagtttggttcaaatatgatacaggaatcac 27523511  T
Q  542 aaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27523512 aaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatagccctttg 27523558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 245 - 588
Target Start/End: Original strand, 27505513 - 27505857
Alignment:
Q  245 tgttaataaacttctcattgaggtgaacatatttacaagcaaatatgacaacaacaaaagataaaatcttttgaaggtgagaaactaaactgctacaaaa 344  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27505513 tgttaataaatttctcattgagatgaacatttttacaaccaagtatgataacaacaaaagattaaatcttttgaatgtgagaaactaaactgctacaaaa 27505612  T
Q  345 atgggtcaaatatctgtcat--gtcctacgatatcttcaaagagctaattcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaat 442  Q
    |||||||||||||||  |||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||  ||||||||||    
T  27505613 atgggtcaaatatcta-cattagtccaatgatatcttcaaagagctaattcaattcaagtgagaaatgatatctaagaaaatctcttctctgcaaggaat 27505711  T
Q  443 agttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcaca 542  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27505712 agtgagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatacaggaatcaca 27505811  T
Q  543 aaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27505812 aaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatacccctttg 27505857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 245 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 27487315 - 27486968
Alignment:
Q  245 tgttaataaacttctcattgaggtgaacatatttacaagcaaatatgacaacaacaaaagataaaatcttttgaaggtgagaaactaaactgctacaaaa 344  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  27487315 tgttaataaatttctcattgagatgaacatttttacaaccaagtatgataacaacaaaagattaaatcttttgaaggtgagaata-aaactgctacaaaa 27487217  T
Q  345 a-tgggtcaaatatct--gtcatgtcctacgatatcttcaaagagctaat---tcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaag 438  Q
    | ||||||| ||||||  |||| |||||| |||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27487216 aatgggtcagatatctacgtca-gtcctatgatatcttcaaagaactaataattcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttctttgcaag 27487118  T
Q  439 gaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaat 538  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||||| || || | |||||| || ||||||| ||| ||    
T  27487117 gaatagtaagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattcttgaaacgatggttggtttaagtatgataaagggat 27487018  T
Q  539 cacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27487017 cacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 27486968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 245 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 27480231 - 27479894
Alignment:
Q  245 tgttaataaacttctcattgaggtgaacatatttacaagcaaatatgacaacaacaaaagataaaatcttttgaaggtgagaaactaaactgctacaaaa 344  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  27480231 tgttaataaatttctcattgagatgaacatttttacaaccaagtatgataacaacaaaagattaaatattttgaacgtgagaaactaaactactacaaaa 27480132  T
Q  345 a-tgggtcaaatatct--gtcatgtcctacgatatcttcaaagagctaattcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaa 441  Q
    | ||| ||||||| ||  |||| |||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  27480131 aatggatcaaataactacgtca-gtcctatgatatcttcaaaaaggtaattcaattcaagtgagaattaatatctaagaaaatgtcttctctgcaaggaa 27480033  T
Q  442 tagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcac 541  Q
    | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | ||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27480032 tggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaacttttggaatgatgtttggttcaagtatgatacaggaatcac 27479933  T
Q  542 aaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagata 580  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27479932 aaaacgcttcattttctctcctacgtatactgctagata 27479894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 295 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 27469739 - 27469445
Alignment:
Q  295 acaacaaaagataaaatcttttgaaggtgagaaactaaactgctacaaaaatgggtcaaatatct--gtcatgtcctacgatatcttcaaagagctaatt 392  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  27469739 acaacaaaagtgaaaatcttttgaaggtatgaaactaaagtgctacaaaaatgggtcagatatctacgtca-gtcctatgatatcttcaaagagctaatt 27469641  T
Q  393 caattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgc 492  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||    
T  27469640 caattgaagtgagaggtgatatctaagaaaatttcttctctgcaaggaatagttagaccacccattggatgttcatattcaaattgttcttcagcttggc 27469541  T
Q  493 tcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27469540 tcaacagttcttgtaatgatgtttgcttcaaatatgatatagggatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 27469445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 250 - 588
Target Start/End: Original strand, 27525929 - 27526267
Alignment:
Q  250 ataaacttctcattgaggtgaacatatttacaagcaaatatgacaacaacaaaagataaaatcttttgaaggtgagaaactaaactgctacaaaaatggg 349  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | || | || ||| ||| | |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27525929 ataaatttctcattgaggtgaactttttcataaacaagtatcataacaacaaaagataaa-tcttctaaaggtgagaaactaaactgctacaaaaatggg 27526027  T
