View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14421_low_3 (Length: 761)

Name: NF14421_low_3
Description: NF14421
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14421_low_3
NF14421_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-745)||(54263028-54263771)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 745
Target Start/End: Original strand, 54263028 - 54263771
Alignment:
Q  1 cgcatgatcgaggaattagaaaaggttatcatcatggagggtagaaaaagattgtatagtttgggtggaggactcgtcaaatttctattctgttaagtcg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54263028 cgcatgattgaggaattagaaaaggttatcatcatggagggtagaaaaagattgtatagtttgggtggaggactcgtcaaatttctattctgttaagtcg 54263127  T
Q  101 gcttacaatgtcttaatggaagatagcaatcctggatcaaccactcaacaataaggcgtagcataaattcattctgttgaaagttgtggtgtttgtgtgc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54263128 gcttacaatgtcttaatggaagatagcaatcctggatcaaccactcaacaataaggcgtagcataaattcattctgttgaaagttgtggtgtttgtgtgc 54263227  T
Q  201 caagtatttcaaaaccgtattccaatcaaagataatttatctagaagaggaatcctaagcggagattagctaaattgtgtaggtggctgtggtgatagag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54263228 caagtatttcaaaaccgtattccaatcaaagataatttatctagaagagtaatcctaagcggagattagctaaattgtgtaggtggctgtggtgatagag 54263327  T
Q  301 tcaacatcccatttattttttgaatgtgcnnnnnnnnnnnnctaaagtgtggatggatatggctaaatggctagagtgagtgtggtgtatcataataatt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54263328 tcaacatcccatttattttttgaatg---ctatgtttatttctaaagtgtggatggatatggctaaatggctagagtgagtgtggtgtatcataataatt 54263424  T
Q  401 gcaattctcatctcaattatttctctggagtaagtattggaggaaaaggaacggagttgggtttaagaacaaatttggtttgcctgctagtggaggagta 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54263425 gcaattctcatctcaattatttctctggagtaagtattggaggaaaaggaacggagttgggtttaagaacaaatttggtttgcctgctagtggaggagta 54263524  T
Q  501 tttggaagtctagaaacgcac--nnnnnnnnnnttcaggataaaaatgtgtcgttggacgcgattgcagaaaaggtgaatttgcttttgtggaactggtt 598  Q
    |||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54263525 tttggaagtctagaaacgcacaaaaaaaaaaaattcaggataaaaatgtgtcgttggacgcgattgcagaaaaggtgaatttgcttttgtggaactggtt 54263624  T
Q  599 aaggattaaacatacaggattcaaatatgcaatatcaatgggggttgaatcctttcacttgtttggttgtttgctttgcaggtgattagaaaaattgatg 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54263625 aaggattaaacatacaggattcaaatatgcaatatcaatggtggttgaatcctttcacttgtttggttgtttgctttgcaggtgattagaaaaattgatg 54263724  T
Q  699 catttgtctattacagaatttaattttgtgcaggtggggctgttgtt 745  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54263725 catttgtctattacagaatttaattttgtgcaggtggggctgttgtt 54263771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University