View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1441A-Insertion-3 (Length: 409)
Name: NF1441A-Insertion-3
Description: NF1441A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1441A-Insertion-3 |
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| [»] chr5 (3 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 409
Target Start/End: Original strand, 30527056 - 30527455
Alignment:
| Q |
8 |
cgaggtacacaccatcatttccatgtagatgacaatgccacatgtcaacaccacattggatgatagtgacatatagcatggccacacgaagctgatatgc |
107 |
Q |
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| T |
30527056 |
cgaggtacacaccatcatttccatgtagatgacaatgccacatgtcaacaccacattggatgatagtgacatatagcatggccacacgaagctgatatgc |
30527155 |
T |
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| Q |
108 |
catgtctaactcctcgtttttactgacgtgttctattagtgtttgatgtgtgtcactattatccaatgtggtgttgaaacatgacatagtcatcctacat |
207 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
30527156 |
catgtctaactcctcgtttttactgacgtgttctattagtgtttgatgtgtgtcactattatccaatgtggtgttgaaacatgacatagtcatcctacat |
30527255 |
T |
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| Q |
208 |
gggaaggatgtcatttagtcgtatttgccacatcagatattttaaatagaaagttgacactacggacaaaaaacaaatacatgattctgtaaggatgaaa |
307 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
30527256 |
gggaaggatgtcatttagtcgtatttgccacatcagatattttaaatagaaagttgacactacggacaaaaaacaaatacatgattctgtaaggatgaaa |
30527355 |
T |
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| Q |
308 |
agaaagagaaagnnnnnnnnnnnnggtatttatagggactaaaaccaaaatttgctctatttatggggacagaacacatattcaaaccattctgtttttt |
407 |
Q |
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|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
30527356 |
agaaagagaaag--aaaaaaaaaaggtatttatagggactaaaaccaaaatttgctctatttatggggacagaacacatattcaaaccattctgtttttt |
30527453 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 409
Target Start/End: Original strand, 30567396 - 30567795
Alignment:
| Q |
8 |
cgaggtacacaccatcatttccatgtagatgacaatgccacatgtcaacaccacattggatgatagtgacatatagcatggccacacgaagctgatatgc |
107 |
Q |
| |
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| T |
30567396 |
cgaggtacacaccatcatttccatgtagatgacaatgccacatgtcaacaccacattggatgatagtgacatatagcatggccacacgaagctgatatgc |
30567495 |
T |
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| Q |
108 |
catgtctaactcctcgtttttactgacgtgttctattagtgtttgatgtgtgtcactattatccaatgtggtgttgaaacatgacatagtcatcctacat |
207 |
Q |
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| T |
30567496 |
catgtctaactcctcgtttttactgacgtgttctattagtgtttgatgtgtgtcactattatccaatgtggtgttgaaacatgacatagtcatcctacat |
30567595 |
T |
|
| Q |
208 |
gggaaggatgtcatttagtcgtatttgccacatcagatattttaaatagaaagttgacactacggacaaaaaacaaatacatgattctgtaaggatgaaa |
307 |
Q |
| |
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|
| T |
30567596 |
gggaaggatgtcatttagtcgtatttgccacatcagatattttaaatagaaagttgacactacggacaaaaaacaaatacatgattctgtaaggatgaaa |
30567695 |
T |
|
| Q |
308 |
agaaagagaaagnnnnnnnnnnnnggtatttatagggactaaaaccaaaatttgctctatttatggggacagaacacatattcaaaccattctgtttttt |
407 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30567696 |
agaaagagaaag--aaaaaaaaaaggtatttatagggactaaaaccaaaatttgctctatttatggggacagaacacatattcaaaccattctgtttttt |
30567793 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 10 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 30425730 - 30425327
Alignment:
| Q |
10 |
aggtacacaccatcatttccatgtag-atgacaatgccacatgtcaacaccacattggatgatagtga-----------cat----at-agcatggccac |
92 |
Q |
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||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || |||| || ||| |
|
|
| T |
30425730 |
aggtacacaccatcatttccacgtaggatgacaatgccacatgtcaaaaccacattggatgatagtgagctacgactggcatgaacatcagcacggacac |
30425631 |
T |
|
| Q |
93 |
acgaagctgatatgccatgtctaactcctcgtttttactgacgtgttctattagtgtttgatgtgtgtcactattatccaatgtggtg---ttgaaacat |
189 |
Q |
| |
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| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| | |||||| | || |||||||| |||| || | |
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|
| T |
30425630 |
atggagctgatatgccatgtctatctcctcgtttttaatgacgtgttc-attagtgtt-gatgtct--cactatcacccgatgtggtggtgttgacacgt |
30425535 |
T |
|
| Q |
190 |
gacatagtcatcctacatgggaaggatgtcatttagtcgtatttgccacatcagatattttaaatagaaagttgacactacggacaaaaaacaaatacat |
289 |
Q |
| |
|
| |||| | || |||||||| | |||||||||||| | |||||| |||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
30425534 |
ggcataattattctacatggaacggatgtcatttacttgtattttccacgttagttattttaaacagaaagttgacactacggacaaaaaacaaatacat |
30425435 |
T |
|
| Q |
290 |
gattctgtaaggatgaaaagaaagagaaagnnnnnnnnnnnnggtatttatagggactaaaaccaaaatttgctctatttatggggacagaacacatatt |
389 |
Q |
| |
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|||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
30425434 |
gattttgtaaggatgaaaagaaa-acaa-----------taaggtatttatagggactaaaaccgaaattcgctctatttacagggacaaaacacatatt |
30425347 |
T |
|
| Q |
390 |
caaaccattctgttttttat |
409 |
Q |
| |
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| T |
30425346 |
taaacaattctgttttttat |
30425327 |
T |
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