View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14437_low_1 (Length: 1054)

Name: NF14437_low_1
Description: NF14437
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14437_low_1
NF14437_low_1
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (12-1037)||(11860175-11861203)
chr5 (12-1037)||(11828040-11829071)
chr5 (455-1037)||(12038943-12039522)
chr5 (464-1027)||(11901806-11902369)
chr5 (494-1032)||(11731828-11732366)
chr5 (12-180)||(11901309-11901477)
chr5 (12-180)||(12039824-12039992)
chr5 (198-327)||(11901516-11901645)
chr5 (198-340)||(12039643-12039785)
chr5 (211-375)||(11732512-11732676)
chr5 (35-183)||(11732725-11732876)
chr5 (124-181)||(11973736-11973793)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 830; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 830; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1037
Target Start/End: Complemental strand, 11861203 - 11860175
Alignment:
Q  12 catcatcaagaccgggatatagcggcatgcaagctaactgaggacaatattggatatttagctttgaaatgcaactgaaagatggtctatctttttccga 111  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      
T  11861203 catcatcaagaccgggatatagtggcatggaagctaactgaggacaatattggatatttagctttgaaatgcaactgaaagatggtctatcattttcccg 11861104  T
Q  112 tatgtctttttcccaccaactttttagattaggacaatctgagattgtaagttccttcaagcatggaaagaannnnnnngtattatcttgattgttcttt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||       ||||||   |||||||||| |    
T  11861103 tatgtctttttcccaccaactttttagattaggacaatctgagattgcaagttccttcaaggatggaaagaattttggtgtattagtgtgattgttctct 11861004  T
Q  212 gcaatgaatttcaaagagtccaatctacgaagttggagaaccttgagacgtggaagctgatccattggtgggagaaatttgcaattgggacagtcgttca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11861003 gcaatgaatttcaaagagtccaatctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggtgggagaaatttgcaattgggacagtcgttca 11860904  T
Q  312 aggtaaacttaacaaggaattgaagtgaagtgagccaattagacaacatgtggccatggtacccgacgactaatagcactttcagattctgatgtggctc 411  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11860903 aggtaaatttaccaaggaattgaagtgaagcgagccaattagacaacatgtggccatggtacccgacaactaatagctctttcagattctgatgtggctc 11860804  T
Q  412 gagaaaatccataaatttattatcgatgacgacatcgctttcttcctcctcgt---gatcccatcttagagtcaagaactcgagatgttgtttatttttc 508  Q
    |||| |||| |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  11860803 gagacaatcgataaatttattatcaatgtcgacattgctttcttcctcctcgtcatgatcccatcttagagtcaagaactcgaggtgttgcttatttttc 11860704  T
Q  509 aaaaattcatctttggcagcttcctttgatggagagaacttgacttgttcaagatgagatatttccaagtggcctctcagtttgttaagatctgtgagtg 608  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11860703 aaaaaatcatctttagcagcttcctttgatggagagaacttgacttgttcaagatgagaaatttccaagtggcctctcagattgttaagatctgtgagtg 11860604  T
Q  609 atcttagtcctcccgtgacttgtttcttgctggcaacgaaaagtgacaatgtttgcaaggaagtgagcttacttatcccacttggcatttgagttagatc 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11860603 atcttagtcctcccgtgacttgtttcttgctggctacgaaaagtgacaatgtttgcaaagaagtaagcttatttatcccacttggcatttgagttagatc 11860504  T
Q  709 caagcacccctctaagtcaagatggttgaggcaactcaaatcatccatgtcttttggcaattccttgaggacatgacattgagacagtttcaatgtttgc 808  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11860503 caagcatccctctaagtcaagatgattgaggcaactcaaatcgtccatgtcttttggcaattccttgaggacatgacattgagacagtttcaatgtttgc 11860404  T
Q  809 aagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctccatgttgttatgggaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagctcggaa 908  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11860403 aagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctctatgttgttatgggaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagctcggaa 11860304  T
