View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14421_high_7 (Length: 481)

Name: NF14421_high_7
Description: NF14421
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14421_high_7
NF14421_high_7
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (1-476)||(5885335-5885810)
chr4 (18-426)||(5613849-5614254)
chr4 (23-427)||(5894253-5894654)
chr4 (17-306)||(5847256-5847548)
chr4 (23-426)||(5559767-5560167)
chr4 (121-426)||(5858822-5859127)
chr4 (25-425)||(3749711-3750108)
chr4 (109-425)||(5852138-5852454)
chr4 (150-418)||(5582500-5582768)
chr4 (149-426)||(5538432-5538709)
chr4 (4-426)||(5570147-5570566)
chr4 (123-425)||(5553968-5554270)
chr4 (8-87)||(5565657-5565736)
chr4 (8-87)||(5605975-5606054)
chr4 (4-73)||(5859172-5859241)
chr4 (8-49)||(5554334-5554375)
chr4 (339-419)||(5376831-5376911)
chr4 (25-77)||(6030746-6030798)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (31-425)||(1486008-1486399)
chr8 (18-147)||(23268459-23268585)
[»] scaffold0454 (1 HSPs)
scaffold0454 (31-425)||(1191-1586)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 476
Target Start/End: Original strand, 5885335 - 5885810
Alignment:
Q  1 ttttcactttccagaactctcttgcctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaacaatctcacatatcttcctcctga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  5885335 ttttcactttccagaactctcttgcctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaacaatctcacatatatttctcctga 5885434  T
Q  101 ctatatccccaaactaatattgtggaatcaaaacacggcttgctgcagttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5885435 ctatatccccaaactaatattgtggaatcaaaacacggcttgctgcagttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctg 5885534  T
Q  201 agtgaagaatctatttctggtggatttgacgaatcaagtagtcttttcagtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataattatttaaattctt 300  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5885535 agtggagaatctatttttggtggatttgacgaatcaagtagtcttttcagtctcttgcatctcaagaaactgaacttggctgataattatttaaattctt 5885634  T
Q  301 ccattccatcagctttcaacaagttggagaagttgacttatctgaacttgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttac 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5885635 ccattccatcagctttcaacaagttggagaagttgacttatctgaatttgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttac 5885734  T
Q  401 aaggttggttactcttgatatctctttcccattctatcatctcgacttctctttcattttcaaccagttcttctca 476  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5885735 aaggttggttactcttgatatctctttcccattctatcatctcgacttctctttcattttcaaccagtttttctca 5885810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 18 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 5614254 - 5613849
Alignment:
Q  18 tctcttgcctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaacaatctcacatatcttcctcctgactatatccccaaactaa 117  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |  ||||||| ||||| |||||||||||| |||   ||| ||||||  ||  | | |||||||    
T  5614254 tctctttcctctgccaaatgtcttgaggatcaacgaactttgttgcttcaattcaaaaacaatctcgcat---ttcatcctgaaaattccacaaaactaa 5614158  T
Q  118 tattgtggaatcaaaacacggcttgctgcagttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtgaagaatctatttc 217  Q
    ||||||||||| ||| ||  || ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5614157 tattgtggaataaaagcattgcatgctgcaattggagtggcgttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtgaagaatctatttc 5614058  T
Q  218 tggtggatttgacgaatcaagtagtcttttcagtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataattatttaaattcttccattccatcagctttc 317  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5614057 tggtggaattgaagaatcaagtagtcttttcaatctcctacatctcaagaaactgaacttggctaataattatttaaattcttccattccatcagcattc 5613958  T
Q  318 aacaagttggagaagttgacttatctgaacttgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttggttactcttg 417  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||  | |||||| ||  || ||||  |||| |||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  5613957 aacaagttggtgaagttaacttatcttgatttgtcatataatgaatttgtggggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggttactcttg 5613858  T
