View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14477_low_1 (Length: 666)
Name: NF14477_low_1
Description: NF14477
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14477_low_1 |
 | |
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| [»] scaffold0110 (3 HSPs) |
| | |
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Alignment Details
Target: scaffold0110 (Bit Score: 592; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0110
Description:
Target: scaffold0110; HSP #1
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 656
Target Start/End: Original strand, 12201 - 12845
Alignment:
| Q |
19 |
ataagttcatagaaaaaatttacaacacttttttatttattgtttcaattcataacagggattgtcgcaaataatggcacaggagaagtttctgttgatc |
118 |
Q |
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| T |
12201 |
ataagttcatagaaaaaatttacaacacttttttatttattggttcaattcataacagggattgtcgcaaataatggcacaggagaagtttctgttgatc |
12300 |
T |
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| Q |
119 |
aatatcatcgctacaaagtaagcgcctttaatgcttaaacacattagaaatttaattgaagttacataacttttgtcacaagcaatccaaaatccttagt |
218 |
Q |
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| T |
12301 |
aatatcatcgctacaaagtaagcgcctttaatgcttaaacacattagaaatttaattgaagttacataacttttgtcagaagcaatccaaaatccttagt |
12400 |
T |
|
| Q |
219 |
atgaac---acatttaacttgccaaataacatattatataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggccgcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaa |
315 |
Q |
| |
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| T |
12401 |
atgaaccttacatttaacttgccaaataacatattatataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggc-gcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaa |
12499 |
T |
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| Q |
316 |
tttgacaggaagatatagatctcatcgcaaagctaaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttc |
415 |
Q |
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| T |
12500 |
tttgacaggaagatatagatctcatcgcaaagctaaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttc |
12599 |
T |
|
| Q |
416 |
tatatacatatttgatcaaaactagatgaaacaaatccatagctcccttaataattgattaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaa |
515 |
Q |
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| T |
12600 |
tatatacatatttgatcaaaactagatgaaacaaatccatagctcccttaataattgattaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaa |
12699 |
T |
|
| Q |
516 |
aggtgtagcatactacaacagattgatcgattacttactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaatag-----tagttttggaaatgtaa |
610 |
Q |
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| T |
12700 |
aggtgtagcatactacaacagattgatcgattacttactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaatagtaacatagtttaggaaatgtaa |
12799 |
T |
|
| Q |
611 |
tgttaaatattaatttcttattgtgtttttgttccttaaacctatg |
656 |
Q |
| |
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| T |
12800 |
tgttaaatattaatttcttattgtgtttttgttccttaaacctatg |
12845 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0110; HSP #2
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 656
Target Start/End: Original strand, 19938 - 20582
Alignment:
| Q |
19 |
ataagttcatagaaaaaatttacaacacttttttatttattgtttcaattcataacagggattgtcgcaaataatggcacaggagaagtttctgttgatc |
118 |
Q |
| |
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| T |
19938 |
ataagttcatagaaaaaatttacaacacttttttatttattggttcaattcataacagggattgtcgcaaataatggcacaggagaagtttctgttgatc |
20037 |
T |
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| Q |
119 |
aatatcatcgctacaaagtaagcgcctttaatgcttaaacacattagaaatttaattgaagttacataacttttgtcacaagcaatccaaaatccttagt |
218 |
Q |
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| T |
20038 |
aatatcatcgctacaaagtaagcgcctttaatgcttaaacacattagaaatttaattgaagttacataacttttgtcagaagcaatccaaaatccttagt |
20137 |
T |
|
| Q |
219 |
atgaac---acatttaacttgccaaataacatattatataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggccgcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaa |
315 |
Q |
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| T |
20138 |
atgaaccttacatttaacttgccaaataacatattatataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggc-gcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaa |
20236 |
T |
|
| Q |
316 |
tttgacaggaagatatagatctcatcgcaaagctaaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttc |
415 |
Q |
| |
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|
|
| T |
20237 |
tttgacaggaagatatagatctcatcgcaaagctaaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttc |
20336 |
T |
|
| Q |
416 |
tatatacatatttgatcaaaactagatgaaacaaatccatagctcccttaataattgattaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaa |
515 |
Q |
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| T |
20337 |
tatatacatatttgatcaaaactagatgaaacaaatccatagctcccttaataattgattaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaa |
20436 |
T |
|
| Q |
516 |
aggtgtagcatactacaacagattgatcgattacttactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaatag-----tagttttggaaatgtaa |
610 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
20437 |
aggtgtagcatactacaacagattgatcgattacttactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaatagtaacatagtttaggaaatgtaa |
20536 |
T |
|
| Q |
611 |
tgttaaatattaatttcttattgtgtttttgttccttaaacctatg |
656 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
20537 |
tgttaaatattaatttcttattgtgtttttgttccttaaacctatg |
20582 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0110; HSP #3
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 652
Target Start/End: Original strand, 29098 - 29701
Alignment:
| Q |
54 |
tttattgtttcaattcataacagggattgtcgcaaataatggcacaggagaagtttctgttgatcaatatcatcgctacaaagtaagcgcctttaatgct |
153 |
Q |
| |
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||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| |
|
|
| T |
29098 |
tttattgtttcaatttataacagggattgtcgcaaataatggcacaggagaagtttctgttgatcaatatcatcgctacaaagtaagcacctccaaagct |
29197 |
T |
|
| Q |
154 |
taaacacattagaaatttaattgaagttacataacttttgtcacaagcaatccaaaatccttagtatgaac---acatttaacttgccaaataacatatt |
250 |
Q |
| |
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|
|
| T |
29198 |
taaacacattagaaatttaattgaagttacataacttttgtcacaattaatccaaaatccttagtatgaaccttacatttaacttgccaaataacatatt |
29297 |
T |
|
| Q |
251 |
atataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggc--cgcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaaagc |
348 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
29298 |
atataatgtgcatttgatcatatatatgtgtgtggccgcgcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaaagc |
29397 |
T |
|
| Q |
349 |
taaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttc--tatatacatatttgatcaaaactagatgaaa |
446 |
Q |
| |
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| T |
29398 |
taaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatatttctatatatacatatttgatcaaaacaagatgtag |
29497 |
T |
|
| Q |
447 |
caaatccatagctcccttaataattga--ttaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcatactacaacagattgatcg |
544 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
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|
| T |
29498 |
aaaatcca--------ttaataatcaattttaaactattgatgcagatggaactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcgtactacaacagattgatcg |
29589 |
T |
|
| Q |
545 |
attacttactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaata-----gtagttttggaaatgtaatgttaaatattaatttcttattgtgtttt |
639 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||| |
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| T |
29590 |
attacttgctagaaaagggtaattttttatgtatccctagtcgaaatactaacatagttttggaaatgtaatgtt-aattttaatcgctcgttgtgtttt |
29688 |
T |
|
| Q |
640 |
tgttccttaaacc |
652 |
Q |
| |
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| T |
29689 |
tgttccttaaacc |
29701 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 54 - 141
Target Start/End: Original strand, 36575422 - 36575509
Alignment:
| Q |
54 |
tttattgtttcaattcataacagggattgtcgcaaataatggcacaggagaagtttctgttgatcaatatcatcgctacaaagtaagc |
141 |
Q |
| |
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| T |
36575422 |
tttattgtttcaattggtaacaggtattgtcacaaataatggcacaggagaagtttatgttgatcaatatcatcgcaataaagtaagc |
36575509 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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