Q  909 ccgtcttgatccccaaatcatgtagatccaacacgcgtagcgagcacttgaaggtgtcgaagatcttttcacaagttgatgttgtcacctttacctcatg 1008  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  11860303 ccgtcttgatccccaaatcatgtagatccaacacgcgtagcgagcacttgaaggtgtcgaagatcttatcacaagttgatgttgtcacctttacctcgta 11860204  T
Q  1009 cggaagctgagggttgttaatgttgtatg 1037  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11860203 cggaagccgagggttgttaatgttgtatg 11860175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 664; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1037
Target Start/End: Complemental strand, 11829071 - 11828040
Alignment:
Q  12 catcatcaagaccgggatatagcggcatgcaagctaactgaggacaatattggatatttagctttgaaatgcaactgaaagatggtctatctttttccga 111  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |    
T  11829071 catcatcaagaccgggatagagcagcatgcaagctaattgaggacagtattggatatttagctttgaaatgcaactgaaagatggtctatcattgtccca 11828972  T
Q  112 tatgtctttttcccaccaactttttagattaggacaatctgagattgtaagttccttcaagcatggaaagaannnnnnngtattatcttgattgttcttt 211  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||       |||| | ||||||||||||||    
T  11828971 tatgtcattttcccaccaaccttttagtttaagacaatctgagattgttagttccttcaaggatggaaagaatataggtgtatcagcttgattgttcttt 11828872  T
Q  212 gcaatgaatttcaaagagtccaatctacgaagttggagaaccttgagacgtggaagctgatccattggtgggagaaatttgcaattgggacagtcgttca 311  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  11828871 gcaataaatttcaaagagtccaatctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctcatccattggtgggagaaattcgcatttgggacagtcattca 11828772  T
Q  312 aggtaaacttaacaaggaattgaagtgaagtgagccaattagacaacatgtggccatggtacccgacgactaatagcactttcagattctgatgtggctc 411  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||  |||| || | ||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||     
T  11828771 aggtaaacttaacaaggcattgaagtgaagcgagccagttagacaatgtgtgaccgttgtacccgacaactaatagcacttgcagatttggatgtggctg 11828672  T
Q  412 gagaaaatccataaatttattatcgatgacgacatcgctttcttcctcctc------gtgatcccatcttagagtcaagaactcgagatgttgtttattt 505  Q
    |||| |||| |   |||| || ||  |  |||||| ||||||||| |||||      ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  11828671 gagacaatcaagcgatttcttgtctttctcgacattgctttcttcgtcctcctcatcgtgatcccatcttagagtcaagaactcaaggtgttgtttattt 11828572  T
Q  506 ttcaaaaattcatctttggcagcttcctttgatggagagaacttgacttgttcaagatgagatatttccaagtggcctctcagtttgttaagatctgtga 605  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  11828571 ttcaaaaaatcatctttagcagcttcttttgatggagagaacttgatttgttccagatgcataatttccaagtggcccctcagattgttaagatctgtga 11828472  T
Q  606 gtgatcttagtcctcccgtgacttgtttcttgctggcaacgaaaagtgacaatgtttgcaaggaagtgagcttacttatcccacttggcatttgagttag 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11828471 gtgatcttagtcctcccgtgacttgtttcttgctggctacgaaaagtgacaatgtttgcaaagaagtgagcttacttattccacttggcatttgagttag 11828372  T
Q  706 atccaagcacccctctaagtcaagatggttgaggcaactcaaatcatccatgtcttttggcaattccttgaggacatgacattgagacagtttcaatgtt 805  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  11828371 atccaagcatccatctaagtcaagatggttaaggcaactcaaatcatccatgtcttttggcaattctttgaggacatgacatcgagacagtttcaacgtt 11828272  T
Q  806 tgcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctccatgttgttatgggaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagctcg 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11828271 tgcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctccatgttgttatgtgaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagcttg 11828172  T
