View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14473_low_36 (Length: 345)

Name: NF14473_low_36
Description: NF14473
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14473_low_36
NF14473_low_36
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (2-328)||(2321940-2322266)
chr7 (5-241)||(2326315-2326553)
chr7 (3-331)||(2330551-2330879)
chr7 (3-331)||(2338407-2338735)
chr7 (6-331)||(3954367-3954692)
chr7 (3-331)||(1089278-1089606)
chr7 (3-331)||(1549792-1550120)
chr7 (3-331)||(1563868-1564196)
chr7 (5-331)||(3853259-3853585)
chr7 (3-331)||(1605005-1605333)
chr7 (3-331)||(1556612-1556940)
chr7 (29-328)||(1597034-1597333)
chr7 (6-238)||(2335189-2335422)
chr7 (3-331)||(1540567-1540895)
chr7 (3-331)||(1106618-1106946)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (12-331)||(18738456-18738775)
chr8 (12-331)||(18743420-18743739)
chr8 (3-331)||(18748378-18748706)
chr8 (91-331)||(18722814-18723054)
[»] scaffold0491 (1 HSPs)
scaffold0491 (3-331)||(5219-5547)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 2322266 - 2321940
Alignment:
Q  2 gatatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgt 101  Q
    |||||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  2322266 gatatgaaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtaagttcagtggaaaaactctgt 2322167  T
Q  102 gacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattat 201  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2322166 gacgcacatttcattgttggtcgagagaaaggattgagatttaagcaagcaaatgctattgtggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcacattat 2322067  T
Q  202 tcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccac 301  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| |||| |||||||| | |||| ||||||||||||||||     
T  2322066 tcggaagtagaagacgttggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccat 2321967  T
Q  302 taaagtttcaagtgccactactccaaa 328  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  2321966 taaagtttcaagtgccacaactccaaa 2321940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 5 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 2326553 - 2326315
Alignment:
Q  5 atgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtgac 104  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  2326553 atgaaataatatttttagttcttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaagaatacttgatggtgtaggttcaatggcaaaactctgtgac 2326454  T
Q  105 acacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaat--tatgtcaagtaaaaccatcatattatt 202  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  2326453 acacatttcattgttggtcgagagaaaggattgagatttaagtatgcaaatgctactaaggcaacacgaattatatgtcaagtaaaaccatcatattatt 2326354  T
Q  203 cggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataactt 241  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326353 cagaagtgggagacgttggtctaatacttcacataactt 2326315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 2330879 - 2330551
Alignment:
Q  3 atatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtg 102  Q
    ||||| ||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| ||  ||||  ||| || ||| ||||||||||||    
T  2330879 atatgcaataatgctttgagttcatgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcaacggaatgtttagtggtgcaagctctatgacaaaactctgtg 2330780  T
Q  103 acacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattatt 202  Q
    |||||| |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||    
T  2330779 acacacttttcattgatggtcgagcgcaagggttgagatttaagcatccaaatgctactacggcaacacgaattatgtccagtaaaacctttacattatt 2330680  T
Q  203 cggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccact 302  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | |||| | |||||||| |||| |||||||| | |||| |||||||||||||||| |    
T  2330679 tggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataatttcatcccttgagtcgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccatt 2330580  T
Q  303 aaagtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2330579 aaagtttcaagtgccacaactccaaaact 2330551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 3 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 2338735 - 2338407
Alignment:
Q  3 atatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtg 102  Q
    ||||| ||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || | || |||||  ||  ||   | ||||||||||||    
T  2338735 atatggaataatgctttgaattcttgactcatgagttgctgcactgaaatttcacccaacagaaagtttaatggtgcaatctctgggacaaaactctgtg 2338636  T
Q  103 acacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattatt 202  Q
    |||||| |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  2338635 acacacttttcattgatggtcgagcgcaagggttgagatttaagcatccaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccttcacattatt 2338536  T
Q  203 cggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccact 302  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| |||| | |||||||| ||||   |||| | | |||| |||||||||||||||| |    
