View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14445_low_27 (Length: 398)

Name: NF14445_low_27
Description: NF14445
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14445_low_27
NF14445_low_27
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (17-386)||(38220571-38220940)
chr4 (17-385)||(38238481-38238849)
chr4 (17-385)||(38243419-38243787)
chr4 (17-385)||(38226952-38227320)
chr4 (17-385)||(38214529-38214897)
chr4 (17-364)||(38253682-38254029)
chr4 (18-385)||(38248568-38248935)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (17-385)||(17455182-17455550)
chr6 (17-385)||(17434082-17434450)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (266-363)||(21546676-21546773)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 386
Target Start/End: Original strand, 38220571 - 38220940
Alignment:
Q  17 aacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38220571 aacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggacgctcaaaa 38220670  T
Q  117 tcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattat 216  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38220671 ccttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatcaactgtaacattat 38220770  T
Q  217 aaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctgg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38220771 aaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctgg 38220870  T
Q  317 aatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttca 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38220871 aatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagtcgccgtccctcgtgtttca 38220940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 17 - 385
Target Start/End: Original strand, 38238481 - 38238849
Alignment:
Q  17 aacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38238481 aacatcaagtatatatatcttaacaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaa 38238580  T
Q  117 tcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattat 216  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38238581 ccttccttcaacttgcactgtttagaatcataacaacataacaaacctcctttataatctggcctaatagaccttccatattcatccactgtaacattat 38238680  T
Q  217 aaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctgg 316  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    ||| |||||||| ||||||||||| || |||| |||| | || | | ||||||||||    
T  38238681 aaagctcacacttacactcagtgcaccctaatttatcctttgtgcctcgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttttcgtgaaacccttctgg 38238780  T
Q  317 aatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttc 385  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||    
T  38238781 aatctcttcaggattgcctatctctataccgaaaggatccggaatatcggtcgccgttccacgtgtttc 38238849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 17 - 385
Target Start/End: Original strand, 38243419 - 38243787
Alignment:
Q  17 aacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaa 116  Q
    |||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38243419 aacatcaattacatatatcttaagaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaa 38243518  T
Q  117 tcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattat 216  Q
     |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38243519 ccttccttcaacttgcactgtgtacaatcataacaacataaccaacctcctttataatctggccttatagaccttccatattcatccaccgtaacattat 38243618  T
Q  217 aaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctgg 316  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||| |||| | |||||  |||||||||     
T  38243619 aaagctcgcacttacactcagtgcaccctaacttatcctctacgccacgtgtatcaatggcatgaacattaagcacccatttatcctcggacccttctga 38243718  T
Q  317 aatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttc 385  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  38243719 aacctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatctgttgctgttcctcgtgtttc 38243787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 17 - 385
Target Start/End: Original strand, 38226952 - 38227320
Alignment:
Q  17 aacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  38226952 aacatcaagtatatatatcttaacaggcactataaaatcatcccaatcaacccattttacagtgtatcttaggtagagacttctctttggaccctcaaaa 38227051  T
Q  117 tcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattat 216  Q
     |||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38227052 ccttccttcaacttgcattgtgtatggtcataacaacataacaaacctcctttataatctggcccaatagaccttccatattcatccactgtaacattat 38227151  T
Q  217 aaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctgg 316  Q
    |||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||| || |||| |||| | |||||| |||||| |||    
T  38227152 aaaggtcgcacttgcactcagtgcaccctaatttatcctctgcgcctcgcgtatcaatggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaacccttgtgg 38227251  T
Q  317 aatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttc 385  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  38227252 aatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatctggaatatctgttgtcgttcctcgtgtttc 38227320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 385
Target Start/End: Original strand, 38214529 - 38214897
Alignment:
Q  17 aacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaa 116  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  38214529 aacatcaattatatatatcttcacaggcacaataaaatcatcccaatcgacccattttacagtgtatcttagatagagacttctctttggcccctcaaaa 38214628  T
Q  117 tcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattat 216  Q
     |||||||||| || |||||| || | |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38214629 ccttccttcaatttacactgtgtataatcataacaacataacaaacctccttcataatctgacctaatagaccttccatattcatccactgtaacattat 38214728  T
Q  217 aaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctgg 316  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| || | || |||| |||||||| ||||||||||    
T  38214729 aaagctcacacttacactcggtgcaccctaacttatcctctgcgccgcgcgtatcgatggcatgaacattaaccaaccatttctcctcaaacccttctgg 38214828  T