Q  906 gaaccgtcttgatccccaaatcatgtagatccaacacgcgtagcgagcacttgaaggtgtcgaagatcttttcacaagttgatgttgtcacctttacctc 1005  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  11828171 gaactgtcttgatccccaagtcatgtagatccaacacgcgtagcgagtacttgaaggtgtcgaagatcttatcacaagttgacgttgtcatctttacctc 11828072  T
Q  1006 atgcggaagctgagggttgttaatgttgtatg 1037  Q
     ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  11828071 gtgcggaagacgagggttgttaatgttgtatg 11828040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 455 - 1037
Target Start/End: Complemental strand, 12039522 - 12038943
Alignment:
Q  455 tcctcctcgtgatcccatcttagagtcaagaactcgagatgttgtttatttttcaaaaattcatctttggcagcttcctttgatggagagaacttgactt 554  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| | || | || ||| |||||||||||||||||||| |||  |||||| ||| | |||||||||||||    
T  12039522 tcctcctcatgatcccatcttagagtcaagaacccaaggtattttttgtttttcaaaaattcatctttagcaatttccttggattgcgagaacttgactt 12039423  T
Q  555 gttcaagatgagatatttccaagtggcctctcagtttgttaagatctgtgagtgatcttagtcctcccgtgacttgtttcttgctggcaacgaaaagtga 654  Q
    |||| ||||| || ||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||| || || | ||||||||| || || || |||||    
T  12039422 gttccagatgcgaaatttccatgtgacctctcagtttgttgagatcggtgagttctcttagtcctcctgtaacgtatttcttgctagctacaaagagtga 12039323  T
Q  655 caatgtttgcaaggaagtgagcttacttatcccacttggcatttgagttagatccaagcacccctctaagtcaagatggttgaggcaactcaaatcatcc 754  Q
    ||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12039322 caatgtttgtaaagaagtgagcttatttatcccacttggcatttgagttagatccaagcatccctctaagtcaagatggttgaggcaactcaaatcatcc 12039223  T
Q  755 atgtcttttggcaattccttgaggacatgacattgagacagtttcaatgtttgcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctccatgttgt 854  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  12039222 atgtcttttggcaattccttgagaaaatgacattgagaaagtttcaacgtttgcaagtggataagagttgtgatgcaactaggaagcttctctatgttgt 12039123  T
Q  855 tatgggaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagctcggaaccgtcttgatccccaaatcatgtagatccaacacgcgtagcgagca 954  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| |   |||     
T  12039122 tatgagaaagatctagatacctcaagtacttcacctcttcaatagagctcggaatcgtcttgatccccaagtcatgcatatctaacacgcgca--tagc- 12039026  T
Q  955 cttgaaggtgtcgaagatcttttcacaagttgatgttgtcacctttacctcatgcggaagctgagggttgttaatgttgtatg 1037  Q
     ||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||| |  |||||| ||||||||| | |||||||||    
T  12039025 tttgaaggtgttaaagatcttatcacaggttgatgttgtcatctgtacctcgtcaggaagccgagggttgtcagtgttgtatg 12038943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 464 - 1027
Target Start/End: Original strand, 11901806 - 11902369
Alignment:
Q  464 tgatcccatcttagagtcaagaactcgagatgttgtttatttttcaaaaattcatctttggcagcttcctttgatggagagaacttgacttgttcaagat 563  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  11901806 tgatcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaacatgacttgttctagat 11901905  T
Q  564 gagatatttccaagtggcctctcagtttgttaagatctgtgagtgatcttagtcctcccgtga---cttgtttcttgctggcaacgaaaagtgacaatgt 660  Q
    | |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||   |||||||||||||||| || || |||||||||||    
T  11901906 gcgatatttccaaccggcctctcagattgttaagatccgtgagttctcttagtcctccagtgattacttgtttcttgctggccacaaagagtgacaatgt 11902005  T
Q  661 ttgcaaggaagtgagcttacttatcccacttggcatttgagttagatccaagcacccctctaagtcaagatggttgaggcaactcaaatcatccatgtct 760  Q
    ||| || |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||   |||||| ||||    
T  11902006 ttgtaaagaagtgagcttatttataccacttggcatgtgagttagatccaggcatccctcaatgtcaagatggttgaggcaactcaggccatccaagtct 11902105  T
Q  761 tttggcaattccttgaggacatgacattgagacagtttcaatgtttgcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctccatgttgttatggg 860  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| || | |||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||| ||||| || ||||||||||| |    
