View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14484_low_3 (Length: 800)
Name: NF14484_low_3
Description: NF14484
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14484_low_3 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 679; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 679; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 41337241 - 41336442
Alignment:
| Q |
1 |
ccactcaagctaatgcaatagtttccccagtcaaatttactaaagaactccagaaatcgaaacagtacctacgatatgccaacaataagatcaaaataac |
100 |
Q |
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| T |
41337241 |
ccactcaagctaatgcaatagtttccccagtcaaatttactaaagaactccagaaatcgaaacagtacctacgatatgccaacaataagatcaaaataac |
41337142 |
T |
|
| Q |
101 |
ataaattttatcttcttatccttcataagccatattaatattaatatatacatcaaaataatcaagtttgtcacctcaagtggtccaacaaattcattgt |
200 |
Q |
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| T |
41337141 |
ataaattttatcttcttatccttcataagccatattaatattaatatatacatcaaaataatcaagtttgtcacctcaagtggtccaacaaattcattgt |
41337042 |
T |
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| Q |
201 |
tgtaaagattaaataagtataggactaaaatttccaacgcataagttgaaaagagtccactcttagaacccaagagacgactctcatgataacaccaagc |
300 |
Q |
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| T |
41337041 |
tgtaaagattaaataagtataggactaaaatttccaacgcataagttgaaaagagtccactcttagaacccaagagacgactctcatggtaacaccaagc |
41336942 |
T |
|
| Q |
301 |
ttttatcaatataacactgcgcttgaatatatgattccgacttatcaaataatcaacctgcaataatcgattattttttagagatcttgcaaaatnnnnn |
400 |
Q |
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| T |
41336941 |
ttttatcaatataacactgcgcttgaatatatgattccgacttatcaaataatcaacctgcaataatcgattattttttagagatcttgcaaaataaaaa |
41336842 |
T |
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| Q |
401 |
nntatgcttgaaatcacaacttactataataaatattacctcgtccaaaaaacaaagtgagcataaaccactcaattggttgaaagatatgtcaattaca |
500 |
Q |
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| T |
41336841 |
aatatgcttgaaatcacaacttactataataaatattacctcgtccaaaaaacaaagtgagcataaaccactcaattggttgaaagatatgtcaattaca |
41336742 |
T |
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| Q |
501 |
aatttttcaaccaagcacttaatgatcttcacctggcattgaacaacaaaaaacacgcgaaggttgaaaaatatttttatcacggnnnnnnnnatcaatt |
600 |
Q |
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| T |
41336741 |
aatttttcaaccaagcacttaatgatcttcacctggcattgaacaacaaaaaacacgcgaaggttgaaaaatatttttatcacgtttttttttatcaatt |
41336642 |
T |
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| Q |
601 |
atcgaaacaacttttatatttggatactcataaatactatacacgcattattt----------tctctgttcctattacatttatcacatcacttaaaca |
690 |
Q |
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| T |
41336641 |
atcggaacaacttttatatttggatactcataaatactatacacgcattattttctctctatctctctgttcctatcacatttatcacatcacttaaaca |
41336542 |
T |
|
| Q |
691 |
aattgtatatgaaaatgcattgcattggataagnnnnnnntacctctgcattgacaagctgaacctcgttaaccctaaatttagaaaactcgttgttcat |
790 |
Q |
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| T |
41336541 |
aattgtatatgaaaatgcattgcattggataagaaaaaaatacctctgcattgacaagctgaacctctttaaccctaaatttagaaaactcgttgttcat |
41336442 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 81 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 36135729 - 36135224
Alignment:
| Q |
81 |
aacaataagatcaaaataacataaattttatcttcttatccttcataagccatattaatattaatatatacatcaaaataatcaagtttgtcacctcaag |
180 |
Q |
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| T |
36135729 |
aacaataggatcaaaataacataaatttaattttcttattcttcataagccatattaatgttaatatatacatcaaaataatcaagtttgtcacctcaaa |
36135630 |
T |
|
| Q |
181 |
tggtccaacaaattcattgttgtaaagattaaataagtataggactaaaatttccaacgcataagttgaaaagagtccactcttagaacccaagagacga |
280 |
Q |
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|
| T |
36135629 |
tggtccaacaaattcattgttgtaaagattaaatatgtagaggactaaaatttccaacacataagttgaaaagagtccactcttagaacccaagagacga |
36135530 |
T |
|
| Q |
281 |
ctctcatgataacaccaagcttttatcaatataacactgcgcttgaatatatgattccgacttatcaaataatcaacctgcaataatcgattatttttta |
380 |
Q |
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| T |
36135529 |
ctctcatggtaacaccaagcttttatcaatataacaatgcgcttgaatatatgattccgacttatcaaatgatcaacttgaaataaccaattatttttaa |
36135430 |
T |
|
| Q |
381 |
gagatcttgcaaaatnnnnnnntatgcttg-aaatcacaacttactataataa-atattacctcgtccaaaaaacaaagtgagcataaaccactcaattg |
478 |
Q |
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| T |
36135429 |
gagatcttgcaaaat-aaaaaatatggttgaaaatcacaacttcccataataatatattacctcctccaaaaaacaaagtgagcataaaccactcaattg |
36135331 |
T |
|
| Q |
479 |
gttgaaagatatgtcaattacaaatttttcaaccaagcacttaatgatcttcacctggcattgaac---aacaaaaaacacgcgaaggttgaaaaatatt |
575 |
Q |
| |
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| T |
36135330 |
gttgaaagatatgtcaattacaaatttttcaaccaaacacttaatgatcttcacttgccattgaacaagaagaagaaacacgcgaaggttgagaaatact |
36135231 |
T |
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| Q |
576 |
tttatca |
582 |
Q |
| |
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| T |
36135230 |
tttatca |
36135224 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 290 - 336
Target Start/End: Original strand, 10136083 - 10136129
Alignment:
| Q |
290 |
taacaccaagcttttatcaatataacactgcgcttgaatatatgatt |
336 |
Q |
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| T |
10136083 |
taacaccaagcttttatcaatataatgctacgcttgaataaatgatt |
10136129 |
T |
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