View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14473_high_1 (Length: 763)

Name: NF14473_high_1
Description: NF14473
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14473_high_1
NF14473_high_1
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (14-747)||(1900619-1901365)
chr3 (14-747)||(1910065-1910811)
chr3 (313-576)||(1894058-1894322)
chr3 (313-576)||(1903504-1903768)
chr3 (589-745)||(1894363-1894519)
chr3 (589-745)||(1903809-1903965)
chr3 (67-300)||(1893770-1894016)
chr3 (67-300)||(1903216-1903462)
chr3 (65-231)||(2934446-2934605)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 747
Target Start/End: Original strand, 1900619 - 1901365
Alignment:
Q  14 aaaggagagagggaagggctttagagagtcatctcttatctaggaggactggaggagcttagctctgagcggtaggagtaccggtcttttgtaattttcc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  1900619 aaaggagagagggaagggctttagagagtcatctcttatctaggaggactggagaagcttagctctgggcggtaggagtactggtcttctgtaattttcc 1900718  T
Q  114 tttttcgtaaataatagattccatttattaaacgttgttgtgttattttatccattaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggattcaa 213  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1900719 tttttcgtaaataatacattccatttattaagtgttgttgtgttattttctccgtaaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggcttcaa 1900818  T
Q  214 gaatctaccatgcaagatcga-------------atataatccatccattaagatgtacgtatgaatagaacctactcaaatgactctcccttggcaagt 300  Q
    |||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1900819 gaatctaccatgcaagatcgagcataacgacataatataatccatccattaagatgtacgtatgaatagactctactcaaatgactctcccttggcaagt 1900918  T
Q  301 ggttaatatggggtatagggaatgaaagaaaaactgtgctacggatgtgggtaatatggggtgccaaggtcccgcgatgagtaatatgtcgatgtgatgc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1900919 ggttaatatggggtatagggaatgaaagaaaaactgtgctacggatgtctgtaatatggggtgccaaagtcccgcgatgagtaatatgtcgatgtgatgc 1901018  T
Q  401 tcggtgtagcatttaagtggtttggttttttcccaccgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcttgtcaaaatgcaacct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1901019 tcggtgtagcatttaagtggtttggttttttcccaccgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcttgtcaaaatgcaacct 1901118  T
Q  501 tgtatttattttttctaccgctttgatttgttgattcaggagattaaaataaaaagtagttttgctagaataactgttacaaaacccaaaaagaaaacaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1901119 tgtatttattttttctaccgctttgatttgttgattcaggagattaaaataaaaagtagttttgctaaaataactgttacaaaacccaaaaagaaaacaa 1901218  T
Q  601 acaatggaaacagttactagtatgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataatgtgtcattgtattcctgcaaggaaaaga 700  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1901219 acaatggaaacagttactagtacgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataaggtgtcattgtattcctgcaaggaaaaga 1901318  T
Q  701 agatactgtaagctaagaaaaactatacgagcatttatgctatatct 747  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1901319 agatattgtaagctaaaaaaaattatacgagcatttatgctatatct 1901365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 747
Target Start/End: Original strand, 1910065 - 1910811
Alignment:
Q  14 aaaggagagagggaagggctttagagagtcatctcttatctaggaggactggaggagcttagctctgagcggtaggagtaccggtcttttgtaattttcc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  1910065 aaaggagagagggaagggctttagagagtcatctcttatctaggaggactggagaagcttagctctgggcggtaggagtactggtcttctgtaattttcc 1910164  T
Q  114 tttttcgtaaataatagattccatttattaaacgttgttgtgttattttatccattaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggattcaa 213  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1910165 tttttcgtaaataatacattccatttattaagtgttgttgtgttattttctccgtaaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggcttcaa 1910264  T
Q  214 gaatctaccatgcaagatcga-------------atataatccatccattaagatgtacgtatgaatagaacctactcaaatgactctcccttggcaagt 300  Q
