View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14415_low_15 (Length: 272)
Name: NF14415_low_15
Description: NF14415
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14415_low_15 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 23 - 264
Target Start/End: Original strand, 20646857 - 20647102
Alignment:
| Q |
23 |
gtgcccatgccatagtttattacatatgcacattataaaaaacatattcatattcgtaatccttaaacaaataagtttccctcttatcatatttgtgttt |
122 |
Q |
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| T |
20646857 |
gtgcgcatgccgtagtttatcacatatgcacattctaaaaaacatattcatattcgaaatccttaaacaaataagtttccctgttaacatatttgtgttt |
20646956 |
T |
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| Q |
123 |
gttaagttggtgctggggaaacatggaatgaataatacattttatcgtttaaatatttttcttacgtttttatagggata----gcatgtctcatgttat |
218 |
Q |
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| T |
20646957 |
gttaagttggtgctgggaaaacatggaatgaataatacattttatcgtttaaatatttgtcttgcgtttttttagggataacatgcatgtctcatgttat |
20647056 |
T |
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| Q |
219 |
ttttacatattcgatacaatatctgtcttgcgttttttcttcatct |
264 |
Q |
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| T |
20647057 |
ttttacgtattcgttacaatatctgtcttgcgttttttcttcatct |
20647102 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 23 - 263
Target Start/End: Original strand, 20608209 - 20608449
Alignment:
| Q |
23 |
gtgcccatgccatagtttattacatatgcacattataaaaaacatattcatattcgtaatccttaaacaaataagtttccctcttatcatatttgtgttt |
122 |
Q |
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| T |
20608209 |
gtgcgcatgccgtagtttatcacatatgcacattctaaaaaacatattcatatttgtaatcctcaaacaagtaagtttccctcttaacatatttgtgttt |
20608308 |
T |
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| Q |
123 |
gttaagttggtgctggggaaacatggaatgaataatacattttatcgtttaaatatttttcttacgtttttatagggatagcatgtctcatgttattttt |
222 |
Q |
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| T |
20608309 |
gttaagttggtgctggggaaacatggaatgaataatacattttatcgtttaaatatttgtcttgcgtttttttagggataacatgtctcatgttattttt |
20608408 |
T |
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| Q |
223 |
acatattcgatacaatatctgtcttgcgttttttcttcatc |
263 |
Q |
| |
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| T |
20608409 |
acgtattcgttacaatatttgttttgcgttttttgttcatc |
20608449 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 23 - 263
Target Start/End: Original strand, 20610696 - 20610936
Alignment:
| Q |
23 |
gtgcccatgccatagtttattacatatgcacattataaaaaacatattcatattcgtaatccttaaacaaataagtttccctcttatcatatttgtgttt |
122 |
Q |
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| T |
20610696 |
gtgcgcatgccgtagtttatcacatatgcacattctaaaaaacatattcatatttgtaatcctcaaacaagtaagtttccctcttaacatatttgtgttt |
20610795 |
T |
|
| Q |
123 |
gttaagttggtgctggggaaacatggaatgaataatacattttatcgtttaaatatttttcttacgtttttatagggatagcatgtctcatgttattttt |
222 |
Q |
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| T |
20610796 |
gttaagttggtgctggggaaacatggaatgaataatacattttatcgtttaaatatttgtcttgcgtttttttagggataacatgtctcatgttattttt |
20610895 |
T |
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| Q |
223 |
acatattcgatacaatatctgtcttgcgttttttcttcatc |
263 |
Q |
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| T |
20610896 |
acgtattcgttacaatatttgttttgcgttttttgttcatc |
20610936 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 23 - 260
Target Start/End: Original strand, 20651954 - 20652195
Alignment:
| Q |
23 |
gtgcccatgccatagtttattacatatgcacattataaaaaacatattcatattcgtaatccttaaacaaataagtttccctcttatcatatttgtgttt |
122 |
Q |
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| T |
20651954 |