T  2338535 tggaagtgggagacgctggtctaatacttcacataatttcatgccttgagtcgatgctaactgaagctatgatagtatatcaccagggtgtcttcccatt 2338436  T
Q  303 aaagtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2338435 aaagtttcaagtgccactactccaaaact 2338407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 6 - 331
Target Start/End: Original strand, 3954367 - 3954692
Alignment:
Q  6 tgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtgaca 105  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||| ||  ||||||| ||||| |||  ||||||| |||||| |||||||    
T  3954367 tgaaataatgctttgagttcttgattcacgagttgcttcactgaaatttctctcaaaggaatgcttaatggtgtaacctcaatggaaaaactttgtgaca 3954466  T
Q  106 cacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattattcgg 205  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| ||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||  ||| || ||| ||    
T  3954467 cacttttcattgttggtctagaggaaggatttggatttaagcatgcagatgctactacaacaacatgaattatgtcaagtaaaactttcacatcatttgg 3954566  T
Q  206 aagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccactaaa 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||| |||||||| |||||||||| | ||  | || | |||||||||||||    
T  3954567 aagtgggagacgttggtctaatacttcacataatttgatgtcttgagttgatgttaattgaagtgatgacaatatttcctcgggatatcttcccactaaa 3954666  T
Q  306 gtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  3954667 atttcaagtgccactactccaaaact 3954692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 3 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 1089606 - 1089278
Alignment:
Q  3 atatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtg 102  Q
    |||| |||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||  | | ||| ||||| | || ||| |||||||||| ||||    
T  1089606 atataaaataatgctttgagttcttgactcaagagttgctgcattgaaatttcactcaaaggagttcttaatggtgtcagctcagtggcaaaactttgtg 1089507  T
Q  103 acacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattatt 202  Q
    |||||| ||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | | | | ||    ||| |    
T  1089506 acacacgtttcattgttggtcgagaacgaggattgagatttaagcatgcaaatgctaccacggcaacatgaattatgtcatggatagctatttctttact 1089407  T
Q  203 cggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccact 302  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||  | |||| | ||||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||    
T  1089406 tggaagtggaagacgttggtctaatacttgacataatttgatactttgtgtcgatgttgattgaagggatgacaatatatcttcagggtgccttccaact 1089307  T
Q  303 aaagtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1089306 aaagtttcaagtgccactacaccaaaact 1089278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 331
Target Start/End: Original strand, 1549792 - 1550120
Alignment:
Q  3 atatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtg 102  Q
    ||||||||||| | ||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| | |  || ||||| | | |||| | |||||||| | ||    
T  1549792 atatgaaataacgctttgagttcttgactcaagagttgctgcaatgaaatttcactcaaaagagtttttaatggtgtcaattcagtagcaaaactttctg 1549891  T
Q  103 acacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattatt 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||| ||| ||   ||||||    
T  1549892 acacacatttcattgttggtcgagagcgaggattgagatttaaacatgcaaatgctaccacggcaacttgaattatgtcacgtataactatttcattatt 1549991  T
Q  203 cggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccact 302  Q
     |||||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||  | ||||   |||||| ||||| |||| ||||  |||||||  |||| |||    
T  1549992 tggaagtggaatacgttggtctaatacttgacataatttgatactttgtgtcgatggagattgaagtgatgccaatatatcctcagggtgctttccaact 1550091  T
Q  303 aaagtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  1550092 aatgtttcaagtgccactacaccaaaact 1550120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 331
Target Start/End: Original strand, 1563868 - 1564196
Alignment:
Q  3 atatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtg 102  Q
    |||| |||||||| ||  ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||  || |||| | ||| | || ||| |||||||||  ||||    
T  1563868 atataaaataatgcttcgagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactcaaaggaaggcttaacggtgtcagctcagtggcaaaacattgtg 1563967  T
Q  103 acacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattatt 202  Q
    | |||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||    |||||    
T  1563968 atacacatttcattgttggtcgagaacgaggattgagatttaaacttgcaaatgctaccacggcaacatgaattatgtcacgtataactatttcgttatt 1564067  T
Q  203 cggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccact 302  Q
     |||||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||  | |||| | |||||| |||||||||| |||||||||| |  ||||| |||    
T  1564068 tggaagtcgaagacgttggtctaatacttgacataatttgatactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaatatatctccaggtttccttccaact 1564167  T