    |||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1910265 gaatctaccatgcaagatcgagcataacgacataatataatccatccattaagatgtacgtatgaatagactctactcaaatgactctcccttggcaagt 1910364  T
Q  301 ggttaatatggggtatagggaatgaaagaaaaactgtgctacggatgtgggtaatatggggtgccaaggtcccgcgatgagtaatatgtcgatgtgatgc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1910365 ggttaatatggggtatagggaatgaaagaaaaactgtgctacggatgtctgtaatatggggtgccaaagtcccgcgatgagtaatatgtcgatgtgatgc 1910464  T
Q  401 tcggtgtagcatttaagtggtttggttttttcccaccgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcttgtcaaaatgcaacct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1910465 tcggtgtagcatttaagtggtttggttttttcccaccgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcttgtcaaaatgcaacct 1910564  T
Q  501 tgtatttattttttctaccgctttgatttgttgattcaggagattaaaataaaaagtagttttgctagaataactgttacaaaacccaaaaagaaaacaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1910565 tgtatttattttttctaccgctttgatttgttgattcaggagattaaaataaaaagtagttttgctaaaataactgttacaaaacccaaaaagaaaacaa 1910664  T
Q  601 acaatggaaacagttactagtatgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataatgtgtcattgtattcctgcaaggaaaaga 700  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1910665 acaatggaaacagttactagtacgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataaggtgtcattgtattcctgcaaggaaaaga 1910764  T
Q  701 agatactgtaagctaagaaaaactatacgagcatttatgctatatct 747  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1910765 agatattgtaagctaaaaaaaattatacgagcatttatgctatatct 1910811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 313 - 576
Target Start/End: Original strand, 1894058 - 1894322
Alignment:
Q  313 gtatagggaatgaaagaaaaactgtgctacggatgtgggtaatatggggtgccaaggtcccgcgatgagtaatatgtcgatgtgatgctcggtgtagcat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||| ||||  ||||||||| |||||  ||||||||||| |||||| ||    
T  1894058 gtatagggaatgaaagaaaaactgtgctatggatgtggttattatggggtaccaaagtcctacgatgagtagtatgttaatgtgatgctcagtgtagtat 1894157  T
Q  413 ttaagtggtttggttttttccc-accgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcttgtcaaaatgcaaccttgtatttattt 511  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  1894158 ttaagtggtttggttttttccccactgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcatgtcaaaatgcaaccttgtattta-tt 1894256  T
Q  512 tttctaccgctttgatttgttgattcaggaga-ttaaaataaaaagtagttttgctagaataactg 576  Q
    ||||||||  ||||||||| || || | || | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  1894257 tttctaccaatttgatttgctgcttaatgaaatttaaaataaaaagtagttatgctaaaataactg 1894322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 313 - 576
Target Start/End: Original strand, 1903504 - 1903768
Alignment:
Q  313 gtatagggaatgaaagaaaaactgtgctacggatgtgggtaatatggggtgccaaggtcccgcgatgagtaatatgtcgatgtgatgctcggtgtagcat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||| ||||  ||||||||| |||||  ||||||||||| |||||| ||    
T  1903504 gtatagggaatgaaagaaaaactgtgctatggatgtggttattatggggtaccaaagtcctacgatgagtagtatgttaatgtgatgctcagtgtagtat 1903603  T
Q  413 ttaagtggtttggttttttccc-accgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcttgtcaaaatgcaaccttgtatttattt 511  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  1903604 ttaagtggtttggttttttccccactgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcatgtcaaaatgcaaccttgtattta-tt 1903702  T
Q  512 tttctaccgctttgatttgttgattcaggaga-ttaaaataaaaagtagttttgctagaataactg 576  Q
    ||||||||  ||||||||| || || | || | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  1903703 tttctaccaatttgatttgctgcttaatgaaatttaaaataaaaagtagttatgctaaaataactg 1903768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 589 - 745
Target Start/End: Original strand, 1894363 - 1894519
Alignment:
Q  589 aaaagaaaacaaacaatggaaacagttactagtatgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataatgtgtcattgtattcct 688  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1894363 aaaagaaaacaaacaaaggaaacagttactagtatgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataaggtgtcattgtattcct 1894462  T
Q  689 gcaaggaaaagaagatactgtaagctaagaaaaactatacgagcatttatgctatat 745  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  1894463 gcaagggaaagaagatattgtaagctaaaaaaaattatacgagcctttatgctatat 1894519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 589 - 745
Target Start/End: Original strand, 1903809 - 1903965
Alignment:
Q  589 aaaagaaaacaaacaatggaaacagttactagtatgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataatgtgtcattgtattcct 688  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1903809 aaaagaaaacaaacaaaggaaacagttactagtatgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataaggtgtcattgtattcct 1903908  T
Q  689 gcaaggaaaagaagatactgtaagctaagaaaaactatacgagcatttatgctatat 745  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  1903909 gcaagggaaagaagatattgtaagctaaaaaaaattatacgagcctttatgctatat 1903965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 67 - 300
Target Start/End: Original strand, 1893770 - 1894016
Alignment:
Q  67 ggagcttagctctgagcggtaggagtaccggtcttttgtaattttcctttttcgtaaataatagattccatttattaaacgttgttgtgttattttatcc 166  Q
    ||||||| |||||| || |||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||    
T  1893770 ggagctttgctctgggcagtaggagtaccgttcaacggtaattttcctttttcgtaaatgatacattccatttattaagtgttgctgtgttattttctcc 1893869  T
Q  167 attaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggattcaagaatctaccatgcaagatcg-------------aatataatccatccattaag 253  Q
     ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||  ||  |||||||||||| ||||| |             |||| |||||||||||||||    
T  1893870 gttaggttctgggtccctgacaggctatattgtaaatggggcatcgtgaatctaccatgaaagatagagcataacgacgtaatagaatccatccattaag 1893969  T
Q  254 atgtacgtatgaatagaacctactcaaatgactctcccttggcaagt 300  Q
     | ||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1893970 ttatacatacgaatagactctactcaaatgactctcccttggcaagt 1894016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 67 - 300
Target Start/End: Original strand, 1903216 - 1903462
Alignment:
Q  67 ggagcttagctctgagcggtaggagtaccggtcttttgtaattttcctttttcgtaaataatagattccatttattaaacgttgttgtgttattttatcc 166  Q
    ||||||| |||||| || |||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||    
T  1903216 ggagctttgctctgggcagtaggagtaccgttcaacggtaattttcctttttcgtaaatgatacattccatttattaagtgttgctgtgttattttctcc 1903315  T
Q  167 attaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggattcaagaatctaccatgcaagatcg-------------aatataatccatccattaag 253  Q
     ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||  ||  |||||||||||| ||||| |             |||| |||||||||||||||    
T  1903316 gttaggttctgggtccctgacaggctatattgtaaatggggcatcgtgaatctaccatgaaagatagagcataacgacgtaatagaatccatccattaag 1903415  T
Q  254 atgtacgtatgaatagaacctactcaaatgactctcccttggcaagt 300  Q
     | ||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1903416 ttatacatacgaatagactctactcaaatgactctcccttggcaagt 1903462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 65 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 2934605 - 2934446
Alignment:
Q  65 gaggagcttagctctgagcggtaggagtaccggtcttttgtaattttcctttttcgtaaataatagattccatttattaaacgttgttgtgttattttat 164  Q
    |||||||||  ||||| || |||||||||||| ||    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||| |    
T  2934605 gaggagctttcctctgggcagtaggagtaccgttcaacggtaattttcctttttcataaataatacattccattt-------gttgctgtgttattttct 2934513  T
Q  165 ccattaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggattcaagaatctaccatgcaagat 231  Q
    || ||||||||| ||| ||||||||| || || ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  2934512 ccgttaggttctaggtccctaacaggctacattgtaaatggggcatcatgaatctaccatgcaagat 2934446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University