Q  418 atatctctt 426  Q
    || ||||||    
T  5613857 atctctctt 5613849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 23 - 427
Target Start/End: Original strand, 5894253 - 5894654
Alignment:
Q  23 tgcctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaacaatctcacatatcttcctcctgactatatccccaaactaatattg 122  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||   |  | ||   ||||||||||||||    
T  5894253 tgcctcagccatatgtcttgaggatcaacaatcattgttgctccaattcaaaaaaaatctcacatttcatcctgaaggttcta---ccaaactaatattg 5894349  T
Q  123 tggaatcaaaacacggcttgctgcagttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtgaagaatctatttctggtg 222  Q
    |||||| ||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||  |||   |||||    
T  5894350 tggaataaaaccactgcttgctgcaattggagtggtgtaacttgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtg 5894449  T
Q  223 gatttgacgaatcaagtagtcttttcagtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataattatttaaattcttccattccatcagctttcaacaa 322  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||||||   ||||||||||  |||| |||    
T  5894450 gatttaacgattcaagcagtcttttcaatctcctacatctcaaaaaactgaacttggcttataacaatttcaattctctaattccatcaggattcagcaa 5894549  T
Q  323 gttggagaagttgacttatctgaacttgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttggttactcttgatatc 422  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| | |||  |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||    
T  5894550 attggagaagttgacttatctgaatttgtcaaaggctagctttgtggggcagattccaattgagatttcacaacttacaaggttggttactcttgatctc 5894649  T
Q  423 tcttt 427  Q
    |||||    
T  5894650 tcttt 5894654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 17 - 306
Target Start/End: Original strand, 5847256 - 5847548
Alignment:
Q  17 ctctcttgcctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaacaatctcacatatcttcctcctgactatatccccaaacta 116  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||   ||| ||||||  ||  | | ||||||    
T  5847256 ctctcttgcctttgccaaatgtcttgaggatcaacaatcatttttgatccaatttaaaaacaatctcacat---ttcatcctgagaattccacgaaacta 5847352  T
Q  117 atattgtggaatcaaaacacggcttgctgcag------ttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtgaagaat 210  Q
    |||||||||||| ||| ||  ||||||||||       ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5847353 atattgtggaataaaagcattgcttgctgcaagtgcaattggagtggtgttacctgtgacaatgagggatatgttattggccttgacctgagtgaagaat 5847452  T
Q  211 ctatttctggtggatttgacgaatcaagtagtcttttcagtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataattatttaaattcttccattc 306  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5847453 ctatttcaggtggatttaacgaatcaagtattcttttcaatctcctacatctcaaggaactgaacttggctcataattatttaaattcttccattc 5847548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 23 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 5560167 - 5559767
Alignment:
Q  23 tgcctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaacaatctcacatatcttcctcctgactatatccccaaactaatattg 122  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||   |   |||||| |||  | ||||||||||||||    
T  5560167 tgcctctaccaaatgtcttgaggatcaacaatcattgttgcatcaattaaaaaacaatctcacat---tcaatcctgaatattccaccaaactaatattg 5560071  T
Q  123 tggaatcaaaacacggcttgctgcagttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtgaagaatctatttctggtg 222  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||  |||   |||||    
T  5560070 tggaatcaaagcactgcttgctgcaattggaggggtgttacatgtgacattgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtg 5559971  T
Q  223 gatttgacgaatcaagtagtcttttcagtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataattatttaaattcttccattccatcagctttcaacaa 322  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||| |   ||| ||| |||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  5559970 gatttaacgattcaagcagtcttttcagtttgcaacacctccagaaactgaatttggctgataactatttcaattcttccattccatcaggattcaacaa 5559871  T
Q  323 gttggagaagttgacttatctgaacttgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttggttactcttgatatc 422  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| | |||  |||| | |||||  | |||||||| || || | ||||||||||||||||||| ||    
T  5559870 gttggagaagttgacatatctgaatttgtcatatgctagctttgtggggcaaattcctgtagagatttctcagctcaaaaggttggttactcttgatctc 5559771  T
Q  423 tctt 426  Q
    ||||    
T  5559770 tctt 5559767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 121 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 5859127 - 5858822
Alignment:
Q  121 tgtggaatcaaaacacggcttgctgcagttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtgaagaatctatttctgg 220  Q
    |||||||||||| ||  || |||||||  ||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||| | |||    
T  5859127 tgtggaatcaaagcattgcatgctgcaactggagtggtgtaacttgtgacagtgaaggacatgttattggccttgacttgagtgcagaatatatctatgg 5859028  T
Q  221 tggatttgacgaatcaagtagtcttttcagtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataattatttaaattcttccattccatcagctttcaac 320  Q
    |||||||||  |  |||| ||||| ||  |||||  ||||||| | ||| |||||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5859027 tggatttgaaaatacaagcagtctatttggtctccaacatctccaaaaagtgaacttggcttttaacaatttcaattcttccattccatcagcattcaac 5858928  T
Q  321 aagttggagaagttgacttatctgaacttgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttggttactcttgata 420  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||  |  |||||||| ||||||| ||| |||||||||| || |||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  5858927 aagctggagaagttgacatatctgaatcttacagatgctagatttcacgggaagattccaatagaaatttcccagcttataaggttggttactcttgata 5858828  T
Q  421 tctctt 426  Q
    ||||||    
T  5858827 tctctt 5858822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 25 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 3750108 - 3749711
Alignment:
Q  25 cctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaacaatctcacatatcttcctcctgactatatccccaaactaatattgtg 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||   |||   |  | ||||||||  ||||||    
T  3750108 cctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcattgttgcttcaattaaaaaacaatctcacat-tcaacca--tgaaagttccaccaaactagaattgtg 3750012  T
Q  125 gaatcaaaacacggcttgctgcagttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtgaagaatctatttctggtgga 224  Q
    |||| ||| ||  |||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||| | |||||||| |||||||| |||   ||   |||||||    
T  3750011 gaataaaagcattgcttgctgcaattggagtggtgttacatgcaacaatgatggacatgttatcggccttgatctgagtgacgaaaagatcgatggtgga 3749912  T
Q  225 tttgacgaatcaagtagtcttttcagtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataattatttaaattcttccattccatcagctttcaacaagt 324  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||   ||||||| | ||| | ||||||||  | ||  |||| ||||||  ||||||||||   |||| |||||    
T  3749911 tttaacgattcaagtagtcttttcagtcttcaacatctccaaaaattaaacttggcatacaaccatttcaattctcacattccatcaagattcatcaagt 3749812  T
Q  325 tggagaagttgacttatctgaacttgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttggttactcttgatatctc 424  Q
    |||| |||||||| |||||||| |||||| | ||| | |||   ||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  3749811 tggataagttgacatatctgaatttgtcacaagctagctttgtagggcagattccgattgagatttcgcagcttacaaggttggttattcttgatctctc 3749712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 109 - 425
Target Start/End: Original strand, 5852138 - 5852454
Alignment:
Q  109 ccaaactaatattgtggaatcaaaacacggcttgctgcagttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtgaaga 208  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||| ||  |||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||| ||| | ||  ||||||||||| ||||||||||    
T  5852138 ccaaactaaaattctggaataaaatcattgcttgctgcgattggagtggtgtaacttgtgacagtgaaggacaagtgattggccttgacttgagtgaaga 5852237  T
Q  209 atctatttctggtggatttgacgaatcaagtagtcttttcagtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataa-ttatttaaattcttccattcc 307  Q