T  11902106 tttggcaattccttgaggatgtgacattgtgataatttcaatgtttgcaagtggataagcttagtgatggaactaggtagcttttctatgttgttatgag 11902205  T
Q  861 aaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagctcggaaccgtcttgatccccaaatcatgtagatccaacacgcgtagcgagcacttgaa 960  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||   | |||||||    
T  11902206 aaagatctagatacctcaagtacttcacctcctcaatagatgttggaaccatcttaatccccaagtcatgtagatccagcacacgtag---ggacttgaa 11902302  T
Q  961 ggtgtcgaagatcttttcacaagttgatgttgtcacctttacctcatgcggaagctgagggttgtta 1027  Q
    ||||| ||||||||| || || ||||||||||||| ||| ||||| || |||||  |||||||||||    
T  11902303 ggtgttgaagatcttatcgcatgttgatgttgtcatcttcacctcgtgtggaaggcgagggttgtta 11902369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 494 - 1032
Target Start/End: Complemental strand, 11732366 - 11731828
Alignment:
Q  494 tgttgtttatttttcaaaaattcatctttggcagcttcctttgatggagagaacttgacttgttcaagatgagatatttccaagtggcctctcagtttgt 593  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| || |||||  | |||||||  | | |  | || ||||    
T  11732366 tgttgtttatttttcacaaattcatctttagccgcttcgttggatggagagaacttgacttgctccagatgcaaaatttccagtttgtccttgaggttgt 11732267  T
Q  594 taagatctgtgagtgatcttagtcctcccgtgact---tgtttcttgctggcaacgaaaagtgacaatgtttgcaaggaagtgagcttacttatcccact 690  Q
    | |||| |||||||   ||||||||||| ||| |    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||  |    
T  11732266 tgagatttgtgagttcccttagtcctccggtgtcagcatgtttcttgctggccacgaaaagtgacaatgtttgtaaggaagtgagtttatctatcccggt 11732167  T
Q  691 tggcatttgagttagatccaagcacccctctaagtcaagatggttgaggcaactcaaatcatccatgtcttttggcaattccttgaggacatgacattga 790  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| | || ||||||| |||||| | ||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| |      
T  11732166 tggcatgtgagttagatccaagcaaccctcaatgttaagatggctgaggcgagtcagatccttcaagtcttttggcaattccttgaggacatgacagtag 11732067  T
Q  791 gacagtttcaatgtttgcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctccatgttgttatgggaaagatctagatacctcaagtacttcacat 890  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||  |    
T  11732066 gagagtttcaaggtttgcaaatggataagctttgtgatgcaactaggaagcttctctatgttgttgtgggatagatctagaaacctcaagtatttcatct 11731967  T
Q  891 cctcaatagagctcggaaccgtcttgatccccaaatcatgtagatccaacacgcgtagcgagcacttgaaggtgtcgaagatcttttcacaagttgatgt 990  Q
    ||||||||||| | || ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    ||  | |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||  ||    
T  11731966 cctcaatagaggttggtacaatcttgatccccaagtcatgtagatccaacacg---tgcatggacttgaaggtgttgaagatcttatcacaggttggcgt 11731870  T
Q  991 tgtcacctttacctcatgcggaagctgagggttgttaatgtt 1032  Q
     |||| ||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||    
T  11731869 cgtcatcttcacctcgtgtggaagccgagggttgttaatgtt 11731828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 180
Target Start/End: Original strand, 11901309 - 11901477
Alignment:
Q  12 catcatcaagaccgggatatagcggcatgcaagctaactgaggacaatattggatatttagctttgaaatgcaactgaaagatggtctatctttttccga 111  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||  || |    
T  11901309 catcatcaagaccaggatatagaggcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattacccca 11901408  T
Q  112 tatgtctttttcccaccaactttttagattaggacaatctgagattgtaagttccttcaagcatggaaa 180  Q
     || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||    
T  11901409 aatctcattttcccaccaacttttcagattaggacaatccgaaattgtaagttccttcaaggatggaaa 11901477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 12 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 12039992 - 12039824