Q  303 aaagtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  1564168 aaagtttcaagtgtcactacaccaaaact 1564196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 5 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 3853585 - 3853259
Alignment:
Q  5 atgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtgac 104  Q
    ||||||||||||||  ||| |||||||| || |||| ||| |||||| ||||||| ||  ||||||| |||||||||  | | ||| |||||| ||||||    
T  3853585 atgaaataatgtttggagttcttgactcgtgtgttgatgcgctgaaaattcactcaaaggaatgcttaatggtataatctgagtggaaaaactttgtgac 3853486  T
Q  105 acacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattattcg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  || | || ||||| || ||||||||||| || |||||  |||| |||| |||| ||||||||  |||||| |    
T  3853485 acacatttcattgttggtcgagaggacaggcttaggtttaaacatgcaaatgctacgacagcaacctgaataatgtgaagtgaaaccatctcattatttg 3853386  T
Q  205 gaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccactaa 304  Q
    || || ||||||||| ||||| |||||||| ||  ||||||  |||| |||||| |||||||| |||||||||| | ||  |||| |||||||||| |||    
T  3853385 gacgttggagacgtttgtctagtacttcacgtagtttgatgtcttgagttgatgttaattgaagtgatgacaatatttcctcaggatgtcttcccaataa 3853286  T
Q  305 agtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
    | |||||||||||| ||| ||||||||    
T  3853285 aatttcaagtgccattaccccaaaact 3853259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 3 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 1605333 - 1605005
Alignment:
Q  3 atatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtg 102  Q
    |||| |||||||  ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| | || ||  || ||||||| ||||    
T  1605333 atataaaataatcctttcagttcttgactcatgagttgttgcactgaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtgagctccgtgacaaaactttgtg 1605234  T
Q  103 acacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcat-attat 201  Q
    |||||| ||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||| ||| | |||  ||||    
T  1605233 acacacgtttcattgttggtcgagaacgaggattgatatttaagcatgcaaatgcaaccacggcaacatgaattatgtcacgtataacta-catcgttat 1605135  T
Q  202 tcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccac 301  Q
    | |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||  ||||  |||||  | ||   | |||||| |||||||||| ||||  ||||||| ||||| ||    
T  1605134 ttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttccaac 1605035  T
Q  302 taaagtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  1605034 taaagcttcaagtgccactacaccaaaact 1605005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 3 - 331
Target Start/End: Original strand, 1556612 - 1556940
Alignment:
Q  3 atatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtg 102  Q
    |||| ||||||||  || ||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||||    
T  1556612 atataaaataatgcattgagttcttcactcattagttgttgcactgaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtaagttcagtgacaaaactttgtg 1556711  T
Q  103 acacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattatt 202  Q
    |||||| ||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| |||||||| || ||| ||||| ||||||||||| ||| ||| ||   ||||||    
T  1556712 acacacgtttcattgttggtcgagaatgaggattgatatttaagcatgcaaatgcaaccacgacaacatgaattatgtcacgtataactatgtcattatt 1556811  T
Q  203 cggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccact 302  Q
     |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||  ||||  ||| |  | |||| | | |||| |||||||| |  ||||||||| || ||||| |||    
T  1556812 tggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacacttcgtgtcgatgttgactgaagtgatgacagtaaatctccaggatgccttccaact 1556911  T
Q  303 aaagtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
    |||||||||||||| || || ||||||||    
T  1556912 aaagtttcaagtgctacaacaccaaaact 1556940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 29 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 1597333 - 1597034
Alignment:
Q  29 actcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagag 128  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||| ||  || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||     
T  1597333 actcattagttgctgcacggaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtaagctcggtgacaaaactttgtgacacacgtttcattgttggtcgagaa 1597234  T
Q  129 gaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattattcggaagtgggagacgttggtctaata 228  Q
      ||| |  | | ||||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||| | ||| ||| |||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  1597233 cgaggatcaatagttaagcatgcaaatgcaactatggcaacatgaattatgtgacgtataactatctcattatttggaagtggaagacgttggtctaata 1597134  T
Q  229 cttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccactaaagtttcaagtgccactactccaaa 328  Q