Q  350 tcaaatatct--gtcatgtcctacgatatcttcaaagagctaattcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagtta 447  Q
    ||||||||||  ||||  || || | |||||||  ||||| ||||||||||||  ||||||| || |||||||||| ||||||  ||||||||||||| |    
T  27526028 tcaaatatctacgtcaa-tcttatggtatcttccgagagccaattcaattcaaacgagaagtgatctctaagaaaacgtcttctctgcaaggaatagtga 27526126  T
Q  448 gaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccg 547  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27526127 gaccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccg 27526226  T
Q  548 cttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  27526227 cttcattttctctccaacatacactgctagatatccctttg 27526267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 365 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 27476895 - 27476672
Alignment:
Q  365 gtcctacgatatcttcaaagagctaattcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatgg 464  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27476895 gtcctatgatatcttcaaagagctaattcaatttaagtgagaggtaatatccaagaaaatgtcttctctgcaaggaatagttagaccacccattggatga 27476796  T
Q  465 tcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctccta 564  Q
    ||||||||||||||||||||   || ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  27476795 tcatattcaaattgttcctcactttggctcagcagttcttggaatgaggtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctcaccaa 27476696  T
Q  565 cgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  27476695 catacactgctagatatccctttg 27476672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 245 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 27460801 - 27460474
Alignment:
Q  245 tgttaataaacttctcattgaggtgaacatatttacaagcaaatatgacaacaacaaaagataaaatcttttgaaggtgagaaactaaactgctacaaaa 344  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||     ||||| ||||||||||||| || |||| ||||||  |||||||||||||||||||||    
T  27460801 tgttaataaatttctcattgagatgaacatttttacaac----tatgataacaacaaaagattaa-tcttctgaaggatagaaactaaactgctacaaaa 27460707  T
Q  345 atgggtcaaatatct--gtcatgtcctacgatatcttcaaagagctaattcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaat 442  Q
     ||||||||||| ||  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  27460706 -tgggtcaaataactacgtca-gtcctatgatatcttcaaagagctaattcaaattaagtgagaggtgatatccaagaaaatgtcttctctgcaaggaat 27460609  T
Q  443 agttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcaca 542  Q
     || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   || ||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  27460608 ggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatatagggatcaca 27460509  T
Q  543 aaccgcttcattttctctcctacgtacactgctag 577  Q
    || | |||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  27460508 aatctcttcatgtcctctcctatgtacactgctag 27460474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 299 - 588
Target Start/End: Original strand, 27513641 - 27513931
Alignment:
Q  299 caaaagataaaatcttttgaaggtgagaaactaaactgctacaaaaatgggtcaaatatct--gtcatgtcctacgatatcttcaaagagctaattcaat 396  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||  ||||  | ||| | || |||||||||  | |||||||    
T  27513641 caaaagagaaactcttttcaaggtgagaaactatactactacaaaattgggtcaaatatctacgtcaa-tactatgctaacttcaaagatttgattcaat 27513739  T
Q  397 tcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaa 496  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| |  |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||| | ||||    
T  27513740 tcaagcgagaagtgatatctaagaatacttcttctctgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcatattgttcttcagcttggttcaa 27513839  T
Q  497 caattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  27513840 caattcttggaacgaggtttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgcttcattttctctcctacatacactgctagatatccttttg 27513931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 311 - 508
Target Start/End: Original strand, 27502011 - 27502210
Alignment:
Q  311 tcttttgaaggtgagaaactaaactgctacaaaaa-tgggtcaaatatct--gtcatgtcctacgatatcttcaaagagctaattcaattcaagtgagaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  27502011 tcttttgaaggtgagaaactaaactgctacaaaaaatgtgtcaaatatctacgtca-gtcctatgatatcttcaaagagctaattcaatttaagtgagag 27502109  T
Q  408 gtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttgga 507  Q
    || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||    
T  27502110 gtgatatctaagaaaatgtcttctctgcaaggaatagttagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttgga 27502209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 384 - 588
Target Start/End: Original strand, 27516560 - 27516764
Alignment:
Q  384 gagctaattcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcct 483  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27516560 gagctacttcaattcaagttagaagtgatatctaagaaaacttcttctttgcaaggaatagtgagaccccccattggatggtcatattcaaattgttcct 27516659  T
Q  484 cggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatcc 583  Q
    | |||| | |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||| |||||||| | |||||| | || |||||| ||||| |||||||||||    
T  27516660 cagcttggttcaacaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatatagggatcacaaatctcttcatgtcctttcctacatacacagctagatatcc 27516759  T
Q  584 ctttg 588  Q
    |||||    
