View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14424_high_5 (Length: 565)

Name: NF14424_high_5
Description: NF14424
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14424_high_5
NF14424_high_5
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (36-548)||(4711696-4712208)
chr7 (36-544)||(4845640-4846148)
chr7 (53-545)||(4666917-4667409)
chr7 (76-549)||(4696813-4697283)
chr7 (76-544)||(4636859-4637324)
chr7 (118-545)||(4630971-4631395)
chr7 (79-542)||(4863927-4864387)
chr7 (30-422)||(4653476-4653865)
chr7 (52-544)||(4783463-4783952)
chr7 (73-380)||(4662990-4663294)
chr7 (37-544)||(4815892-4816396)
chr7 (208-548)||(4672837-4673174)
chr7 (215-459)||(4643848-4644089)
chr7 (19-169)||(4647471-4647619)
chr7 (76-188)||(4643673-4643785)
chr7 (73-191)||(4672675-4672793)
chr7 (514-544)||(4644144-4644174)
chr7 (516-544)||(4653935-4653963)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (36-422)||(18925492-18925875)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 509; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 4712208 - 4711696
Alignment:
Q  36 aatcacatcagcgtattgttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgt 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712208 aatcacatcagcgtattgttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgt 4712109  T
Q  136 aaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtata 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712108 aaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtata 4712009  T
Q  236 cagcttctggtgcagtgtatttgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattctttttccag 335  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712008 cagcttctggtgcagtgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattctttttccag 4711909  T
Q  336 gtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctatataccatttccaaa 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711908 gtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctatataccatttccaaa 4711809  T
Q  436 gctttgtcgttatgaatttggtattccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaaaggtattttgggtcattaaggtccgtgtaatagagaaaagaaggca 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711808 gctttgtcgttatgaatttggtattccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaaaggtattttgggtcattaaggtccgtgtaatagagaaaagaaggca 4711709  T
Q  536 tagacacaatttc 548  Q
    |||||||||||||    
T  4711708 tagacacaatttc 4711696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 36 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 4846148 - 4845640
Alignment:
Q  36 aatcacatcagcgtattgttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgt 135  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4846148 aatcacatcagcatatagttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttggtaagcagatcaaactcacaaaaatgt 4846049  T
Q  136 aaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtata 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  4846048 aaccttaccatataagtaaaactagaatcaacttcgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatactttccataacttcttgcagttaagtata 4845949  T
Q  236 cagcttctggtgcagtgtatttgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattctttttccag 335  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||||||||| ||||     
T  4845948 cagcttctggtgcagtgtaatttggaatagtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaaaacttgatacactaagtggatattctttctccaa 4845849  T
Q  336 gtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctatataccatttccaaa 435  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  4845848 gtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaacttgattttcaccaacattgactctataaaccatctccaaa 4845749  T
Q  436 gctttgtcgttatgaatttggtattccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaaaggtattttgggtcattaaggtccgtgtaatagagaaaagaaggca 535  Q
    ||||| || ||| |||||| ||||||  ||||||||||| ||| | |||| |||   || |||  |||||   |||  ||||||||||||||||||||||    
T  4845748 gctttatcattacgaatttcgtattctctgttgtcaaagccaattaatttgaaataataatttaagtcatctgggtttgtgtaatagagaaaagaaggca 4845649  T
Q  536 tagacacaa 544  Q
    | |||||||    
T  4845648 tcgacacaa 4845640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 53 - 545
Target Start/End: Original strand, 4666917 - 4667409
Alignment:
Q  53 gttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagt 152  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4666917 gttcagccataatatcatctataaaaatctgaaaaactctatcacctggattcttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgcaaccttaccatataagt 4667016  T
Q  153 aaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtg 252  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||    
T  4667017 aaaaatagaatcaactttaaaattccatgtcacattataattctctttggcatccattccataacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcagtg 4667116  T
Q  253 tatttgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcac 352  Q
    || || ||||| ||||| | |||||||||||||||||||  |||| ||  | ||||||  ||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||     