    |  ||| |||| ||| |||||  | |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| |||||| |||| || ||| ||  ||  ||||||    
T  5852238 agatatctctgatggttttgataattcaagtagtcttttcagtctcgaacatctccagaaactgaatttggcttataacttgtttgaa-actgtcattcc 5852336  T
Q  308 atcagctttcaacaagttggagaagttgacttatctgaacttgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttg 407  Q
    ||| |  ||||||||||||| || ||||| ||||||||| || ||| |  |  | ||| |||| ||||||||  | ||||||||  |||||||||  |||    
T  5852337 atcgggattcaacaagttggtgatgttgaattatctgaatttttcacactcaagctttaagggagagattcctgtagagatttcaaatcttacaaatttg 5852436  T
Q  408 gttactcttgatatctct 425  Q
     |||||||||||||||||    
T  5852437 attactcttgatatctct 5852454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 150 - 418
Target Start/End: Original strand, 5582500 - 5582768
Alignment:
Q  150 tggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtgaagaatctatttctggtggatttgacgaatcaagtagtcttttca 249  Q
    |||| ||||||  |||||||||   |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||  |  |||| |||||||| |    
T  5582500 tggattggtgtagcttgtgacagcaagggatttgttgttggtcttgatctgagtgaagaatcaatctctggtggatttgataatgcaagcagtcttttta 5582599  T
Q  250 gtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataattatttaaattcttccattccatcagctttcaacaagttggagaagttgacttatctgaactt 349  Q
    ||||   ||||||  | ||| |||||||||||  |||  |||| ||||||  |||||||||||  ||||||||||||| || ||||| |||| |||| ||    
T  5582600 gtcttcaacatcttcaaaaattgaacttggctgctaacaatttcaattctgtcattccatcaggattcaacaagttggtgatgttgagttatttgaattt 5582699  T
Q  350 gtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttggttactcttga 418  Q
    |||| |||||   |||  |||| | ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  5582700 gtcatatgctaactttgtggggcaaattcctatagagatttctcagcttacaaggttggttactcttga 5582768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 149 - 426
Target Start/End: Original strand, 5538432 - 5538709
Alignment:
Q  149 ttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtgaagaatctatttctggtggatttgacgaatcaagtagtcttttc 248  Q
    ||||| ||||||  |||||||||||  ||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||  |  |||||||||||||     
T  5538432 ttggaatggtgtagcttgtgacaataggggatttgttattggtcttgatctgagtgaagaatcaatcactggtggatttgataatacaagtagtcttttt 5538531  T
Q  249 agtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataattatttaaattcttccattccatcagctttcaacaagttggagaagttgacttatctgaact 348  Q
    |||||   | ||||  ||||| |||||||||||  |||  |||| | |||| | |||||| |||  ||||||||||||| || ||||| ||||||||| |    
T  5538532 agtcttcaaaatcttcagaaattgaacttggctgctaacaatttcagttctgctattccaccaggattcaacaagttggtgatgttgagttatctgaatt 5538631  T
Q  349 tgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttggttactcttgatatctctt 426  Q
    ||||| |||||   |||  |||| |||||||  | |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  5538632 tgtcatatgctaactttgtggggcagattcctttagagatttctcagcttacaaggttggtaactctagatatctctt 5538709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 4 - 426
Target Start/End: Original strand, 5570147 - 5570566
Alignment:
Q  4 tcactttccagaactctcttgcctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaacaatctcacatatcttcctcctgacta 103  Q
    |||||||||| | | || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |  |  |||||       
T  5570147 tcactttccaaatcactgttgcctcagccaaatgtcttgaggatcaacaatcgttgttgctccaactaaaaaataatctcacata-caac--cctgaaac 5570243  T
Q  104 tatccccaaactaatattgtggaatcaaaacacggcttgctgcagttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagt 203  Q
    |  | ||||||||| ||| |||||| | | ||| |||||||||  ||||| |||||| | ||||||||   | ||| | ||  ||||||||||| | | |    
T  5570244 ttccaccaaactaaaattatggaataagagcactgcttgctgctattggaatggtgtaagttgtgacagcaaaggacacgtgattggccttgactttatt 5570343  T
Q  204 gaagaatctatttctggtggatttgacgaatcaagtagtcttttcagtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataattatttaaattcttcca 303  Q
    | ||||   || |||| ||| |||||  | |||||||||||||| ||||||   |||||  | ||| ||||||||||| ||||  |||| ||||||   |    