Q  317 aatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttc 385  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  38214829 aatctcttcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatctgttgctgttcctcgtgtttc 38214897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 17 - 364
Target Start/End: Original strand, 38253682 - 38254029
Alignment:
Q  17 aacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaa 116  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38253682 aacatcaattatatatatcttaacaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttcactgtgtatcttaagtagaggtttctctttggaccctcaaaa 38253781  T
Q  117 tcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattat 216  Q
     ||||||||||||||||| || ||   |||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||  |||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  38253782 ccttccttcaacttgcaccgtgtatgatcataacaacataacatacctcctttataatcaggccttacagaccttccgtactcatccaccgtaacattat 38253881  T
Q  217 aaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctgg 316  Q
    ||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||  | || || ||||| ||||||||||| || | ||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  38253882 aaagctcgcacttacactcggtgcaccctaacttatcctctgcacctcgtgtatcgatggcatgaacattaaccatccatttctcatcaaacccttctgg 38253981  T
Q  317 aatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatc 364  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  38253982 aacctctgcaggattacctacctctataccaaaagggtccggaatatc 38254029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Original strand, 38248568 - 38248935
Alignment:
Q  18 acatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaat 117  Q
    ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||||| ||||||||||| || || || |||     
T  38248568 acatcaattatatatatcttaacgggcactataaaatcatcccaatcaacccactttactgtgcatcttaagtaaaggcttctcttaggtccttcgaaac 38248667  T
Q  118 cttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattata 217  Q
    ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38248668 cttccttcaacttgcaccgtgtagaatcataacaacataacaaacctcctttataatctggcctaatagattttccatactcatccactgtaacattata 38248767  T
Q  218 aagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctgga 317  Q
    ||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||   ||| |||||||| ||||||||||| || |||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  38248768 aaggtcacacttacattcagtgcaccctaatttatcctctgtgccacgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctgga 38248867  T
Q  318 atctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttc 385  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  38248868 atctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatctggaatatctgttgtcgttcctcgtgtttc 38248935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 385
Target Start/End: Original strand, 17455182 - 17455550
Alignment:
Q  17 aacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaa 116  Q
    |||||||| ||| ||| |||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |   ||||| | |  || || ||||||||||| |||| ||||    
T  17455182 aacatcaattatgtatgtcttaagaggaactataaattcatcccaatcaacccatttgattttgtatttcagataaagacttctctttggtcccttaaaa 17455281  T
Q  117 tcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattat 216  Q
     |||||||||||||||| ||| ||   |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17455282 ccttccttcaacttgcattgtgtattatcataacaacatgacaaacctcctttataatcagacattaaaggccttccatattcatccactgtaacattat 17455381  T
Q  217 aaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctgg 316  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||  || | || |||| |||||||| ||||||||||    
T  17455382 aaagctcacacttgcactcagtgcaccctagcttatcctctacgccacgtgtatcgatggcatgaatattaaacaaccatttctcctcaaacccttctgg 17455481  T
Q  317 aatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttc 385  Q
    ||| ||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |  || |||||||||||    
T  17455482 aatttctgttggattacccatctccataccaaaaggatccggaatatcggtcggtgttcctcgtgtttc 17455550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 385
Target Start/End: Original strand, 17434082 - 17434450
Alignment:
Q  17 aacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaa 116  Q
    |||||||| ||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   ||||| | |  ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  17434082 aacatcaattatgtatgccttaacaggcactataaaatcatcccaatcaatccatttgattttgtatttcagatagagacttctctttggtccctcaaaa 17434181  T
Q  117 tcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattat 216  Q
     || ||||||||||||| ||| ||   |||| |||||||   | ||| |||||||||||| | ||||  |  |||||||||||||||||||| |||||||    
T  17434182 cctaccttcaacttgcattgtgtattatcatgacaacatttcataccccctttataatctaaacttaaaggtcttccatattcatccactgttacattat 17434281  T
Q  217 aaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctgg 316  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||  || | || |||  |||||||| ||||||||||    
T  17434282 aaagctcacacttgcattcagtgcaccctaacttatcctctacgccacgtgtatcgatggcatgaatattaaacaaccacttctcctcaaacccttctgg 17434381  T
Q  317 aatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttc 385  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||    
T  17434382 aatatctgcaggattacctatctctataccaaaaggatctggaatgtcagtcggcgttcctcgtgtttc 17434450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 266 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 21546773 - 21546676
Alignment:
Q  266 cgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatat 363  Q
    ||||||||| |||||||| || | || |||| ||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||| |  ||||||||| |||| || |||||||    
T  21546773 cgtatcaattgcatgaacattgatcaaccatttctccacatacccttttggaatttcagcaggattaccaacttctataccataagggtctggaatat 21546676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University