View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1442R-Insertion-13 (Length: 838)
Name: NF1442R-Insertion-13
Description: NF1442R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1442R-Insertion-13 |
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| [»] chr2 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 838
Target Start/End: Original strand, 16945914 - 16946736
Alignment:
| Q |
9 |
aaaccgggtacttaaatgcaatattgtttaaataaaatcattgatcaaatttgcaccagtgttacaatatgaaaacagtgattgtttttccaaaattatc |
108 |
Q |
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aaaccgggtacttaaatgcaacattgtttaaataaaatcattgatcaaatttgcaccagtgttacaatatgaaaacagtgattgtttttccaaaattatc |
16946013 |
T |
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| Q |
109 |
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208 |
Q |
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actaccattatccaaccttacattataaagttaaacaagtaaataaaatctaattaaaagttgatgaaaacctgatcaaacggtcctccagaattttcat |
16946113 |
T |
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209 |
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308 |
Q |
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16946213 |
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309 |
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408 |
Q |
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16946313 |
T |
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| Q |
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508 |
Q |
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16946413 |
T |
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608 |
Q |
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16946513 |
T |
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| Q |
609 |
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tatttctctctttctcttgatctctactatttcgtactttgctattggactcatcgtcttgatcttcatttcttgcatttgaatctgtttgtttgttcgg |
16946613 |
T |
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| Q |
709 |
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808 |
Q |
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16946707 |
T |
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809 |
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838 |
Q |
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aa-ggtagcacttttcaacctttcttgtaa |
16946736 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 838
Target Start/End: Original strand, 17016579 - 17017401
Alignment:
| Q |
9 |
aaaccgggtacttaaatgcaatattgtttaaataaaatcattgatcaaatttgcaccagtgttacaatatgaaaacagtgattgtttttccaaaattatc |
108 |
Q |
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17016678 |
T |
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| Q |
109 |
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208 |
Q |
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actaccattatccaaccttacattataaagttaaacaagtaaataaaatctaattaaaagttgatgaaaacctgatcaaacggtcctccagaattttcat |
17016778 |
T |
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209 |
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308 |
Q |
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17016878 |
T |
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309 |
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408 |
Q |
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ctgtaacacaaaaaatacacagtttgattctattaatcaacattaagataatgccaaaaagaaatctggtttggtttgttgacaaaaaaaataacgctgt |
17016978 |
T |
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Q |
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T |
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T |
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tatttctctctttctcttgatctctactatttcgtactttgctattggactcatcgtcttgatcttcatttcttgcatttgaatctgtttgtttgttcgg |
17017278 |
T |
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709 |
tatatttttggtgctcgactccaattgcatggtgtccttaattttctctttattacttttctccaatttgtactggaaacctgttgcaagtttctttacc |
808 |
Q |
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17017372 |
T |
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809 |
aagggtagcacttttcaacctttcttgtaa |
838 |
Q |
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17017373 |
aa-ggtagcacttttcaacctttcttgtaa |
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