T  27516760 ctttg 27516764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 288 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 27474165 - 27473877
Alignment:
Q  288 tatgacaacaacaaaagataaaatcttttgaaggtgagaaactaaactgctacaaaaatgggtcaaatatct--gtcatgtcctacgatatcttcaaaga 385  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||| |  |||||||||||       
T  27474165 tatgataacaacaaaagtgaaaatcttttgaaggttagaaactaaagtgctacaaaaattggtcaaatatctatgtca-gtcttttgatatcttcaa--- 27474070  T
Q  386 gctaattcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcg 485  Q
              |||||| ||||||| || |||||||||| ||||||   ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  27474069 ----------ttcaagcgagaagtgatgtctaagaaaacgtcttctccgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctca 27473980  T
Q  486 gcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccct 585  Q
      || ||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||| |||||||| | |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27473979 ctttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatatagggatcacaaatctcttcatctcctctcctacgtacacagctagatatccct 27473880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 383 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 27467011 - 27466806
Alignment:
Q  383 agagctaattcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcc 482  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||| || ||||||||||  |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27467011 agagctacttcaattcaagctagaagtgatgtctaagaaaacttcttctctgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcc 27466912  T
Q  483 tcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatc 582  Q
    ||   || ||||| || |||||||||| |  |||| ||||||||||||| ||| |||||||| | |||||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  27466911 tcactttggctcagcagttcttggaataatttttgcttcaaatatgatatagggatcacaaatctcttcatctcctttcctacgtacactgctagatatc 27466812  T
Q  583 cctttg 588  Q
    ||||||    
T  27466811 cctttg 27466806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 403 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 27498585 - 27498400
Alignment:
Q  403 gagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattc 502  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||    
T  27498585 gagaagtgatatctaagaacatgtcttctccgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaacaagtc 27498486  T
Q  503 ttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    |||||| || | ||||||||| ||||||| ||| |||||||| || ||||||| |||||| || || |||||||||||||||||||    
T  27498485 ttggaacgatggttggttcaagtatgatatagggatcacaaaacgtttcatttcctctccaacatatactgctagatatccctttg 27498400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 390 - 588
Target Start/End: Original strand, 27500295 - 27500493
Alignment:
Q  390 attcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggctt 489  Q
    ||||||||||||  |||||| |  |||||||||| ||||||  ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| | || ||||| || | ||    
T  27500295 attcaattcaagcaagaagtgaattctaagaaaaggtcttctctgcaaggaatagtgatgccacccattggatggtcatatccgaactgttcttcagatt 27500394  T
Q  490 cgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
     ||||| |||||||||||||||  ||||||| || ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27500395 ggctcagcaattcttggaatgaactttggtttaagtatgatatagggatcacaaatcgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccttttg 27500493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 403 - 588
Target Start/End: Original strand, 27444764 - 27444949
Alignment:
Q  403 gagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattc 502  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||   |||| |||||    
T  27444764 gagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattc 27444863  T
Q  503 ttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||| ||||| | |||| |||| |||||||  || |||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  27444864 ttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttg 27444949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 397 - 588
Target Start/End: Original strand, 27502771 - 27502962
Alignment:
Q  397 tcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaa 496  Q
    ||||| ||||||| ||||||| |||||  ||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | |||| |||||     
T  27502771 tcaagcgagaagtgatatctacgaaaaaatcttcttcacaaggaatagtaagaccacccattggatggtcatatccaaattcttccacagcttggctcag 27502870  T
Q  497 caattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||| ||||    
T  27502871 caagtcttgaaatgaagtttgattcaaatatgacattggaatcacaaaccgcttcatcttctctcctacataaacggcaagatatccttttg 27502962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 403 - 588
Target Start/End: Original strand, 27431118 - 27431303
Alignment:
Q  403 gagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattc 502  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||| || ||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  27431118 gagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccaccggttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattc 27431217  T
Q  503 ttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||| ||||| | ||||||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||  || || || || ||||| | |||||||||||    