Alignment:
Q  12 catcatcaagaccgggatatagcggcatgcaagctaactgaggacaatattggatatttagctttgaaatgcaactgaaagatggtctatctttttccga 111  Q
    |||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||| |    
T  12039992 catcatcaagattaggatatagtggcatgcaagctaacttggggcaatattggacatttagtttggaaatgcaactgaaagatggtctatcattatccca 12039893  T
Q  112 tatgtctttttcccaccaactttttagattaggacaatctgagattgtaagttccttcaagcatggaaa 180  Q
    ||| ||  ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12039892 tatctcagtttcccaccaactgtttagatttggacaatccgagattgtaagttccttcaaggatggaaa 12039824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 198 - 327
Target Start/End: Original strand, 11901516 - 11901645
Alignment:
Q  198 cttgattgttctttgcaatgaatttcaaagagtccaatctacgaagttggagaaccttgagacgtggaagctgatccattggtgggagaaatttgcaatt 297  Q
    |||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||    
T  11901516 cttgattgttttctgcaatgaatttcagagagtccagtctccgaatttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaactcgcattt 11901615  T
Q  298 gggacagtcgttcaaggtaaacttaacaag 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11901616 gggacagtcgttcaaggtaaacttaacaag 11901645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 198 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 12039785 - 12039643
Alignment:
Q  198 cttgattgttctttgcaatgaatttcaaagagtccaatctacgaagttggagaaccttgagacgtggaagctgatccattggtgggagaaatttgcaatt 297  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||    
T  12039785 cttgattgttttttgcaatgaatttcagtgagtccaaccttcgaagttggagaaccttgagatgtggaagctcatccattggcgggagaaattcgcattt 12039686  T
Q  298 gggacagtcgttcaaggtaaacttaacaaggaattgaagtgaa 340  Q
     || ||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  12039685 tgggcagtcattcaaggtaaacttaacaagacaatgaagtgaa 12039643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 211 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 11732676 - 11732512
Alignment:
Q  211 tgcaatgaatttcaaagagtccaatctacgaagttggagaaccttgagacgtggaagctgatccattggtgggagaaatttgcaattgggacagtcgttc 310  Q
    |||||||||||  | ||| ||||| || ||||| |||||| ||||||||  |||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||  ||    
T  11732676 tgcaatgaattcaagagattccaacctccgaagatggagagccttgagatttggaaggtgatcgattggcggtagaaatttgcatttaggacagtcactc 11732577  T
Q  311 aaggtaaacttaacaaggaattgaagtgaagtgagccaattagacaacatgtggccatggtaccc 375  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||| ||||| ||  || |||||| ||||||    
T  11732576 aaggtaaacttaacaaggcattgaagcgaatcgagccatttagataaggtgcggccattgtaccc 11732512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 11732876 - 11732725
Alignment:
Q  35 ggcatgcaagctaactgaggacaatattggatatttagctttgaaatgcaactgaaagatggtctatctttttccgatatgt---ctttttcccaccaac 131  Q
    |||| ||| ||||| | ||||||| || |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| | ||||| | || | |   | |||||||||||||    
T  11732876 ggcacgcatgctaatttaggacaacatcggatatttagttttgaaatgcaagggaaagatggtctgttttttttcaatgtcttatcattttcccaccaac 11732777  T
Q  132 tttttagattaggacaatctgagattgtaagttccttcaagcatggaaagaa 183  Q
    |||  || ||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||||||||    
T  11732776 tttcgagtttaggacaatccgaaattgtaagctccttcaaggctggaaagaa 11732725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 124 - 181
Target Start/End: Original strand, 11973736 - 11973793
Alignment:
Q  124 ccaccaactttttagattaggacaatctgagattgtaagttccttcaagcatggaaag 181  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  ||||||||    
T  11973736 ccaccacctcttgagattaggacaatctgagattgtgagttcctccaaagatggaaag 11973793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University