View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14459_low_1 (Length: 701)

Name: NF14459_low_1
Description: NF14459
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14459_low_1
NF14459_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-679)||(32343597-32344259)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 32344259 - 32343597
Alignment:
Q  18 atttataaaccccatcaccatctacaacctgtaaatgggtgccaccaccccaacaaatttaatcacacaatgtagtaatattactattatccaatgtgtg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32344259 atttataaaccccatcaccatctacaacctgtaaatgggtgccaccaccccaacaaatttaatcacacaatgtagtaatattactattatccaatgtgtg 32344160  T
Q  118 catgcatccactatagtttatattcttgtgccatacacattatgtgat-ggaccgcatgtcagaaatgtcttgtgaacttggtcagagctaggtataatc 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32344159 catgcatccactatagtttatattcttgtgccatacacattatgtgattggaccgcatgtcagaaatgtcttgtgaacttggtcagagctaggtataatc 32344060  T
Q  217 ttaagttttaaccaactatgggggtgcaatatggtcgatatgaatgcgaatgtaccttcacataccatgcatgtgatagagctggactattatggtaaga 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32344059 ttaagttttaaccaactatgggggtgcaatatggtcgatatgaatgcgaatgtaccttcacataccatgcatgtgatagagctagactattatggtaaga 32343960  T
Q  317 gaaggtaaattgtgtggtgtatgtggtagcaattaaacctaacccctacaattggacattaaatatttcaatttannnnnnnagattttgatatttgaat 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||||||||||    
T  32343959 gaaggtaaattgtgtggtgtatgtggtagcaattaaacctaacccctacaattggacattaaatatttcaatttatttttttacattttgatatttgaat 32343860  T
Q  417 attcagtgctcattttctcatgcatgcaaactactatataaatgcatgcgtatatggtgcatatttgtataaagttgtgtaagtgaagtgtgttttacta 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32343859 attcagtgctcattttctcatgcatgcaaactactatataaatgcatgcgtatatggtgcatatttgtataaagtggtgtaagtgaagtgtgttttacta 32343760  T
Q  517 tagtcacatagattaatactgtcatggagatgaagttcattttggttgtaggaatatgcttagtgttgggaatgtcccacaatgcatatggaaggaactt 616  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32343759 tagtcacatagattaatattgtcatggagatgaagttcattttggttgtggggatatgcttagtgttgggaatgtcccacaatgcatatggaaggaactt 32343660  T
Q  617 gaagaatgaaaaagaagatgtgaaaaagccggaatggttctttgatacaccttctgatgggta 679  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32343659 gaagaatgaaaaagaagatgtgaaaaagccggaatggttctttgatacaccatctgatgggta 32343597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University