T  4667117 taatttggaatagtattttgtaaatagtttggatgatcaggtccaaaataacttgatatgctttgtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcat 4667216  T
Q  353 tgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctatataccatttccaaagctttgtcgttatgaat 452  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |     |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||||| |||| ||||    
T  4667217 tgtcccaattacgaaacataccagtatcgtcaccaggtggaacttgactttcaccaacgctgactctataaaccgtctccatagctttgttgttaggaat 4667316  T
Q  453 ttggtattccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaaaggtattttgggtcattaaggtccgtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaat 545  Q
     ||||||||  || |||||||||||||| || ||||| | || ||||||||| | ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4667317 atggtattcattgctgtcaaagtcaagtaatgtcaaatgataatttgggtcactgaggtttgtgtaatagagaaaagacggcatagacacaat 4667409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 76 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 4697283 - 4696813
Alignment:
Q  76 aatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaat 175  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||    
T  4697283 aatatttgaaagactctatcacctatatttttgatatgctgatcaaactcacaaaaatgcaaccttaccatataagtaaaaccaacatcaacttcgaaat 4697184  T
Q  176 tccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtgtatttgggaatggtattgtttaa 275  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||      
T  4697183 tccaagttacattgaaatcctctgtctcatccaatccacgacttcttgcagttaagtacacagcttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttc 4697084  T
Q  276 atagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacct 375  Q
    ||||||  ||||||   |   | || || ||||||  ||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||     
T  4697083 atagttaagatgatgttt---aaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccagttacgaaacatacca 4696987  T
Q  376 gtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctatataccatttccaaagctttgtcgttatgaatttggtattccgtgttgtcaaagt 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||| || ||||||||||| ||| | || || |||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| ||||    
T  4696986 gtatcttggtttggtggaacttgattgccacccacattgactctataaaccgtctctaacgctttgtcgttaagaacttggtagtccctgttgtctaagt 4696887  T
Q  476 caagtgatttcaaaaggtattttgggtcattaaggtccgtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaatttct 549  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  4696886 caagtgatatcaaatgatattttgggtcactgaggtttgtgtaatagagaaaagaaggcattgacacaacttct 4696813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 76 - 544
Target Start/End: Original strand, 4636859 - 4637324
Alignment:
Q  76 aatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaat 175  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  || |    
T  4636859 aatatctgaaagactctatcacctttatagttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagt 4636958  T
Q  176 tccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtgtatttgggaatggtattgtttaa 275  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||| || ||||||  |||||||      
T  4636959 tccaagttacattataatcctttgtctcatacattccgtaacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgttttt 4637058  T
Q  276 atagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacct 375  Q
    |||  || | | ||   |   | |  || ||||||||||   ||| || ||||| |||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  4637059 atatgttaggttatgtgt---aaagtcacttgatacactagatgggtactctttctccaagtaaagaggaaaatcattgccccaattgcgaaacatacct 4637155  T
Q  376 gtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctatataccatttccaaagctttgtcgttatgaatttggtattccgtgttgtcaaagt 475  Q
    ||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||  |||    
T  4637156 gtatcatcacttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctataaaccatctccaaagctttgtctttatgaattcggtattccgtgtactctgagt 4637255  T
Q  476 caagtgatttcaaaaggtattttgggtcattaaggtccgtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaa 544  Q
    ||| || |||||||  ||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4637256 caactggtttcaaatagtaatttgggtcattgaggtttgtgtaatagagaaaagaaggcattgacacaa 4637324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 118 - 545
Target Start/End: Original strand, 4630971 - 4631395
Alignment:
Q  118 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataac 217  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||    
T  4630971 tcaaactcacaaaaatgtaatcttaccatataagtaaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctttgttgcatccattccataac 4631070  T
Q  218 ttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtgtatttgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttg 317  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||| ||||||    |||| ||  | ||||||||||  |    
T  4631071 ttctcgcagttaagtaaacagcttctggtgcagtgtaatttgaaatggtattgtttaaatagtttagatgat---gtccaaaataacttgatacactaag 4631167  T