T  27431218 ttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcatccccaacatatactgcaatatatccctttg 27431303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 404 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 27501486 - 27501302
Alignment:
Q  404 agaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattct 503  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||    
T  27501486 agaagtgatatctaagaacatgtcttctctacaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtct 27501387  T
Q  504 tggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    || ||  | | |||||| || |||||||  || ||||||||||| ||||||| |||||| || || ||||||||| |||||||||    
T  27501386 tgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttcctctccaacatatactgctagacatccctttg 27501302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 397 - 588
Target Start/End: Original strand, 27507777 - 27507968
Alignment:
Q  397 tcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaa 496  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||  ||||| |  |||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||| |||  | || | ||| |     
T  27507777 tcaagcgagaagtgatatctaagaaaagatcttcttcacaaggaattgtaagaccacccattggatggtcatatccaaattcttcgacagcctggctgag 27507876  T
Q  497 caattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||| ||||| | ||| ||||| ||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| || || ||||||||||    
T  27507877 caactcttgaagtgaagtttgattcaaatatgacattggaattacaaaccgcttcatttttactcctacgtacaccgcaaggtatccctttg 27507968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 405 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 27557657 - 27557478
Alignment:
Q  405 gaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattctt 504  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||||||    
T  27557657 gaagtgatatctaagaaaacatcttctctgcatggaatagtgagaccacccattggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattctt 27557558  T
Q  505 ggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccc 584  Q
    | ||||| | |||||| || ||||| |  || |||||||||| |||||||| |||||| || || || || |||||||||    
T  27557557 gaaatgatggttggtttaagtatgacattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacatatacggcaagatatccc 27557478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 426 - 580
Target Start/End: Original strand, 27414297 - 27414451
Alignment:
Q  426 tcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaat 525  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| || | ||   | |  |||||||| ||||||| ||||||||| |    
T  27414297 tcttcactgcacggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaagt 27414396  T
Q  526 atgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagata 580  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||| ||||| |||||    
T  27414397 atgatacaggaatcacaaaccgtctcattttatctccaacgtagactgcaagata 27414451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 433 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 27504062 - 27503924
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||||  |||||||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  27504062 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatac 27503963  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacac 571  Q
    |||||  |||||||||  || ||||||||| || |||||    
T  27503962 aggaactacaaaccgcgccaatttctctccaacatacac 27503924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 433 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 17970439 - 17970284
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||| || ||| | |||| |||||| ||    |||| ||| | ||| ||||| ||||||||||| |||||       
T  17970439 tgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttcaagtatgacgt 17970340  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  17970339 agggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttg 17970284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 434 - 571
Target Start/End: Original strand, 27475580 - 27475717
Alignment:
Q  434 gcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgataca 533  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||||| |||||| |||| | |||||||||||  |||||||| ||||| ||||| | ||| ||||| |||||||||    
T  27475580 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgataca 27475679  T
Q  534 ggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacac 571  Q
    ||||  |||||||||  || ||||||||| || |||||    
T  27475680 ggaactacaaaccgcgccaatttctctccaacatacac 27475717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 433 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 27524664 - 27524523
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||| ||||| || || |||||||||||||| |||||| |||| | |||||| ||||   ||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  27524664 tgcacggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgatac 27524565  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgc 574  Q
    |||||  |  |||||| ||| ||||||||| || ||||||||    
T  27524564 aggaactatgaaccgcgtcagtttctctccaacatacactgc 27524523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 403 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 27554479 - 27554294
Alignment:
Q  403 gagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattc 502  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||| || |||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||   ||| ||||||    
T  27554479 gagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctacaaggaattgtgagactacccgttggatgatcatatccaaattgttcctcagcttgattcagcaattc 27554380  T
Q  503 ttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||| || || | |||| | ||  | || |  |  ||||||||||||||||||| |||||| || || ||||| || ||||||||||    
T  27554379 ttgaaacgatggttggcttaacaaagaaattgatatcacaaaccgcttcatttcctctccaacatatactgcaaggtatccctttg 27554294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 433 - 571
Target Start/End: Original strand, 27468327 - 27468465
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| || || |||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||| ||  |||||||| ||||| ||||| | |||||| || ||||||||    
T  27468327 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgatac 27468426  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacac 571  Q
    ||| |  |||||||||  || ||||||||| || |||||    
T  27468427 agggactacaaaccgcaccagtttctctccaacatacac 27468465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 426 - 588
Target Start/End: Original strand, 27563339 - 27563501
Alignment:
Q  426 tcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaat 525  Q
    |||||| |||||||||| || || |||||||||||||| |||||| |||| | ||| |||||||  |||| ||| ||||| ||  | ||||||||||| |    
T  27563339 tcttcagtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgactcagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagt 27563438  T
Q  526 atgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||||||| || |||||||  | |||   ||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  27563439 atgatacggggatcacaattctcttttgtttatctccaacgtacactgcaagatagccctttg 27563501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 435 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 27515029 - 27514893
Alignment:
Q  435 caaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacag 534  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||| ||  |||||||| ||||| ||||| | ||| ||||| ||||||||||    
T  27515029 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgatacag 27514930  T
Q  535 gaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacac 571  Q
    | |  |||||||||  || ||||||||| || |||||    
T  27514929 ggactacaaaccgcaccagtttctctccaacatacac 27514893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 433 - 580
Target Start/End: Original strand, 27424514 - 27424661
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| || ||| ||| || | ||   | | ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  27424514 tgcacggaatggtaagaccacccattggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatac 27424613  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagata 580  Q
     ||||||||||||||| ||||||  ||||| || || ||||| |||||    
T  27424614 tggaatcacaaaccgcctcatttgatctccaacatagactgcgagata 27424661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 122 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 27460914 - 27460849
Alignment:
Q  122 ttgattttataattgaacaaatgaatcttctattatatcctctagagattctaaactgaacattta 187  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  27460914 ttgattttatatttgaataactgaatcttccattatatcatttaaagattctaaactgaacattta 27460849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 450 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 27508975 - 27508838
Alignment:
Q  450 ccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgct 549  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||| | |||||| || |   ||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||  ||||| |||     
T  27508975 ccacccgttggatgatcatatccaaactcttcctcagcctgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgacacaggaacgacaaaacgcg 27508876  T
Q  550 tcattttctctcctacgtacactgctagatatcccttt 587  Q
    ||| ||||||||| || |||||||| | ||| ||||||    
T  27508875 tcagtttctctccaacatacactgcaacatagcccttt 27508838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 392 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 27567436 - 27567248
Alignment:
Q  392 tcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcg 491  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||||   |||||  |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||  |||||| ||| || | ||      
T  27567436 tcaattcaagtgagaagtgagttctaagaaagcatcttcgctgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcataaccaaattcttcttctgtttga 27567337  T
Q  492 ctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagata 580  Q
     | |  |||||||| || || | ||||||||| |||||||| |||||||| |||||  ||||| | ||||| || || ||||| |||||    
T  27567336 tttagtaattcttgaaacgatggttggttcaagtatgatactggaatcacgaaccgtctcattctatctccaacatagactgcgagata 27567248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 433 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 27425952 - 27425797
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| || || |||||||| ||||| |||||| |||| | ||||||   ||  ||||| || ||||| ||||| | ||||||||| |||||||     
T  27425952 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 27425853  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
