View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14451_low_1 (Length: 860)

Name: NF14451_low_1
Description: NF14451
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14451_low_1
NF14451_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (14-851)||(80896-81734)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 772; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 772; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 81734 - 80896
Alignment:
Q  14 aatatgaacttctctagttactttggccgacatgtctgtctcataaaactgtttatggattcatccaaattatagttggacaaaacttcacgagattacc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81734 aatatgaacttctctagttactttggccgacatgtctgtctcataaaactgtttatggattcatccaaattatagttggacaaaacttcacgagattacc 81635  T
Q  114 gtaacctacaactctcaaagtggtgtcaa-------ccaacaatcttcatttacttaaagaaaaaagaactacaaacacaggcaccacgaataggtgcta 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81634 gtaacctacaactctcaaagtggtgtcaagtgtcaaccaacaatcttcatttacttaaagaaaaaagaactacaaacacaggcaccacgaataggtgcta 81535  T
Q  207 gaagcttcataagtcttataatcaataatagattatttaaatttagttacttatggattgaaagttgttaagaagataaaattgtcaagatgagacttgt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81534 gaagcttcataagtcttataatcaataatagattacttaaatttagttacttatggattgaaagttgttaagaagataaaattgtcaagatgagacttgt 81435  T
Q  307 tcataatctttgacctccactaaaaagttcattcatgaaatacgagattaaagtataatttaagcttcagagagaagagctaaaatttaacttcgtctga 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81434 tcataatctttgacctccactaaaaagttcattcatgaaatacgagattaaagtataattt------cagagagaagagctaaaatttaacttcgtctga 81341  T
Q  407 aatttcttgattgcttttgtgcatttcttgtccctagggatttttccacgttgttcataggttgagaaaacattgattcgtgaacgctgcaaacttttgt 506  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  81340 aatttcttgattgcctttgtgcatttcttgtccctagggatttttccacgttgttcataggttgagaaaacattgattcatgaacgctgcaaacttttgt 81241  T
Q  507 tgtgtttgtcacaaacagtttgtgcattggatataactatgactagcgcaaaactaatctcatacttacatgcaactactgtcaatcataattacaagaa 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81240 tgtgtttgtcacaaacagtttgtgcattggatataactatgactagcgcaaaactaatctcatacttacatgcaactactgtcaatcataattacaagaa 81141  T
Q  607 ttgtgattcctctattgatagaaaactaaaagcaagacggaagactaaattgcctaattatttgacattcgagtaaactttcactgcacaatgcttcaca 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  81140 ttgtgattcctctattgatagaaaactaaaagcaagacggaagactaaattgcctaattatttgacattcgagtaaactttcactgcacattgcttcaca 81041  T
Q  707 acaccaacattttacatgcatcaatttgtctctagatctgaattattagtacctatgggtcttgctggtattgctttggcttccggctcaatcctgcgta 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81040 acaccaacattttacatgcatcaatttgtctctagatctgaattattagtacctatgggtcttgctggtattgctttggcttccggctcaatcctgcgta 80941  T
Q  807 cctataagttgcaaaatctcctcccacaaaccttcagaataatct 851  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  80940 cccataagttgcaaaatctcctcccacaaaccttcagaagaatct 80896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University