Q  318 tggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgact 417  Q
    |||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  4631168 tggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcataatttggtggaacttgattttcaccagcgttgact 4631267  T
Q  418 ctatataccatttccaaagctttgtcgttatgaatttggtattccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaaaggtattttgggtcattaaggtccgtgt 517  Q
    ||||| ||  |||||| |||||||| |||| |||| ||||||||   | ||||||| ||||||   || ||| |||| || | |||| | || |  ||||    
T  4631268 ctataaactgtttccatagctttgttgttaagaatctggtattcaccgctgtcaaaatcaagtatctttaaatggtagttcgtgtcactgagattagtgt 4631367  T
Q  518 aatagagaaaagaaggcatagacacaat 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4631368 aatagagaaaagaaggcatagacacaat 4631395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 79 - 542
Target Start/End: Original strand, 4863927 - 4864387
Alignment:
Q  79 atctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattcc 178  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||  | |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  4863927 atctgaaaggctctatcacctttatttgttatattcggatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaattagaatcaacttcaaaattcc 4864026  T
Q  179 aagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtgtatttgggaatggtattgtttaaata 278  Q
    |||||||||| || ||||||||  ||| |  ||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||  |||    
T  4864027 aagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcata 4864126  T
Q  279 gtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgta 378  Q
    |||  ||||||    |  | || || ||||||  ||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  4864127 gttaagatgat---gtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagta 4864223  T
Q  379 tcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctatataccatttccaaagctttgtcgttatgaatttggtattccgtgttgtcaaagtcaa 478  Q
    || |     |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||| ||| | || || |||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  4864224 tcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaaccgtctctaacgctttgtcgttaagaacttggtagttcgtgttgtcaaagtcaa 4864323  T
Q  479 gtgatttcaaaaggtattttgggtcattaaggtccgtgtaatagagaaaagaaggcatagacac 542  Q
    |||||||||||   |||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4864324 gtgatttcaaataatattttgggtcattgaggtttgtgtaatatagaaaagaaggcatagacac 4864387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 30 - 422
Target Start/End: Original strand, 4653476 - 4653865
Alignment:
Q  30 ccatgtaatcacatcagcgtattgttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaa 129  Q
    ||||| |||||||||||| | | |||||||||| | |||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||  |||||| ||||||    
T  4653476 ccatgaaatcacatcagcatttggttcagccaagaaatcatgtataaatatctggaaaactctatcacctttatccttgatacgccaatcaaattcacaa 4653575  T
Q  130 aaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaa 229  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  | || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |    
T  4653576 aaatgtaacctgaccatataagtaaatgttgagtcaacttcgaaattccaagttacattgtaatcctctgtgacattcattccataacttctcgcagtta 4653675  T
Q  230 agtatacagcttctggtgcagtgtatttgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattcttt 329  Q
     ||||||||||||||||||  |||| || ||||| |||||||||  ||||||  ||||||   || || || || ||||||||||| ||||||||| |||    
T  4653676 ggtatacagcttctggtgcgatgtaatttggaattgtattgtttttatagttgagatgat---ttacaaaatcacttgatacacttagtggatattgttt 4653772  T
Q  330 ttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctata 422  Q
     || | |||| ||||| ||||  | |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  4653773 ctctaagtaacgaggataatcgttatcccaattacgaaacaaaccagtatctaggtttggtggaacttgattttcaccaacgttgacactata 4653865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 52 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 4783952 - 4783463
Alignment:
Q  52 tgttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataag 151  Q
    |||||||||||| ||||||  || || |||||||||| ||||||||| |  |  |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783952 tgttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaaaattctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataag 4783853  T
Q  152 taaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagt 251  Q
    |||||  |||||||||||  || |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| |    
T  4783852 taaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagttaagtaaacaccttctggtgcaat 4783753  T
Q  252 gtatttgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattctttttccaggtaaagaggaaaatca 351  Q
    ||| || ||||||  |||||||  |||  || | | ||    |  | |  || ||||||||||   ||| || ||||| |||| |||| ||||| |||||    
T  4783752 gtaatttggaatgacattgtttttatatgttaggttat---gtgtaaagtcacttgatacactagatgggtactctttctccaagtaacgaggagaatca 4783656  T
Q  352 ctgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctatataccatttccaaagctttgtcgttatgaa 451  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||||| |||| |||    