     || |||||| |||||||   ||||||||| || || ||||| |||||||||||||    
T  27425852 tgggatcacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttg 27425797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 433 - 588
Target Start/End: Original strand, 27570049 - 27570204
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| || || |||||||| ||||| |||||| | || | |||||| ||||  |||| ||| ||||| ||||| | |||| | || ||||||||    
T  27570049 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 27570148  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
     || |||||| ||||| ||  ||||||||| || || ||||| |||||||||||||    
T  27570149 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttg 27570204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 433 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 27585828 - 27585673
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||| |||| | ||| |||||||  |||| ||| ||||| ||  | | ||||||||| ||||||||    
T  27585828 tgcaaggaatggtgagacctcccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgactcatcaaatcttgaaacaatggttggttcaagtatgatac 27585729  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
     || |||||||| | |||   ||| || || ||| ||||||| |||||||||||||    
T  27585728 ggggatcacaaatctcttttgtttatcaccaacgcacactgcgagatatccctttg 27585673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 395 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 27423400 - 27423264
Alignment:
Q  395 attcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctc 494  Q
    ||||||||||||||| |||| |  |||||  |||||  |||||||||  || || |||||||| ||||| |  ||  |||| | |||||||||||  |||    
T  27423400 attcaagtgagaagttatatgttggaaaacatcttccgtgcaaggaacggtgaggccacccatgggatgattgtaaccaaactcttcctcggcttgactc 27423301  T
Q  495 aacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgata 531  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||    
T  27423300 aacaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27423264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 433 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 27412804 - 27412690
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||| |||||| |||| | ||| || ||||  ||||| || ||||| ||| | | ||||||||| |||||||     
T  27412804 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 27412705  T
Q  533 aggaatcacaaaccg 547  Q
     || |||||||||||    
T  27412704 tgggatcacaaaccg 27412690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 426 - 580
Target Start/End: Original strand, 27559233 - 27559387
Alignment:
Q  426 tcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaat 525  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||| | ||| || | || ||| || || | ||| ||||| | ||| |||||      
T  27559233 tcttcactgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaactcttcttctgattggcttaataactattgaaatgaagattgattcaata 27559332  T
Q  526 atgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagata 580  Q
    |||| | |||||||| ||| | ||||||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  27559333 atgaaataggaatcagaaatctcttcattttgtctccaacataaactgcgagata 27559387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 117; Significance: 3e-59; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 372 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 1759453 - 1759252
Alignment:
Q  372 gatatcttcaaagagctaattcaattcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatatt 471  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||  ||||| |||| || |||||||||||||||||||  ||||    
T  1759453 gatattttcagagagctgattcaattcaagtgagaagtgatatctaagaaaacttcttctctgcaaagaatggtgagaccacccattggatggttgtatt 1759354  T
Q  472 caaattgttcctcggcttc----gctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgt 567  Q
    ||||||||||||| ||||     ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1759353 caaattgttcctcagcttgcttggctcaacaattcttggaatgatgtttggtttaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgt 1759254  T
Q  568 ac 569  Q
    ||    
T  1759253 ac 1759252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 397 - 588
Target Start/End: Original strand, 1754206 - 1754396
Alignment:
Q  397 tcaagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaa 496  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| || |||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| | || | | |     
T  1754206 tcaagcgagaagtgatatctaagaaaaggt-ttctctacaaggaatagtgagaccacccatcggatgatcatattcaaactgttcctcagatttgtttag 1754304  T
Q  497 caattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||||| ||| ||||| | ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||  ||||| || || || ||||||||||| ||||    
T  1754305 caatttttgaaatgacgattggttcaagtatgatacggggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacatatacagctagatatccttttg 1754396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 433 - 588
Target Start/End: Original strand, 1756757 - 1756912
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| || || |||||||| || || |||||| |||||| ||| || ||||  |||||||| | ||| || || | ||||||||| |||||||     
T  1756757 tgcaaggaatggtgaggccacccatggggtgatcatatccaaattcttcttcagcttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgatat 1756856  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
     || |||||||||||||||  ||||||||| || | |||||| ||||| |||||||    
