View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14475_high_12 (Length: 412)

Name: NF14475_high_12
Description: NF14475
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14475_high_12
NF14475_high_12
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-404)||(14553974-14554377)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (5-380)||(37399640-37400012)
chr5 (5-380)||(37712584-37712965)
chr5 (5-380)||(37824855-37825236)
chr5 (5-380)||(37697747-37698134)
chr5 (5-380)||(37436667-37437042)
chr5 (5-380)||(37534060-37534447)
chr5 (5-380)||(37703628-37704009)
chr5 (18-391)||(37391787-37392172)
chr5 (25-380)||(37640832-37641199)
chr5 (5-380)||(37595284-37595671)
chr5 (5-390)||(37381148-37381545)
chr5 (99-366)||(37412221-37412500)
chr5 (185-391)||(37429690-37429900)
chr5 (5-155)||(37429948-37430098)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (5-391)||(16841689-16842087)
chr4 (185-391)||(24216751-24216951)
chr4 (24-152)||(24216575-24216703)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 14554377 - 14553974
Alignment:
Q  1 cctagcttttaatgatatttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14554377 cctagcttttaatgatatttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcatgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggt 14554278  T
Q  101 aatattccttccacagtctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcattatctggttcttggaagttaatccatttacatggaataaactca 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14554277 aatattccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcattaactggttcttggaaattaatccatttacatggaataaactca 14554178  T
Q  201 ttcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttgtcatcctc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14554177 ttcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttgtcatcctc 14554078  T
Q  301 tttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaaaactagatttggtaggtgat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  14554077 tttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaaaactagatttggtaggtaat 14553978  T
Q  401 gatg 404  Q
    ||||    
T  14553977 gatg 14553974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 5 - 380
Target Start/End: Original strand, 37399640 - 37400012
Alignment:
Q  5 gcttttaatgatatttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaata 104  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||| |||| | ||||||||    
T  37399640 gcttttaataatttttctgggtcttcaatgcctattggtgttggagatttagtgaaactcacacatctaaatacatcatattgtaacctcaatggtaata 37399739  T
Q  105 ttccttccacagtctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcattatctggttcttggaagttaatccatttacatggaataaactcattca 204  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||   ||   ||| || || |||| |||||||| |||||||||||    
T  37399740 ttccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagctttaactttgtc---gaacttgattcattgacatggaagaaactcattca 37399836  T
Q  205 taatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttgtcatcctctttg 304  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || |||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37399837 taatgctactaatttaagggagcttcatttgaatattgtgaacatgtcttccctcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttgtcatcctctttg 37399936  T
Q  305 gtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaa 380  Q
    ||||||||||||||| || | || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  37399937 gtttctcttagtctatcagaaactgagttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaa 37400012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 5 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 37712965 - 37712584
Alignment:
Q  5 gcttttaatgatatttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaata 104  Q
    ||||||||| || ||| | |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||    
T  37712965 gcttttaatcatttttcttggtcttcaatgcctattggtgttggagatttagtgaaactcacacatctaaatctatcaaattgttacctcaatggtaata 37712866  T
Q  105 ttccttccacagtctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagca-ttatctggttct-----tggaagttaatccatttacatggaataaact 198  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  || | |     || || | |||||||| |||||||| |||||    
T  37712865 ttccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcagttttggggatgtggaattgaaactaaatccattgacatggaagaaact 37712766  T
Q  199 cattcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttgtcatcc 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37712765 cattcataatgctactaatttaagggaactttatttggataatgtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttgtcatcc 37712666  T
Q  299 tctttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaa 380  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||| | ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  37712665 tctttggtttctcttagtctacgagacactgtgttgcaaggaaatatatcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaa 37712584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 5 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 37825236 - 37824855
Alignment:
Q  5 gcttttaatgatatttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaata 104  Q
    |||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||| | ||||||||    
T  37825236 gcttttaatgatttttctttgtcttcaatgcctattggtgttggagatttagtgaaactcacacatctaaatctatcaaaatgttacctcaatggtaata 37825137  T
Q  105 ttccttccacagtctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcattatctggttcttgg------aagttaatccatttacatggaataaact 198  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||  | |||      || | ||| |||| |  ||||| |||||    
T  37825136 ttccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatctcagcagaaactggcacgtgggattgaaactcaattcattcatttggaagaaact 37825037  T