T  4783655 ttgtcccaattacgaaacatgcctgtatcttggtttgctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaaccgtctctaaagctttgtagttaagaa 4783556  T
Q  452 tttggtattccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaaaggtattttgggtcattaaggtccgtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaa 544  Q
     ||| || ||||||||||||||  || || | || | ||| || | | ||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783555 cttgataatccgtgttgtcaaaaccaggtaaattgataagataatcttggtcactgaggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaa 4783463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 73 - 380
Target Start/End: Original strand, 4662990 - 4663294
Alignment:
Q  73 ataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttga 172  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||||||  |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||||| |  |    
T  4662990 ataaaaatctgaaacattctatcacctttatttatgatattcggatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatgtatgtaaaagaagaatcaacctcaa 4663089  T
Q  173 aattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtgtatttgggaatggtattgtt 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  4663090 aattccaagttacattataatcctctgtcacatactttccataatttcttgcagttaagtatacagtttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtt 4663189  T
Q  273 taaatagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacata 372  Q
    |||||||||| |||||||   |||| || || ||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||| ||||| | ||||||| ||||||||||    
T  4663190 taaatagtttagatgatc---tccaaaatcacttgatacactttgtggatattctatctccaagtaacgaggagaatcattttcccaataacgaaacata 4663286  T
Q  373 cctgtatc 380  Q
    ||||||||    
T  4663287 cctgtatc 4663294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 37 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 4816396 - 4815892
Alignment:
Q  37 atcacatcagcgtattgttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgta 136  Q
    |||||||||||  |  ||||||||||| ||||||  || || |||||||||| ||||||||| |  |  |||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  4816396 atcacatcagcaaaaagttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaaaattctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgta 4816297  T
Q  137 accttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtatac 236  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||  || |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  4816296 accttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagttaagtaaac 4816197  T
Q  237 agcttctggtgcagtgtatttgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattctttttccagg 336  Q
    | ||||||||||| |||| || ||||||  |||||||  |||  || | | ||    |  | |  || ||||||||||   ||| || ||||| |||| |    
T  4816196 accttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttatatgttaggttat---gtgtaaagtcacttgatacactagatgggtactctttctccaag 4816100  T
Q  337 taaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctatataccatttccaaag 436  Q
    ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||    
T  4816099 taacgaggagaatcattgtcccaattacgaaacatgcctgtatcttggtttgctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaaccgtctctaaag 4816000  T
Q  437 ctttgtcgttatgaatttggtattccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaaaggtattttgggtcattaaggtccgtgtaatagagaaaagaaggcat 536  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |  || || | || | | | || | | ||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||    
T  4815999 ctttgttgttaagaacttggtattccgtgttgtcagaaccaggtaacttgatacgataatcttggtcactgaggtttgtgtaatagagaaaagaaggcat 4815900  T
Q  537 agacacaa 544  Q
    ||||||||    
T  4815899 agacacaa 4815892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 208 - 548
Target Start/End: Original strand, 4672837 - 4673174
Alignment:
Q  208 attccataacttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtgtatttgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacagttg 307  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||  ||||||   |   |||  || |||    
T  4672837 attccataacttcttgcagttacgtaaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaaaagttgagatgatgcat---atactcacttg 4672933  T
Q  308 atacactttgtggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgacc 407  Q
    |||||||  ||||||||| ||| |||| ||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |     |||||||||||| ||| |||    
T  4672934 atacactaagtggatattgtttctccaagtaaccatgaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcgtcacccggtggaacttgactttcacc 4673033  T
Q  408 aacgttgactctatataccatttccaaagctttgtcgttatgaatttggtattccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaaaggtattttgggtcatta 507  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||| |     
T  4673034 aacgttgactctataaaccatttccaaagctttttcgttatgaatttggtattccgtgttgtctaagtcaagtgatttcaaatgataatttgggtcactg 4673133  T