T  5570344 gcagaagacatctctgatggttttgataattcaagtagtctttttagtctccatcatcttcaaaaattgaacttggctgataacaatttcaattctgtta 5570443  T
Q  304 ttccatcagctttcaacaagttggagaagttgacttatctgaacttgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaag 403  Q
    |||||||||  || ||||| |||| || ||||| ||||||||| || ||| |||||   |||  |||| | ||| | || |||||||| || ||||||||    
T  5570444 ttccatcaggatttaacaaattggtgatgttgaattatctgaatttatcatatgctaactttgtggggcatatttctatagagatttctcagcttacaag 5570543  T
Q  404 gttggttactcttgatatctctt 426  Q
    |||||||||||||||| ||||||    
T  5570544 gttggttactcttgatctctctt 5570566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 123 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 5554270 - 5553968
Alignment:
Q  123 tggaatcaaaacacggcttgctgcagttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtgaagaatctatttctggtg 222  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |   ||| | ||  ||||||| ||| | |||||||||  |||   |||||    
T  5554270 tggaatcaaagcatagcttgctgcaattggagcggtgtaacttgtgacagtagaggacaagtgattggcctcgacttaagtgaagaacatatccatggtg 5554171  T
Q  223 gatttgacgaatcaagtagtcttttcagtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataattatttaaattcttccattccatcagctttcaacaa 322  Q
    |||||||    |||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||| |||||| |||| |  ||  |  ||| |||||||||||  ||||||||    
T  5554170 gatttgatagttcaagtagtcttttcagtctcgatcatctccagaaactgaatttggcttataacttgttcgaaactttcattccatcaggattcaacaa 5554071  T
Q  323 gttggagaagttgacttatctgaacttgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttggttactcttgatatc 422  Q
     |||| || ||||| |||||| || || ||| | ||  | |||||||| |||||||| || || ||||| || |||||||  ||| ||||||||||||||    
T  5554070 attggtgatgttgaattatcttaatttttcacacgcaagctttcagggtgagattcctatagatatttcacagcttacaaatttgattactcttgatatc 5553971  T
Q  423 tct 425  Q
    |||    
T  5553970 tct 5553968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 8 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 5565736 - 5565657
Alignment:
Q  8 tttccagaactctcttgcctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaacaatctcacat 87  Q
    ||||||||  ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  5565736 tttccagatatctgttgcctcggctaaatgtcttgaggatcaacaatcattattgctccaaattaaaaacaatctcacat 5565657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 8 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 5606054 - 5605975
Alignment:
Q  8 tttccagaactctcttgcctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaacaatctcacat 87  Q
    ||||||||  ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  5606054 tttccagatatctgttgcctcggctaaatgtcttgaggatcaacaatcattattgctccaaattaaaaacaatctcacat 5605975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 4 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 5859241 - 5859172
Alignment:
Q  4 tcactttccagaactctcttgcctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaa 73  Q
    |||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||| |||||| ||||| || | |||||||||||    
T  5859241 tcactttccaaatctctttagcctctgccaaatgtcttgatgatcaagaatcattgctactccaattaaa 5859172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 5554375 - 5554334
Alignment:
Q  8 tttccagaactctcttgcctctgccaaatgtcttgaggatca 49  Q
    |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5554375 tttccaaatctcttttgcctctgccaaatgtcttgaggatca 5554334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 339 - 419
Target Start/End: Original strand, 5376831 - 5376911
Alignment:
Q  339 tatctgaacttgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttggttactcttgat 419  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||| ||||| || | ||||  || ||| | || ||||||||||||||||||||||||    
T  5376831 tatctcaacttgtctgatgctggctttgaggggcaggtcccaaaagaaattgctcaccttacaaggttggttactcttgat 5376911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 25 - 77
Target Start/End: Original strand, 6030746 - 6030798
Alignment:
Q  25 cctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaac 77  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||  ||| ||||||| ||||||||||||    
T  6030746 cctctgccaaatgtcttggcgatcaaccctcattgttgcttcaattaaaaaac 6030798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 121; Significance: 8e-62; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 31 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 1486399 - 1486008
Alignment:
Q  31 ccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaacaatctcacatatcttcctcctgactatatccccaaactaatattgtggaatca 130  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||   ||  || ||| | |  | ||||||||| ||| |||||| |    
T  1486399 ccaaatgtcttgaggatcaacactcattgttgctccagttaaaaaacaatctcacat---ttgatcatgaattttccaccaaactaaaattatggaataa 1486303  T
Q  131 aaacacggcttgctgcagttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtgaagaatctatttctggtggatttgac 230  Q
    ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||| ||    
T  1486302 aaacactacttgctgcaattggagtggtgttacttgtgacaatgagggacatgttattgaccttgaccttagtgaagaatcaatcactggtggatttaac 1486203  T
Q  231 gaatcaagtagtcttttcagtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataattatttaaattcttccattccatcagctttcaacaagttggaga 330  Q
     | |||||||||||||| ||||||  ||||||| ||| ||| ||||| ||| | ||    || ||||||  ||| |||||||  |||||||| |||| ||    
T  1486202 aattcaagtagtctttttagtctccaacatctcgagagactcaacttagctgaaaacagattcaattctctcatcccatcaggattcaacaaattggtga 1486103  T
Q  331 agttgacttatctgaacttgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttggttactcttgatatctct 425  Q
     ||||| |||| |||| |||||| ||||| | |||   ||||||||||| || |||||||| || |||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  1486102 tgttgaattatttgaatttgtcacatgctagctttgtaggggagattcctatagagatttcacaacttacaaatttggttactcttgatttctct 1486008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 23268585 - 23268459
Alignment:
Q  18 tctcttgcctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaacaatctcacatatcttcctcctgactatatccccaaactaa 117  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||||||   ||| ||||||  ||  | | |||||||    
T  23268585 tctctttcctctgctaaatgtcttgaggatcaacgaactctgttgcttcaattaaaaaacaatctcacat---ttcatcctgaaaattccacaaaactaa 23268489  T
Q  118 tattgtggaatcaaaacacggcttgctgca 147  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  23268488 tattgtggaataaaagcactgcttgctgca 23268459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 31 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 1586 - 1191
Alignment:
Q  31 ccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaattaaaaaa-caatctcacatatcttcctcctgactatatccccaaactaatattgtggaatc 129  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||   ||  || ||| | |  | ||||||||| ||| ||||||     
T  1586 ccaaatgtcttgaggatcaacactcattgttgctccagttaaaaaaacaatctcacat---ttgatcatgaattttccaccaaactaaaattatggaata 1490  T
Q  130 aaaaca-cggcttgctgcagttggagtggtgttacttgtgacaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtgaagaatctatttctggtggatttg 228  Q
    |||||| |  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||     
T  1489 aaaacaactacttgctgcaattggagtggtgttacttgtgacaatgagggacatgttattgaccttgaccttagtgaagaatcaatcactggtggattta 1390  T
Q  229 acgaatcaagtagtc-ttttcagtctcttacatctcaagaaactgaacttggctcataattatttaaattcttccattccatcagctttcaacaagttgg 327  Q
    || | |||||||||| |||| ||||||  ||||||| ||| ||| ||||| ||| | ||    || ||||||  ||| |||||||  |||||||| ||||    
T  1389 acaattcaagtagtcttttttagtctccaacatctcgagagactcaacttagctgaaaacagattcaattctctcatcccatcaggattcaacaaattgg 1290  T
Q  328 agaagttg-acttatctgaacttgtcagatgctggatttcagggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttggttactcttgatatctct 425  Q
     || |||| | |||| |||| |||||| ||||| | |||   ||||||||||| || |||||||| || |||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  1289 tgatgttgaatttatttgaatttgtcacatgctagctttgtaggggagattcctatagagatttcacaacttacaaatttggttactcttgatttctct 1191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University