Q  199 cattcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttgtcatcc 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37825036 cattcataatgctactaatttaagggatcttcatcttaatggagtgaacatgtcttcaatcggagagagctcattgtcaatgctaaagaatttgtcatcc 37824937  T
Q  299 tctttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaa 380  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  37824936 tctttggtttctcttagtctacgaaacactgtgttgcaaggaaatatatcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaa 37824855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 5 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 37698134 - 37697747
Alignment:
Q  5 gcttttaatgatatttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaata 104  Q
    ||||||||| || ||| | |||||||||| ||| ||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||    
T  37698134 gcttttaataatttttcttggtcttcaatacctattggtgtcggagatttagtgaaactcacacatctaaatctatcaaattgttacctcaatggtaata 37698035  T
Q  105 ttccttccacagtctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcattatctggttc------------ttggaagttaatccatttacatggaa 192  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |            ||| || | ||| |||| |  |||||    
T  37698034 ttccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcagttactggtacgaacaagtgggattgaaactcaattcattcatttggaa 37697935  T
Q  193 taaactcattcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttg 292  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37697934 gaaactcattcataatgctactaatttaagggatcttcatcttaatggagtgaacatgtcttcaatcggagagagctcattgtcaatgctaaagaatttg 37697835  T
Q  293 tcatcctctttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaa 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  37697834 tcatcctctttggtttctcttagtctacgaaacactgtgttgcaaggaaatatatcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaa 37697747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 5 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 37437042 - 37436667
Alignment:
Q  5 gcttttaatgatatttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaata 104  Q
    ||||||||| || ||| || ||||||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||  ||||  | ||| |||| ||||||||||    
T  37437042 gcttttaatcatttttctgagtcttcaatacctattggtattagtgatttagtgaaactcacacatctaaacctatcatactgtgacctcagtggtaata 37436943  T
Q  105 ttccttccacagtctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcattatctggttctt-ggaagttaatccatttacatggaataaactcattc 203  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | | || ||||| |||| | ||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  37436942 ttccttccaaaatctctcatttgtcaaaattagtatcccttgatcttaacaat-tatgattctttggaactcaatccattcgcatggaagaaactcattc 37436844  T
Q  204 ataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttgtcatcctcttt 303  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||  || ||| |||||||||||| |||||    
T  37436843 ataatgctactaatttaagggagcttcatctgaatggagtgaaaatgtcttcaattggagagagctctttgtcgttgttaacgaatttgtcatcttcttt 37436744  T
Q  304 ggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaa 380  Q
    |||||||||||||||||||  |||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  37436743 ggtttctcttagtctagcatccactcagttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaa 37436667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 5 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 37534447 - 37534060
Alignment:
Q  5 gcttttaatgatatttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaata 104  Q
    ||||||||| || ||| | |||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||  | | | |||| ||||||||||    
T  37534447 gcttttaatcatttttcttggtcttcaatacctattggtgttggagatttagtgaaactcacacatctaaatctatcatactctgacctcagtggtaata 37534348  T
Q  105 ttccttccacagtctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcattatctggttc------------ttggaagttaatccatttacatggaa 192  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |            ||| || | ||| | || |  |||||    
T  37534347 ttccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcagttactggtccgcagaagtgggattgaaactcaattcgttcatttggaa 37534248  T
Q  193 taaactcattcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttg 292  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37534247 gaaactcattcataatgctactaatttaagggaactttatttggataatgtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttg 37534148  T
Q  293 tcatcctctttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaa 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || | || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  37534147 tcatcctctttggtttctcttagtctatcagaaactgagttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaa 37534060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 5 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 37704009 - 37703628
Alignment:
Q  5 gcttttaatgatatttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaata 104  Q
    ||||||||| || ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||   |||| |||| |  |||||||    
T  37704009 gcttttaatcatttttctggatcttcaatgcctattggtattggcgatttagtgaatctcacacatctaaatttatcattttgtcacctcaagggtaata 37703910  T
Q  105 ttccttccacagtctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagca-ttat-----ctggttcttggaagttaatccatttacatggaataaact 198  Q
     ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||     || |  | ||||| ||||||| || |||||||| |||||    
T  37703909 ctccctccacaatctctcatttgtcaaaattaatatcacttgatcttagcagttatagttactcgaacatggaaattaatccgttgacatggaagaaact 37703810  T
Q  199 cattcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttgtcatcc 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| | ||| | ||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37703809 cattcataatgctactaatttaagggagcttcatttgaatagtgtggatatgtcttccattacggagagctcattgtcaatgctaaagaatttgtcatcc 37703710  T
