View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14468_high_1 (Length: 1034)

Name: NF14468_high_1
Description: NF14468
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14468_high_1
NF14468_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-1014)||(7091762-7092762)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 765; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 765; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1014
Target Start/End: Complemental strand, 7092762 - 7091762
Alignment:
Q  13 agtttccaccaaatcccaacctagaaaataacaataatgaagtggtggggatagagatatggcatggcacgtgtgctagggttgttaattgcttcaaaca 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7092762 agtttccaccaaatcccaacctagaaaataacaataatgaagtggtggggatagagatatggcatggcacgtgtgctagggttgttaattgcttcaaaca 7092663  T
Q  113 ttatagtattagaaatcatgactttgacacacaactatcacattatcttctaaattaagctaaacatatttggcttatgaatcccctnnnnnnntatttg 212  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||    
T  7092662 ttatagtattaggaatcatgactttgacacacaactatcacattatcttctaaattaagctaaacatatttggcttatgaatcccctaaaaaaatatttg 7092563  T
Q  213 cattatgaataaaatcaaaacacatattacctttattttatattttactttatctcgcatttaagtttatgtctagattaactagagtttgatgaaatca 312  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7092562 ccttatgaataaaatcaaaacacatattacctttattttatattttactttatctcgcatttaagtttatgtctagattagctagagtttgatgaaatca 7092463  T
Q  313 ttctcgacgatcataattaaaacaatggaaatattaacgagtgttttatagatattttttaaggaatttatatagttagatccgatgagataaaacaccc 412  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7092462 ttctcgacgaccgtaattaaaacaatggaaatactaacgagtgttttatagacattttttaaggaatttatgtagttagatccaatgagataaaacaccc 7092363  T
Q  413 tattgaagtactattatatgtttagtttttcaaataaaagacgatacatacactaatgaatcacttttttgttcacgagagacgtacataattgtgtccc 512  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7092362 tattaaagtactattatatgtttaatttttcaaataaaaaacgatacataaactaatgaatcacttttttgttcacgagagacgtacataattgtgtccc 7092263  T
Q  513 ctccatagagtagtaggggaatcatgtatgtattcataatatagtatagctaccaagaaaatctgacctcttacctaaatccaggaggaagaagaaattt 612  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7092262 ctccatatagtagtagtggaatcatgtatgtattcataatatagtatagctaccaagaaaatctgacctcttacctaaatccaggaggaagaagaaattt 7092163  T
Q  613 cgagaatattatatcctaccatccttttcaatacctagctttttaatatccaaacattttagtagtcaaatctttactttagaccatataaaaggaagga 712  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7092162 cgagaatat--tatcctaccatccttttcaacacctaactttttcatatccaaacattttagtagtcaaatctttactttagaccatataaaaggaagga 7092065  T
Q  713 ggatnnnnnnnnnnnnnnnnntgctgtaagcttatatgatattccattcgaaaaataacaacatgaaacaacattaatgatatgacttgaaggctaaaag 812  Q
    ||||                 || |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  7092064 ggatggggagtagggtgggggtgttgtaagtttatatgatatttcattcggaaaataacaacatgaaacaacattaatggtatgatttgaaggctaaaag 7091965  T
Q  813 taaaatacatttgaattgaatag-nnnnnnnnnaggataaagtaccacattcaattggaatgttgagtttgtcacttggtttattttgatagaacaatat 911  Q
    |||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7091964 taaaatacatttgaattgaatagtttttttattaggataaagtaccacattcaattggaatgttgagtttgtcacttggtttattttgatagaacaatat 7091865  T
Q  912 actgctttcacataaagtctctagtatggtgaatgaatgtcaatcaatctaaccttcaaaattggtgtcaaattaggacactagtgtatagattaaccaa 1011  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  7091864 actgctttcacataaagtctctattatggtgaatcaatgccaatcaatctaaccttcacaattggtgtcaaattaggacactaatgtataaattaaccaa 7091765  T
Q  1012 cca 1014  Q
    |||    
T  7091764 cca 7091762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University