View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1442_low_1 (Length: 957)

Name: NF1442_low_1
Description: NF1442
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1442_low_1
NF1442_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (19-944)||(16945914-16946836)
chr2 (19-944)||(17016579-17017501)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 848; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 848; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 944
Target Start/End: Original strand, 16945914 - 16946836
Alignment:
Q  19 aaaccgggtacttaaatgcaatattgtttaaataaaatcattgatcaaatttgcaccagtgttacaatatgaaaacagtgattgtttttccaaaattatc 118  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16945914 aaaccgggtacttaaatgcaacattgtttaaataaaatcattgatcaaatttgcaccagtgttacaatatgaaaacagtgattgtttttccaaaattatc 16946013  T
Q  119 actaccattatccaaccttacattataaagttaaacaagtaaataaaatctaattaaaagttgatgaaaacctgatcaaatggtcctccagaattttcat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16946014 actaccattatccaaccttacattataaagttaaacaagtaaataaaatctaattaaaagttgatgaaaacctgatcaaacggtcctccagaattttcat 16946113  T
Q  219 ctcccttatcatcagtagaagtattggtttttgattcttcaacgtcctgtaacttttcatacttgctcacctcggttccggtttcagtatatggtacatt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16946114 ctcccttatcatcagtagaagtattggtttttgattcttcaatgtcctgtaacttttcatacttgctcacctcggttccggtttcagtatatggtacatt 16946213  T
Q  319 ctgtaacacaaaaaatacacagtttgattctattaatcaacattaagataatgccaaaaagaaatctggtttggtttgttgacnnnnnnnntaacgctgt 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||    
T  16946214 ctgtaacacaaaaaatacacagtttgattctattaatcaacattaagataatgccaaaaagaaatctggtttggtttgttgacaaaaaaaataacgctgt 16946313  T
Q  419 cttaagtgctccaccatatacaagatataattataccttatctacattttctattttcgtgaaatccaaacttctttcatggcttaggcactttgcatcc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16946314 cttaagtgctccaccatatacaagatataattataccttatctacattttctattttcgtgaaatccaaacttctttcatggcttaggcactttgcatcc 16946413  T
Q  519 tgacttaggttgttaagagtatttctatcagagagcttcaaaggcacctttcctgaaactttaattgtttcacatgtagatgttcttgtcaaaattctat 618  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16946414 tgacttaggttgttaggagtatttctctcagagagcttcaaaggcacctttcctgaaacgttaattgtttcacatgtagatgttcttgtcaaaattctat 16946513  T
Q  619 tatttctctctttctcttgatctctactatttcgtactttgctattggactcgtcgtcttgatcttcatttcttgcatttgaatctgtttgtttgttcgg 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16946514 tatttctctctttctcttgatctctactatttcgtactttgctattggactcatcgtcttgatcttcatttcttgcatttgaatctgtttgtttgttcgg 16946613  T
Q  719 tatatttttggtgctcgactccaattgcatggtgtccttaattttctctttattactttctccaatttgtactggaacctgttgcaagtttcttaccaag 818  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16946614 gatatttttggtgctcaactccaattgcatggtgtccttaattttctct---ttactttctccaatttgtactggaacctgttgcaagtttcttaccaag 16946710  T
Q  819 gtagcacttttcaacctttcttgtaagaaggctcttggctctgtgttcagtgacttatcttgttccaaatgctgagtctcagaagaatctttcttttcaa 918  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16946711 gtagcacttttcaacctttcttgtaagaaggctcttggctctgtgttcagtgacttatcttgttccaaatgctgagtctccgaagaatctttcttttcaa 16946810  T
Q  919 ttggactcgcttgatattttgttgga 944  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  16946811 ttggactcgcttgatattttgttgga 16946836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 848; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 944
Target Start/End: Original strand, 17016579 - 17017501
Alignment:
Q  19 aaaccgggtacttaaatgcaatattgtttaaataaaatcattgatcaaatttgcaccagtgttacaatatgaaaacagtgattgtttttccaaaattatc 118  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17016579 aaaccgggtacttaaatgcaacattgtttaaataaaatcattgatcaaatttgcaccagtgttacaatatgaaaacagtgattgtttttccaaaattatc 17016678  T
Q  119 actaccattatccaaccttacattataaagttaaacaagtaaataaaatctaattaaaagttgatgaaaacctgatcaaatggtcctccagaattttcat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17016679 actaccattatccaaccttacattataaagttaaacaagtaaataaaatctaattaaaagttgatgaaaacctgatcaaacggtcctccagaattttcat 17016778  T
Q  219 ctcccttatcatcagtagaagtattggtttttgattcttcaacgtcctgtaacttttcatacttgctcacctcggttccggtttcagtatatggtacatt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17016779 ctcccttatcatcagtagaagtattggtttttgattcttcaatgtcctgtaacttttcatacttgctcacctcggttccggtttcagtatatggtacatt 17016878  T
Q  319 ctgtaacacaaaaaatacacagtttgattctattaatcaacattaagataatgccaaaaagaaatctggtttggtttgttgacnnnnnnnntaacgctgt 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||    
T  17016879 ctgtaacacaaaaaatacacagtttgattctattaatcaacattaagataatgccaaaaagaaatctggtttggtttgttgacaaaaaaaataacgctgt 17016978  T
Q  419 cttaagtgctccaccatatacaagatataattataccttatctacattttctattttcgtgaaatccaaacttctttcatggcttaggcactttgcatcc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17016979 cttaagtgctccaccatatacaagatataattataccttatctacattttctattttcgtgaaatccaaacttctttcatggcttaggcactttgcatcc 17017078  T
Q  519 tgacttaggttgttaagagtatttctatcagagagcttcaaaggcacctttcctgaaactttaattgtttcacatgtagatgttcttgtcaaaattctat 618  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17017079 tgacttaggttgttaggagtatttctctcagagagcttcaaaggcacctttcctgaaacgttaattgtttcacatgtagatgttcttgtcaaaattctat 17017178  T
Q  619 tatttctctctttctcttgatctctactatttcgtactttgctattggactcgtcgtcttgatcttcatttcttgcatttgaatctgtttgtttgttcgg 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17017179 tatttctctctttctcttgatctctactatttcgtactttgctattggactcatcgtcttgatcttcatttcttgcatttgaatctgtttgtttgttcgg 17017278  T
Q  719 tatatttttggtgctcgactccaattgcatggtgtccttaattttctctttattactttctccaatttgtactggaacctgttgcaagtttcttaccaag 818  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17017279 gatatttttggtgctcaactccaattgcatggtgtccttaattttctct---ttactttctccaatttgtactggaacctgttgcaagtttcttaccaag 17017375  T
Q  819 gtagcacttttcaacctttcttgtaagaaggctcttggctctgtgttcagtgacttatcttgttccaaatgctgagtctcagaagaatctttcttttcaa 918  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17017376 gtagcacttttcaacctttcttgtaagaaggctcttggctctgtgttcagtgacttatcttgttccaaatgctgagtctccgaagaatctttcttttcaa 17017475  T
Q  919 ttggactcgcttgatattttgttgga 944  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  17017476 ttggactcgcttgatattttgttgga 17017501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University