View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14473_high_2 (Length: 762)

Name: NF14473_high_2
Description: NF14473
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14473_high_2
NF14473_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-746)||(23193760-23194495)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 695; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 695; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 23194495 - 23193760
Alignment:
Q  11 atgaacatatctttagtcaaaatagcaatgcaaattatctccatttcatatttctccatcccacaaatcttcaagacttttgtatggactgcaactttca 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23194495 atgaacatatctttagtcaaaatagcaatgcaaattatctccatttcatatttctccatcccacaaatcttcaagacttttgtatggactacaactttca 23194396  T
Q  111 tggactgcaaagtcccctctaagtagcctttgctgcattatacaacaaaataaatgattaaactgaagaagaatnnnnnnnttatgcatagatgtgggaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||    
T  23194395 tggactgcaaagtcccctctaagtagcctttgctgcattatacaacaaaataaatgattaaactgaagaagaataaaaaaattatgcatagatgtgggaa 23194296  T
Q  211 agaatgattagtttttatgttttcaagtttcaacaaaggcaatgatcaaacctggtgaatctgtgagaattttgagaagagttctggagggatacaccaa 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23194295 agaatgattagtttttatgttttcaagtttcaacaaaggcaatgatcaaacctggtgaatctgtgagaattttgagaagagttctggagggatacaccaa 23194196  T
Q  311 tcaaataagctaagattctctttgatcctagattcatttacactctttggaaggacactgtgaccactttggataccccaccttagagccacttgtgccg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23194195 tcaaataagctaagattctctttgatcctagattcatttacactctttggaaggacactgtgaccactttggataccccaccttagagccacttgtgccg 23194096  T
Q  411 gagacttgttaagtttttcagcaatttcaatcaaaattggttccttcaagatttctcccttaacccatgatcctggagaaccgagaggagaatatgccta 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23194095 gagacttgttaagtttttcagcaatttcaatcaaaattggttccttcaagatttctcccttaacccatgatcctggagaaccgagaggagaatatgccta 23193996  T
Q  511 taaggaagcatttgttgttaacaaaatgtaagcaaaaaagaacctcaaatacataaatgcaggaccaaaaaatatcatttaaattactcagatggacatg 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23193995 taaggaagcatttgttgttaacaaaatgtaagcaaaaaagaacctcaaatacataaatgcaggaccaaaaaatatcatttaaattactcagatggacatg 23193896  T
Q  611 tatagtatggtctagataagttttggttatgatagacaaactctatcgaaattcatataaaatattacaacagaatcagtattctcaatcgcagattaag 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23193895 tatagtatggtctagataagttttggttatgatagacaaactctatcaaaattcatataaaatattacaacagaatcagtattctcaatcgcagattaag 23193796  T
Q  711 aaaaataagggattgccactatgttacagtgctata 746  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  23193795 aaaaataaagggttgccactatgctacagtgctata 23193760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University