gtgcgcatgccgtagtttatcacatatgcacattctaaaaaacatattcatattcaaaatccttaaacaaataagtttccctcttaacatatttgtgttt |
20652053 |
T |
|
| Q |
123 |
gttaagttggtgctggggaaacatggaatgaataatacattttatcgtttaaatatttttcttacgtttttatagggata----gcatgtctcatgttat |
218 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |
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|
| T |
20652054 |
gttaagttggtgctgggaaaacatggaatgaataatacattttatcgtttaaatatttgtcttttgttttattagggataacatgcatgtctcatgttat |
20652153 |
T |
|
| Q |
219 |
ttttacatattcgatacaatatctgtcttgcgttttttcttc |
260 |
Q |
| |
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|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
20652154 |
ttttacgtattcgttacaatatctgtcttgcgttttttcttc |
20652195 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 23 - 264
Target Start/End: Original strand, 20613172 - 20613414
Alignment:
| Q |
23 |
gtgcccatgccatagtttattacatatgcacattataaaaaacatattcatattcgtaatccttaaacaaataagtttccctcttatcatatttgtgttt |
122 |
Q |
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| T |
20613172 |
gtgcgcatgccgtagtttatcacatattcacattctaaaaaacatattcttattcgtaatccttaaacaaataagtttccctattaacatatttgtgttt |
20613271 |
T |
|
| Q |
123 |
gttaagttggtgctggggaaacatggaatgaataatacattttatcgtttaaa-tatttttcttacgtttttatagggatagcatgtctcatgttatttt |
221 |
Q |
| |
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|
| T |
20613272 |
gttaagttggtgctgggaaaacatggaatgaataatacaatttatcgtttaaattatttgtgttgcgtttttttagggataacatgtttcatgttatttt |
20613371 |
T |
|
| Q |
222 |
tacatattcgatacaatatctgtcttgcgttttttcttcatct |
264 |
Q |
| |
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||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |
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| T |
20613372 |
tacgtattcattacaatatctgtcttgggttttttcttcatct |
20613414 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 61 - 264
Target Start/End: Original strand, 20602173 - 20602377
Alignment:
| Q |
61 |
aaaacatattcatattcgtaatccttaaacaaataagtttccctcttatcatatttgtgtttgttaagttggtgctggggaaacatggaatgaataatac |
160 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
20602173 |
aaaacatattcatattcgtaatccttaaacaaataagtttccctcttatcttatttgtgttttttaagttgttgttggggaaacatggaatgaataatac |
20602272 |
T |
|
| Q |
161 |
attttatcgtttaaatatttttcttac-gtttttatagggatagcatgtctcatgttatttttacatattcgatacaatatctgtcttgcgttttttctt |
259 |
Q |
| |
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| T |
20602273 |
attttatcgtttaaatatttgtcttgctttttttttagggataacatgtctcatgttatttttacgtattcatgacaatatctgtcttgcgttttttctt |
20602372 |
T |
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| Q |
260 |
catct |
264 |
Q |
| |
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| T |
20602373 |
catct |
20602377 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 23 - 185
Target Start/End: Original strand, 20644747 - 20644909
Alignment:
| Q |
23 |
gtgcccatgccatagtttattacatatgcacattataaaaaacatattcatattcgtaatccttaaacaaataagtttccctcttatcatatttgtgttt |
122 |
Q |
| |
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|||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |
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| T |
20644747 |
gtgcgcatgccgtagtttatcacatatgcacattctaaaaaacatattcatattcgaaatccttaaacaaataagtttccctgttaacatatttgtgttt |
20644846 |
T |
|
| Q |
123 |
gttaagttggtgctggggaaacatggaatgaataatacattttatcgtttaaatatttttctt |
185 |
Q |
| |
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|
| T |
20644847 |
gttaagttggtgctgggaaaacatggaatgaataatacattttatcgtttaaatatttgtctt |
20644909 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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