Q  508 aggtccgtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaatttc 548  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4673134 aggtttgtgtaatagagaaaagaaggcattgacacaatttc 4673174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 215 - 459
Target Start/End: Original strand, 4643848 - 4644089
Alignment:
Q  215 aacttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtgtatttgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacagttgatacact 314  Q
    ||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||| ||||||    | ||||| || ||||||| ||    
T  4643848 aacttcttgcagttaaataaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggcattttttaaatagtttagatgatg---ttcataatcatttgatacgct 4643944  T
Q  315 ttgtggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttg 414  Q
    | | ||||||| ||| |||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  4643945 tagcggatattgtttctccaagtaacgaggataatcattgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgaattcgaccaacgttg 4644044  T
Q  415 actctatataccatttccaaagctttgtcgttatgaatttggtat 459  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  4644045 actctataaaccatctccaaagctttgtcattaagaatttggtat 4644089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 169
Target Start/End: Original strand, 4647471 - 4647619
Alignment:
Q  19 ggagcaccagcccatgtaatcacatcagcgtattgttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagat 118  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||| ||||||||  |||||| ||| |   ||    
T  4647471 ggagcaccagcccatgcaatcacatcagcataatgttcagccaaaatatcatctataaacatatgaaaaactgtatcacctgaattctttatatgtcaat 4647570  T
Q  119 caaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactt 169  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4647571 caaactcacaaaa--gtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaactt 4647619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 76 - 188
Target Start/End: Original strand, 4643673 - 4643785
Alignment:
Q  76 aatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaat 175  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||  | |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||    
T  4643673 aatatctgaaagactctatcacctttatttgttatatccggatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacctcaaaat 4643772  T
Q  176 tccaagttacatt 188  Q
    |||||||||||||    
T  4643773 tccaagttacatt 4643785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 73 - 191
Target Start/End: Original strand, 4672675 - 4672793
Alignment:
Q  73 ataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttga 172  Q
    ||||| ||||||||  ||||||||||| ||||  ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |  |    
T  4672675 ataaaaatctgaaaggctctatcacctgtattaatgataagcctgtcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacctcaa 4672774  T
Q  173 aattccaagttacattata 191  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4672775 aattccaagttacattata 4672793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 514 - 544
Target Start/End: Original strand, 4644144 - 4644174
Alignment:
Q  514 gtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaa 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4644144 gtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaa 4644174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 516 - 544
Target Start/End: Original strand, 4653935 - 4653963
Alignment:
Q  516 gtaatagagaaaagaaggcatagacacaa 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4653935 gtaatagagaaaagaaggcatagacacaa 4653963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 153; Significance: 8e-81; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 36 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 18925875 - 18925492
Alignment:
Q  36 aatcacatcagcgtattgttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgt 135  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  ||||||||| ||||||||     
T  18925875 aatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgc 18925776  T
Q  136 aaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtata 235  Q
    || ||||||| |||||||||   |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18925775 aatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaattccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtata 18925676  T
Q  236 cagcttctggtgcagtgtatttgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattctttttccag 335  Q
    || |||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||  ||| ||    |  | || || ||||||||||| ||||||||| ||| ||||     
T  18925675 caacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgtttatatagttgagattat---gtgtaaaatcatttgatacacttagtggatattgtttctccaa 18925579  T
Q  336 gtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctata 422  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| || |   || ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  18925578 gtaacgaggaaaatcgttgtcccaataacgaaacatacctgtgtcattacttcgtggaacttgattatcaccaacgctgactctata 18925492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University