T  1756857 tgggatcacaaaccgcttctgtttctctccaacattcactgcaagatagccctttg 1756912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 294 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 1759515 - 1759463
Alignment:
Q  294 aacaacaaaagataaaatcttttgaaggtgagaaactaaactgctacaaaaat 346  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  1759515 aacaagaaaagtaaaaatcttttgaaggtaagaaactaaagttctacaaaaat 1759463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 66; Significance: 7e-29; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 399 - 588
Target Start/End: Original strand, 38028732 - 38028921
Alignment:
Q  399 aagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaaca 498  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| ||||||  |||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||    
T  38028732 aagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaaca 38028831  T
Q  499 attcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
      | ||| ||||| | ||||||||| |||||    || || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  38028832 ggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttg 38028921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 399 - 588
Target Start/End: Original strand, 38040047 - 38040236
Alignment:
Q  399 aagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaaca 498  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| ||||||  |||||||||| || || || |||||||||||||||||| | |||| |||||||||||  |||||||    
T  38040047 aagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaaca 38040146  T
Q  499 attcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
      | ||| ||||| | ||||||||| |||||    || || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  38040147 ggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttg 38040236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 399 - 588
Target Start/End: Original strand, 38036759 - 38036948
Alignment:
Q  399 aagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaaca 498  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| || |||  |||||||||| || || || |||||||||||||||||| | |||| |||||||||||  |||||||    
T  38036759 aagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtattctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaaca 38036858  T
Q  499 attcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    | | ||| ||||| | ||||||||| ||||  |  || |  |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  38036859 aattttgaaatgaagcttggttcaagtatggcatggggacaacaaaccgtttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttg 38036948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 433 - 588
Target Start/End: Original strand, 50904792 - 50904947
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||| |||||| | ||||  ||||| |||   |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || || |     
T  50904792 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccgaattcatcctctgctcgactcaacaagtcttgaaatgaagtttggttcaagtaggacat 50904891  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    | | |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  50904892 atggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacgtacactgcaagatatccctttg 50904947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 403 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 55084956 - 55084785
Alignment:
Q  403 gagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattc 502  Q
    ||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||||| || || |||||||||||||| || ||| |||||| |||||| ||    |||||||| ||    
T  55084956 gagaagtaatatgaaagaaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgactcaacaagtc 55084857  T
Q  503 ttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgc 574  Q
    ||| ||||| | ||||||||| || || | ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  55084856 ttgaaatgatggttggttcaagtaagacatagggatcacaaaccgcttcattttctctccaacatacactgc 55084785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 433 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 38044043 - 38043896
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| || || || ||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||  |||| ||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| |     
T  38044043 tgcaaggaattgtgaggccgcccattggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagtatgacat 38043944  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagata 580  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||    
T  38043943 agggatcacaaaccgcttcatttcctctccaaagtacactgcaagata 38043896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 403 - 588
Target Start/End: Original strand, 38024845 - 38025030
Alignment:
Q  403 gagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattc 502  Q
    |||||||||| || | ||||||||||||  |||||||||| || || ||||||||||| || |||||| |||||| |||||| ||||  ||||| || |     
T  38024845 gagaagtaatttccatgaaaatgtcttctgtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagtt 38024944  T
Q  503 ttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||| || || | ||||||||| ||||| |  || || |||||||||||||||| |||||| || || ||||| ||||| |||||||    