Q  299 tctttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaa 380  Q
    ||||||||||||||||||||| || | || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  37703709 tctttggtttctcttagtctatcagaaactgagttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaa 37703628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 18 - 391
Target Start/End: Original strand, 37391787 - 37392172
Alignment:
Q  18 tttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaatattccttccacagt 117  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |    
T  37391787 tttttgggtcttcattgcatgttggtattggtgatttagtgaatctcacatatctaaatctatcaaattgttacctcagtggtaatattccctccacaat 37391886  T
Q  118 ctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcattatctggttcttggaag------------ttaatccatttacatggaataaactcattcat 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||  |||||||             || || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  37391887 ctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcaattaccggcacttggaacaacaactcaaacttgatacattgacatggaagaaactcattcat 37391986  T
Q  206 aatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttgtcatcctctttgg 305  Q
    |||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||| | |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  37391987 aatgctactaatttaagggagcttcatttgaatagagtggatatgtattccattagagagagctctttgtctatgctaaagaatgtgtcatcctctttgg 37392086  T
Q  306 tttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaaaactagatttg 391  Q
    |||||||||| |||| | | |  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||||| ||||||||||    
T  37392087 tttctcttaggctaggagaaattgggttgcaaggaaatttgtcaagtgccatcctctctttacctaatcttcaaagactagatttg 37392172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 25 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 37641199 - 37640832
Alignment:
Q  25 gtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaatattccttccacagtctctcat 124  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37641199 gtcttcaatgcctattggtgttggagatttagtgaaactcacacatctaaatctatcaaaatgttacctcaatggtaatattccttccacaatctctcat 37641100  T
Q  125 ttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcattatctggttc------------ttggaagttaatccatttacatggaataaactcattcataatgcta 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |            ||| || | ||| |||| |  ||||| |||||||||||||||||||    
T  37641099 ttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcagttactggtccgaacaagtgggattgaaactcaattcattcatttggaagaaactcattcataatgcta 37641000  T
Q  213 ctaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttgtcatcctctttggtttctct 312  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||| | ||| | ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640999 ctaatttaagggagcttcatttgaatagtgtggatatgtcttccattacggagagctctttgtcaatgctaaagaatttgtcatcctctttggtttctct 37640900  T
Q  313 tagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaa 380  Q
    |||||||  ||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  37640899 tagtctacgaaaaactgagttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaa 37640832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 5 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 37595671 - 37595284
Alignment:
Q  5 gcttttaatgatatttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaata 104  Q
    ||||||||| || ||| || ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||    
T  37595671 gcttttaataatttttctgagtcttcaatgcctattggtgttggagatttagtgaaactcacacatctaaatctatcatattgttacctcagtggtaata 37595572  T
Q  105 ttccttccacagtctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcattatctggttc------------ttggaagttaatccatttacatggaa 192  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |            ||| || | ||  |||| |  |||||    
T  37595571 ttccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcagttactggtccgaagaagtgggattgaaactcaagtcattcatttggaa 37595472  T
Q  193 taaactcattcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttg 292  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| | ||| | ||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||     
T  37595471 gaaactcattcataatgctactaatttaagggagcttcatttgaatagtgtggatatgtcttccattacggagagctctttgtccatgctaaagaatttt 37595372  T
Q  293 tcatcctctttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaa 380  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  37595371 tcatcctctttggtttctcttcttctacgaaacactgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaa 37595284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 5 - 390
Target Start/End: Original strand, 37381148 - 37381545
Alignment:
Q  5 gcttttaatgatatttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaata 104  Q
    ||||||||| || ||| |||||||| | ||| | || ||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||  | |||| |||  |||||||||    
T  37381148 gcttttaataatttttctgggtctttattgcatgttagtattgatgatttagtgaatctcacacatctaaatctatcacactgttccctcggtggtaata 37381247  T
Q  105 ttccttccacagtctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagca-ttatc-tggttc----------ttggaagttaatccatttacatggaa 192  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  || ||           ||| || | |||||||| ||||||||    
T  37381248 ttccctccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatctcagcagttattatgattggcatatgggattgaaactcaatccattgacatggaa 37381347  T
Q  193 taaactcattcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttg 292  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |   | | ||||||||||| || || |||| ||||||||| || |||||||||||||||    
T  37381348 gaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttctttaggttgtgtgaacatgtcctctattagagcgagctctttatctatgctaaagaatttg 37381447  T
Q  293 tcatcctctttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaaaactagattt 390  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||| |||||||||    