    ||| |||||  ||||  |||||  | |||| | |||||| ||||||||||  ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  1597133 cttgacatagtttgagactttgtgtcgatgatgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttccaactaaagtttcaagtgccaccacgccaaa 1597034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 6 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 2335422 - 2335189
Alignment:
Q  6 tgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctg-tgac 104  Q
    |||||||||| ||||||| ||| ||| || ||||||| || |||||| |||||| ||  ||| ||| ||||| || ||||||||| ||||||||  ||||    
T  2335422 tgaaataatgcttttagttcttcactaattagttgctacattgaaatatcactcaaaggaatacttaatggtgtacgttcaatggaaaaactctcatgac 2335323  T
Q  105 acacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattattcg 204  Q
     | |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  2335322 gcgcatttcattgttggtcaagagcaaggattgagatttaagcatgcaaatgctacaatgacaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcacattatttg 2335223  T
Q  205 gaagtgggagacgttggtctaatacttcacataa 238  Q
    ||| | || || |||| |||||||||||||||||    
T  2335222 gaaataggggatgttgttctaatacttcacataa 2335189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 331
Target Start/End: Original strand, 1540567 - 1540895
Alignment:
Q  3 atatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtg 102  Q
    |||| |||||||| ||| ||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||  ||||||  | ||| |||| ||  || ||||||| ||||    
T  1540567 atataaaataatgctttgagttcttcactcattagttgctccactgaaatttcactcaaaggaatgctaaacggtgtaagctcggtgacaaaactttgtg 1540666  T
Q  103 acacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattatt 202  Q
    |||||| ||||||||||||||||||   ||| |||  ||||||||| ||||||||||| | || |||| ||||||||||| ||| ||| ||   ||||||    
T  1540667 acacacgtttcattgttggtcgagaacgaggattgccatttaagcatgcaaatgctaccagggaaacatgaattatgtcacgtataactatgtcattatt 1540766  T
Q  203 cggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccact 302  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||| || ||  ||||  |||    | |||| | |||||| ||||||||||  ||| |||||||| ||||| |||    
T  1540767 tggaagtggaagacgttggtctaatacttgacgtagtttgacacttcttgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttccaact 1540866  T
Q  303 aaagtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  1540867 aaagtttcaagtgtcactacaccaaaact 1540895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 3 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 1106946 - 1106618
Alignment:
Q  3 atatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtg 102  Q
    |||| |||||||  ||| ||| |||||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| | || ||  || ||||||| ||||    
T  1106946 atataaaataatcctttcagttcttgacccgtgagttgttgcactgaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtgagctccgtgacaaaactttgtg 1106847  T
Q  103 acacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattatt 202  Q
    | |||| ||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||| ||| |     |||||    
T  1106846 agacacgtttcattgttggtcgagaacgaggattgatatttaagcatgcaaatgcaaccacggcaacatgaattatgtcacgtataactacgtcgttatt 1106747  T
Q  203 cggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccact 302  Q
     |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||  ||||  |||||    ||   | |||||| |||||||||| ||||  ||||||| ||||| |||    
T  1106746 tggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtggcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttccaact 1106647  T
Q  303 aaagtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  1106646 aaagcttcaagtgccactacaccaaaact 1106618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 12 - 331
Target Start/End: Original strand, 18738456 - 18738775
Alignment:
Q  12 aatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtgacacacatt 111  Q
    |||| ||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||| || ||  ||| ||  || ||||||| || ||||||||||    
T  18738456 aatgctttaagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactgaaaggaatacttaatcgtggaagctcggtgacaaaactttgcgacacacatt 18738555  T
Q  112 tcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattattcggaagtgg 211  Q
    ||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||| ||| ||   |||||| ||||||||    
T  18738556 tcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaatgctaccacggcagcatgaattatgtcacgtataactatgtcattatttggaagtgg 18738655  T
Q  212 gagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccactaaagtttca 311  Q
     ||||| ||||||||||||| |||||  ||||  |||||  | |||| | |||||| ||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  18738656 aagacggtggtctaatacttgacatagtttgagactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttccaactaaagtttca 18738755  T
Q  312 agtgccactactccaaaact 331  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  18738756 agtgccactacaccaaaact 18738775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 12 - 331
Target Start/End: Original strand, 18743420 - 18743739
Alignment:
