View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1441A-Insertion-22 (Length: 1045)

Name: NF1441A-Insertion-22
Description: NF1441A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1441A-Insertion-22
NF1441A-Insertion-22
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (7-475)||(30091944-30092412)
chr7 (519-1045)||(30091391-30091916)
chr7 (11-475)||(30087983-30088450)
chr7 (11-475)||(30098458-30098922)
chr7 (484-978)||(30087484-30087958)
chr7 (521-993)||(30098998-30099465)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (110-431)||(35171617-35171938)
chr1 (604-812)||(35171342-35171551)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 30092412 - 30091944
Alignment:
Q  7 agtatacacctatgataatgccatgtatggatttagtgcattgttatcttcaaatgagttagagactcttaacaacactgatggctttgttgcagcatat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30092412 agtatacacctatgataatgccatgtatggatttagtgcattgttatcttcaaatgagttagagactcttaacaacactgatggctttgttgcagcatat 30092313  T
Q  107 caagacagaacagcaaccatggacacaactcacacctttgaatttctctccctagattctccaagtggtctatggcatgcttcaaatttcggagacgata 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30092312 caagacagaacagcaaccatggacacaactcacacctttgaatttctctccctagattctccaagtggtctatggcatgcttcaaatttcggagacgata 30092213  T
Q  207 tcattattggtgttattgactctggtgtatggcctgagagtcaaagctttaaagatgacggcatgacaaagaaaattccgaacaaatggaaaggaacatg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30092212 tcattattggtgttattgactctggtgtatggcctgagagtcaaagctttaaagatgacggcatgacaaagaaaattccgaacaaatggaaaggaacatg 30092113  T
Q  307 tgaaactggccataaattcaatgcgtccatgtgcaacttcaaactgattggagctagatctttcaacaaaggtgtgattgcttcaaatccaaatgttaga 406  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30092112 tgaaactggccataaattcaatgcctccatgtgcaacttcaaactgattggagctagatctttcaacaaaggtgtgattgcttcaaatccaaatgttaga 30092013  T
Q  407 atcaggatgaactcagctagagacagtatcggacatggaactcatacatcatcaacagttgcaggtaac 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30092012 atcaggatgaactcagctagagacagtatcggacatggaactcatacatcatcaacagttgcaggtaac 30091944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 519 - 1045
Target Start/End: Complemental strand, 30091916 - 30091391
Alignment:
Q  519 gttagtactccttctgtaactctcagcttactaatcgagttgtctgcttcggacttcaggtaactatgtcaatggaacttcttattttggttatactaaa 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30091916 gttagtactccttctgtaactctcagcttactaatcgagctgtctgcttcggacttcaggtaactatgtcaatggaacttcttattttggttatgctaaa 30091817  T
Q  619 ggagtagcaagaggcattgcaccaagagctaggcttgctatgtacaaagtcatttgggaagagggtcttttggcttctgatgttttagctggaatggacc 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30091816 ggagtagcaagaggcattgcaccaagagctaggcttgctatgtacaaagtcatttgggaagagggtcttttggcttctgatgttttagctggaatggacc 30091717  T
Q  719 aagctattgctgatggtgttgatgtgatttc-atttctatgggattcgatggtgttccactttatgaagatgctatagcaatagcttcttttgcargcta 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30091716 aagctattgctgatggtgttgatgtgatttcaatttctatgggatttgatggtgttccactttatgaagatgctatagcaatagcttcttttgca-gcta 30091618  T
Q  818 tggcagaaagggattgttgttttcgtcttctgcaggtaactcaaggaccgaagcatggaaactttgcacaatgggtatccctttgggttcttactgtagc 917  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  30091617 tgg-agaaagggattgttg-tttcgtcttctgcaggtaactc-aggacctaagcatgg-aactttgcacaat-ggtatccc-ttgggttcttactgtagc 30091524  T
Q  918 tggtaggaatcaatagataggacttttggcagccttgttttgggg-atggtcaaaacatta-tggttggactttgtttgcatc-aattc-actagagtcg 1013  Q
    | | ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  30091523 t-gcaggaa-ccatagatagaacttttggcagccttgttttggggaatggtcaaaacattattggttggactttgtttgcatcaaattcaactatagtcg 30091426  T
Q  1014 -aaatc-tcctctcg-ttacgataacactttatct 1045  Q
     ||||| |||||| | |||||||||||||||||||    
T  30091425 aaaatcttcctcttgtttacgataacactttatct 30091391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 30088450 - 30087983
Alignment:
Q  11 tacacctatgataatgccatgtatggatttagtgcattgttatcttcaaatgagttagagactcttaacaacactgatggctttgttgcagcatatcaag 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  30088450 tacacctatgataatgccatgtatggattttgtgcaatgttatcttcaaatgagttagagattattaagaacattgatggctttgtttcagcatatcaag 30088351  T