T  37381448 tcatcctctttggtttctcttggtctaggagaaactgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacctaatctccaaacactagattt 37381545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 99 - 366
Target Start/End: Original strand, 37412221 - 37412500
Alignment:
Q  99 gtaatattccttccacagtctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcattatctggttcttgga------------agttaatccatttac 186  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | | ||||            | || |||| || ||    
T  37412221 gtaatattccttccacaatctctcacttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcagtaactgatacatggatcaaaaactcaaacttgatcccttcac 37412320  T
Q  187 atggaataaactcattcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaag 286  Q
    ||||||  ||||||||||||||| ||| |||||||| || ||| |||||||| | ||  | |||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||    
T  37412321 atggaaggaactcattcataatgttacaaatttaagcgagcttcatctgaatagtgttgatatgtcttccatcagagagaattctttgtcgctgctaaag 37412420  T
Q  287 aatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctcttt 366  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||  | ||||||||||||||  |||||||||| | ||||||    
T  37412421 aatttgtcatcctctctggtctctcttagtctagggaacactagtttgcaaggaaatttagcaagtgacattccctcttt 37412500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 185 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 37429900 - 37429690
Alignment:
Q  185 acatggaataaactcattcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaa 284  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||   ||| | || ||||  ||||||||||| ||||||||  ||||||    
T  37429900 acatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatctttaatcagagagagatctttgtcgctgctaa 37429801  T
Q  285 agaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtca----agtgacatactctctttgccaaatcttcaaa 380  Q
     |||||| || |||||||||||  |||||  |||| ||| ||| || ||||||| ||||||  ||    |||||||| |||||||| ||||||||||||     
T  37429800 ggaatttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaatcactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaatcttcaag 37429701  T
Q  381 aactagatttg 391  Q
    |||||||||||    
T  37429700 aactagatttg 37429690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 5 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 37430098 - 37429948
Alignment:
Q  5 gcttttaatgatatttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaata 104  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||  ||| |  ||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||| |||| ||      | ||||||||||||    
T  37430098 gcttttaatgattttttcgggtcttcggtgcatgctggtattggtgatctagtgaagctcacacatctaaatctatcaaacaccggcattagtggtaata 37429999  T
Q  105 ttccttccacagtctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagca 155  Q
    || | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37429998 tttcctccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagca 37429948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 5 - 391
Target Start/End: Original strand, 16841689 - 16842087
Alignment:
Q  5 gcttttaatgatatttttgggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaata 104  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||| ||||  | ||| |||| | |||| | |    
T  16841689 gcttttaataatttttctgggtcttcaatgcctattggtattagcgatttagtgaatatcacacatctaaatctatcatactgtgacctcaatggtgaca 16841788  T
Q  105 ttccttccacagtctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcattatctggttc------------ttggaagttaatccatttacatggaa 192  Q
    |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |  || || |            ||| || | ||| | || || |||||    
T  16841789 ttcactccacaatctctcatttgtcaaaattagtatctcttgatcttagcggttactcgtacgaaaaagtgggattgaaactcaattcgttcacttggaa 16841888  T
Q  193 taaactcattcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaagaatttg 292  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16841889 gaaactcattcataatgctactaaattaagggatctttatctaaatggagtgaacatgtcttcaattggagagagctctttgtcaatgctaaacaatttg 16841988  T
Q  293 tcatcctctttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaaaactagatttg 391  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  16841989 tcatcctctttggtttctcttcatctagcaaacactggtttgcaaggaaatttgttaagtgacatactctctttgtcaaatcttcaaagactagatttg 16842087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 185 - 391
Target Start/End: Original strand, 24216751 - 24216951
Alignment:
Q  185 acatggaataaactcattcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaa 284  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||      ||||    
T  24216751 acatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacatatcttcaatcagagagagctctttg------ctaa 24216844  T
Q  285 agaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaaaact 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  24216845 agaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtgacatcctctctttaccaaatcttcaaaaact 24216944  T
Q  385 agatttg 391  Q
    |||||||    
T  24216945 agatttg 24216951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 24 - 152
Target Start/End: Original strand, 24216575 - 24216703
Alignment:
Q  24 ggtcttcaatgcctcttggtattggcgatttagtgaaactcacgcatctaaatatatccaattgttaccttagtggtaatattccttccacagtctctca 123  Q
    |||||||||||| | |||| ||||| ||| ||||||| |||||  |||||||| |||| |  |||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||    
T  24216575 ggtcttcaatgcatgttgggattggtgatctagtgaatctcacatatctaaatttatcaagctgttaccttactggtaatattccctccacaatctctca 24216674  T
Q  124 tttgtcaaaattagtatcacttgatctta 152  Q
     ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  24216675 gttgtcaaaactagtgtcacttgatctta 24216703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University