Q  12 aatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtgacacacatt 111  Q
    |||| ||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||| || ||  ||| ||  || ||||||| || ||||||||||    
T  18743420 aatgctttaagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactgaaaggaatacttaatcgtggaagctcggtgacaaaactttgcgacacacatt 18743519  T
Q  112 tcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattattcggaagtgg 211  Q
    ||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||| ||| ||   |||||| ||||||||    
T  18743520 tcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaatgctaccacggcagcatgaattatgtcacgtataactatgtcattatttggaagtgg 18743619  T
Q  212 gagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccactaaagtttca 311  Q
     ||||| ||||||||||||| |||||  ||||  |||||  | |||| | |||||| ||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  18743620 aagacggtggtctaatacttgacatagtttgagactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttccaactaaagtttca 18743719  T
Q  312 agtgccactactccaaaact 331  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  18743720 agtgccactacaccaaaact 18743739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 331
Target Start/End: Original strand, 18748378 - 18748706
Alignment:
Q  3 atatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtg 102  Q
    |||| ||| |||| ||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||| || ||  ||| ||  || ||||||| || |    
T  18748378 atataaaacaatgctttgagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactgaaaggaatacttaatcgtggaagctcggtgacaaaactttgcg 18748477  T
Q  103 acacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattatt 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| ||||| || || ||||||| | ||||||||| | ||| ||||||   ||||||    
T  18748478 acacacatttcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaaggcaacaacggcaaaatgaattatgttacgtataaccatttcattatt 18748577  T
Q  203 cggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccact 302  Q
     |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||  ||||  |||||  | |||| | |||||| ||||||||||  ||| |||||||| |||||  ||    
T  18748578 tggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttccagct 18748677  T
Q  303 aaagtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18748678 aaagtttcaagtgccactacaccaaaact 18748706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 91 - 331
Target Start/End: Original strand, 18722814 - 18723054
Alignment:
Q  91 caaaactctgtgacacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaac 190  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| ||||| || || ||||||| | ||||||||| | ||| |||    
T  18722814 caaaactttgcgacacacatttcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaaggcaacaacggcaaaatgaattatgttacgtataac 18722913  T
Q  191 catcatattattcggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccaggg 290  Q
    |||   |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| | |||  ||||  |||||  |||||| | |||||| ||||||||||  ||| ||||||    
T  18722914 catttcattatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgatatagtttgacactttgtgttgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccaggg 18723013  T
Q  291 tgtcttcccactaaagtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
    || |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18723014 tgccttccagctaaagtttcaagtgccactacaccaaaact 18723054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491 (Bit Score: 89; Significance: 7e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 331
Target Start/End: Original strand, 5219 - 5547
Alignment:
Q  3 atatgaaataatgtttttagtccttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaaaaatgcttgatggtataagttcaatggcaaaactctgtg 102  Q
    |||| ||| |||| ||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||| || ||  ||| ||  || ||||||| || |    
T  5219 atataaaacaatgctttgagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactgaaaggaatacttaatcgtggaagctcggtgacaaaactttgcg 5318  T
Q  103 acacacatttcattgttggtcgagaggaagggttgagatttaagcacgcaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcatattatt 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| ||||| || || ||||||| | ||||||||| | ||| ||||||   ||||||    
T  5319 acacacatttcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaaggcaacaacggcaaaatgaattatgttacgtataaccatttcattatt 5418  T
Q  203 cggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataacttgatgctttgatttgatgctaattgaaatgatgacaatgtatctccagggtgtcttcccact 302  Q
     |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||  ||||  |||||  | |||| | |||||| ||||||||||  ||| |||||||| |||||  ||    
T  5419 tggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttccagct 5518  T
Q  303 aaagtttcaagtgccactactccaaaact 331  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5519 aaagtttcaagtgccactacaccaaaact 5547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University