Q  111 acagaacagcaaccatggacacaactcacacctttgaatttctctccctagattctccaagtggtctatggcatgcttcaaatttcggagacgatatcat 210  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  30088350 atagaacagcaaccattgacacaactcacacctttgaatttctctccctagattctccaagtggtctatggcatgcttcaaattttggagatgacatcat 30088251  T
Q  211 tattggtgttattgactctggtgtatggcctgagagtcaaagctttaaagatgacggcatgacaaagaaaattccgaacaaatggaaaggaacatgtgaa 310  Q
    | |||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30088250 tgttggtgttatagattctggtgtgtggcctgagagtcaaagctttaaagatgatggcatgacaaagaaaattccaaacaaatggaaaggaacatgtgaa 30088151  T
Q  311 actggccataaattcaatgcgtccatgtgcaacttcaaactgattggagctagatctttcaacaaaggtgtgattgc---ttcaaatccaaatgttagaa 407  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||   |    ||| ||||||| |||    
T  30088150 actggccataaattcaatgcctccgtgtgcaacttcaaactgattggagcaagatctttcaataaaggtgtgattgcaggtaactatcgaaatgttggaa 30088051  T
Q  408 tcaggatgaactcagctagagacagtatcggacatggaactcatacatcatcaacagttgcaggtaac 475  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30088050 tcagcaagaactcagctagagacagtatcggacatggaactcatacatcatcaactgttgcaggtaac 30087983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 11 - 475
Target Start/End: Original strand, 30098458 - 30098922
Alignment:
Q  11 tacacctatgataatgccatgtatggatttagtgcattgttatcttcaaatgagttagagactcttaacaacactgatggctttgttgcagcatatcaag 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  30098458 tacacctatgatcatgccatgtatggctttagtgcagtgttatcttcaaatgagttagagattcttaagaacattgatggctttgtttcagcatatcaag 30098557  T
Q  111 acagaacagcaaccatggacacaactcacacctttgaatttctctccctagattctccaagtggtctatggcatgcttcaaatttcggagacgatatcat 210  Q
    | ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||| || |    
T  30098558 atagaactgctaccattgacacaactcatacctttgaatttctttcactagattctccaagtggactatggcatacttcagattttggagacgatgtcgt 30098657  T
Q  211 tattggtgttattgactctggtgtatggcctgagagtcaaagctttaaagatgacggcatgacaaagaaaattccgaacaaatggaaaggaacatgtgaa 310  Q
    | |||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30098658 tgttggtgttattgatactggtttgtggcctgagagtcaaagctttaaagatgatggcatgacaaagaaaattccaaacaaatggaaaggaacatgtgaa 30098757  T
Q  311 actggccataaattcaatgcgtccatgtgcaacttcaaactgattggagctagatctttcaacaaaggtgtgattgcttcaaatccaaatgttagaatca 410  Q
    ||||||||  |||||||| | || ||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30098758 actggccaagaattcaatacctcaatgtgtaacttcaaattgattggagctagatatttcaacaaaggtgtgattgcttcaaatccaaatgttacaatca 30098857  T
Q  411 ggatgaactcagctagagacagtatcggacatggaactcatacatcatcaacagttgcaggtaac 475  Q
    | ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  30098858 gcatgaactcagctagagacactatagggcatggaactcacacatcatcaactgttgcaggtaac 30098922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 484 - 978
Target Start/End: Complemental strand, 30087958 - 30087484
Alignment:
Q  484 atagacaaatgttagcaaattatgttagtttcttggttagtactccttctgtaactctcagcttactaatcgagttgtctgcttcggacttcaggtaact 583  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30087958 atagacaaatagtaacaaattatgttagtttcttggttagt------------actctcagcttact-atcgagttgtttgcttcggacttcaggtaact 30087872  T
Q  584 atgtcaatggaacttcttattttggttatactaaaggagtagcaagaggcattgcaccaagagctaggcttgctatgtacaaagtcatttgggaagaggg 683  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30087871 atgtcaacggagcttcttattttggctatgctaaaggagtagcaagaggcattgcaccaaaagctaagattgctatgtacaaagtcatttgggaagagga 30087772  T
Q  684 tcttttggcttctgatgttttagctggaatggaccaagctattgctgatggtgttgatgtgatttc-atttctatgggattcgatggtgttccactttat 782  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||| |||||||| ||| | |||||| |||||||||||    
T  30087771 tgttatggcttctgatgttttagctggaatggaccaagcaattattgatggtgttgacgtgatttcaatttctattggaattgatggtattccactttat 30087672  T
Q  783 gaagatgctatagcaatagcttcttttgcargctatggcagaaagggattgttgttttcgtcttctgcaggtaactcaaggaccgaagcatggaaacttt 882  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||    
T  30087671 gaagatgctatagcaatagcttcttttaca-gctatgg-agaaagggattgttg-tttcatcttctgcaggtaactc-aggacctaagcatgg-aacctt 30087577  T
Q  883 gcacaatgggtatccctttgggttcttactgtagctggtaggaatcaatagataggacttttggcagccttgttttggg-gatggtcaaaacattat 978  Q
    ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| | ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  30087576 gcacaat-ggtatccc-ttgggtccttactgtagct-gcaggaa-ccacagatagaacttttggcagccttgttttgggaaatggtgaaaacattat 30087484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 521 - 993
Target Start/End: Original strand, 30098998 - 30099465
Alignment:
Q  521 tagtactccttctgtaactctcagcttactaatcgagttgtctgcttcggacttc-aggtaactatgtcaatggaacttcttattttggttatactaaag 619  Q
    |||||||| ||| ||  |||| ||||||| ||||||  ||||||||| | ||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||    
T  30098998 tagtactcattcggtgtctctgagcttaccaatcgaactgtctgctttgaacttgtaggtaactatgttaatggagcttcttattttggttatgccaaag 30099097  T
Q  620 gagtagcaagaggcattgcaccaagagctaggcttgctatgtacaaagtcatttgggaagagggtcttttggcttctgatgttttagctggaatggacca 719  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  30099098 gaatagcaagaggcattgcaccaaaagctaggattgctatgtacaaagtcatttgggaagagggtcgtttcgcctctgatgttttagctggcatggacca 30099197  T
Q  720 agctattgctgatggtgttgatgtgatttc-atttctatgggattcgatggtgttccactttatgaagatgctatagcaatagcttcttttgcargctat 818  Q
    |||||||   || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||    
T  30099198 agctattaacgacggtgttgatgtgatttcaatttcaatgggatttgatgatgttccactttatgaagatcctatagcaatagcttcatttgca-gctat 30099296  T
Q  819 ggcagaaagggattgttgttttcgtcttctgcaggtaactcaaggacc-gaagcatggaaactttgcacaatgggtatccctttgggttcttactgtagc 917  Q
    || | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | |||||| |||   | | ||| ||||||||| ||||||||  ||| | ||||||| |||    
T  30099297 gg-aaaaagggattgttg-tttcatcttctgcaggtaacgc-aggacctgaa--ttcggaaccttgcacaat-ggtatccc-atggctccttactgcagc 30099389  T
Q  918 tggtaggaatcaatagataggacttttggcagccttgttttggg-gatggtcaaaacatta-tggttggactttgttt 993  Q
    | | ||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  30099390 t-gcaggaa-caatagatagaacttttggcactcttgttttgggaaatggtcaaagcattattggttggactttgttt 30099465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 110 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 35171938 - 35171617
Alignment:
Q  110 gacagaacagcaaccatggacacaactcacacctttgaatttctctccctagattctccaagtggtctatggcatgcttcaaatttcggagacgatatca 209  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| ||  ||||  || | |  || |||||| |||| |||||||| |||||  || | |    
T  35171938 gacagaacagcaacaatagacacaacacacacctttgagtttctttcattagacccttccaaaggactatggaatgcatcaaatttaggagaaaatgtta 35171839  T
Q  210 ttattggtgttattgactctggtgtatggcctgagagtcaaagctttaaagatgacggcatgacaaagaaaattccgaacaaatggaaaggaacatgtga 309  Q
    || ||||||||||||||  |||||| |||||||| ||| ||||||||||||| || |||||| | || || || || |  ||||||||||||| |||| |    
T  35171838 ttgttggtgttattgacagtggtgtttggcctgaaagtgaaagctttaaagacgatggcatgtcgaaaaacatcccaacaaaatggaaaggaaaatgtca 35171739  T
Q  310 aactggccataaattcaatgcgtccatgtgcaacttcaaactgattggagctagatctttcaacaaaggtgtgattgcttcaaatccaaatgttagaatc 409  Q
    | | || ||  | |||||  | || ||||| ||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||    
T  35171738 agcaggacaagatttcaacacttctatgtgtaacttgaaattaattggagctagatatttcaacaaaggtgtgattgcatcaaaaccaaatgtcaaaatc 35171639  T
Q  410 aggatgaactcagctagagaca 431  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  35171638 agtatgaactcagctagagaca 35171617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 604 - 812
Target Start/End: Complemental strand, 35171551 - 35171342
Alignment:
Q  604 tttggttatactaaaggagtagcaagaggcattgcaccaagagctaggcttgctatgtacaaagtcatttgggaagagggtcttttggcttctgatgttt 703  Q
    ||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||  |||| ||||| |||||  ||||||| || |||| | | ||||||||||||     
T  35171551 tttggttatgcaaaaggtgtagctagaggtattgcaccaaaagctagaattgcaatgtataaagtactttgggacgaaggtcgtctagcttctgatgttc 35171452  T
Q  704 tagctggaatggaccaagctattgctgatggtgttgatgtgatttc-atttctatgggattcgatggtgttccactttatgaagatgctatagcaatagc 802  Q
    | || |||||||| |||||||||| ||||  ||||||||| || || || ||  | || ||  || |||||||||||||||||||| |  | ||||||||    
T  35171451 ttgcaggaatggatcaagctattgatgataatgttgatgttatctcaatctcattaggttttaatagtgttccactttatgaagatccagttgcaatagc 35171352  T
Q  803 ttcttttgca 812  Q
    ||| ||||||    
T  35171351 ttcatttgca 35171342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University