View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14433_high_10 (Length: 374)
Name: NF14433_high_10
Description: NF14433
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14433_high_10 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 19 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 1630852 - 1630500
Alignment:
| Q |
19 |
ttaaaatttaagtattgtactgctaaaaggttattcaataactttattcatgaagaattaaatgtaagataaattattgaatgtttattttgtgacatac |
118 |
Q |
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| T |
1630852 |
ttaaaatttaagtattgtactgctaaaaggttattcaataactttattcaggaagaattaaatgaaagataaattattgagtgtttattttgtgacatac |
1630753 |
T |
|
| Q |
119 |
atagagtaatataaatatgatagggttgaaaatgggaagataaaaatgaattttaaaataagaagacacaaagagcaattataatgtgtagatgttcaag |
218 |
Q |
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| T |
1630752 |
atagagtaatataaatatgatagggttgaaaatgggaagataaaaatgaattttaaaataagaagacacaaagagcaattataatgtgtagatgttcaag |
1630653 |
T |
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| Q |
219 |
tatcttcaatattttaggtatataatgttttaattttttcctnnnnnnnntgttaaaattttgtaatctccagatttacatttgattcatatgataatat |
318 |
Q |
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| T |
1630652 |
tatattcaatattttaggtatataatgttttaattttttcctaaaaaaaatgttaaaattttgtaatctccagatttacatttgattcatataataatat |
1630553 |
T |
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| Q |
319 |
tgatgtcataacactatcgcttatgtacttttatatgaatatatatagtcata |
371 |
Q |
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| T |
1630552 |
tgaagtcatagcactatcgcttatgtacttttatatgaatatatatagtcata |
1630500 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 1607877 - 1607512
Alignment:
| Q |
1 |
gattttatatttttctatttaaaatttaagtattgtactgctaaaaggttattcaataactttattcatgaagaattaaatgtaagataaattattgaat |
100 |
Q |
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| T |
1607877 |
gattttatatttttctatttaaaatttaagtattgtgctgctaaaaagttattcaataactttatttaggaagaattaaatgaaagataaattatggaat |
1607778 |
T |
|
| Q |
101 |
gtttattttgtgacatacatagagtaatataaatatgatagggttgaaaatgggaagataaaaatgaattttaaaataagaagacacaaagagcaattat |
200 |
Q |
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| T |
1607777 |
gtttattttgtgacatacatagagtaatataaatatgatagggttgaaaatgggaagataaaaatgaattttaaaataacaagacacaaagagcaattat |
1607678 |
T |
|
| Q |
201 |
aatgtgtagatgttcaagtatcttcaatattttaggtatataatgttttaattttttcctnnnnnnnntgttaaaattttgtaatctccagatttacatt |
300 |
Q |
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| T |
1607677 |
aatttgtagatgttcaagtatcttcaatattttaggtatataatgttttaattttttcttaaaaaaaatgttaaaattttgtaatctccagatttaaatt |
1607578 |
T |
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| Q |
301 |
tgattcatatgataatattgatgtcataacactatcgcttatgtac-ttttatatgaatatatata |
365 |
Q |
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| T |
1607577 |
tgattcatatgataatattgatgtcataacactatcgcttatgtactttttatatgaatatatata |
1607512 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 1624884 - 1624534
Alignment:
| Q |
1 |
gattttatatttttctatttaaaatttaagtattgtactgctaaaaggttattcaataactttattcatgaagaattaaatgtaagataaattattgaat |
100 |
Q |
| |
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| T |
1624884 |
gattttatttttttctatttaaaatt-aagtattgtactgctaaaaaattattcaataactttatttaggaagaattaaatgaaagataaattattgaat |
1624786 |
T |
|
| Q |
101 |
gtttattttgtgacatacatagagtaatataaatatgatagggttgaaaatgggaagataaaaatgaattttaaaataagaagacacaaagagcaattat |
200 |
Q |
| |
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|
| T |
1624785 |
gtttattttgtgacatacatagagtaatataaatatgatagggttaaaaatgggtatataaaaatgaattttaaaataagaagacac--agagcaattat |
1624688 |
T |
|
| Q |
201 |
aatgtgtagatgttcaagtatcttcaatattttaggtatataatgttttaattttttcctnnnnnnnntgttaaaattttgtaatctccagatttacatt |
300 |
Q |
| |
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||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
1624687 |
aatttgtagatgttcaagtatcttcaatattttaggtatataatgttttaattttttcttaaaaaaaatgttaaaattttgtaatctccagatttaaatt |
1624588 |
T |
|
| Q |
301 |
tgattcatatgataatattgatgtcataacactatcgcttatgtacttttatat |
354 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1624587 |
taattcatatgataatattgatgtcataacactatggcttatgtacttttatat |
1624534 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 144 - 258
Target Start/End: Original strand, 10819521 - 10819635
Alignment:
| Q |
144 |
ttgaaaatgggaagataaaaatgaattttaaaataagaagacacaaagagcaattataatgtgtagatgttcaagtatcttcaatattttaggtatataa |
243 |
Q |
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| T |
10819521 |
ttgaaaacgggaagctaaaaaagaattttaaaatatgaagacacaaagaacaattataatttgtagatgatgaagtttcttcaattttttaggtatataa |
10819620 |
T |
|
| Q |
244 |
tgttttaattttttc |
258 |
Q |
| |
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| T |
10819621 |
agttttaattttttc |
10819635 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 309 - 371
Target Start/End: Original strand, 10819711 - 10819774
Alignment:
| Q |
309 |
atgataatattgatgtcataacactatcgcttatgtac-ttttatatgaatatatatagtcata |
371 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |
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|
| T |
10819711 |
atgataatattgatgtcataacactatcgcttatgtactttttatataaatatatatagtcata |
10819774 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 157 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 1603086 - 1602996
Alignment:
| Q |
157 |
gataaaaatgaattttaaaataagaagacacaaagagcaattataatgtgtagatgttcaagtatcttcaatattttaggtatataatgttttaa |
251 |
Q |
| |
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| T |
1603086 |
gataaaaaataattttaaaatatgaagacaca----gcaattataatttgtatatgatgaagtatcttcaattttttaggtatataatgttttaa |
1602996 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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