T  38024945 ttgaaaggaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttg 38025030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 403 - 588
Target Start/End: Original strand, 38031297 - 38031482
Alignment:
Q  403 gagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattc 502  Q
    |||||||||| || | ||||||||||||  |||||||||| || || ||||||||||| || |||||| |||||| |||||| ||||  ||||| || |     
T  38031297 gagaagtaatttccatgaaaatgtcttctgtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagtt 38031396  T
Q  503 ttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||| || || | ||||||||| ||||| |  || || |||||||||||||||| |||||| || || ||||| ||||| |||||||    
T  38031397 ttgaaaggaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttg 38031482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 456 - 588
Target Start/End: Original strand, 38033802 - 38033934
Alignment:
Q  456 attggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattt 555  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||| | ||| ||||| | ||||||||| |||||    || || ||||||||||||||||    
T  38033802 attggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaaccgcttcattt 38033901  T
Q  556 tctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
     |||||| | ||||||||| ||||| |||||||    
T  38033902 gctctccaatgtacactgcaagatagccctttg 38033934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 433 - 588
Target Start/End: Original strand, 48840712 - 48840866
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||| |||||| |||||| || |||  |||  |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||  |     
T  48840712 tgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattctttctccactt-actcaacaagtcttgaaatgaggcttggttcaagtatggcat 48840810  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
     || || ||||| |||||||| | |||||| ||||||| ||| |||||||||||||    
T  48840811 ggggattacaaatcgcttcatctcctctccgacgtacaatgcaagatatccctttg 48840866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 433 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 50910100 - 50909945
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||| |||||| |||||| ||||||  |||   ||||||| | ||| ||||| | ||||||||| ||||| |     
T  50910100 tgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattcttcctccacttgattcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacat 50910001  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
     || || |||||||||  ||||| |||||| || |||||||| ||||| |||||||    
T  50910000 ggggataacaaaccgcagcatttgctctccaacatacactgcaagataaccctttg 50909945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 433 - 588
Target Start/End: Original strand, 50911869 - 50912024
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||||| |||||| ||||  |||||||| | ||| ||||| | ||||||||| |||||       
T  50911869 tgcaaggaattgttaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgactt 50911968  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
     || ||||||||||| ||||| || ||||| || || || || ||||| |||||||    
T  50911969 ggggatcacaaaccgtttcatcttgtctccaacatataccgcaagatagccctttg 50912024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 399 - 588
Target Start/End: Original strand, 21604720 - 21604909
Alignment:
Q  399 aagtgagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaaca 498  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| ||||||  |||||||||| || || || |||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||  |||||||    
T  21604720 aagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatcctaattcttcctcgtcttgactcaaca 21604819  T
Q  499 attcttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
      | ||| ||||| | ||||||||| |||||    || || ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  21604820 tgttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctctcctacttacactgcaagatagccctttg 21604909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 403 - 588
Target Start/End: Original strand, 21607266 - 21607451
Alignment:
Q  403 gagaagtaatatctaagaaaatgtcttcattgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattc 502  Q
    |||||||||| || | |||||| |||||  |||||||||  || || ||||||||||| || |||||| |||||| |||||| ||||  ||||| || |     
T  21607266 gagaagtaatttccatgaaaatatcttctgtgcaaggaaccgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagtt 21607365  T
Q  503 ttggaatgaggtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||| || || | | ||||||| ||||| |  || || |||||||||||||||| |||||| || || || || |||||||||||||    
T  21607366 ttgaaaggaagctcggttcaagtatgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatataccgcaagatatccctttg 21607451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 433 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 3073709 - 3073554
Alignment:
Q  433 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaaatatgatac 532  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||| || ||| | |||| |||||| ||    |||| ||| | ||| ||||| ||||||||||| |||||       
T  3073709 tgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttcaagtatgacgt 3073610  T
Q  533 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttg 588  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  3073609 agggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttg 3073554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University